Coupled semiempirical molecular orbital and molecular mechanics model (QM/MM) for organic molecules in aqueous solution

Journal of Computational Chemistry

Volumn 18, Issue 12, 1997, Pages 1496-1512

  Cummins, Peter L ^a   Gready, Jill E ^a  

^a Biology and Environment   (Australia)

Author keywords

Force fields; Free energy; Hydrogen bonds; QM MM; Solvation

Indexed keywords

EID: 0001104764     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1496::AID-JCC7>3.0.CO;2-E     Document Type: Article

References (53)

1. U. C. Singh and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 7, 718 (1986).
2. P. K. Weiner and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 2, 287 (1981).
3. R. V. Stanton, D. S. Hartsough, and K. M. Merz, J. Phys. Chem., 97, 11868 (1993).
4. R. V. Stanton, D. S. Hartsough, and K. M. Merz, J. Comput. Chem., 16, 113 (1995).
5. R. V. Stanton, L. R. Little, and K. M. Merz, J. Phys. Chem., 99, 483 (1995).
6. M. J. Field, P. A. Bash, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 11, 700 (1990).
7. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 4, 187 (1983).
8. J. Bajorath, J. Kraut, Z. Li, D. H. Kitson, and A. T. Hagler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 6423 (1991).
9. J. Bajorath, D. H. Kitson, G. Fitzgerald, J. Andzelm, J. Kraut, and A. T. Hagler, Proteins: Struct. Funct. Genet., 9, 217 (1991).
10. J. Bajorath, Z. Li, G. Fitzgerald, D. H. Kitson, M. Farnum, R. M. Fine, J. Kraut, and A. T. Hagler, Proteins: Struct. Funct. Genet., 11, 263 (1991).
11. P. A. Bash, M. J. Field, R. C. Davenport, G. A. Petsko, D. Ringe, and M. Karplus, Biochemistry, 30, 5826 (1991).
12. V. V. Vasilyev, J. Mol. Struct. (Theochem.), 304, 129 (1994).
13. J. Gao and X. Xia, Science, 258, 631 (1992).
14. J. Gao, F. J. Luque, and M. Orozco, J. Chem. Phys., 98, 2975 (1993).
15. J. Gao, Biophys. Chem., 51, 253 (1994).
16. J. Gao, Rev. Comput. Chem., 7, 119 (1996).
17. H. Liu, F. Muller-Plathe, and W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys., 102, 1722 (1995).
18. M. A. Thomson, J. Am. Chem. Soc., 117, 11341 (1995).
19. V. V. Vasilyev, A. A. Blyinyuk, and A. A. Voityuk, Int. J. Quantum Chem., 44, 897 (1992).
20. W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc., 110, 1657 (1988).
21. P. L. Cummins, A. P. L. Rendell, D. J. Swanton, G. B. Bacskay, and N. S. Hush, Int. Rev. Phys. Chem., 5, 139 (1986).
22. M. A. Spackman, J. Chem. Phys., 85, 6587 (1986).
23. S.-Y. Liu and C. E. Dykstra, Chem. Phys., 107, 343 (1986).
24. A. D. Buckingham, P. W. Fowler, and J. M. Hutson, Chem. Rev., 88, 963 (1988).
25. D. Sitkoff, K. A. Sharp, and B. Honig, J. Phys. Chem., 98, 1978 (1994).
26. E. V. Stefanovich and T. N. Truong, Chem. Phys. Lett., 244, 65 (1995).
27. P. L. Cummins and J. E. Gready, Chem. Phys. Lett., 225, 11 (1994).
28. B. Wang and G. P. Ford, J. Chem. Phys., 97, 4162 (1992).
29. G. P. Ford and B. Wang, J. Am. Chem. Soc., 114, 10563 (1992).
30. G. E. Chudinov, D. V. Napolov, and M. U. Basilevsky, Chem. Phys., 160, 41 (1992).
31. F. J. Luque and M. Orozco, Chem. Phys. Lett., 168, 269 (1990).
32. M. Freindorf and J. L. Gao, J. Comput. Chem., 17, 386 (1996).
33. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. F. Healy, and J. J. P. Stewart, J. Am. Chem. Soc., 107, 3902 (1985).
34. M. J. S. Dewar and Y.-C. Yuan, Inorg. Chem., 129, 3881 (1990).
35. M. J. S. Dewar and W. Thiel, J. Am. Chem. Soc., 99, 4899 (1977).
36. M. J. S. Dewar and C. H. Reynolds, J. Comput. Chem., 7, 140 (1986).
37. J. J. P. Stewart, J. Comput. Chem., 10, 209 (1989).
38. M. J. S. Dewar and W. Thiel, Theor. Chim. Acta, 46, 89 (1977).
39. D. Bakowies and W. Thiel, J. Comput. Chem., 17, 87 (1996).
40. G. P. Ford and B. Wang, J. Comput. Chem., 14, 1101 (1993).
41. P. A. Bash, L. L. Ho, A. D. MacKerell, D. Levine, and P. Hallstrom, Proc. Natl. Acad. Sci., 93, 3698 (1996).
42. M. Mezei and D. L. Beveridge, Ann. NY Acad. Sci., 1, 482 (1986).
43. P. L. Cummins and J. E. Gready, J. Comput. Chem., 15, 704 (1994).
44. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926 (1983).
45. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. T. Nguyen, and D. A. Case, J. Comput. Chem., 7, 230 (1986).
46. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, and J. R. Haak, J. Chem. Phys., 81, 3684 (1984).
47. W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, Mol. Phys., 34, 1311 (1977).
48. P. L. Cummins, Molecular Orbital Programs for Simulations (MOPS), 1996.
49. C. Chipot, C. Millot, B. Maigret, and P.A. Kollman, J. Phys. Chem., 98, 11362 (1994).
50. J. Zeng, J. S. Craw, N. S. Hush, and J. R. Reimers, Chem. Phys. Lett., 206, 323 (1993).
51. I. P. Gerothanassis, I. N. Demetropoulos, and C. Vakka, Biopolymers, 36, 415 (1995).
52. I. Tunon, M. T. C. Martinscosta, C. Millot, and M. F. Ruizlopez, Chem. Phys. Lett., 241, 450 (1995).
53. P. Y. Morgantini and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 117, 6057 (1995).