Microarray analysis of human epithelial cell responses to bacterial interaction

Infectious Disorders - Drug Targets

Volumn 6, Issue 3, 2006, Pages 299-309

  Mans, Jeffrey J ^a   Lamont, Richard J ^a   Handfield, Martin ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORIDA COLLEGE OF DENTISTRY   (United States)

Author keywords

Differential gene expression; Host pathogen interactions; Infectome; Transcriptome

Indexed keywords

TRANSCRIPTOME;

BACTERIAL GENE; BACTERIAL VIRULENCE; BACTERIUM MUTANT; CELL FUNCTION; CELL INTERACTION; CELL LINE; DRUG DESIGN; EPITHELIUM CELL; GENE EXPRESSION; GENE IDENTIFICATION; HOST PARASITE INTERACTION; HOST PATHOGEN INTERACTION; HOST RESISTANCE; HUMAN; IMMUNOCOMPETENT CELL; IN VIVO STUDY; INFORMATION PROCESSING; INTESTINE FLORA; METHODOLOGY; MICROARRAY ANALYSIS; MUTATIONAL ANALYSIS; NONHUMAN; REVIEW; SIGNAL TRANSDUCTION; TRANSCRIPTOMICS;

ANIMALS; BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; EPITHELIAL CELLS; GENE EXPRESSION REGULATION, BACTERIAL; HUMANS; MUCOUS MEMBRANE; MUTATION; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS;

EID: 33748643414     PISSN: 18715265     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/187152606778249926     Document Type: Review

References (83)

