Theoretical study of the proton transfer of uracil and (water)n (n = 0-4): Water stabilization and mutagenicity for uracil

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 34, 2004, Pages 12999-13007

  Hu, Xingbang ^a   Li, Haoran ^a   Liang, Wanchun ^a   Han, Shijun ^a  

^a ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MUTAGENICITY; PROTON TRANSFER; URACIL; WATER STABILIZATION;

CORRELATION METHODS; DRUG DOSAGE; ELECTRON TRANSITIONS; ENZYMES; HYDROGEN INORGANIC COMPOUNDS; OPTIMIZATION; PARAMETER ESTIMATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; VIBRATION CONTROL;

PROTONS;

EID: 4444268121     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048146y     Document Type: Article

References (58)

1. Watson, J. D.; Crick, F. H. Nature 1953, 171, 737.
2. Topal, M. D.; Fresco, J. R. Nature 1976, 263, 285.
3. Les, A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1989, 93, 7078.
4. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1288.
5. Holbrook, S. R.; Cheong, C.; Kim, S. H. Nature 1991, 353, 579.
6. Shi, K.; Wahl, M.; Sundaralingam, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2196.
7. Tsuchiya, Y.; Tamura, T.; Fujii, M.; Ito, M. J. Phys. Chem. 1988, 92, 1760.
8. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; McNaughton, D.; Pierlot, A. P. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2329.
9. Beak, P.; White, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 7073.
10. Chahinian, M.; Seba, H. B.; Ancian, B. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 337.
11. Gaigeot, M.-P.; Leulliot, N.; Ghomi, M.; Jobic, H.; Coulombeau, C.; Bouloussa, O. Chem. Phys. 2000, 261, 217.
12. Desfranc, O. C.; Abdoul-Carime, H.; Schermann, J. P. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7792.
13. Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; Clercq, H. L.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8.
14. Rybak, S.; Szalewicz, K. Chem. Phys. Lett. 1992, 199, 567.
15. Smets, J.; McCarthy, W. J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14655.
16. Smets, J.; Smith, D.-M. A.; Elkadi, Y.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9152.
17. Nguyen, M. T.; Chandra, A. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 1277.
18. Ghomi, M.; Aamouche, A.; Cadioli, B.; Berthier, G.; Grajcar, L.; Baron, M. H. J. Mol. Struct. 1997, 410-411, 323.
19. Aamouche, A.; Berthier, G.; Cadioli, B.; Gallinella, E.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 426, 307.
20. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1611.
21. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
22. van Mourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 2886.
23. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7912.
24. Gadre, S. R.; Babu, K.; Rendell, A. P. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8976.
25. Gaigeot, M.-P.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5007.
26. Gaigeot, M.-P.; Kadri, C.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 2001, 565-566, 469.
27. Palafox, M. A.; Iza, N.; Gil, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 585, 69.
28. Zhang, R. B.; Zhang, X. D.; Qu, Z. W.; Ai, X. C.; Zhang, X. K.; Zhang, Q. Y. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003, 624, 169.
29. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
30. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7458.
31. Jalbout, A. F.; Hall-Black, C. S.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 2002, 354, 128.
32. Smith, D. M.; Smets, J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5784.
33. Kryachko, E.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3379.
34. Kryachko, E.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. Chem. Phys. 2001, 264, 21.
35. Stepanian, S. G.; Jalbout, A. F.; Hall, C. S.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7911.
36. Orozco, M.; Hernández, B.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5228.
37. Tian, S. X.; Zhang, C. F.; Zhang, Z. J.; Chen, X. J.; Xu, K. Z. Chem. Phys. 1999, 242, 217.
38. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1934.
39. Hocquet, A.; Leulliot, N.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4560.
40. Malick, D. K.; Petersson, G. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 5704.
41. Peiró-García, J.; Nebot-Gil, I. ChemPhysChem 2003, 4, 843.
42. Boys, S. F.; Bermardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
43. Kulkarni, A. D.; Babu, K.; Gadre, S. R.; Bartolotti, L. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2492.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P.-M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
45. Huyskens, P. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 2578.
46. Stewart, R. F.; Jensen, L. H. Acta Crystallogr. 1967, 23, 1102.
47. Ferenczy, G.; Harsany, L.; Rozsondai, B.; Hargittai, I. J. Mol. Struct. 1986, 740, 71.
48. Florián, J.; Leszczyński, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3010.
49. Guallar, V.; Douhal, A.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6251.
50. Marshall, J. R.; Walker, J. J. Chem. Soc. 1951, 1005.
51. Katritzky, A. R.; Waring, A. J. J. Chem. Soc. 1962, 1540.
52. Berg, J. M.; Tymoczko, J. L.; Stryer, L.; Clarke, N. D. Biochemistry; W. H. Freeman: New York, 2002. This book is available via the Internet at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
53. Sowers, L. C.; Goodman, M. F.; Eritja, R.; Kaplan, B.; Fazakerley, G. V. J. Mol. Biol. 1989, 205, 437.
54. Sowers, L. C.; Eritja, R.; Kaplan, B.; Goodman, M. F.; Fazakerley, G. V. J. Biol. Chem. 1988, 263, 14794.
55. Bohr, F.; Henon, E. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4857.
56. Isaacson, A. D.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1380.
57. Soto, M. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6540.
58. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.