Serial analysis of gene expression in eukaryotic pathogens

Infectious Disorders - Drug Targets

Volumn 6, Issue 3, 2006, Pages 281-297

  Kronstad, James W ^a  

^a UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA   (Canada)

Author keywords

Cryptococcosis; Fungal pathogens; Giardiasis; Malaria; Parasites; SAGE; Toxoplasmosis; Transcriptome

Indexed keywords

CHLOROQUINE; FUNGAL RNA; MESSENGER RNA;

BIOLOGICAL MODEL; CELL CYCLE REGULATION; COCCIDIOIDES; CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS; DATA ANALYSIS; DRUG TARGETING; EUKARYOTE; FUNGAL PLANT DISEASE; FUNGAL VIRULENCE; GENETIC ANALYSIS; GIARDIA LAMBLIA; HOST PATHOGEN INTERACTION; HOST RESISTANCE; HUMAN; MAGNAPORTHE GRISEA; METHODOLOGY; NONHUMAN; PATHOGENESIS; PLANT PATHOGEN INTERACTION; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTOZOAL GENETICS; PROTOZOAL INFECTION; REVIEW; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SERIAL ANALYSIS OF GENE EXPRESSION; TOXOPLASMA GONDII; TRICHOPHYTON RUBRUM; USTILAGO MAYDIS;

ANIMALS; DNA, FUNGAL; DNA, PROTOZOAN; FUNGI; GENE EXPRESSION REGULATION; HUMANS; MYCOSES; PARASITES; PARASITIC DISEASES; PROTOZOA; PROTOZOAN INFECTIONS;

EID: 33748650808     PISSN: 18715265     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/187152606778249890     Document Type: Review

References (112)

