Coexistence of homochiral and heterochiral adenine domains at the liquid/solid interface

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 42, 2007, Pages 12048-12052

  Mamdouh, Wael ^a   Mingdong, Dong ^a   Kelly, Ross E A ^b,c   Kantorovich, Lev N ^b   Besenbacher, Flemming ^a  

^a AARHUS UNIVERSITY   (Denmark)

^b KING'S COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DIMERS; DNA; IMAGING TECHNIQUES; SCANNING TUNNELING MICROSCOPY;

AB INITIO DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT) CALCULATIONS; ADENINE DOMAINS; LIQUID/SOLID INTERFACE; MOLECULE ADENINE (A);

PHYSICAL CHEMISTRY;

EID: 35748943585     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076623h     Document Type: Article

References (81)

1. (a) De Feyter, S.; De Schryver, F. C. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4290, and references therein.
2. (b) Weigert, S.; Busse, C.; Petersen, L.; Rauls, E.; Hammer, B.; Gothelf, K. V.; Besenbacher, F.; Linderoth, T. R. Nat. Mater. 2006, 5, 112.
3. (a) Hofstetter, H.; Cary, J. R.; Eleniste, P. P.; Hertweck, J. K.; Lindstrom, H. J.; Ranieri, D. I.; Smith, G. B.; Undesser, L. P.; Zeleke, J. M.; Zeleke, T. K.; Hofstetter, O. Chirality 2005, 17, S9, and references therein.
4. (b) Levin, M. Mech. Dev. 2005, 122, 3, and references therein.
5. Andersson, T. Clinical Pharmacokinet. 2004, 43, 219.
6. (a) Baiker, A.; Blaser, H. U. In Handbook of Heterogeneous Catalysis; Ertl, G., Knözinger, H., Weitkamp, J., Eds.; VCH: Weinheim, Germany, 1997; Vol. 5, p 2422.
7. (b) Lorenzo, M. O.; Baddeley, C. J.; Muryn, C.; Raval, R. Nature 2000, 404, 376.
8. Verbiest, T.; Elshocht, S. V.; Kauranen, M.; Hellemans, L.; Snauwaert, J.; Nuckolls, C.; Katz, T. J.; Persoons, A. Science 1998, 282, 913.
9. (a) Barth, J. V. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 375.
10. (b) De Feyter, S.; De Schryver, F. C. Chem. Soc. Rev. 2003, 32, 139.
11. Humblot, V.; Barlow, S. M.; Raval, R. Prog. Surf. Sci. 2004, 76, 1, and references therein.
12. (a) Pérez-García, L.; Amabilino, D. B. Chem. Soc. Rev. 2002, 31, 342.
13. (b) Ernst, K.-H. Top. Curr. Chem. 2006, 265, 209.
14. (a) Mamdouh, W.; Uji-i, H.; Dulcey, A. E.; Percec, V.; De Feyter, S.; De Schryver, F. C. Langmuir 2004, 20, 7678.
15. (b) Mamdouh, W.; Uji-i, H.; Gesquière, A.; De Feyter, S.; Amabilino, D. B.; Abdel-Mottaleb, M. M. S.; Veciana, J.; De Schryver, F. C. Langmuir 2004, 20, 9628.
16. (a) Barth, J. V.; Weckesser, J.; Cai, C.; Günter, P.; Bürgi, L.; Jeandupeux, O.; Kern, K. Angew. Chem. 2000, 112, 1285;
17. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 1230.
18. (b) Weckesser, J.; De Vita, A.; Barth, J. V.; Cai, C.; Kern, K. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 096101.
19. (c) Barth, J. V.; Weckesser, J.; Trimarchi, G.; Vladimirova, M.; De Vita, A.; Cai, C.; Brune, H.; Günter, P.; Kern, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7991.
20. (d) Humblot, V.; Haq, S.; Muryn, C.; Hofer, W. A.; Raval, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 503.
21. (e) Chen, Q.; Richardson, N. V. Nat. Mater. 2003, 2, 324.
22. (f) Böhringer, M.; Schneider, W.-D.; Berndt, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 792.
23. (a) Spillmann, H.; Dmitriev, A.; Lin, N.; Messina, P.; Barth, J. V.; Kern, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10725.
24. (b) Dmitriev, A.; Spillmann, H.; Lingenfelder, M.; Lin, N.; Barth, J. V.; Kern, K. Langmuir 2004, 20, 4799.
25. (c) Fasel, R.; Parschau, M.; Ernst, K.-H. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 5178.
26. (d) France, C. B.; Parkinson, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12712.
27. (a) Walba, D. M.; Stevens, F.; Clark, N. A.; Parks, D. C. Acc. Chem. Res. -1996, 29, 591, and references therein.
28. (b) De Feyter, S.; Grim, P. C. M.; Rucker, M.; Vanoppen, P.; Meiners, C.; Sieffert, M.; Valiyaveettil, S.; Müllen, K.; De Schryver, F. C. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 1223.
29. (c) De Feyter, S.; Gesquière, A.; Grim, P. C. M.; De Schryver, F. C.; Valiyaveettil, S.; Meiners, C.; Sieffert, M.; Müllen, K. Langmuir 1999, 15, 2817.
30. (d) Giancarlo, L. G.; Flynn, G. W. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 491, and references therein.
31. (a) Böhringer, M.; Morgenstern, K.; Schneider, W.-D.; Berndt, R. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 821.
32. (b) Böhringer, M.; Morgenstern, K.; Schneider, W.-D.; Berndt, R.; Mauri, F.; Vita, A. D.; Car, R. Phys. Rev. Lett. 1999, 83, 324.
33. (c) Messina, P.; Dmitriev, A.; Lin, N.; Spillmann, H.; Abel, M.; Barth, J. V.; Kern, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14000.