1. Bergelson, J.; Kreitman, M.; Stahl, E. A.; Tian, D. Science, 2001, 292, 2281.
2. Woolhouse, M. E.; Webster, J. P.; Domingo, E.; Charlesworth, B.; Levin, B. R. Nat. Genet., 2002, 32, 569.
3. Matsumura, H.; Ito, A.; Saitoh, H.; Winter, P.; Kahl, G.; Reuter, M.; Kruger, D. H.; Terauchi, R. Cell. Microbiol., 2005, 7, 11.
4. Dharmadi Y.; Gonzalez, R. Biotechnol. Prog., 2004, 20, 1309.
5. Miller, L. D.; Long, P. M.; Wong, L.; Mukherjee, S.; McShane, L. M.; Liu, E. T. Cancer. Cell., 2002, 2, 353.
6. Kirmizis, A. Farnham, P. J. Exp. Biol. Med. (Maywood), 2004, 229, 705.
7. Bryant, P. A.; Venter, D.; Robins-Browne, R.; Curtis, N. Lancet Infect. Dis., 2004, 4, 100.
8. Kato-Maeda, M.; Gao, Q.; Small, P. M. Cell. Microbiol., 2001, 3, 713.
9. Bekal, S.; Brousseau, R.; Masson, L.; Prefontaine, G.; Fairbrother, J.; Harel, J. J. Clin. Microbiol., 2003, 41, 2113.
10. Yowe, D.; Cook, W. J.; Gutierrez-Ramos, J. C. Microbes Infect., 2001, 3, 913.
11. Huang, S. H.; Triche, T.; Jong, A. Y. Funct. Integr. Genomics, 2002, 1, 331.
12. Jong, A. Huang, S. H. Curr. Drug Targets Infect. Disord., 2005, 5, 65.
13. McManus, B. M.; Yanagawa, B.; Rezai, N.; Luo, H.; Taylor, L.; Zhang, M.; Yuan, J.; Buckley, J.; Triche, T.; Schreiner, G.; Yang, D. Ann. N. Y. Acad. Sci., 2002, 975, 169.
14. Kellam, P. Weiss, R. A. Cell, 2006, 124, 695.
15. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science, 1995, 270, 467.
16. Schena, M.; Lloyd, A. M.; Davis, R. W. Genes Dev., 1993, 7, 367.
17. Schena, M. Davis, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 8393.
18. Aldridge, P. D.; Gray, M. A.; Hirst, B. H.; Khan, C. M. Mol. Microbiol., 2005, 55, 655.
19. Cummings, C. A. Relman, D. A. Emerg. Infect. Dis., 2000, 6, 513.
20. Schleiss, M. Herpes, 2005, 12, 66.
21. Zhu, H.; Cong, J. P.; Mamtora, G.; Gingeras, T.; Shenk, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 14470.
22. Rosenberger, C. M.; Scott, M. G.; Gold, M. R.; Hancock R. E.; Finlay, B. B. J. Immunol., 2000, 164, 5894.
23. Hapfelmeier, S. Hardt, W. D. Trends Microbiol., 2005, 13, 497.
24. Hueck, C. J. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 1998, 62, 379.
25. Jenner, R. G. Young, R. A. Nat. Rev. Microbiol., 2005, 3, 281.
26. Kellam, P. Rev. Med. Virol., 2001, 11, 313.
27. Kellam, P. Genome Biol., 2000, 1, REVIEWS1009.
28. Rappuoli, R. Vaccine, 2001, 19, 2688.
29. Eckmann, L.; Smith, J. R.; Housley, M. P.; Dwinell, M. B.; Kagnoff, M. F. J. Biol. Chem., 2000, 275, 14084.
30. Lester, A.; Bruun, B. G.; Husum, P.; Kolmos, H. J.; Nielsen, B. B.; Scheibel, J. H.; Skovgaard, N.; Thune-Stephensen, F. Ugeskr. Laeger, 1995, 157, 20.
31. Belcher, C. E.; Drenkow, J.; Kehoe, B.; Gingeras, T. R.; McNamara, N.; Lemjabbar, H.; Basbaum, C.; Relman, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 13847.
32. Zeng, H.; Carlson, A. Q.; Guo, Y.; Yu, Y.; Collier-Hyams, L. S.; Madara, J. L.; Gewirtz, A. T.; Neish, A. S. J. Immunol., 2003, 171, 3668.
33. Dessus-Babus, S.; Knight, S. T.; Wyrick, P. B. Cell. Microbiol., 2000, 2, 317.
34. Hess, S.; Rheinheimer, C.; Tidow, F.; Bartling, G.; Kaps, C.; Lauber, J.; Buer, J.; Klos, A. Arthritis Rheum., 2001, 44, 2392.
35. Binnicker, M. J.; Williams, R. D.; Apicella, M. A. Cell. Microbiol., 2003, 5, 549.
36. Fan, T.; Lu, H.; Hu, H.; Shi, L.; McClarty, G. A.; Nance, D. M.; Greenberg, A. H.; Zhong, G. J. Exp. Med., 1998, 187, 487.
37. Fischer, S. F.; Schwarz, C.; Vier, J.; Hacker, G. Infect. Immun., 2001, 69, 7121.
38. Geng, Y.; Shane, R. B.; Berencsi, K.; Gonczol, E.; Zaki, M. H.; Margolis, D. J.; Trinchieri, G.; Rook, A. H. J. Immunol., 2000, 164, 5522.
39. Shirin, H.; Sordillo, E. M.; Kolevska, T. K.; Hibshoosh, H.; Kawabata, Y.; Oh, S. H.; Kuebler, J. F.; Delohery, T.; Weghorst, C. M.; Weinstein, I. B.; Moss, S. F. Infect. Immun., 2000, 68, 5321.
40. Handfield, M.; Mans, J. J.; Zheng, G.; Lopez, M. C.; Mao, S.; Progulske-Fox, A.; Narasimhan, G.; Baker, H. V.; Lamont, R. J. Cell. Microbiol., 2005, 7, 811.
41. Hiroi, M.; Shimojima, T.; Kashimata, M.; Miyata, T.; Takano, H.; Takahama, M.; Sakagami, H. Anticancer Res., 1998, 18, 3475.
42. Nakhjiri S. F.; Park, Y.; Yilmaz, O.; Chung, W. O.; Watanabe, K.; El-Sabaeny, A.; Park, K.; Lamont, R. J. FEMS Microbiol. Lett., 2001, 200, 145.
43. Loesche, W. J. Grossman, N. S. Clin. Microbiol. Rev., 2001, 14, 727.
44. Brozovic, S.; Sahoo, R.; Barve, S.; Shiba, H.; Uriarte, S.; Blumberg, R. S.; Kinane, D. F. Microbiology, 2006, 152, 797.