1. Velculescu, V.E. Science, 1999, 286, 1491.
2. Velculescu, V.E.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W. Trends Genet., 2000, 16, 423.
3. Powell, J. Methods Mol. Biol., 2000, 99, 297.
4. Madden, S.L.; Wang, C.J.; Landes, G.Drug Discov. Today, 2000, 5, 415.
5. Scott, H.S.; Chrast, R. Genet Eng. (N Y), 2001, 23, 201.
6. Boheler, K.-R.; Stern, M.D. Trends Biotechnol., 2003, 21, 55.
7. Harbers, M.; Caminci P. Nat. Methods, 2005, 2, 495.
8. Knox, D.P.; Skuce, P.J. Trends Parasitol., 2005, 21, 322.
9. Velculescu, V.E.; Zhang, L.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W. Science, 1995, 270, 484.
10. http://ww.sagenet.org/
11. http://invitrogen.com/sage
12. Datson, N.A.; van der Perk-de Jong, J.; van den Berg, M.P.; de Kloet, E.R.; Vreugdenhil, E. Nucleic Acids Res., 1999, 27, 1300.
13. Lee, S.; Chen, J.; Zhou, G.; Wang, S.M. BioTechniques, 2001, 31, 348.
14. Mathupala, S.P.; Sloan, A.E. BMC Genomics, 2002, 3, 20.
15. Angelastro, J.M.; Klimaschewski, L.P.; Vitolo, O.V. Nucleic Acids Res., 2000, 28, e62.
16. Damgaard Nielsen, M.; Millichip, M.; Josefsen, K. Anal. Biochem., 2003, 313, 128.
17. Ye, S.Q.; Zhang, L.Q.; Zheng, F.; Virgil, D.; Kwiterovich, P.O. Anal. Biochem., 2000, 287, 144.
18. Powell, J. Nucleic Acids Res., 1998, 26, 3445.
19. Kenzelmann, M.; Muhlemann, K. Nucleic Acids Res., 1999, 27, 917.
20. Margulies, E.H.; Kardia, S.L.; Innis, J.W. Nucleic Acids Res., 2001, 29, e60.
21. So, A.P.; Turner, R.F.; Haynes, C.A. Nucleic Acids Res., 2004, 32, e96.
22. Peters, D.G.; Kassam, A.B,; Yonas, H.; O'Hare, E.H.; Ferrell, R.E.; Brufsky, A.M. Nucleic Acids Res., 1999, 27, e39.
23. Virlon, B.; Cheval, L.; Buhler, J.M.; Billon, E.; Doucet, A.; Elalouf, J.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 15286.
24. Schober, M.S.; Min, Y.N.; Chen, Y.Q. Biotechniques, 2001, 31, 1240.
25. Steen, B.R.; Zuyderduyn, S.; Toffalletti, D.L.; Marra, M.; Jones, S.J.M.; Perfect, J.R.; Kronstad, J.W. Eukaryot. Cell, 2003, 2, 1336.
26. Saha, S.; Sparks, A.B.; Rago, C.; Akmaev, V.; Wang, C.J.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W.; Velculescu, V.E. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 508.
27. Wei, C.L.; Ng, P.; Chin, K.P.; Wong, C.H.; Ang, C.C.; Lipovich, L.; Liu, E.T.; Ruan, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 11701.
28. Gowda, M.; Jantasuriyarat, C.; Dean, R.A.; Wang, G.L. Plant Physiol., 2004, 134, 890.
29. Matsumura, H.; Reich, S.; Ito, A.; Saitoh, H.; Kamoun, S.; Winter, P.; Kahl, G.; Reuter, M.; Kruger, D.H.; Terauchi, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 15718.
30. Matsumura, H.; Ito, A.; Saitoh, H.; Winter, P.; Kahl, G.; Reuter, M.; Kruger, D.H.; Terauchi, R. Cell Microbiol., 2005, 7, 11.
31. Chen, J.J.; Rowley, J.D.; Wang, S.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 349.
32. Chen, J.; Lee, S.; Zhou, G.; Wang, S.M. Genes Chromosomes Cancer, 2002, 33, 252.
33. Ewing, B.; Green, P. Genome Res., 1998, 8, 186.
34. Zhang, L.; Zhou, W.; Velculescu, V.E.; Kern, S.E.; Hruban, R.H.; Hamilton, S.R.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W. Science, 1997, 276, 1268.
35. Tuteja, R.; Tuteja, N. Bioessays, 2004, 26, 916.
36. Pleasance, E.D.; Marra, M.A.; Jones, S.J. Genome Res., 2003, 13, 1203.
37. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/
38. Lash, A.E.; Tolstoshev, C.M.; Wagner, L.; Schuler, G.D.; Strausberg, R.L.; Riggins, G.J.; Altschul, S.F. Genome Res., 2000, 10, 1051.
39. Boon, K.; Osório, E.; Greenhut, S.F.; Schaefer, C.F.; Shoemaker, J.; Polyak, K.; Morin, P.J.; Buetow, K.H.; Strausberg, R.L.; de Souza, S.J.; Riggins, G.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 99, 11287.
40. http://cgap.nci.nih.gov/SAGE/SAGE
41. Hashimoto, S.; Suzuki, Y.; Kasai, Y.; Morchoshi, K.; Yamada, T.; Sese, J.; Morishita, S.; Sugano, S.; Matsushima, K. Nat. Biotechnol., 2004, 22, 1146.
42. Kasai, Y.; Hashimoto, S.; Yamada, T.; Sese, J.; Sugano, S.; Matsushima, K.; Morishita, S. Nucleic Acids Res., 2005, 33, D550.
43. Zhang, Z.; Dietrich, F.S. Nucleic Acids Res., 2005, 33, 2838.
44. Ng, P.; Wei, C.L.; Sung, W.K.; Chiu, K.P.; Lipovich, L.; Ang, C.C.; Gupta, S.; Shahab, A.; Ridwan, A.; Wong, C.H.; Liu, E.T.; Ruan, Y. Nat. Methods, 2005, 2, 105.
45. Peters, B.A.; Velculescu, V.E. Nat. Methods, 2005, 2, 93.
46. Shiraki, T.; Kondo, S.; Katayama, S.; Waki, K.; Kasukawa, T.; Kawaji, H.; Kodzius, R.; Watahiki, A.; Nakamura, M.; Arakawa, T.; Fukuda, S.; Sasaki, D.; Podhajska, A.; Harbers, M.; Kawai, J.; Carninci, P.; Hayashizaki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 15776.
47. Impey, S.; McCorkle, S.R.; Cha-Molstad, H.; Dwyer, J.M.; Yochum, G.S.; Boss, J.M.; McWeeney, S.; Dunn, J.J.; Mandel, G.; Goodman, R.H. Cell, 2004, 119, 1041.
48. Kim, J.; Bhinge, A.A.; Morgan, X.C.; Iyer, V.R. Nat. Methods, 2005, 2, 47.
49. Wang, T.L.; Maierhofer, C.; Speicher, M.R.; Lengauer, C.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W.; Velculescu, V.E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 16156.
50. Hanlon, S.E.; Lieb, J.D. Curr. Opin. Genet. Dev., 2004, 14, 697.
51. Ren, B.; Dynlacht, B.D. Methods Enzymol., 2004, 376, 304.
52. http://www.who.int/tdr/diseases/malaria/default.htm
53. Munasinghe, A.; Patankar, S.; Cook, B.P.; Madden, S.L.; Martin, R.K.; Kyle, D.E.; Shoaibi, A.; Cummings, L.M.; Wirth, D.F. Mol. Biochem. Parasitol., 2001, 113, 23.
54. de Waard, V.; van den Berg, B.M.; Veken.J.; Schultz-Heienbrok, R.; Pannekoek, H.; van Zonneveld, A.J. Gene, 1999, 226, 1.
55. Velculescu, V.E.; Zhang, L.; Zhou, W.; Vogelstein, J.; Basrai, M.A.; Bassett, D.E. Jr.; Meter, P.; Vogelstein, B.; Kinzler, K.W. Cell, 1997, 88, 243.
56. Kal, A.J.; van Zonneveld, A.J.; Benes, V.; van den Berg, M.; Koerkamp, M.G.; Albermann, K.; Strack, N.; Ruijter, J.M.; Richter, A.; Dujon, B.; Ansorge, W.; Tabak, H.F. Mol. Biol, Cell, 1999, 10, 1859.
57. Larraya, L.M.; Boyce, K.; So, A.; Steen, B.R.; Jones, S.; Marra, M.; Kronstad, J.W. Eukaryot. Cell, 2005, 4, 2029.
58. Patankar, S.; Munasinghe, A.; Shoaibi, A.; Cummings, L.M.; Wirth, D.F. Mol. Biol. Cell, 2001, 12, 3114.
59. Gunasekera, A.M.; Patankar, S.; Schug, J.; Eisen, G.; Kissinger, J.; Roos, D.; Wirth, D.F. Mol. Biochem. Parasitol., 2004, 136, 35.
60. Gunasekera, A.M.; Patankar, S.; Schug, J.; Eisen, G.; Wirth, D.F. Mol. Microbiol. 2003, 50, 1229
61. Reed, M.B.; Saliba, K.J.; Caniana, S.R.; Kirk, K.; Cowman, A.F.Nature, 2000, 403, 906.
62. Llinas, M.; del Portillo, H.A. Trends Parasitol., 2005, 21, 350.
63. http://PlasmoDB.org
64. Kim, K.; Weiss, L.M. Int. J. Parasitol., 2004, 34, 423.
