Quantifying RNA-peptide interaction by single-quantum dot-based nanosensor: An approach for drug screening

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 20, 2007, Pages 7775-7781

  Zhang, Chun Yang ^a   Johnson, Lawrence W ^a  

^a CITY UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SYSTEMS; DRUG PRODUCTS; ENERGY TRANSFER; PEPTIDES; REAL TIME SYSTEMS; RNA; SEMICONDUCTOR QUANTUM DOTS;

DRUG SCREENING; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER (FRET); POTENTIAL INHIBITORS; SINGLE QUANTUM DOT BASED NANOSENSORS;

NANOSENSORS;

PEPTIDE; PROFLAVINE; QUANTUM DOT; REV PROTEIN; RNA;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; DRUG SCREENING; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; IN VITRO STUDY; MEASUREMENT; NANOSENSOR; NONHUMAN; PROTEIN RNA BINDING; QUANTITATIVE ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; VIRUS REPLICATION;

AMINO ACID SEQUENCE; BASE SEQUENCE; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NANOSTRUCTURES; PEPTIDES; PROFLAVINE; QUANTUM DOTS; RNA; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 35448966669     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac071225w     Document Type: Article

References (49)

1. UNAIDS: 2006 report on global AIDS epidemic. Available at http://www.unaids.org.
2. Zapp, M. L.; Stern, S.; Green, M. R. Cell 1993, 74, 969-978.
3. Hendrix, M.; Priestley, E. S.; Joyce, G. F.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3641-3648.
4. Werstuck, G.; Zapp, M. L.; Green, M. R. Chem. Biol. 1996, 3, 129-137.
5. Wang, Y.; Hamasaki, K.; Rando, R. R. Biochemistry 1997, 36, 768-779.
6. Cho, J. H.; Rando, R. R. Biochemistry 1999, 38, 8548-8554.
7. Dejong, E. S.; Chang, C. E.; Gilson, M. K.; Marino, J. P. Biochemistry 2003, 42, 8035-8046.
8. Lacourciere, K. A.; Stivers, J. T.; Marino, J. P. Biochemistry 2000, 39, 5630-5641.
9. Billinton, N.; Knight, A. W. Anal. Biochem. 2001, 291, 175-197.
10. Bruchez, M.; Moronne, M.; Gin, P.; Weiss, S.; Alivisatos, A. P. Science 1998, 281, 2013-2016.
11. Chan, W. C. W.; Nie, S. M. Science 1998, 281, 2016-2018.
12. Alivisatos, A. P. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 47-52.
13. Smith, A. M.; Ruan, G.; Rhyner, M. N.; Nie, S. Ann. Biomed. Eng. 2006, 34, 3-14.
14. Medintz, I. L.; Uyeda, H. T.; Goldman, E.; Mattoussi, H. Nat. Mater. 2005, 4, 437-446.
15. Michalet, X.; Pinaud, F. F.; Bentolila, L. A.; Tsay, J. M.; Doose, S.; Li, J. J.; Sundaresan, G.; Wu, A. M.; Gambhir, S. S.; Weiss, S. Science 2005, 307, 538-544.
16. Medintz, I. L.; Clapp, A. R.; Mattoussi, H. E.; Goldman, R.; Fisher, B. R.; Mauro, J. M. Nat. Mater. 2003, 2, 630-638.
17. Clapp, A. R.; Medintz, I. L.; Mauro, J. M.; Fisher, B. R.; Bawewndi, M. G.; Mattoussi, H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 301-310.
18. Medintz, I. L.; Clapp, A. R.; Brunel, F. M.; Tiefenbrunn, T.; Uyeda, H. T.; Chang, E. L.; Deschamps, J. R.; Dawson, P. E.; Mattoussi, H. Nat. Mater. 2006, 5, 581-589.
19. Hohng, S.; Ha, T. ChemPhysChem 2005, 6, 956-960.
20. Zhou, D.; Piper, J. D.; Abell, C.; Henerman, D.; Kang, D. J.; Yang, L. Chem. Commun. 2005, 4807-4809.
21. Zhang, C. Y.; Yeh, H. C.; Kuroki, M. T.; Wang, T. H. Nat. Mater. 2005, 4, 826-831.
22. Patolsky, F.; Gill, R.; Weizmann, Y.; Mokari, T.; Banin, U.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13918-13919.
23. Bakalova, R.; Zhelev, Z.; Ohba, H.; Baba, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11328-11335.
24. Shi, L.; Paoli, V. D.; Rosenzweig, N.; Rosenzweig, Z. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10378-10379.
25. Shi, L.; Rosenzweig, N.; Rosenzweig, Z. Anal. Chem. 2007, 79, 208-214.
26. Hildebrandt, N.; Charbonniere, L. J.; Beck, M.; Ziessel, R. F.; Loehmannsroeben, H. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 7612-7615.
27. Charbonniere, L. J.; Hildebrandt, N.; Ziessel, R. F.; Lohmannsroben, H. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12800-12809.
28. Kagan, C. R.; Murray, C. B.; Nirmal, M.; Bawendi, M. G. Phys. Rev. Lett. 1996, 26, 1517-1520.
29. Anni, M.; Manna, L.; Cingolani, R.; Valerini, D.; Creti, A.; Lomascolo, M. Appl. Phys. Lett. 2004, 85, 4169-4171.
30. Xu, X. H.; Yeung, E. S. Science 1997, 275, 1106-1109.
31. Yeung, E. S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2004, 55, 97-126.
32. Nie, S.; Zare, R. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 565-594.
33. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683.
34. Myong, S.; Rasnik, I.; Joo, C.; Lohman, T. M.; Ha, T. Nature 2005, 437, 1321-1325.
35. Agrawal, A.; Zhang, C. Y.; Byassee, T.; Tripp, R. A.; Nie, S. M. Anal. Chem. 2006, 78, 1061-1070.
36. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Analyst 2006, 131, 484-488.
37. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Anal. Chem. 2006, 78, 5532-5537.
38. Pons, T.; Medintz, I. L.; Wang, X.; English, D. S.; Mattoussi, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15324-15331.
39. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 3482-3485.
40. Gullen, B. R.; Malim, M. H. Trends Biochem. Sci. 1991, 16, 346-350.
41. Kjems, J.; Frankel, A. D.; Sharp, P. A. Cell 1991, 67, 169-178.
42. Cook, K. S.; Fisk, G. J.; Hauber, J.; Usman, N.; Daly, T. J.; Rusche, J. R. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 1577-1583.
43. Tan, R. Y.; Chen, L.; Buettner, J. A.; Hudson, D.; Frankel, A. D. Cell 1993, 73, 1031-1040.
44. Battiste, J. L.; Mao, H. Y.; Rao, N. S.; Tan, R. Y.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547-1551.
45. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5324-5325.
46. Clapp, A. R.; Medintz, I. L.; Fisher, B. R.; Anderson, G. P.; Mattoussi, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1242-1250.
47. Battiste, J. L.; Mao, H. Y.; Rao, N. S.; Tan, R. Y.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547-1551.
48. Goldman, E. R.; Clapp, A. R.; Anderson, G. P.; Uyeda, H. T.; Mauro, J. M.; Medintz, I. L.; Mattoussi, H. Anal. Chem. 2004, 76, 684-688.
49. Kirk, S. R.; Luedtke, N. W.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 980-981.