Genomic analyses and the origin of the eukaryotes

Chemistry and Biodiversity

Volumn 4, Issue 11, 2007, Pages 2631-2638

  Rivera, Maria C ^a  

^a VIRGINIA COMMONWEALTH UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; RNA; SMALL SUBUNIT RIBOSOMAL RNA;

ACCESS TO INFORMATION; ARTICLE; BACTERIAL GENETICS; ESCHERICHIA COLI; EUKARYOTE; EVOLUTION; GENE SEQUENCE; GENETIC ANALYSIS; HORIZONTAL GENE TRANSFER; METHANOCOCCUS JANNASCHII; MOLECULAR BIOLOGY; NONHUMAN; PHYLOGENETIC TREE CONSTRUCTION METHOD; PHYLOGENY; PROKARYOTE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SEQUENCE ANALYSIS; SPECIES DIFFERENCE; SYNECHOCYSTIS;

ANIMALS; EUKARYOTIC CELLS; EVOLUTION, MOLECULAR; GENOME; GENOME, HUMAN; HUMANS;

EUKARYOTA; PROKARYOTA;

EID: 36649031002     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.200790215     Document Type: Article

References (44)

1. M. W. Hentze, Science 2001, 293, 1058.
2. D. Penny, A. Poole, Curr. Opin. Genet. Dev. 1999, 9, 672.
3. H. Philippe, P. Forterre, J. Mol. Evol. 1999, 49, 509.
4. P. Lopez-Garcia, D. Moreira, Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 88.
5. S. Karlin, J. Mrazek, A. M. Campbell, J. Bacteriol. 1997, 179, 3899.
6. J. G. Lawrence, H. Ochman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9413.
7. J. P. Gogarten, W. F. Doolittle, J. G. Lawrence, Mol. Biol. Evol. 2002, 19, 2226.
8. W. F. Doolittle, Trends Genet. 1999, 15, M5.
9. A. M. Campbell, Theor. Popul. Biol. 2000, 57, 71.
10. H. Ochman, Curr. Opin. Genet. Dev. 2001, 11, 616.
11. R. Jain, M. C. Rivera, J. E. Moore, J. A. Lake, Mol. Biol. Evol. 2003, 20, 1598.
12. C. J. Bult, O. White, G. J. Olsen, L. X. Zhou, R. D. Fleischmann, G. G. Sutton, J. A. Blake, L. M. FitzGerald, R. A. Clayton, J. D. Gocayne, A. R. Kerlavage, B. A. Dougherty, J. F. Tomb, M. D. Adams, C. I. Reich, R. Overbeek, E. F. Kirkness, K. G. Weinstock, J. M. Merrick, A. Glodek, J. L. Scott, N. S. M. Geoghagen, J. F. Weidman, J. L. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, J. M. Kelley, J. D. Peterson, P. W. Sadow, M. C. Hanna, M. D. Cotton, K. M. Roberts. M. A. Hurst, B. P. Kaine, M. Borodovsky, H. P. Klenk, C. M. Fraser, H. O. Smith, C. R. Woese, J. C. Venter, Science 1996, 273, 1058.
13. M. C. Rivera, R. Jain, J. E. Moore, J. A. Lake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 6239.
14. C. Esser, N. Ahmadinejad, C. Wiegand, C. Rotte, F. Sebastiani, G. Gelius-Dietrich, K. Henze, E. Kretschmann, E. Richly, D. Leister, D. Bryant, M. A. Steel, P. J. Lockhart, D. Penny, W. Martin, Mol. Biol. Evol. 2004, 21, 1643.
15. D. R. Smith, L. A. Doucette-Stamm, C. Deloughery, H. M. Lee, J. Dubois, T. Aldredge, R. Bashirzadeh, D. Blakely, R. Cook, K. Gilbert, D. Harrison, L. Hoang, P. Keagle, W. Lumm, B. Pothier, D. Y. Oiu, R. Spadafora, R. Vicaire, Y. Wang, J. Wierzbowski, R. Gibson, N. Jiwani, A. Caruso, D. Bush, H. Safer, D. Patwell, S. Prabhakar, S. McDougall, G. Shimer, A. Goyal, S. Pietrokovski, G. M. Church, C. J. Daniels, J.I. Mao, P, Rice, J. Nolling, J. N. Reeve, J. Bacteriol. 1997, 179, 7135.