65. Radke, J.R.; Behnke, M.S.; Mackey, A.J.; Radke, J.B.; Roos, D.S.; White, M.W. BMC Biol., 2005, 3, 26.
66. http://vmbmod10.msu.montana.edu/vmb/White-lab/newsage.htm
67. http://ToxoDB.org
68. Jerome, M.E.; Radke, J.R.; Bohne, W.; Roos, D.S.; White, M.W. Infect. Immun., 1998, 66, 4838.
69. Adam, R.D.Clin. Microbiol. Rev., 2001, 14, 447.
70. www.mbl.edu/Giardia
71. http://gmod.mbl.edu/perl/site/giardia?page=sage
72. Palm, D.; Weiland, M.; McArthur, A.G.; Winiecka-Krusnell, J.; Cipriano, M.J.; Birkeland, S.R.; Pacocha, S.E.; Davids, B.; Gillin, F., Linder, E.; Svard, S. Mol. Biochem. Parasitol., 2005, 141, 199.
73. Hereford, L.M.; Rosbash, M. Cell, 1977, 10, 453.
74. Iyer, V.; Struhl, K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 5208.
75. http://www.yeastgenome.org/
76. http://www.gmod.org/home
77. Varela, C.; Cardenas, J.; Melo, F.; Agosin, E. Yeast, 2005, 22, 369.
78. Dean, R.A.; Talbot N.J.; Ebbole, D.J.; Farman, M.L.; Mitchell, T.K.; Orbach, M.J.; Thon, M.; Kulkarni, R.; Xu, J.R.; Pan, H.; Read, N.D.; Lee, Y.H.; Carbone, I.; Brown, D.; Oh, Y.Y.; Donofrio, N.; Jeong, J.S.; Soanes, D.M.; Djonovic, S.; Kolomiets, E.; Rehmeyer, C.; Li, W.; Harding, M.; Kim, S.; Lebrun, M.H.; Bohnert, H.; Coughlan, S.; Butler, J.; Calvo, S.; Ma, L.J.; Nicol, R.; Purcell, S.; Nusbaum, C.; Galagan, J.E.; Birren, B.W. Nature, 2005, 434, 980.
79. Galagan, J.E.; Calvo, S.E.; Borkovich, K.A.; Selker, E.U.; Read, N.D.; Jaffe, D.; FitzHugh, W.; Ma, L.J.; Smirnov, S.; Purcell, S.; Rehman, B.; Elkins, T.; Engels, R.; Wang, S.; Nielsen, C.B.; Butler, J.; Endrizzi, M.; Qui, D.; Ianakiev, P.; Bell-Pedersen, D.; Nelson, M.A.; Werner-Washburne, M.; Selitrennikoff, C.P.; Kinsey, J.A.; Braun, E.L.; Zelter, A.; Schulte, U.; Kothe, G.O.; Jedd, G.; Mewes, W.; Staben, C.; Marcotte, E.; Greenberg, D.; Roy, A.; Foley, K.; Naylor, J.; Stange-Thomann, N.; Barrett, R.; Gnerre, S.; Kamal, M.; Kamvysselis, M.; Mauceli, E.; Bielke, C.; Rudd, S.; Frishman, D.; Krystofova, S.; Rasmussen, C.; Metzenberg, R.L.; Perkins, D.D.; Kroken, S.; Cogoni, C.; Macino, G.; Catcheside, D.; Li, W.; Pratt, R.J.; Osmani, S.A.; DeSouza, C.P.; Glass, L.; Orbach, M.J.; Berglund, J.A.; Voelker, R.; Yarden, O.; Plamann, M.; Seiler, S.; Dunlap, L; Radford, A.; Aramayo, R.; Natvig, D.O.; Alex, L.A.; Mannhaupt, G.; Ebbole, D.J.; Freitag, M.; Paulsen, I.; Sachs, M.S.; Lander, E.S.; Nusbaum, C.; Birren, B. Nature. 2003, 422, 859.
80. Galagan, J.E.; Calvo, S.E.; Cuomo, C.; Ma, L.J.; Wortman, J.R.; Batzoglou, S.; Lee, S.I.; Basturkmen, M.; Spevak, C.C.; Clutterbuck, J.; Kapitonov, V.; Jurka, J.; Scazzocchio, C.; Farman, M.; Butler, J.; Purcell, S.; Harris, S.; Braus, G.H.; Draht, O.; Busch, S.; D'Enfert, C.; Bouchier, C.; Goldman, G.H.; Bell-Pedersen, D.; Griffiths-Jones, S.; Doonan, J.H.; Yu, J.; Vienken, K.; Pain, A.; Freitag, M.; Selker, E.U.; Archer, D.B.; Penalva, M.A.; Oakley, B.R.; Momany, M.; Tanaka, T.; Kumagai, T.; Asai, K.; Machida, M.; Nierman, W.C.; Denning, D.W.; Caddick, M.; Hynes, M.; Paoletti, M.; Fischer, R.; Miller, B.; Dyer, P.; Sachs, M.S.; Osmani, S.A.; Birren, B.W. Nature, 2005, 438, 1105.
81. Lee, Y.H.; Dean, R.A. Plant Cell, 1993, 5, 693.
82. Kronstad, J.W. Trends Plant Sci., 1993, 2, 193.
83. D'Souza, C.A.; Heitman, J. FEMS Microbiol. Rev., 2001, 25, 349.
