Theoretical investigation of adenine radicals generated in irradiated DNA components

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 51, 1998, Pages 10602-10614

  Wetmore, Stacey D ^a   Boyd, Russell J ^a   Eriksson, Leif A ^b  

^a DALHOUSIE UNIVERSITY   (Canada)

^b UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000452652     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp982417l     Document Type: Article

References (51)

1. Dizdaroglu, M.; Gajewski, E.; Reddy, P.; Margolis, S. A. Biochemistry 1989, 28, 3625.
2. Olinski, R.; Briggs, R. C.; Hnilica, L. S.; Stein, J.; Stein, G. Radiat. Res. 1981, 86, 102.
3. Gajewski, E.; Dizdaroglu, M. Biochemistry 1990, 29, 977.
4. Prakash Rao, P. J.; Bothe, E.; Schulte-Frohlinde, D. Int. J. Radiat. Biol. 1992, 61, 577.
5. Close, D. M. Radiat. Res. 1993, 135, 1.
6. Miaskiewicz, K.; Osman, R. J. Am Chem. Soc. 1994, 116, 232.
7. Colson, A.-O.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3867.
8. Feller, D.; Glendening, E. D.; McCullough, E. A., Jr.; Miller, R. J. J. Chem. Phys. 1993, 99, 2829.
9. Wetmore, S. D.; Himo, F.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7484.
10. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5369.
11. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1991, 102, 7674.
12. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9332.
13. The original three-parameter hybrid suggested by Becke can be found in the following: Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372. A slightly modified form implemented in the Gaussian programs can be found in the following: Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chablowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
14. The original three-parameter hybrid suggested by Becke can be found in the following: Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372. A slightly modified form implemented in the Gaussian programs can be found in the following: Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chablowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
15. Lee, C. Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
16. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
17. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
18. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
19. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
20. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
21. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
22. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
23. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
24. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
25. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewske, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C. Pople, J. A. Gaussian 94; revision B.2; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
26. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1986, 33, 8800.
27. (a) Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
28. (b) Perdew, J. P. phys. Rev. B 1986, 34, 7406.
29. St-Amant, A.; Salahub, D. R. Chem. Phys. Lett. 1990, 169, 387. St-Amant, A. Ph.D. Thesis, Université de Montréal, 1991. Salahub, D. R.; Fournier, R.; Mlynarski, P.; Papai, I.; St-Amant, A.; Ushio, J. In Density Functional Methods in Chemistry; Labanowski, J., Andzelm, J., Eds.; Springer: New York, 1991.
30. St-Amant, A.; Salahub, D. R. Chem. Phys. Lett. 1990, 169, 387. St-Amant, A. Ph.D. Thesis, Université de Montréal, 1991. Salahub, D. R.; Fournier, R.; Mlynarski, P.; Papai, I.; St-Amant, A.; Ushio, J. In Density Functional Methods in Chemistry; Labanowski, J., Andzelm, J., Eds.; Springer: New York, 1991.
31. St-Amant, A.; Salahub, D. R. Chem. Phys. Lett. 1990, 169, 387. St-Amant, A. Ph.D. Thesis, Université de Montréal, 1991. Salahub, D. R.; Fournier, R.; Mlynarski, P.; Papai, I.; St-Amant, A.; Ushio, J. In Density Functional Methods in Chemistry; Labanowski, J., Andzelm, J., Eds.; Springer: New York, 1991.
32. Malkin, V. G.; Malkina, O. L.; Eriksson, L. A.; Salahub, D. R. In Modern Density Functional Theory, A Tool for Chemistry, Seminario, J. M., Politzer, P., Eds.; Elsevier: New York, 1995.
33. Engels, B.; Eriksson, L. A.; Lunell, S. Adv. Quantum Chem. 1997, 27, 297.
34. Nelson, W. H.; Sagstuen, E.; Hole, E O.; Close, D. M. Radiat. Res. 1998, 149, 75.
35. Colson, A. O.; Sevilla, M. D. Int. J. Radiat. Biol. 1995, 67, 627.
36. Sevilla, M. D.; Besler, B.; Colson, A. O. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1060.
37. Orlov, V. M.; Smirnov, A. N.; Varsbavsky, Y. M. Tetrahedron Lett. 1976, 48, 4377.
38. Nelson, W. H.; Sagstuen, E.; Hole, E. O.; Close, D. M. Radiat. Res. 1992, 131, 272.
39. Close, D. M.; Nelson, W. H. Radiat. Res. 1989, 117, 367.
40. Close, D. M.; Nelson, W. H.; Sagstuen, E.; Hole, E. O. Radiat. Res. 1994, 137, 300.
41. Kar, L.; Bernhard, W. A. Radiat. Res. 1983, 93, 232.
42. Hole, E. O.; Sagstuen, E.; Nelson, W. H.; Close, D. M. Radiat. Res. 1995, 144, 258.
43. Zehner, H.; Westhof, E.; Flossmann, W.; Müller, A. Z. Naturforsch. 1977, 32C, 1.
44. Lichter, J. J.; Gordy, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 60, 450.
45. Zehner, H.; Flossmann, W.; Westhof, E. Z. Naturforsch. 1976, 31C, 225.
46. Colson, A. O.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4420.
47. Hole, E. O.; Sagstuen, E.; Nelson, W. H.; Close, D. M. Radiat. Res. 1991, 125, 119.
48. Hole, E. O.; Sagstuen, E.; Nelson, W. H.; Close, D. M. Radiat. Res. 1992, 129, 1.
49. Gregoli, S.; Olast, M.; Bertinchamps, A. Radiat. Res. 1974, 60, 388.
50. Box, H. C.; Budzinski, E. E. J. Chem. Phys. 1976, 64, 1593.
51. Sagstuen, E.; Hole, E. O.; Nelson, W. H.; Close, D. M. Radiat. Res. 1996, 146, 425.