34. (d) Kühnle, A.; Linderoth, T. R.; Hammer, B.; Besenbacher, F. Nature 2002, 415, 891.
35. (e) Jonkheijm, P.; Miura, A.; Zdanowska, M.; Hoeben, F. J. M.; De Feyter, S.; Schenning, A. P. H. J.; De Schryver, F. C.; Meijer, E. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 74.
36. (f) Kühnle, A.; Linderoth, T. R.; Besenbacher, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14680.
37. (a) Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. J. Mater. Chem. 2006, 16, 1894.
38. (b) Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. Surf. Sci. 2005, 589, 139.
39. (c) Perdigão, L. M. A.; Staniec, P. A.; Champness, N. R.; Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N.; Beton, P. H. Phys. Rev. B 2006, 73, 195423.
40. (d) Shinoda, K.; Shinoda, W.; Liew, C. C.; Tsuzuki, S.; Morikawa, Y.; Mikami, M. Surf. Sci. 2004, 556, 109.
41. (a) Kelly, R. E. A.; Lee, Y. J.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11933.
42. (b) Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2249.
43. (c) Kelly, R. E. A.; Lee, Y. J.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22045.
44. (a) Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 2000, 445, 1.
45. (b) Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 1997, 392, L33.
46. (c) Freund, J. E.; Edelwirth, M.; Krobel, P.; Heckl, W. M. Phys. Rev. B 1997, 55, 5394.
47. (d) Sowerby, S. J.; Edelwirth, M.; Heckl, W. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5914.
48. (e) Sowerby, S. J.; Heckl, W. M.; Petersen, G. B. J. Mol. Evol. 1996, 43, 419.
49. (f) Edelwirth, M.; Freund, J.; Sowerby, S. J.; Heckl, W. M. Surf. Sci. 1998, 417, 201.
50. (g) Uchihashi, T.; Okada, T. Phys. Rev. B 1999, 60, 8309.
51. (a) Tao, N. J.; Shi, Z. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1464.
52. (b) Srinivasan, R.; Murphy, J. C. Ultramicroscopy 1992, 42-44, 453.
53. (c) Chen, Q.; Frankel, D. J.; Richardson, N. V. Langmuir 2002, 18, 3219.
54. (d) Dretschkow, Th.; Dakkouri, A. S.; Wandlowski, Th. Langmuir 1997, 13, 2843.
55. (e) Allen, M. J.; Balooch, M.; Subbiah, S.; Tenth, R. J.; Siekhaus, W.; Barlhorn, R. Scanning Microsc. 1991, 5, 625.
56. (a) Otero, R.; Schock, M.; Molina, L. M.; Lægsgaard, E.; Stensgaard, I.; Hammer, B.; Besenbacher, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2270.
57. (b) Heckl, W. M.; Smith, D. P. E.; Binnig, G.; Klagges, H.; Hänsch, T. W.; Maddocks, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 8003.
58. (a) Qian, P.; Nanjo, H.; Yokoyama, T.; Suzuki, T. M. Chem. Lett. 1998, 1133.
59. (b) Fang, H. B.; Giancarlo, L. C.; Flynn, G. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7311.
60. (c) Qian, P.; Nanjo, H.; Yokoyama, T.; Suzuki, T. M.; Akasaka, K.; Orhui, H. Chem. Commun. 2000, 2021.
61. (d) Ohtani, B.; Shintani, A.; Uosaki, K. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6515.
62. (e) Chen, Q.; Frankel, D. J.; Richardson, N. V. Surf. Sci. 2002, 497, 37.
63. (f) Xu, Q.-M.; Wang, D.; Wan, L.-J.; Wang, C.; Bai, C-L.; Feng, G.-Q.; Wang, M.-X. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 3408.
64. (g) Fasel, R.; Parschau, M.; Ernst, K.-H. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 5178.
65. (h) Kühnle, A.; Linderoth, T. R.; Besenbacher, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14680.
66. Image Metrology Home Page, http://www.imagemet.com.
67. Samorí, P.; Engelkamp, H.; de Witte, P.; Rowan, A. E.; Nolte, R. J. M.; Rabe, J. P. Angew. Chem. 2001, 113, 2410;
68. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2348.
69. (a) Ordejon, P.; Artacho, E.; Soler, J. M. Phys. Rev. B 1996, 53, R10441.
70. (b) Soler, J. M.; Artacho, E.; Gale, J. D.; Garcia, A.; Junquera, J.; Ordejon, P.; Sanchez-Portal, D. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, 2745.
71. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
72. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
73. Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 3883.
74. (a) Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
75. (b) Jurecka, P.; Sponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
76. (c) Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
77. (d) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
78. Sowerby, S. J.; Edelwirth, M.; Reiter, M.; Heckl, W. M. Langmuir 1998, 14, 5195.
79. Vidal, F.; Delvigne, E.; Stepanow, S.; Lin, N.; Barth, J. V.; Kern, K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10101.
80. Romer, S.; Behzadi, B.; Fasel, R.; Ernst, K.-H. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 4149.
81. Rankin, R. B.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16764.