84. Irie, T.; Matsumura, H.; Terauchi, R.; Saitoh, H. Mol. Genet. Genomics, 2003, 270, 181.
85. Schulze-Lefert, P.; Vogel, J. Trends Plant Sci., 2000, 5, 343.
86. Thomas, S.W., Glaring, M.A.; Rasmussen, S.W.; Kinane, J.T.; Oliver, R.P. Mol. Plant Microbe Interact., 2002, 15, 847.
87. Kinane, J.; Dalvin, S.; Bindslev, L.; Hall, A.; Gurr, S.; Oliver, R.Mol. Plant Microbe Interact., 2000, 13, 494.
88. Feldbrugge, M.; Kamper, J.; Steinberg, G.; Kahmann, R.Curr. Opin. Microbiol., 2004, 7, 666.
89. Gold, S., Duncan, G.; Barrett, K.; Kronstad, J. Genes Dev., 1994, 8, 2805.
90. http://mips.gsf.de/genre/proj/ustilago/
91. Schmelzle, T.; Beck, T.; Martin, D.E.; Hall, M.N. Mol. Cell. Biol., 2004, 24, 338.
92. Zurita-Martinez, S.A.; Cardenas, M.F. Eukaryot. Cell 2005. 4, 63.
93. Boyce, K.J.; Chang, H.; D'Souza, C.; Kronstad, J.W. Eukaryot Cell, 2005, 4, 2044.
94. Steen, B.R.; Lian, T.; Zuyderduyn, S.; MacDonald, K.; Marra, M.; Jones, S.J.M.; Kronstad, J.W. Genome Res., 2002, 12, 1386.
95. Lian, T.S.; Simmer, M.I.; D'Souza, C.A.; Steen, B.R.; Zuyderduyn, S.D.; Jones, S.J.M.: Marra, M.A.; Kronstad, J.W. Mol. Microbiol., 2005, 55, 1452.
96. Bicanic, T.; Harrison, T.S. Br. Med. Bull., 2005, 72, 99.
97. Bicanic, T.; Wood, R.; Bekker, L.G.; Darder, M.; Meintjes, G.; Harrison, T.S. Lancet Infect. Dis., 2005, 5, 530.
98. Kwon-Chung, K.J.; Boekhout, T.; Fell, J.W.; Diaz, M. Taxon, 2002, 51, 804.
99. Idnurm, A.; Bahn, Y.S.; Nielsen, K.; Lin, X.; Fraser, J.A.; Heitman, J. Nat. Rev. Microbiol., 2005, 3, 753.
100. Loftus, B.J.; Fung, E.; Roncaglia, P.; Rowley, D.; Amedeo, P.; Bruno, D.; Vamathevan, J.; Miranda, M.; Anderson, I.J.; Fraser, J.A.; Allen, J.E.; Bosdet, I.E.; Brent, M.R.; Chin, R.; Doering, T.L.; Donlin, M.J.; D'Souza, C.A.; Fox, D.S.; Grinberg, V.; Fu, J.; Fukushima, M.; Haas, B.J.; Huang, J.C.; Janbon, G.; Jones, S.J., Koo, H.L.; Krzywinski, M.I.; Kwon-Chung, J.Y.; Lengeler, Y.B.; Maiti, R.; Marra, M.A.; Marra, R.E.; Mathewson, C.A.; Mitchell, T.G.; Pertea, M.; Riggs, F.R.; Salzberg, S.L.; Schein, J.E.; Shvartsbeyn, A.; Shin, H.; Shumway, M.; Specht, C.A.; Suh, B.B.; Tenney, A.; Utterback, T.R.; Wickes, B.L.; Wortman, J.R.; Wye, N.H.; Kroustad, J.W.; Lodge, J.K.; Heimian, J.; Davis, R.W.; Fraser, C.M.; Hyman, R.W. Science, 2005, 307, 1321,
101. Barchiesi, F.; Cogliati, M.; Esposito, M.C.; Spreghini, E.; Schimizzi, A.M.; Wickes, B.L.; Scalise, G.; Viviani, M.A. J. Infect., 2005, 51, 10.
102. Melin, P.; Schumer, J.; Wagner, E.G. Mol. Genet. Genomics, 2002, 267, 695.
103. Wong, B.; Perfect, J.R.; Beggs, S.; Wright, K.A. Infect. Immun., 1990, 58, 1664.
104. Spector, R.; Lorenzo, A.V. Am. J. Physiol., 1975, 228, 1510.
105. Barnett, J.A. Adv. Carbohydr. Chem. Biochem., 1976, 32, 125.
106. Levitz, S.M.; Nong, S.; Mansour, M.K.; Huang, C.; Specht C.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, 98, 10422.
107. Huang, C.; Nong, S.H.; Mansour, M.K.; Specht, C.A.; Levitz, S.M. Infect. Immun., 2002, 70, 5485.
108. http://fungal.genome.duke.edu/
109. Chang, Y.C.; Kwon-Chung, K.J. Infect. Immun., 1998, 66, 2230.
110. Woodfolk, J.A. Clin. Microbiol. Rev., 2005, 18, 30.
111. Cox, R.A.; Magee, D.M. Clin. Microbiol. Rev., 2004, 17, 804.
112. http://www.broad.mit.edu/annotation/fungi/coccidioides_immitis/