45. Ichikawa, J. K.; Norris, A.; Bangera, M. G.; Geiss, G. K.; van 't Wout, A. B.; Bumgarner, R. E.; Lory, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 9659.
46. Chiou, C. C.; Chan, C. C.; Sheu, D. L.; Chen, K. T.; Li, Y. S.; Chan, E. C. Gut, 2001, 48, 598.
47. Cox, J. M.; Clayton, C. L.; Tomita, T.; Wallace, D. M.; Robinson, P. A.; Crabtree, J. E. Infect. Immun., 2001, 69, 6970.
48. Guillemin, K.; Salama, N. R.; Tompkins, L. S.; Falkow, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 15136.
49. Bach, S.; Makristathis, A.; Rotter, M.; Hirschl, A. M. Infect. Immun., 2002, 70, 988.
50. Maeda, S.; Akanuma, M.; Mitsuno, Y.; Hirata, Y.; Ogura, K.; Yoshida, H.; Shiratori, Y.; Omata, M. J. Biol. Chem., 2001, 276, 44856.
51. Maeda, S.; Otsuka, M.; Hirata, Y.; Mitsumo, Y.; Yoshida, H.; Shiratori, Y.; Masuho, Y.; Muramatsu, M.; Seki, N.; Omata, M. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2001, 284, 443.
52. Bohn, E.; Muller, S.; Lauber, J.; Geffers, R.; Speer, N.; Spieth, C.; Krejci, J.; Manncke, B.; Buer, J.; Zell, A.; Autenrieth, I. B. Cell. Microbiol., 2004, 6, 129.
53. Pujol, C. Bliska, J. B. Clin. Immunol., 2005, 114, 216.
54. Schulte, R.; Wattiau, P.; Hartland, E. L.; Robins-Browne, R. M.; Cornelis. G. R. Infect. Immun. 1996, 64, 2106.
55. Denecker, G.; Totemeyer, S.; Mota, L. J.; Troisfontaines, P.; Lambermont, I.; Youta, C.; Stainier, I.; Ackermann, M.; Cornelis, G. R. Infect. Immun., 2002, 70, 3510.
56. Sanz, M.; Lau, L.; Herrera, D.; Morillo, J. M.; Silva, A. J. Clin. Periodontol., 2004, 31, 1034.
57. Hamada, N.; Watanabe, K.; Sasakawa, C.; Yoshikawa, M.; Yoshimura, F.; Umemoto, T. Infect. Immun., 1994, 62, 1696.
58. Malek, R.; Fisher, J. G.; Caleca, A.; Stinson, M.; van Oss, C. J.; Lee, J. Y.; Cho, M. I.; Genco, R. J.; Evans, R. T.; Dyer, D. W. J. Bacteriol., 1994, 176, 1052.
59. Njoroge, T.; Genco, R. J.; Sojar, H. T.; Hamada, N.; Genco, C. A. Infect. Immun., 1997, 65, 1980.
60. Oda, D.; Bigler, L.; Lee, P.; Blanton, R. Exp. Cell Res., 1996, 226, 164.
61. Handfield, M.; Brady, L. J.; Progulske-Fox, A.; Hillman, J. D. Trends Microbiol., 2000, 8, 336.
62. Cao, S. L.; Progulske-Fox, A.; Hillman, J. D.; Handfield, M. FEMS Microbiol. Lett., 2004, 237, 97.
63. Richardson, J.; Craighead, J. C.; Cao, S. L.; Handfield, M. J. Med. Microbiol., 2005, 54, 497.
64. Cao, S. L.; Progulske-Fox, A.; Hillman, J. D.; Handfield, M. FEMS Microbiol. Lett., 2004, 237, 97.
65. Hunter, C. A.; Villarino, A.; Artis, D.; Scott, P. Immunol. Rev., 2004, 202, 106.
66. Yokoyama, K.; Higashi, H.; Ishikawa, S.; Fujii, Y.; Kondo, S.; Kato, H.; Azuma, T.; Wada, A.; Hirayama, T.; Aburatani, H.; Hatakeyama, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 9661.
67. Akopyants, N. S.; Clifton, S. W.; Kersulyte, D.; Crabtree, J. E.; Youree, B. E.; Reece, C. A.; Bukanov, N. O.; Drazek, E. S.; Roe, B. A.; Berg, D. E. Mol. Microbiol., 1998, 28, 37.
68. Censini, S.; Lange, C.; Xiang, Z.; Crabtree, J. E.; Ghiara, P.; Borodovsky, M.; Rappuoli, R.; Covacci, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 14648.
69. Rao, A.; Luo, C.; Hogan, P. G. Annu. Rev. Immunol., 1997, 15, 707.
70. Kao, H. T.; Huang, Y. C.; Lin, T. Y. J. Microbiol. Immunol. Infect., 2003, 36, 209.
71. Zingarelli, B. Crit. Care Med., 2005, 33, S414.
72. Finlay, B. B. Cossart, P. Science, 1997, 276, 718.
73. Ayabe, T.; Ashida, T.; Kohgo, Y.; Kono, T. Trends Microbiol., 2004, 12, 394.
74. Akira, S. Hemmi, H. Immunol. Lett., 2003, 85, 85.
75. Abreu, M. T.; Vora, P.; Faure, E.; Thomas, L. S.; Arnold, E. T.; Arditi, M. J. Immunol., 2001, 167, 1609.
76. Gewirtz, A. T.; Navas, T. A.; Lyons, S.; Godowski, P. J.; Madara, J. L. J. Immunol., 2001, 167, 1882.
77. Kim, J. G.; Lee, S. J.; Kagnoff, M. F. Infect. Immun., 2004, 72, 1487.
78. Kaufmann, S. H. Hess, J. Immunol. Lett., 1999, 65, 81.
79. Chun, C. K.; Ozer, E. A.; Welsh, M. J.; Zabner, J.; Greenberg, E. P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 3587.
80. Doring, G. Worlitzsch, D. Paediatr. Respir. Rev., 2000, 1, 101.
81. Bard, J. B. L. Rhee, S. Y. Nat. Rev. Genetics, 2004, 5, 213.
82. Handfield, M.; Progulske-Fox, A.; Hillman, J. D. Periodontol. 2000, 2005, 38, 123.
83. Ichimura, M.; Hiratsuka, K.; Ogura, N.; Utsunomiya, T.; Sakamaki, H.: Kondoh, T.; Abiko, Y: Otake, S.; Yamamoto. M. J. Oral Pathol. Med., 2006, 35, 167.