Multichannel reverse transcription-polymerase chain reaction microdevice for rapid gene expression and biomarker analysis

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 23, 2006, Pages 7997-8003

  Toriello, Nicholas M ^a   Liu, Chung N ^b   Mathies, Richard A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b University of California   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMARKERS; ESCHERICHIA COLI; GENETIC ENGINEERING; RNA; TISSUE;

GENE EXPRESSION; ON-CHIP HEATERS; REVERSE TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR);

ENZYME KINETICS;

BIOLOGICAL MARKER;

AMPLICON; ARTICLE; BACTERIAL GENE; BACTERIAL GENETICS; BREAST TUMOR; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; DEVICE; ESCHERICHIA COLI; GENE AMPLIFICATION; GENE EXPRESSION; GENETIC TRANSCRIPTION; GYRB GENE; MDH GENE; NONHUMAN; RBBP8 GENE; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA ANALYSIS; RNA SPLICING; SENSOR;

ESCHERICHIA COLI; GENE EXPRESSION; HUMANS; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION; TIME FACTORS; TRANSCRIPTION, GENETIC; TUMOR MARKERS, BIOLOGICAL;

EID: 33845327545     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac061058k     Document Type: Article

References (38)

1. Golub, T. R.; Slonim, D. K.; Tamayo, P.; Huard, C.; Gaasenbeek, M.; Mesirov, J. P.; Coller, H.; Loh, M. L.; Downing, J. R.; Caligiuri, M. A.; Bloomfield, C. D.; Lander, E. S. Science 1999, 286, 531-537.
2. Bittner, M.; Meitzer, P.; Chen, Y.; Jiang, Y.; Seftor, E.; Hendrix, M.; Radmacher, M.; Simon, R.; Yakhini, Z.; Ben-Dor, A.; Sampas, N.; Dougherty, E.; Wang, E.; Marincola, F.; Gooden, C.; Lueders, J.; Glatfelter, A.; Pollock, P.; Carpten, J.; Gillanders, E.; Leja, D.; Dietrich, K.; Beaudry, C.; Berens, M.; Alberts, D.; Sondak, V.; Hayward, N.; Trent, J. Nature 2000, 406, 536-540.
3. Klein, C. A.; Seidl, S.; Petat-Dutter, K.; Offner, S.; Geigl, J. B.; Schmidt-Kittler, O.; Wendler, N.; Passlick, B.; Huber, R. M.; Schlimok, G.; Baeuerle, P. A.; Riethmuller, G. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 387-392.
4. Todd, R.; Margolin, D. H. Trends Mol. Med. 2002, 8, 254-257.
5. Xie, X. S.; Yu, J.; Yang, W. Y. Science 2006, 312, 228-230.
6. Lockhart, D. J.; Dong, H. L.; Byrne, M. C.; Follettie, M. T.; Gallo, M. V.; Chee, M. S.; Mittmann, M.; Wang, C. W.; Kobayashi, M.; Horton, H.; Brown, E. L. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1675-1680.
7. Gray, N. S.; Wodicka, L.; Thunnissen, A.; Norman, T. C.; Kwon, S. J.; Espinoza, F. H.; Morgan, D. O.; Barnes, G.; LeClerc, S.; Meijer, L.; Kim, S. H.; Lockhart, D. J.; Schultz, P. G. Science 1998, 281, 533-538.
8. Velculescu, V. E.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Trends Genet. 2000, 16, 423-425.
9. Gorg, A.; Weiss, W.; Dunn, M. J. Proteomics 2004, 4, 3665-3685.
10. Eberwine, J.; Yeh, H.; Miyashiro, K.; Cao, Y. X.; Nair, S.; Finnell, R.; Zettel, M.; Coleman, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 3010-3014.
11. Rappolee, D. A.; Wang, A.; Mark, D.; Werb, Z. J. Cell. Biochem. 1989, 39, 1-11.
12. Peixoto, A.; Monteiro, M.; Rocha, B.; Veiga-Fernandes, H. Genome Res. 2004, 14, 1938-1947.
13. Neves, G.; Zucker, J.; Daly, M.; Chess, A. Nat. Genet. 2004, 36, 240-246.
