Diffusion-limited unbinding of small peptides from pdz domains

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 37, 2007, Pages 11057-11063

  Cecconi, Fabio ^a   De Los Rios, Paolo ^b   Piazza, Francesco ^b  

^a ISC CNR   (Italy)

^b EPFL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLS; CHARACTERIZATION; DISSOCIATION; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTIONS; REACTION KINETICS;

BINDING MOTIFS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHYSIOLOGICAL TEMPERATURES; STRUCTURAL INFORMATION;

PEPTIDES;

EID: 34948852422     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0730390     Document Type: Article

References (39)

1. Fanning, A. S.; Anderson, J. M. J. Clin. Invest. 1999, 103, 767-772.
2. Ullmer, C.; Schmuck, K.; Figge, A.; Labbert, H. FEBS Lett. 1998, 424, 63-68.
3. Pawson, T.; Scott, J. D. Science 1997, 278, 2075-2080.
4. Fan, J. S.; Zhang, M. Neurosignals 2002, 11, 315-321.
5. Bezprozvanny, I.; Maximov, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 787-789.
6. Kachinsky, A. M.; Froehner. S. C.; Milgram, S. L. J. Cell Biol. 1999, 145, 391-402.
7. Faulkner, G.; Pallavicini, A.; Formentin, E.; Comelii, A.; Ievolella, C.; Trevisan, S.; Bortoletto, G.; Scannapieco, P.; Salamon, M.; Mouly, V.; Valle, G.; Lanfranchi, G. J. Cell Biol. 1999, 146, 465-475.
8. Sheng, M.; Sala, C. Annu. Rev. Neurosci. 2001, 24, 1-29.
9. Hung, A. Y.; Sheng, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 5699-5702.
10. Doyle, D. A.; Lee, A.; Lewis, J.; Kim, E.; Sheng, M.; MacKinnon, R. Cell 1996, 85, 1067-1076.
11. Au, Y.; Atkinson, A. R.; Guerrini, R.; Kelly, G.; Joseph, C.; Martin, S. R.; Muskett, F. W.; Pallavicini, A.; Faulkner, G.; Pastore, A. Structure 2004, 12, 611-622.
12. Hillier, B. J.; Christopherson, K. S.; Prehoda, K. E.; Bredt, D. S.; Lim, W. A. Science 1999, 284, 812-815.
13. Fujii, N.; Haresco, J. J.; Novak, K. A.; Kuntz, I. D.; Guy, R. K. MoI. Biol. Cell 2002, 13, 360A.
14. Fujii, N.; Haresco, J. J.; Novak, K. A. P.; Stokoe, D.; Kuntz, I. D.; Guy, R. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12074-12075.
15. Shan, J. F.; Shi, D. L.; Wang, J. M.; Zheng, J. Biochemistry 2005, 44, 15495-15503.
16. Saro, D.; Li, T.; Klosi, E.; Udugamasooriya, G.; Spalier, M. R. Biopolymers 2003, 71, 413-413.
17. Wiedemann, U.; Boisguerin, P.; Leben, R.; Leitner, D.; Krause, G.; Moelling, K.; Volkmer-Engert, R.; Oschkinat, H. J. Mol. Biol. 2004, 343, 703-718.
18. Udugamasooriya, G.; Saro, D.: Spalier, M. R. Org. Lett. 2005, 7, 1203-1206.
19. Stiffler, M. A.; Grantcharova, V. P.; Sevecka, M.; MacBeath, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5913-5922.
20. De Los Rios, P.; Cecconi, F.; Pretre, A.; Dietler, G.; Michielin, O.; Piazza, F.; Juanico, B. Biophys. J. 2005, 89, 14-21.
21. Tama, F.; Sanejouand, Y. H. Protein Eng. Des. Sci. 2001, 14, 1-6.
22. Delarae, M.; Sanejouand, Y. H. J. Mol. Biol. 2002, 320, 1011-1024.
23. Gerstein, M.; Krebs. W. Nucleic Acids Res. 1998, 26. 4280-4290.
24. Madsen, K. L.; Beuming, T.; Niv, M. Y.; Chang. C. W.; Dev, K. K.; Weinstein, H.; Gether, U. J. Biol. Chem. 2005, 280, 20539-20548.
25. Basdevant, N.; Weinstein, H.: Ceruso, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12766-12777.
26. Gianni, S.; Engstrom, A.; Larsson, M.; Calosci, N.; Malatesta, F.; Eklund, L.; Ngang. C. C.; Travaglini-Allocatelli, C.; Jemth. P. J. Biol. Chem. 2005, 280, 34805-34812.
27. Songyang, Z.; Fanning, A. S.; Fu, C.; Xu. J.; Marfatia, S. M.; Chishti, A. H.; Crompton, A.; Chan, A. C.; Anderson. J. M.; Cantley, L. C. Science 1997, 275, 73,-77.
28. Clementi, C.; Nymeyer, H.; Onuchic. J. J. Mol. Biol. 2000, 298, 937-953(17).
29. Levy, Y.; Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 511-516.
30. Cecconi, F.; Micheletti, C.; Carloni, P.; A., M. Proteins: Struct., Fund., Genet. 2001, 43.
31. Gianni, S.; Calosci, N.; Aelen, J. M.; Vuister, G. W.; Brunori, M.; Travaglini-Allocatelli, C. Protein Eng. Des. Sci. 2005, 18, 389-395.
32. Morriss, G. P.; Dettmann, C. P. CHAOS 1998, 8, 321-336.
33. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1988, 61, 2635-2638.
34. Valleau, J. P.; Card, D. N. J. Chem. Phys. 1972, 57, 5457-5462.
35. Gardiner, C. W. Handbook of Stochastic Methods; Springer-Verlag: Berlin, 1985.
36. Mel'nikov, V. I.; Meshkov, S. V. J. Chem. Phys. 1986, 85, 1018-1027.
37. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 317-320.
38. Lockless, S. W.; Ranganathan, R. Science 1999, 286, 295-299.
39. Dima, R. I.; Thirumalai, D. Protein Sci. 2006, 15, 258-268.