Using molecular dynamics simulations to provide new insights into protein structure on the nanosecond timescale: Comparison with experimental data and biological inferences for the hyaluronan-binding link module of TSG-6

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 1, 2007, Pages 1-16

  Almond, Andrew ^a   Blundell, Charles D ^a,b   Higman, Victoria A ^b   MacKerell Jr , Alexander D ^c   Day, Anthony J ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 34447620778     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct600236q     Document Type: Article

References (58)

1. D'Aquino, J. A.; Freire, E.; Amzel, L. M. Proteins 2000, S4, 93-107.
2. Monecke, P. Biophys. J. 2006, 90, 841-850.
3. Rajamani, D.; Thiel, S.; Vajda, S.; Camacho, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11287-11292.
4. Kimura, S. R.; Brower, R. C.; Vajda, S.; Camacho, C. J. Biophys. J. 2001, 80, 635-642.
5. Wider, G. Biotechniques 2000, 29, 1278-1290.
6. Dauter, Z. Acta Crystallogr. D 2006, 62, 1-11.
7. Furnham, N.; Blundell, T. L.; DePristo, M. A.; Terwilliger, T. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 184-185.
8. Derewenda, Z. S.; Vekilov, P. G. Acta Crystallogr. D 2006, 62, 116-124.
9. Eyal, E.; Gerzon, S.; Potapov, V.; Edelman, M.; Sobolev, V. J. Mol Biol. 2005, 351, 431-442.
10. Schwieters, C. D.; Clore, G. M. J. Biomol. NMR 2002, 23, 221-225.
11. Schröder, G. F.; Alexiev, U.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2005, 89, 3757-3770.
12. Farrow, N. A.; Muhandiram, D. R.; Singer, A. U.; Pascal, S. M.; Kay, C. M.: Gish, G.; Shoelson; S. E.; Pawson, T.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 1994, 33, 5984-6003.
13. Malliavin, T. E. Curr. Org. Chem. 2006, 10, 555-568.
14. Clore. G. M.; Schwieters. C. D. J. Mol. Biol. 2006, 355, 879-886.
15. Nederveen, A. J.; Bonvin, A. J. Chem. Theor. Comp. 2005, 1, 363-374.
16. Camacho, C. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2005, 60, 245-251.
17. Kieseritzky, G.; Morra, G.; Knapp, E. W. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 26-40.
18. Tammi, M. I.; Day, A. J.; Turley, E. A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 4581-4584.
19. Day, A. J.; Prestwich, G. D. J. Biol. Chem. 2002, 277, 4585-4588.
20. Day, A. J.; Sheehan, J. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 77, 617-622.
21. Day, A. J.; de la Motte, C. A. Trends Immunol. 2005, 26, 637-643.
22. Milner, C. M.; Higman, V. A.; Day, A. J. Biochem. Soc. Trans. 2006, 34, 446-50.
23. Milner, C. M.; Day, A. J. J. Cell. Sci. 2003, 116, 1863-73.
24. Kohda, D.; Morton, C. J.; Parkar, A. A.; Hatanaka, H.; Inagaki, F. M.; Campbell, I. D.; Day, A. J. Cell 1996, 86, 767-75.
25. Mahoney, D. J.; Blundell, C. D.; Day, A. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 22764-71.
26. Blundell, C. D.; Mahoney, D. J.; Almond, A.; DeAngelis, P. L.; Kahmann, J. D.; Teriete, P.; Pickford, A. R.; Campbell, I. D.; Day, A. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 49261-70.
27. Mahoney, D. J.; Mulloy, B.; Forster, M. J.; Blundell, C. D.; Fries, E.; Milner, C. M.; Day, A. J. J. Biol. Chem. 2005, 280, 27044-27055.
28. Almond, A.; Brass, A.; Sheehan, J. K. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1425-1437.
29. Almond, A.; DeAngelis, P. L.; Blundell, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1086-1087.
30. Mulloy, B.; Forster, M. J. Glycobiology 2000, 10, 1147-56.
31. Verli, H.; Guimaraes, J. A. Carbohydr. Res. 2004, 339, 281- 90.
32. Blundell, C. D.; Almond, A.; Mahoney, D. J.; DeAngelis, P. L.; Campbell, I. D.; Day, A. J. J. Biol. Chem. 2005, 280, 18189-201.
33. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
34. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
35. Buck, M.; Bonnet, S.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. Biophys. J. 2006, 90, L36-L38.
36. Jorgensen, W. L.; Chandasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
37. Tsodikov, O. V.; Record, M. T., Jr.; Sergeev, Y. V. J. Comput. Chem. 2002, 23, 600-609.
38. Vendruscolo, M.; Paci, E.; Dobson, C. M.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15686-7.
39. Best, R. B.; Vendruscolo, M. Structure 2006, 14, 97-106.
40. Englander, S. W.; Sosnick, T. R.; Englander, J. J.; Mayne, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 18-23.
41. Blundell, C. D.; Deangelis, P. L.; Almond, A. Biochem. J. 2006, 396, 487-98.
42. Andersen, N. H.; Neidigh, J. W.; Harris, S. M.; Lee, G. M.; Liu, Z. H.; Tong, H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8547-8561.
43. Cierpicki, T.; Otlewski, J. J. Mol. Biol. 2000, 302, 1179-1192.
44. Tropp, J. J. Chem. Phys. 1980, 72, 6035-6043.
45. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559.
46. Brüschweiler, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 175-83.
47. Brüschweiler, R.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11199-11200.
48. Zagrovic, B.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2006, 63, 210-218.
49. Farrow, N. A.; Zhang, O.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 1997, 36, 2390-402.
50. Krishnan, V. V.; Cosman, M. J. Biomol. NMR 1998, 12, 177-182.
51. Kahmann, J. D.; O'Brien, R.; Werner, J. M.; Heinegard, D.; Ladbury, J. E.; Campbell, I. D.; Day, A. J. Struct. Fold. Des. 2000, 8, 763-774.
52. Guo, G. J.; Zhang, Y. G. Mol. Phys. 2001, 99, 283-289.
53. Smith, P. E.; Vangunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 315-318.
54. Lamoureux, G.; Harder, E.; Vorobyov, I. V.; Roux, B.; MacKerell, A. D., Jr. Chem. Phys. Lett. 2006, 418, 245-249.
55. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698-9.
56. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415.
57. Peti, W.; Meiler, J.; Bruschweiler, R.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5822-33.
58. Rosen, M.; Gardner, K.; Willis, R.; Parris, W.; Pawson, T.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 627-636.