Homopairing possibilities of the DNA base thymine and the RNA base uracil: An ab initio density functional theory study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 5, 2006, Pages 2249-2255

  Kelly, R E A ^a   Kantorovich, L N ^a  

^a KING'S COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA REDUCTION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RNA;

HOMOPAIRING; SUPERSTRUCTURES; THYMINE;

DNA;

EID: 33644761198     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055552o     Document Type: Article

References (45)

1. Srinivasan, R.; Murphy, J. C.; Fainehtein, R.; Pattabiraman, N. Ultramicroscopy 1991, 312, 293.
2. Tao, N. J.; DeRose, J. A.; Lindsay, S. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 910.
3. Tao, N. J.; Shi, Z. J. Phys. Chem. 1994, 95, 7422.
4. Tao, N. J.; Shi, Z. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1464.
5. Tanaka, H.; Nakagawa, T.; Kawai, T. Surf. Sci. 1996, 364, L575.
6. Sowerby, S. J.; Heckl, W. M.; Petersen, G. B. J. Mol. Evol. 1996, 43, 419.
7. Sowerby, S. J.; Petersen, G. B. J. Electroanal. Chem. 1997, 433, 85.
8. Nakagawa, T.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 1997, 370, L144.
9. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 1997, 392, L33.
10. Kawai, T.; Tanaka, H.; Nakagawa, T. Surf. Sci. 1997, 386, 124.
11. Freund, J. E.; Edelwirth, M.; Krobel, P.; Heckl, W. M. Phys. Rev. B 1997, 55, 5394.
12. Sowerby, S. J.; Heckl, W. M. Origins Life Evol. Biosphere 1998, 28, 283.
13. Cavallini, M.; Aloisi, G.; Bracali, M.; Guidelli, R. J. Electroanal. Chem. 1998, 444, 75.
14. Sowerby, S. J.; Edelwirth, M.; Heckl, W. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5914.
15. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. Surf. Sci. 2000, 445, 1.
16. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Kawai, T. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3419.
17. Otero, R.; Schöck, M.; Molina, L. M.; Laegsgaard, E.; Stensgaard, I.; Hammer, B.; Besenbacher, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2270.
18. Uchihashi, T.; Okada, T.; Sugawara, Y.; Yokoyama, K.; Morita, S. Phys. Rev. B 1999, 60, 8309.
19. Uchihashi, T.; Ishida, T.; Komiyama, M.; Ashino, M.; Sugawara, Y.; Mizutani, W.; Yokoyama, K.; Morita, S.; Tokumoto, H.; Ishikawa, M. Appl. Surf. Sci. 2000, 157, 244.
20. De Feyter, S.; De Schryver, C. Chem. Soc. Rev. 2003, 32, 139.
21. Furukawa, M.; Tanaka, H.; Sugiura, K.; Sakata, Y.; Kawai, T. Surf. Sci. 2000, 445, L58.
22. Chen, Q.; Frankel, D. J.; Richardson, N. V. Langmuir 2002, 18, 3219.
23. Otero, R.; Schöck, M.; Besenbacher, F. Private communication.
24. Edelwirth, M.; Freund, J.; Sowerby, S. J.; Heckl, W. M. Surf. Sci. 1998, 417, 201.
25. Hobza, P.; Kabelac, M.; Sponer, J.; Mejzlik, P.; Vondrasek, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136.
26. Kelly, R. E. A.; Lee, Y. J.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11933.
27. Kelly, R. E. A.; Lee, Y. J.; Kantorovich, L. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22045.
28. Sowerby, S. J.; Edelwirth, M.; Heckl, W. M. Appl. Phys. A 1998, 66, S649.
29. Kelly, R. E. A.; Kantorovich, L. N. Surf. Sci. 2005, 559, 139.
30. Ordejon, P.; Artacho, E.; Soler, J. M. Phys. Rev. B 1996, 53, R10441.
31. Soler, J. M.; Artacho, E.; Gale, J. D.; Garcia, A.; Junquera, J.; Ordejon, P.; Sanchez-Portal, D. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, 2745.
32. Artacho, E.; Sanchez-Portal, D.; Ordejon, P.; Garci, A.; Soler, J. M. Phys. Status Solidi B 1999, 215, 809.
33. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
34. Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161.
35. Sponer, J.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
36. Preuss, M.; Schmidt, W. G.; Seino, K.; Furthmuller, J.; Bechstedt, F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 112.
37. Shukla, M. K.; Mishra, P. C. Chem. Phys. 1999, 240, 319.
38. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117.
39. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 67, 3.
40. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965.
41. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
42. Kratochvil, M.; Engkvist, O.; Sponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
43. Hobza, P.; Sponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M.; Javier Luque, F. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6286.
44. Hobza, P.; Sandorfy, C. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 1302.
45. Asensio, A.; Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6441.