Fractionation techniques improve the proteomic analysis of human serum

Current Pharmaceutical Analysis

Volumn 4, Issue 2, 2008, Pages 69-77

  Mauri, Pierluigi ^a   Petretto, Andrea ^b   Cuccabita, Davide ^b   Basilico, Fabrizio ^a   Di Silvestre, Dario ^a   Levreri, Isabella ^b   Melioli, Giovanni ^b  

^a CNR   (Italy)

^b Department of Experimental and Laboratory Medicine G Gaslini ^*  (Italy)

Author keywords

Clinical; Fractionation; Liquid chromatography; Proteomics; Serum

Indexed keywords

ALBUMIN; ANTIHISTAMINIC AGENT; BETA ADRENERGIC RECEPTOR BLOCKING AGENT; BIOLOGICAL MARKER; CYTOKINE; IMMUNOGLOBULIN; MONOCLONAL ANTIBODY; PLASMA PROTEIN; POLYPEPTIDE; PROTEOME;

ACCURACY; AGAR GEL ELECTROPHORESIS; AUTOMATION; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CHEMOLUMINESCENCE; CLINICAL RESEARCH; DIAGNOSTIC VALUE; DISEASE MARKER; DRUG DETERMINATION; DRUG RESEARCH; ENZYME IMMUNOASSAY; FRACTIONATION; GEL ELECTROPHORESIS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; HYDROPHOBICITY; INFLAMMATION; INTERMETHOD COMPARISON; KIDNEY DISEASE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIVER DISEASE; MASS SPECTROMETRY; PH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BLOOD LEVEL; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN ISOLATION; PROTEIN SECRETION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; RADIOIMMUNOASSAY; REPRODUCIBILITY; REVIEW; SEROLOGY; SERUM; SURFACE ENHANCED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TWO DIMENSIONAL ELECTROPHORESIS;

EID: 47749146910     PISSN: 15734129     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157341208784246297     Document Type: Review

References (79)

