Understanding the electon paramagnetic resonance parameters of protein-bound glycyl radicals

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 4, 2007, Pages 820-831

  Kacprzak, Sylwia ^a   Reviakine, Roman ^a   Kaupp, Martin ^a  

^a UNIVERSITY OF WÜRZBURG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANISOTROPY; COMPUTATIONAL METHODS; HAMILTONIANS; OPTIMIZATION; PARAMAGNETIC RESONANCE; QUANTUM THEORY;

ELECTRONIC G-TENSORS; GLYCYL RADICALS; MAGNETIC VECTOR POTENTIAL; SPIN DENSITY DISTRIBUTIONS;

ENZYMES;

EID: 33847034793     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0674571     Document Type: Article

References (60)

1. Kacprzak, S.; Reviakine, R.; Kaupp, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 811. Published online Dec 2, http://dx.doi.org/10.1021/ jp0660379.
2. Carpenter, G. B.; Donohue, J. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 2315.
3. Saxebøl, G.; Melø, T. B.; Henriksen, T. Radiat. Res. 1972, 51, 31.
4. Miyagawa, I.; Kurita, Y.; Gordy, W. J. Chem. Phys. 1960, 33, 1599.
5. Sun, X.; Ollagnier, S.; Schmidt, P. P.; Atta, M.; Mulliez, E.; Lepape, L.; Eliasson, R.; Gräslund, A.; Fontecave, M.; Reichard, P.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 6827.
6. Young, P.; Andersson, J.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20770.
7. Mulliez, E.; Fontecave, M.; Gaillard, J.; Reichard, P. J. Biol. Chem. 1993, 268, 2296.
8. Wagner, V. A. F.; Frey, M.; Neugebauer, F. A.; Schäfer, W.; Knappe, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 996.
9. Krieger, C. J.; Roseboom, W.; Albracht, S. P. J.; Spormann, A. M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 12924.
10. Andrei, P. I.; Pierik, A. J.; Zauner, S.; Andrei-Selmer, L. C.; Selmer, T. Em. J. Biochem. 2004, 271, 2225.
11. Selmer, T.; Andrei, P. I. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 1363.
12. Buis, J. M.; Broderick, J. B. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 288.
13. Lehtio, L.; Gunter Grossmann, J.; Kokona, B.; Fairman, R.; Goldman, A. J. Mol. Biol. 2006, 357, 221.
14. O'Brien, J. R.; Raynaud, C.; Croux, C.; Girbal, L.; Soucaille, P.; Lanzilotta, W. N. Biochemistry 2004, 43, 4635.
15. Duboc-Toia, C.; Hassan, A. K.; Mulliez, E.; Ollagnier-de Choudens, S.; Fontecave, M.; Leutwein, C.; Heider, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 38.
16. Becker, A.; Fritz-Wolf, K.; Kabsch, W.; Knappe, J.; Schultz, S.; Wagner, A. F. V. Nat. Struct. Mol. Biol. 1999, 6, 969.
17. Becker, A.; Kabsch, W. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40036.
18. Logan, D. T.; Andersson, J.; Sjözberg, B.-M.; Nordlund, P. Science 1999, 283, 1499.
19. Barone, V.; Adamo, C.; Grand, A.; Brunel, Y.; Fontecave, M.; Subra, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1083.
20. Barone, V.; Adamo, C.; Grand, A.; Jolibois, F.; Brunel, Y.; Subra, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12618.
21. Rega, N.; Cossi, M.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12962.
22. Owen, M. C.; Komaromi, I.; Murphy, R. F.; Lovas, S. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2006, 759, 117.
23. Ciofini, I.; Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6710.
24. Himo, F.; Eriksson, L. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 305.
25. Un, S. Magn. Reson. Chem. 2005, 43, S229.
26. Himo, F. Chem. Phys. Lett. 2000, 328, 270.
27. Himo, F.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Rev. 2003, 103, 2421.
28. Amodeo, P.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9085.
29. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
30. Ahlrichs, R.; von Arnim, M. In Methods and Techniques in Computational Chemistry; Clementi, E., Corongiu, G., Eds.; Club Europeen MOTECC, 1995; Chapter 13, pp 509.
31. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
32. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
33. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
34. Godbout, N.; Salahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can. J. Chem. 1992, 70, 560.
35. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
36. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
37. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829.
38. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652.
39. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119.
40. Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331.
41. Weigend, F.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; T. V.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Orti, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; R. C., Ed.; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
43. Malkina, O. L.; Vaara, J.; Schimmelpfennig, B.; Munzarova, M.; Malkin, V. G.; Kaupp, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9206.
44. Kaupp, M.; Reviakine, R.; Malkina, O. L.; Arbuznikòv, A.; Schimmelpfennig, B.; Malkin, V. G. J. Comput. Chem. 2002, 23, 794.
45. Malkin, V. G.; Malkina, O. L.; Reviakine, R.; Arbuzniköv, A. V.; Kaupp, M.; Schimmelpfennig, B.; Malkin, I.; Helgaker, T.; Ruud, K. MAGReSpect, version 1.1, 2003.
46. Kaupp, M.; Remenyi, C.; Vaara, J.; Malkina, O. L.; Malkin, V. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2709.
47. Ciofini, I.; Reviakine, R.; Arbuznikov, A.; Kaupp, M. Theor. Chem. Ace. 2004, 111, 132.
48. Kacprzak, S.; Kaupp, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2464.
49. Kaupp, M.; Gress, T.; Reviakine, R.; Malkina, O. L.; Malkin, V. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 331.
50. Kacprzak, S.; Kaupp, M.; MacMillan, F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5659.
51. Kaupp, M. Progr. Theor. Chem. Phys. 2003, 10, 267.
52. Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789.
53. Wolinski, K.; Hinton, J. F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8251.
54. Barone, V. In Recent Advances in Density Functional Methods', Chong, D. P., Ed.; World Scientific Publ. Co.: Singapore, 1996; Vol. Part I.
55. Hess, B. A.; Marian, C. M.; Wahlgren, U.; Gropen, O. Chem. Phys. Lett. 1996, 257, 365.
56. Schimmelpfennig, B. Atomic Spin-Orbit Mean-Field Integral Program, Stockholms Universitet: Stockholm, Sweden, 1996.
57. Kaupp, M. Biochemistry 2002, 41, 2895.
58. Asher, J. R.; Doltsinis, N. L.; Kaupp, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9854.
59. Duboc-Toia, C. personal communication.
60. Patchkovskii, S.; Strong, R. T.; Pickard, C. J.; Un, S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 214101.