Three-dimensional structure of HIV-1 VIF constructed by comparative modeling and the function characterization analyzed by molecular dynamics simulation

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 5, Issue 4, 2007, Pages 617-626

  Lv, Wei ^a   Liu, Zhenming ^a   Jin, Hongwei ^a   Yu, Xianghui ^b   Zhang, Liangren ^a   Zhang, Lihe ^a  

^a PEKING UNIVERSITY HEALTH SCIENCE CENTER   (China)

^b JILIN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; INFORMATION ANALYSIS; MATHEMATICAL MODELS; PROTEINS;

COMPARATIVE MODELING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; THERAPEUTIC STRATEGY; VIRAL INFECTIVITY;

MOLECULAR DYNAMICS;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 33846973677     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b612050d     Document Type: Article

References (55)

1. D. Trono Cell 1995 82 189 192
2. M. Emerman M. H. Malim Science 1998 280 1880 1884
3. N. Madani D. Kabat J. Virol. 1998 72 10251 10255
4. D. H. Gabuzda K. Lawrence E. Langhoff E. Terwilliger T. Dorfman W. A. Haseltine J. Sodroski J. Virol. 1992 66 6489 6495
5. H. M. S. James C. G. Nathan A. M. F. Ron H. M. Michael Nat. Med. 1998 4 1397 1400
6. M. S. Ann C. G. Nathan D. C. Jonathan H. M. Michael Nature 2002 418 646 650
7. M. R. Kristaine M. Mariana L. K. Susan K. David Trends Mol. Med. 2004 10 292 297
8. B. Lea K. Moshe Curr. Med. Chem. 2003 11 221 231
9. A. Jarmuz A. Chester J. Bayliss J. Gisbourne I. Dunham J. Scott N. Navaratnam Genomics 2002 79 285 296
10. N. B. Kate K. H. Rebecca M. S. Ann O. D. Nicholas C. Soo-Jin H. M. Michael Curr. Biol. 2004 14 1392 1396
11. P. Phuong B. Ronda F. G. Myron Biochemistry 2005 44 2703 2715
12. R. Mariani D. Chen B. Schröfelbauer F. Navarro R. König B. Bollman C. Münk H. Nymark-McMahon N. R. Landau Cell 2003 114 21 31
13. D. Lecossier F. Bouchonnet F. Clavel A. J. Hance Science 2003 300 1112
14. M. Bastien T. Priscilla C. Gersende F. Marc P. Luc T. Didier Nature 2003 424 99 103
15. H. Zhang B. Yang R. J. Pomerantz C. Zhang S. C. Arunachalam L. Gao Nature 2003 424 94 98
16. K. Shindo A. Takaori-Kondo M. Kobayashi A. Abudu K. Fukunaga T. Uchiyama J. Biol. Chem. 2003 278 44412 44416
17. K. Stopak C. de Noronha W. Yonemoto W. C. Greene Mol. Cell 2003 12 591 601
18. M. Mariana M. R. Kristine L. K. Susan K. David Nat. Med. 2003 9 1398 1403
19. A. M. Sheehy N. C. Gaddis M. H. Malim Nat. Med. 2003 9 1404 1407
20. X. H. Yu Y. K. Yu L. D. Liu K. Luo W. Kong P. Y. Mao X. F. Yu Science 2003 302 1056 1060
21. A. Mehle B. Strack P. Ancuta C. Zhang M. McPike D. Gabuzda J. Biol. Chem. 2004 279 7792 7798
22. L. D. Liu X. H. Yu K. Luo Y. K. Yu X. F. Yu J. Virol. 2004 78 2072 2081
23. J. G. Zhang A. Farley S. E. Nicholson T. A. Willson L. M. Zugaro R. J. Simpson R. L. Moritz D. Cary R. Richardson G. Hausmann B. J. Kile S. B. H. Kent W. S. Alexander D. Metcalf D. J. Hilton N. A. Nicola M. Baca Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2071 2076
24. T. K. Benjamin A. S. Brenda S. A. Warren A. N. Nicos M. E. M. Helene J. H. Douglas Trends Biochem. Sci. 2002 27 235 241
25. K. Iwai K. Yamanaka T. Kamura N. Minato R. C. Conaway J. W. Conaway R. D. Klausner A. Pause Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 12436 12441
26. E. S. Charles G. K. William, Jr. P. P. Nikola Science 1999 284 455 461
27. Y. K. Yu Z. X. Xiao E. S. Ehrlich X. H. Yu X. F. Yu Genes Dev. 2004 18 2867 2872
28. B. Igor S. Imke K. G. Maria C. Duilio P. G. Rovert E. D. Richard Biochemistry 1998 37 3665 3676
29. D. T. Jones J. Mol. Biol. 1999 292 195 202
30. D. T. Jones W. R. Taylor J. M. Thornton Nature 1992 358 86 89
31. D. Higgins J. Thompson T. Gibson J. D. Thompson D. G. Higgins T. J. Gibson Nucleic Acids Res. 1994 22 4673 4680
32. A. Sali T. L. Blundell J. Mol. Biol. 1993 234 779 815
33. A. Sali L. Potterton F. Yuan H. van Vlijmen M. Karplus Proteins 1995 23 318 326
34. H. J. C. Berendsen D. van der spoel A. R. van Drunen Comput. Phys. Commun. 1995 91 43 56
35. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model 2001 7 306 317
36. D. van der Spoel A. R. V. Buuren D. P. Tieleman H. J. Berendsen J. Biomol. NMR 1996 8 229 238
37. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. V. Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
38. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
39. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
40. W. Kabsch C. Sander Biopolymers 1983 22 2577 2637
41. R. A. Laskowski M. W. MacArthur D. S. Moss J. M. Thornton J. Appl. Crystallogr. 1993 26 283 291
42. J. U. Bowie R. Luthy D. Eisenberg Science 1991 253 164 170
43. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
44. A. A. Schaffer L. Aravind T. L. Madden S. Shavirin J. L. Spouge Y. I. Wolf E. V. Koonin A. S. F. ltschul Nucleic Acids Res. 2001 29 2994 3005
45. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
46. S. Minamoto K. Ikegame K. Ueno M. Narazaki T. Naka H. Yamamoto T. Matsumoto H. Saito S. Hosoe T. Kishimoto Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997 237 79 83
47. J. Kohroki S. Fujita N. Itoh Y. Yamada H. Imai N. Yumoto T. Nakanishi K. Tanaka FEBS Lett. 2001 505 223 228
48. D. Vasiliauskas S. Hancock C. D. Stern Mech. Dev. 1999 82 79 94
49. M. T. Ross Nature 2005 434 325 337
50. E. S. Charles G. K. William, Jr. P. P. Nikola Science 1999 284 5413
51. H. M. S. James M. S. Ann A. C. Elise A. M. F. Ron H. M. Michael J. Virol. 1999 73 2675 2681
52. A. Mehle J. Goncalves M. Santa-Marta M. McPike D. Gabuzda Genes Dev. 2004 18 2861 2866
53. K. Masayuki T. K. Akifumi M. Yasuhiro I. Kazuhiro U. Takashi J. Biol. Chem. 2005 280 18573 18578
54. S. C. Yang Y. Sun H. Zhang J. Biol. Chem. 2001 276 4889 4893
55. B. Yang L. Gao L. Li Z. X. Lu X. J. Fan C. A. Patel R. J. Pomerantz G. C. DuBois H. Zhang J. Biol. Chem. 2003 278 6596 6602