1. Righetti, P.G.; Castagna, A.; Antonucci, F.; Piubelli, C.; Cecconi, D.; Campostrini, N.; Rustichelli, C.; Antonioli, P.; Zanusso, G.; Monaco, S.; Lomas, L.; Boschetti, E. Clin. Chim. Acta, 2005, 357, 123.
2. Petricoin, E.F.; Liotta, L.A. Curr. Opin. Biotechnol., 2004, 15, 24.
3. Petricoin, E.F.; Liotta, L.A. Trends Mol. Med., 2004, 10, 59.
4. Anderson, N.L.; Anderson, N.G. Mol. Cell. Proteomics, 2002, 1, 845.
5. Anderson, N.L.; Polanski, M.; Pieper, R.; Gatlin, T.; Tirumalai, R.S.; Conrads, T.P.; Veenstra, T.D.; Adkins, J.N.; Pounds, J.G.; Fagan, R.; Lobley, A. Mol. Cell. Proteomics, 2004, 3, 311.
6. Corzett, T.H.; Fodor, I.K.; Choi, M.W.; Walsworth, V.L.; Chromy, B.A.; Turteltaub, K.W.; McCutchen-Maloney, S.L. J. Proteome Res., 2006, 5, 2611.
7. Misek, D.E.; Kuick, R.; Wang, H.; Galchev, V.; Deng, B.; Zhao, R.; Tra, J.; Pisano, M.R.; Amunugama, R.; Allen, D.; Walker, A.K.; Strahler, J.R.; Andrews, P.; Omenn, G.S.; Hanash, S.M. Proteomics, 2005, 5, 3343.
8. Nedelkov, D.; Kiernan, U.A.; Niederkofler, E.E.; Tubbs, K.A.; Nelson, R.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 10852.
9. Darde, V.M.; Barderas, M.G.; Vivanco, F. Methods Mol. Biol., 2007, 357, 351.
10. Granger, J.; Siddiqui, J.; Copeland, S.; Remick, D. Proteomics, 2005, 5, 4713.
11. Plavina, T.; Wakshull, E.; Hancock, W.S.; Hincapie, M. J. Proteome Res., 2007, 6, 662.
12. Tam, S.W.; Pirro, J.; Hinerfeld, D. Expert. Rev. Proteomics, 2004, 1, 411.
13. Hoffman, S.A.; Joo, W.A.; Echan, L.A.; Speicher, D.W. J. Chromatogr B Analyt. Technol. Biomed Life Sci., 2007, 849, 43.
14. Kim, J.Y.; Lee, J.H.; Park, G.W.; Cho, K.; Kwon, K.H.; Park, Y.M.; Cho, S.Y.; Paik, Y.K.; Yoo, J.S. Proteomics, 2005, 5, 3376.
15. Lee, H.J.; Lee, E.Y.; Kwon, M.S.; Paik, Y.K. Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 42.
16. Wang, H.; Clouthier, S.G.; Galchev, V.; Misek, D.E.; Duffner, U.; Min, C.K.; Zhao, R.; Tra, J.; Omenn, G.S.; Ferrara, J.L.; Hanash, S.M. Mol. Cell. Proteomics, 2005, 4, 618.
17. Ayache, S.; Panelli, M.; Marincola, F.M.; Stroncek, D.F. Am. J. Clin. Pathol., 2006, 126, 174.
18. Rai, A.J.; Vitzthum, F. Expert Rev. Proteomics, 2006, 3, 409.
19. Adamski, M.; Blackwell, T.; Menon, R.; Martens, L.; Hermjakob, H.; Taylor, C.; Omenn, G.S.; States, D.J. Proteomics, 2005, 5, 3246.
20. Omenn, G.S.; States, D.J.; Adamski, M.; Blackwell, T.W.; Menon, R.; Hermjakob, H.; Apweiler, R.; Haab, B.B.; Simpson, R.J.; Eddes, J.S.; Kapp, E.A.; Moritz, R.L.; Chan, D.W.; Rai, A.J.; Admon, A.; Aebersold, R.; Eng, J.; Hancock, W.S.; Hefta, S.A.; Meyer, H.; Paik, Y.K.; Yoo, J.S.; Ping, P.; Pounds, J.; Adkins, J.; Qian, X.; Wang, R.; Wasinger, V.; Wu, C.Y.; Zhao, X.; Zeng, R.; Archakov, A.; Tsugita, A.; Beer, I.; Pandey, A.; Pisano, M.; Andrews, P.; Tammen, H.; Speicher, D.W.; Hanash, S.M. Proteomics, 2005, 5, 3226.
21. Bjellqvist, B.; Ek, K.; Righetti, P.G.; Gianazza, E.; Gorg, A.; Westermeier, R.; Postel, W. J. Biochem. Biophys. Methods, 1982, 6, 317.
22. Zhou, G.; Li, H.; DeCamp, D.; Chen, S.; Shu, H.; Gong, Y.; Flaig, M.; Gillespie, J.W.; Hu, N.; Taylor, P.R.; Emmert-Buck, M.R.; Liotta, L.A.; Petricoin, E.F., 3rd; Zhao, Y. Mol. Cell. Proteomics, 2002, 1, 117.
23. Righetti, P.G.; Boschetti, E. FEBS J., 2007, 274, 897.
24. Kawakami, T.; Hoshida, Y.; Kanai, F.; Tanaka, Y.; Tateishi, K.; Ikenoue, T.; Obi, S.; Sato, S.; Teratani, T.; Shiina, S.; Kawabe, T.; Suzuki, T.; Hatano, N.; Taniguchi, H.; Omata, M. Proteomics, 2005, 5, 4287.