16. H. P. Klenk, R. A. Clayton, J. F. Tomb, O. White, K. E. Nelson, K. A. Ketchum, R. J. Dodson, M. Gwinn, E. K. Hickey, J. D. Peterson, D. L. Richardson, A. R. Kerlavage, D. E. Graham, N. C. Kyrpides, R. D. Fleischmann, J. Quackenbush, N. H. Lee, G. G. Sutton, S. Gill, E. F. Kirkness, B. A. Dougherty, K. McKenney, M. D. Adams, B. Loftus, S. Peterson, C. I. Reich, L. K. McNeil, J. H. Badger, A. Glodek, L. X. Zhou, R. Overbeek, J. D. Gocayne, J. F Weidman, L. McDonald, T. Utterback, M. D. Cotton, T. Spriggs, P. Artiach, B. P. Kaine, S. M. Sykes, P. W. Sadow, K. P. Dandrea, C. Bowman, C. Fujii, S. A. Garland, T. M. Mason, G. J. Olsen, C. M. Fraser, H. O. Smith, C. R. Woese, J. C. Venter, Nature 1997, 390, 364.
17. O. Lecompte, R. Ripp, V. Puzos-Barbe, S. Duprat, R. Heilig, J. Dietrich, J. C. Thierry, O. Poch, Genome Res. 2001, 11, 981.
18. J. DiRuggiero, D. Dunn, D. L. Maeder, R. Holley-Shanks, J. Chatard, R. Horlacher, F. T. Robb, W. Boos, R. B. Weiss, Mol. Microbiol. 2000, 38, 684.
19. D. L. Maeder, R. B. Weiss, D. M. Dunn, J. L. Cherry, J. M. Gonzalez, J. DiRuggiero, F. T. Robb, Genetics 1999, 152, 1299.
20. F. R. Blattner, G. Plunkett, C. A. Bloch, N. T. Perna, V. Burland, M. Riley, J. Collado-Vides, J. D. Glasner, C. K. Rode, G. F. Mayhew, J. Gregor, N. W. Davis, H. A. Kirkpatrick, M. A. Goeden, D. J. Rose, B. Mau, Y. Shao, Science 1997, 277, 1453.
21. C. Cassier-Chauvat, M. Poncelet, F. Chauvat, Gene 1997, 195, 257.
22. R. Jain, M. C. Rivera, J. A. Lake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3801.
23. A. M. A. Aguinaldo, J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, J. A. Lake, Nature 1997, 387, 489.
24. K. M. Halanych, J. D. Bacheller, A. M. A. Aguinaldo, S. M. Liva, D. M. Hillis, J. A. Lake, Science 1995, 267, 1641.
25. M. W. Gray, Curr. Opin. Genet. Dev. 1999, 9, 678.
26. A. Adoutte, G. Balavoine, N. Lartillot, R. de Rosa, Trends Genet. 1999, 15, 104.
27. A. Adoutte, G. Balavoine, N. Lartillot, O. Lespinet, B. Prud'homme, R. de Rosa, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 4453.
28. B. Snel, P. Bork, M. A. Huynen, Nat. Genet. 1999, 21, 108.
29. S. T. Fitz-Gibbon, C. H. House, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4218.
30. C. H. House, S. T. Fitz-Gibbon, J. Mol. Evol. 2002, 54, 539.
31. F. Tekaia, A. Lazcano, B. Dujon, Genome Res. 1999, 9, 550.
32. M. G. Montague, C. A. Hutchison, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5334.
33. J. A. Eisen, Curr. Opin. Genet. Dev. 2000, 10, 606.
34. J. A. Lake, M. C. Rivera, Mol. Biol. Evol. 2004, 21, 681.
35. M. C. Rivera, J. A. Lake, Nature 2004, 431, 152.
36. J. A. Lake, E. Henderson, M. W. Clark, A. T. Matheson, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 5948.
37. R. S. Gupta, K. Aitken, M. Falah, B. Singh, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 2895.
38. R. S. Gupta, B. Singh, Curr. Biol. 1994, 4, 1104.
39. W. Martin, M. Muller, Nature 1998, 392, 37.
40. J. A. Lake, M. C. Rivera, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 2880.
41. D. Moreira, P. Lopez-Garcia, J. Mol. Evol. 1998, 47, 517.
42. T. Horiike, K. Hamada, S. Kanaya, T. Shinozawa, Nat Cell Biol. 2001, 3, 210.
43. T. Horiike, K. Hamada, T. Shinozawa, Genes Genet. Syst. 2002, 77, 369.
44. L. Margulis, 'Origin of the Eukaryotic Cells', Yale University Press, New Haven, CT, 1970.