Hydrogen-abstracted adenine-thymine radicals with interesting transferable properties

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 19, 2007, Pages 5525-5530

  Lind, Maria C ^a   Richardson, Nancy A ^a   Wheeler, Steven E ^a   Schaefer III, Henry F ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOHYDRATES; CONFORMATIONS; DISSOCIATION; DNA; FREE RADICALS; HYDROGEN BONDS;

ADENINE; BASE PAIR; BOND DISSOCIATION; THYMINE;

NITROGEN COMPOUNDS;

EID: 34249806730     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0714926     Document Type: Article

References (64)

1. Swiderek, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4056-4059.
2. Boudaiffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche, L. Science 2000, 287, 1658-1660.
3. Ban, F. Q.; Lundqvist, M. J.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2753-2761.
4. Bixon, M.; Jortner, J. Chem. Phys. 2005, 319, 273-282.
5. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Lewis, F. D.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A.; Siebbeles, L. D. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14894-14903.
6. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 260-268.
7. Volobuyev, M.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1048-1054.
8. Sanche, L. Eur. Phys. J. D 2005, 35, 367-390.
9. Pan, X.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 208102.
10. Vilenchik, M. M.; Knudson, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12871-12876.
11. Barrios, R.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7991-7994.
12. Berdys, J.; Anusiewicz, I.; Skurski, P.; Simons, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6441-6447.
13. Bald, I.; Kopyra, J.; Illenberger, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4851-4855.
14. Liu, B.; Hvelplund, P.; Nielsen, S. B.; Tomita, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4175-4179.
15. Abdoul-Carime, H.; Langer, J.; Huels, M. A.; Illenberger, E. Eur. Phys. J. D 2005, 35, 399-404.
16. Denifl, S.; Ptasinska, S.; Probst, M.; Hrusak, J.; Scheier, P.; Mark, T. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6562-6569.
17. Abdoul-Carime, H.; Gohlke, S.; Illenberger, E. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 168103.
18. Li, X. F.; Sevilla, M. D.; Sanche, L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19013-19019.
19. Li, X. F.; Sanche, L.; Sevilla, M. D. Radiat. Res. 2006, 165, 721-729.
20. Ptasinska, S.; Denifl, S.; Scheier, P.; Illenberger, E.; Mark, T. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 6941-6943.
21. Hong, I. S.; Greenberg, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3692-3693.
22. Hong, I. S.; Ding, H.; Greenberg, M. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 485-491.
23. Bao, X. G.; Wang, J.; Ou, J. D.; Leszczynski, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5658-5663.
24. Ou, J. D.; Wang, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9322-9323.
25. Jalbout, A. F.; Smets, J.; Adamowicz, L. Chem. Phys. 2001, 273, 51-58.
26. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchev, P. N.; & Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4023-4028.
27. Evangelista, F. A.; Paul, A.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3565-3571.
28. Profeta, L. T. M.; Larkin, J. D.; Schaefer, H. F. Mol. Phys. 2003, 101, 3277-3284. Note that there are two errors in Table 4 of this paper. In the second row, the first and last entries should be 3.56 and 3.75 eV.
29. Luo, Q.; Li, J.; Li, Q. S.; Kim, S.; Wheeler, S. E.; Xie, Y. M.; Schaefer, H. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 861-865.
30. Wolken, J. K.; Syrstad, E. A.; Vivekananda, S.; Turecek, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5804-5805.
31. Ptasinska, S.; Denifl, S.; Mroz, B.; Probst, M.; Grill, V.; Illenberger, E.; Scheier, P.; Märk, T. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 124302.
32. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10163-10170.
33. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 848-853.
34. Bera, P. P.; Schaefer, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6698-6703.
35. Lind, M. C.; Bera, P. P.; Richardson, N. A.; Wheeler, S. E.; Schaefer, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7554-7559.
36. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
37. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
38. Huzinaga, S. J. Chem. Phys. 1965, 42, 1293-1302.
39. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1970, 53, 2823-2833.
40. Lee, T. J.; Schaefer, H. F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1784-1794.
41. Shao, Y.; Molnar, L. F.; Jung, Y.; Kussmann, J.; Ochsenfeld, C.; Brown, S. T.; Gilbert, A. T. B.; Slipchenko, L. V.; Levchenko, S. V.; O'Neill, D. P.; DiStasio, R. A.; Lochan, R. C.; Wang, T.; Beran, G. J. O.; Besley, N. A.; Herbert, J. M.; Lin, C. Y.; Van Voorhis, T.; Chien, S. H.; Sodt, A.; Steele, R. P.; Rassolov, V. A.; Maslen, P. E.; Korambath, P. P.; Adamson, R. D.; Austin, B.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Dachsel, H.; Doerksen, R. J.; Dreuw, A.; Dunietz, B. D.; Dutoi, A. D.; Furlani, T. R.; Gwaltney, S. R.; Heyden, A.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Kedziora, G.; Khalliulin, R. Z.; Klunzinger, P.; Lee, A. M.; Lee, M. S.; Liang, W.; Lotan, I.; Nair, N.; Peters, B.; Proynov, E. I.; Pieniazek, P. A.; Rhee, Y. M.; Ritchie, J.; Rosta, E.; Sherrill, C. D.; Simmonett, A. C.; Subotnik, J. E.; Woodcock, H. L.; Zhang, W.; Bell, A. T.; Chakraborty, A. K.; Chipman, D. M.; Keil, F. J.; Warshel, A.; Hehre, W. J.; Schaefer, H. F.; Kong, J.; Krylov, A. I.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3172-3191.
42. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10602-10614.
43. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5369-5377.
44. Nir, E.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Nature 2000, 408, 949-951.
45. Chatgilialoglu, C.; Guerra, M.; Mulazzani, Q. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3839-3848.
46. Plutzer, C.; Hunig, I.; Kleinermanns, K.; Nir, E.; de Vries, M. S. ChemPhysChem. 2003, 4, 838-842.
47. Yang, X.; Wang, X. B.; Vorpagel, E. R.; Wang, L. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17588-17592.
48. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B. Chem. Rev. 2004, 104, 1977-2019.
49. Chatgilialoglu, C.; Duca, M.; Ferreri, C.; Guerra, M.; Ioele, M.; Mulazzani, Q. G.; Strittmatter, H.; Giese, B. Chem. - Eur. J. 2004, 10, 1249-1255.
50. Abo-Riziq, A.; Grace, L.; Nir, E.; Kabelac, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 20-23.
51. Ptasinska, S.; Denifl, S.; Grill, V.; Mark, T. D.; Scheier, P.; Gohlke, S.; Huels, M. A.; Illenberger, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1647-1650.
52. Jochims, H. W.; Schwell, M.; Baumgartel, H.; Leach, S. Chem. Phys. 2005, 314, 263-282.
53. Abo-Riziq, A.; Crews, B.; Grace, L.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2374-2375.
54. Radisic, D.; Bowen, K. H.; Dabkowska, I.; Storoniak, P.; Rak, J.; Gutowski, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6443-6450.
55. Schneider, M.; Maksimenka, R.; Buback, P. J.; Kitsopoulos, T.; Lago, L. R.; Fischer, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 3017-3021.
56. Huber, D.; Beikircher, M.; Denifl, S.; Zappa, F.; Matejcik, S.; Bacher, A.; Grill, V.; Märk, T. D.; Scheier, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084304.
57. Satzger, H.; Townsend, D.; Zgierski, M. Z.; Patchkovskii, S.; Ullrich, S.; Stolow, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 10196-10201.
58. Denifl, S.; Zappa, F.; Mahr, I.; Lecointre, J.; Probst, M.; Märk, T. D.; Scheier, P. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 043201.
59. Pratviel, G.; Meunier, B. Chem. - Eur. J. 2006, 12, 6018-6030.
60. Russo, M.; Jimenez, L. B.; Mulazzani, Q. G.; D'Angelantonio, M.; Guerra, M.; Miranda, M. A.; Chatgilialoglu, C. Chem. - Eur. J. 2006, 12, 7684-7693.
61. Ptasinska, S.; Denifl, S.; Gohlke, S.; Scheier, P.; Illenberger, E.; Mark, T. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1893-1896.
62. Colson, A. O.; Besler, B.; Close, D. M.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 661-668.
63. Chatgilialoglu, C.; Caminal, C.; Altieri, A.; Vougioukalakis, G. C.; Mulazzani, Q. G.; Gimisis, T.; Guerra, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13796-13805.
64. Wheeler, S. E. HFSMOL, 2005.