Understanding the EPR parameters of glycine-derived radicals: The case of N-acetylglycyl in the N-acetylglycine single-crystal environment

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 4, 2007, Pages 811-819

  Kacprzak, Sylwia ^a   Reviakine, Roman ^a   Kaupp, Martin ^a  

^a UNIVERSITY OF WÜRZBURG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN BONDS; PARAMAGNETIC RESONANCE; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY; SINGLE CRYSTALS; TENSORS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; MAGNETIC VECTOR POTENTIAL; SPIN DENSITY DISTRIBUTION;

PROTEINS;

EID: 33847055492     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0660379     Document Type: Article

References (64)

1. Sjöberg, B.-M.; Reichard, P.; Gräslund, A.; Ehrenberg, A. J. Biol. Chem. 1977, 252, 536-541.
2. Stubbe, J.; van der Donk, W. A. Chemical Reviews (Washington, D. C.) 1998, 98, 705-762.
3. Sun, X.; Ollagnier, S.; Schmidt, P. P.; Atta, M.; Mulliez, E.; Lepape, L.; Eliasson, R.; Gräslund, A.; Fontecave, M.; Reichard, P.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem, 1996, 271, 6827-6831.
4. Young, P.; Andersson, J.; Sahlin, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1996, 277, 20770-20775.
5. Mulliez, E.; Fontecave, M.; Gaillard, J.; Reichard, P. J. Biol. Chem. 1993, 268, 2296-2299.
6. Wagner, V. A. F.; Frey, M.; Neugebauer, F. A.; Schäfer, W.; Knappe, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 996-1000.
7. Krieger, C. J.; Roseboom, W.; Albracht, S. P. J.; Spormann, A. M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 12924-12927.
8. Andrei, P. I.; Pierik, A. J.; Zauner, S.; Andrei-Selmer, L. C.; Selmer, T. Eur. J. Biochem. 2004, 271, 2225-2230.
9. Lehtio, L.; Gunter Grossmann, J.; Kokona, B.; Fairman, R.; Goldman, A. J. Mol. Biol. 2006, 357, 221-235.
10. Buis, J. M.; Broderick, J. B. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 288-296.
11. Selmer, T.; Andrei, P. I. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 1363-1372.
12. Duboc-Toia, C.; Hassan, A. K.; Mulliez, E.; Ollagnier-de CBoudens, S.; Fontecave, M.; Leutwein, C.; Heider, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 38-39.
13. Kacprzak, S.; Reviakine, R.; Kaupp, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 820-831.
14. Saxebøl, G.; Melø, T. B.; Henriksen, T. Radiat. Res. 1972, 51, 31-44.
15. Miyagawa, I.; Kurita, Y.; Gordy, W. J. Chem. Phys. 1960, 33, 1599-1603.
16. Carpenter, G. B.; Donohue, J. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 2315-2328.
17. Barone, V.; Adamo, C.; Grand, A.; Brunei, Y.; Fontecave, M.; Subra, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1083-1089.
18. Barone, V.; Adamo, C.; Grand, A.; Jolibois, F.; Brunel, Y.; Subra, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12618-12624.
19. Rega, N.; Cossi, M.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12962-12967.
20. Himo, F.; Eriksson, L. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 305-308.
21. Ciofmi, I.; Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6710-6718.
22. Un, S. Magn. Reson. Chem. 2005, 43, S229-S236.
23. Kacprzak, S.; Kaupp, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 2464-2469.
24. Kaupp, M. Biochemistry 2002, 41, 2895-2900.
25. Kaupp, M.; Gress, T.; Reviakine, R.; Malkina, O. L.; Malkin, V. G. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 331-337.
26. Kaupp, M.; Remenyi, C.; Vaara, J.; Malkina, O. L.; Malkin, V. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2709-2722.
27. Kaupp, M. Prog. Theor. Chem. Phys. 2003, 10, 267-302.
28. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E. Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Jr. T. V. Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J. Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N. Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K. Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O. Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B. Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E. Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J. Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O. Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Orti, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B. Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A. Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W. Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2004.
29. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
30. Ahlrichs, R.; von Arnim, M. In Methods and Techniques in Computational Chemistry, chapter 13; Clementi, E., Corongiu, G., Eds.; Club Europeen MOTECC: Cagliari, Italy, 1995; pp 509.
31. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
32. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
33. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200-206.
34. Godbout, N.; Salahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can. J. Chem. 1992, 70, 560-571.
35. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
36. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824.
37. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835.
38. Eichkorn, K.; Treutier, O.; Öhm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652-660.
39. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutier, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119-124.
40. Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331-340.
41. Weigend, F.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143-152.
42. Malkina, O. L.; Vaara, J.; Schimmelpfennig, B.; Munzarova, M.; Malkin, V. G.; Kaupp, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9206-9218.
43. Kaupp, M.; Reviakine, R.; Malkina, O. L.; Arbuznikov, A.; Schimmelpfennig, B.; Malkin, V. G. J. Comput. Chem. 2002, 23, 794-803.
44. Malkin, V. G.; Malkina, O. L.; Reviakine, R.; Arbuznikov, A. V.; Kaupp, M.; Schimmelpfennig, B.; Malkin, I.; Helgaker, T.; Ruud, K. MAG-ReSpect, version 1.2; 2003.
45. Ciofini, I.; Reviakine, R.; Arbuznikov, A.; Kaupp, M. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 132-140.
46. Kacprzak, S.; Kaupp, M.; Macmillan: F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5659-5611.
47. Barone, V. In Recent Advances in Density Functional Methods; Chong, D. P., Ed.; World Scientific Publ. Co.: Singapore, 1996; Vol. Part I.
48. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650-654.
49. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294-301.
50. Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. Chem. Phys. Lett. 1992, 197, 499-505.
51. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265-3269.
52. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023.
53. Kaupp, M., Bühl, M., Malkin, V. G., Eds.; Calculation of NMR AND EPR Parameters: Theory and Applications; John Wiley and Sons: Weinheim, Germany, 2004; 603 pp.
54. Ditchfield, R. Mol. Phys. 1974, 27, 789-807.
55. Wolinski, K.; Hinton, J. F.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8251-8260.
56. Hess, B. A.; Marian, C. M.; Wahlgren, U.; Gropen, O. Chem. Phys. Lett. 1996, 251, 365-371.
57. Schimmelpfennig, B. Atomic Spin-Orbit Mean-Field Integral Program, Stockholms Universitet: Stockholm, Sweden, 1996.
58. Koseki, S.; Schmidt, M. W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1992, 96, 10768-10772.
59. Asher, J. R.; Doltsinis, N. L.; Kaupp, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9854-9861.
60. Asher, J. R.; Doltsinis, N. L.; Kaupp, M. Magn. Reson. Chem. 2005, 43, S237-S247.
61. Engström, M.; Vahtras, O.; Ågren, H. Chem. Phys. 1999, 243, 263-271.
62. Engström, M.; Vaara, J.; Schimmelpfennig, B.; Åagren, H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12354-12360.
63. Patchkovskii, S.; Strong, R. T.; Pickard, C. J.; Un, S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 214101-214109.
64. Chacko, V. P.; McDowell, C. A.; Singh, B. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5228-5233.