25. Rodriguez-Pineiro, A.M.; de la Cadena, M.P.; Lopez-Saco, A.; Rodriguez-Berrocal, F.J. Mol. Cell Proteomics, 2006, 5, 1647.
26. Roessler, M.; Rollinger, W.; Palme, S.; Hagmann, M.L.; Berndt, P.; Engel, A.M.; Schneidinger, B.; Pfeffer, M.; Andres, H.; Karl, J.; Bodenmuller, H.; Ruschoff, J.; Henkel, T.; Rohr, G.; Rossol, S.; Rosch, W.; Langen, H.; Zolg, W.; Tacke, M. Clin. Cancer Res., 2005, 11, 6550.
27. Bloomston, M.; Zhou, J.X.; Rosemurgy, A.S.; Frankel, W.; Muro-Cacho, C.A.; Yeatman, T.J. Cancer Res., 2006, 66, 2592.
28. Sun, Z.L.; Zhu, Y.; Wang, F.Q.; Chen, R.; Peng, T.; Fan, Z.N.; Xu, Z.K.; Miao, Y. Biochim. Biophys. Acta, 2007, 1774, 764.
29. Yu, K.H.; Rustgi, A.K.; Blair, I.A. J. Proteome Res., 2005, 4, 1742.
30. Jung, K.; Reiche, J.; Boehme, A.; Stephan, C.; Loening, S.A.; Schnorr, D.; Hoesel, W.; Sinha, P. Clin. Chem., 2004, 50, 2292.
31. Solassol, J.; Marin, P.; Demettre, E.; Rouanet, P.; Bockaert, J.; Maudelonde, T.; Mange, A. Anal. Biochem., 2005, 338, 26.
32. Jung, K.; Hoesel, W.; Reiche, J.; Deger, S.; Kramer, J., Loening, S.A.; Lein, M.; Stephan, C. Urology, 2007, 69, 320.
33. Ahmed, N.; Oliva, K.T.; Barker, G.; Hoffmann, P.; Reeve, S.; Smith, I.A.; Quinn, M.A.; Rice, G.E. Proteomics, 2005, 5, 4625.
34. Ogata, Y.; Heppelmann, C.J.; Charlesworth, M.C.; Madden, B.J.; Miller, M.N.; Kalli, K.R.; Cilby, W.A.; Robert Bergen, H., 3rd; Saggese, D.A.; Muddiman, D.C. J. Proteome Res., 2006, 5, 3318.
35. Huang, H.L.; Stasyk, T.; Morandell, S.; Dieplinger, H.; Falkensammer, G.; Griesmacher, A.; Mogg, M.; Schreiber, M.; Feuerstein, I.; Huck, C.W.; Stecher, G.; Bonn, G.K.; Huber, L.A. Electrophoresis, 2006, 27, 1641.
36. Liu, H.C.; Hu, C.J.; Chang, J.G.; Sung, S.M.; Lee, L.S.; Yuan, R.Y.; Leu, S.J. Dement. Geriatr. Cogn. Disord., 2006, 21, 155.
37. Sheta, E.A.; Appel, S.H.; Goldknopf, I.L. Expert Rev. Proteomics, 2006, 3, 45.
38. Yamamoto, T.; Fukushima, T.; Kikkawa, R.; Yamada, H.; Horii, I. J. Toxicol. Sci., 2005, 30, 111.
39. Nagalla, S.R.; Canick, J.A.; Jacob, T.; Schneider, K.A.; Reddy, A.P.; Thomas, A.; Dasari, S.; Lu, X.; Lapidus, J.A.; Lambert-Messerlian, G.M.; Gravett, M.G.; Roberts, C.T., Jr.; Luthy, D.; Malone, F.D.; D'Alton, M.E. J. Proteome Res., 2007, 6, 1245.
40. Kim, H.J.; Cho, E.H.; Yoo, J.H.; Kim, P.K.; Shin, J.S.; Kim, M.R.; Kim, C.W. J. Proteome Res., 2007, 6, 735.
41. Chen, R.; Yi, E.C.; Donohoe, S.; Pan, S.; Eng, J.; Cooke, K.; Crispin, D.A.; Lane, Z.; Goodlett, D.R.; Brunner, M.P.; Aebersold, R.; Brentnall, T.A. Gastroenterology, 2005, 129, 1187.
42. Mauri, P.; Scarpa, A.; Nascimbeni, A.C.; Benazzi, L.; Parmagnani, E.; Mafficini, A.; Della Peruta, M.; Bassi, C.; Miyazaki, K.; Sorio, C. FASEB J., 2005, 19, 1125.
43. Clark, R.; Katzmann, J.A.; Wiegert, E.; Namyst-Goldberg, C.; Sanders, L.; Oda, R.P.; Kyle, R.A.; Landers, J.P. J. Chromatogr. A, 1996, 744, 205.
44. Reif, O. W.; Lausch, R.; Freitag, R. Adv. Chromatogr., 1994, 34, 1.
45. Pepaj, M.; Wilson, S.R.; Novotna, K.; Lundanes, E.; Greibrokk, T. J. Chromatogr. A, 2006, 1120, 132.
46. Sheng, S.; Chen, D.; Van Eyk, J. E. Mol. Cell Proteomics, 2006, 5, 26.
47. Henskens, Y.; de Winter, J.; Pekelharing, M.; Ponjee, G. Clin. Chem., 1998, 44, 1184.
48. Katzmann, J.A.; Clark, R.; Wiegert, E.; Sanders, E.; Oda, R.P.; Kyle, R.A.; Namyst-Goldberg, C.; Landers, J.P. Electrophoresis, 1997, 18, 1775.
49. Jenkins, M.A.; Guerin, M.D. J. Chromatogr. B. Biomed. Sci. Appl., 1997, 699, 257.
