Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 32, 2006, Pages 16102-16110

  Fukuzawa, Kaori ^a,b   Mochizuki, Yuji ^b,c,g   Tanaka, Shigenori ^b,d   Kitaura, Kazuo ^b,e   Nakano, Tatsuya ^b,f  

^a MIZUHO INFORMATION AND RESEARCH INSTITUTE   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

^c INSTITUTE OF INDUSTRIAL SCIENCE   (Japan)

^d KOBE UNIVERSITY   (Japan)

^e NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

^f NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH SCIENCES   (Japan)

^g RIKKYO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHARGE TRANSFER; ELECTROSTATICS; HORMONES; HYDROPHOBICITY; VAN DER WAALS FORCES;

AB INITIO FRAGMENT MOLECULAR ORBITAL METHOD; ESTROGEN RECEPTOR (ER); HYDROPHOBIC RESIDUES; MOLECULAR INTERACTIONS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 33748626264     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp060770i     Document Type: Article

References (31)

1. Renaud, J. P.; Moras, D. Cell. Mol. Life Sci. 2000, 57, 1748-1769.
2. Steinmetz, A. C. U.; Renaud, J.-P.; Moras, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 329-359.
3. Nilsson, S.; Kuiper, G.; Gustafsson, J.-Å. Trends Endocrinol Metab. 1998, 9, 387-395.
4. Sonnenschein, C.; Soto, A. M. J. Steroid. Biochem. Mol Biol. 1998, 65, 143-150.
5. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242. The RCSB Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/).
6. Brzozowski, A. M.; Pike, A. C.; Dauter, Z.; Hubbard, R. E.; Bonn, T.; Engström, O.; Öhman, L.; Greene, G. L.; Gustafsson, J.-Å.; Carlquist, M. Nature 1997, 389, 753-758.
7. Herynk, M. H.; Fuqua, S. A. W. Endocr. Rev. 2004, 25, 869-898.
8. Oostenbrink, C.; van Gunsteren, W. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6750-6754.
9. van Lipzig, M. M.; ter Laak, A. M.; Jongejan, A.; Vermeulen, N. P.; Wamelink, M.; Geerke, D.; Meerman, J. H. J. Med. Chem. 2004, 47, 1018-1030.
10. Fukuzawa, K.; Kitaura, K.; Uebayasi, M.; Nakata, K.; Kaminuma, T.; Nakano, T. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1-10.
11. Kitaura, K.; Sawai, T.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 312, 319-324.
12. Kitaura, K.; Ikeo, E.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayasi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701-706.
13. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 614-618.
14. Nakano, T.; Kaminuma, T.; Sato, T.; Fukuzawa, K.; Akiyama, Y.; Uebayasi, M.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 475-480.
15. ABINIT-MP ver 3.0 is available from the website of RSS21 project http://www.rss21.iis.u-tokyo.ac.jp/en.
16. Amari, S.; Aizawa, M.; Zhang, J.; Fukuzawa, K.; Mochizuki, Y.; Iwasawa, Y.; Nakata, K.; Chuman, H.; Nakano, T. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 221-230.
17. Nemoto, T.; Fedorov, D. G.; Uebayasi, M.; Kanazawa, K.; Kitaura, K.; Komeiji, Y. Comput. Biol. Chem. 2005, 29, 434-439.
18. Fukuzawa, K.; Komeiji, Y.; Mochizuki, Y.; Kato, A.; Nakano, T.; Tanaka, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 948-960.
19. Mochizuki, Y.; Nakano, T.; Koikegami, S.; Tanimori, S.; Abe, Y.; Nagashima, U.; Kitaura, K. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 442-452.
20. Mochizuki, Y.; Koikegami, S.; Nakano, T.; Amari, S.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 473-479.
21. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2483-2490.
22. Yamagishi, K.; Yamamoto, K.; Yamada, S.; Tokiwa, H. Chem. Phys. Lett. 2006, 420, 465-468.
23. Yamagishi, K.; Yamamoto, K.; Mochizuki, Y.; Nakano, T.; Yamada, S.; Tokiwa, H., to be published.
24. Mochizuki, Y. Chem. Phys. Lett. 2005, 410, 165-171.
25. Mochizuki, Y.; Fukuzawa, K.; Kato, A.; Tanala, S.; Kitaura, K.; Nakano, T. Chem. Phys. Lett. 2005, 410, 247-253.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
27. BioStation Viewer ver 6.00 is available from the website of RSS21 project http://www.rss21.iis.u-tokyo.ac.jp/en.
28. Jurecka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89-94.
29. Pittner, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2004, 390, 496-499.
30. Vondrasek, J.; Bendova, L.; Klusak, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615-2619.
31. Reed, A. E.; Weinhold. F. J. Chem. Phys. 1983, 78, 4066-4073.