14. Lagally, E. T.; Scherer, J. R.; Blazej, R. G.; Toriello, N. M.; Diep, B. A.; Ramchandani, M.; Sensabaugh, G. F.; Riley, L. W.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2004, 76, 3162-3170.
15. Liu, C. N.; Toriello, N. M.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2006, 78, 5474-5479.
16. Roper, M. G.; Easley, C. J.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2005, 77, 3887-3893.
17. Anderson, R. C.; Su, X.; Bogdan, G. J.; Fenton, J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, e60.
18. Obeid, P. J.; Christopoulos, T. K.; Crabtree, H. J.; Backhouse, C. J. Anal. Chem. 2003, 75, 288-295.
19. Liao, C. S.; Lee, G. B.; Liu, H. S.; Hsieh, T. M.; Luo, C. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e156.
20. Marcus, J. S.; Anderson, W. F.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2006, 78, 956-958.
21. Marcus, J. S.; Anderson, W. F.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2006, 78, 3084-3089.
22. Zabzdyr, J. L.; Lillard, S. J. Anal. Chem. 2001, 73, 5771-5775.
23. Zabzdyr, J. L.; Lillard, S. J. Electrophoresis 2005, 26, 137-145.
24. Selinger, D. W.; Cheung, K. J.; Mei, R.; Johansson, E. M.; Richmond, C. S.; Blattner, F. R.; Lockhart, D. J.; Church, G. M. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1262-1268.
25. Xu, Q.; Lee, C. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5635-5643.
26. Wang, Z. N.; Lo, H. S.; Yang, H.; Gere, S.; Hu, Y.; Buetow, K. H.; Lee, M. P. Cancer Res. 2003, 63, 655-657.
27. Grover, W. H.; Skelley, A. M.; Liu, C. N.; Legally, E. T.; Mathies, R. A. Sens. Actuators, B 2003, 89, 315-323.
28. Taoka, M.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Kaji, H.; Motohashi, W.; Nakayama, H.; Takahashi, N.; Isobe, T. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 780-787.
29. Shi, Y. N.; Simpson, P. C.; Scherer, J. R.; Wexler, D.; Skibola, C.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 5354-5361.
30. Pal, R.; Yang, M.; Lin, R.; Johnson, B. N.; Srivastava, N.; Razzacki, S. Z.; Chomistek, K. J.; Heldsinger, D. C.; Haque, R. M.; Ugaz, V. M.; Thwar, P. K.; Chen, Z.; Alfano, K.; Yim, M. B.; Krishnan, M.; Fuller, A. O.; Larson, R. G.; Burke, D. T.; Burns, M. A. Lab Chip 2005, 5, 1024-1032.
31. Zabzdyr, J. L.; Lillard, S. J. Anal. Chem. 2002, 74, 1857-1862.
32. Paegel, B. M.; Yeung, S. H. I.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2002, 74, 5092-5098.
33. Blazej, R. G.; Kumaresan, P.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 7240-7245.
34. Saito, H.; Nakatsuru, S.; Inazawa, J.; Nishihira, T.; Park, J. G.; Nakamura, Y. Oncogene 1997, 14, 617-621.
35. Correa, R. G.; de Carvalho, A. F.; Pinheiro, N. A.; Simpson, A. J. G.; de Souza, S. J. Genomics 2000, 65, 299-302.
36. Toriello, N. M.; Douglas, E. S.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2005, 77, 6935-6941.
37. Chandra, R. A.; Douglas, E. S.; Mathies, R. A.; Bertozzi, C. R.; Francis, M. B. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 896-901.
38. Skelley, A. M.; Scherer, J. R.; Aubrey, A. D.; Grover, W. H.; Ivester, R. H. C.; Ehrenfreund, P.; Grunthaner, F. J.; Bada, J. L.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 1041-1046.