50. Bossuyt, X. Adv. Clin. Chem., 2006, 42, 43.
51. Choudhary, G.; Chakel, J.; Hancock, W.; Torres-Duarte, A.; McMahon, G.; Wainer, I. Anal. Chem., 1999, 71, 855.
52. Kolch, W.; Neususs, C.; Pelzing, M.; Mischak, H. Mass. Spectrom. Rev., 2005, 24, 959.
53. Sanz-Nebot, V.; Balaguer, E.; Benavente, F.; Neususs, C.; Barbosa, J. Electrophoresis, 2007, 28, 1949.
54. Kaiser, T.; Kamal, H.; Rank, A.; Kolb, H.J.; Holler, E.; Ganser, A.; Hertenstein, B.; Mischak, H.; Weissinger, E.M. Blood, 2004, 104, 340.
55. Janini, G.M.; Zhou, M.; Yu, L.R.; Blonder, J.; Gignac, M.; Conrads, T.P.; Issaq, H.J.; Veenstra, T.D. Anal Chem., 2003, 75, 5984.
56. Martinez-Gomez, M.A.; Sagrado, S.; Villanueva-Camanas, R.M.; Medina-Hernandez, M.J. Electrophoresis, 2006, 27, 3410.
57. Martinez-Gomez, M.A.; Carril-Aviles, M.M.; Sagrado, S.; Villanueva-Camanas, R.M.; Medina-Hernandez, M.J. J. Chromatogr. A, 2007, 1147, 261.
58. Merchant, M.; Weinberger, S.R. Electrophoresis, 2000, 21, 1164.
59. Simpkins, F.; Czechowicz, J.A.; Liotta, L.; Kohn, E.C. Pharmacogenomics, 2005, 6, 647.
60. Rollin, D.; Whistler, T.; Vernon, S.D. Proteome Sci., 2007, 5, 9.
61. Antonioli, P.; Fortis, F.; Guerrier, L.; Rinalducci, S.; Zolla, L.; Righetti, P.G.; Boschetti, E. Proteomics, 2007, 7, 1624.
62. Fortis, F.; Guerrier, L.; Areces, L.B.; Antonioli, P.; Hayes, T.; Carrick, K.; Hammond, D.; Boschetti, E.; Righetti, P.G. J. Proteome Res., 2006, 5, 2577.
63. Roche, S.; Tiers, L.; Provansal, M.; Piva, M.T.; Lehmann, S. Proteome Sci., 2006, 4, 20.
64. Orvisky, E.; Drake, S.K.; Martin, B.M.; Abdel-Hamid, M.; Ressom, H.W.; Varghese, R.S.; An, Y.; Saha, D.; Hortin, G.L.; Loffredo, C.A.; Goldman, R. Proteomics, 2006, 6, 2895.
65. Li, J.; Zhang, Z.; Rosenzweig, J.; Wang, Y.Y.; Chan, D.W. Clin. Chem., 2002, 48, 1296.
66. Somiari, R.I.; Somiari, S.; Russell, S.; Shriver, C.D. J. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed Life Sci., 2005, 815, 215.
67. Laronga, C.; Becker, S.; Watson, P.; Gregory, B.; Cazares, L.; Lynch, H.; Perry, R.R.; Wright, G.L., Jr.; Drake, R.R.; Semmes, O.J. Dis. Markers, 2003, 19, 229.
68. Becker, S.; Cazares, L.H.; Watson, P.; Lynch, H.; Semmes, O.J.; Drake, R.R.; Laronga, C. Ann. Surg. Oncol., 2004, 11, 907.
69. Dijkstra, M.; Roelofsen, H.; Vonk, R.J.; Jansen, R.C. Proteomics, 2006, 6, 5106.
70. Smith, F.M.; Gallagher, W.M.; Fox, E.; Stephens, R.B.; Rexhepaj, E.; Petricoin, E.F., 3rd; Liotta, L.; Kennedy, M.J.; Reynolds, J.V. Ann. Surg., 2007, 245, 259.
71. Diamandis, E.P. Mol. Cell Proteomics, 2004, 3, 367.
72. Koomen, J.M.; Shih, L.N.; Coombes, K.R.; Li, D.; Xiao, L.C.; Fidler, I.J.; Abbruzzese, J.L.; Kobayashi, R. Clin. Cancer Res., 2005, 11, 1110.
73. Caputo, E.; Moharram, R.; Martin, B.M. Anal Biochem., 2003, 321, 116.
74. Koomen, J.M.; Li, D.; Xiao, L.C.; Liu, T.C.; Coombes, K.R.; Abbruzzese, J.; Kobayashi, R. J. Proteome Res., 2005, 4, 972.
75. Gillette, M.A.; Mani, D.R.; Carr, S.A. J. Proteome Res., 2005, 4, 1143.
76. Okano, T.; Kondo, T.; Kakisaka, T.; Fujii, K.; Yamada, M.; Kato, H.; Nishimura, T.; Gemma, A.; Kudoh, S.; Hirohashi, S. Proteomics, 2006, 6, 3938.
77. Levreri, I.; Musante, L.; Petretto, A.; Bruschi, M.; Candiano, G.; Melioli, G. Clin. Chem. Lab. Med., 2005, 43, 1327.
78. Fujii, K.; Nakano, T.; Kanazawa, M.; Akimoto, S.; Hirano, T.; Kato, H.; Nishimura, T. Proteomics, 2005, 5, 1150.
79. Kersey, P.J.; Duarte, J.; Williams, A.; Karavidopoulou, Y.; Birney, E.; Apweiler, R. Proteomics, 2004, 4, 1985.