Conformational equilibrium in alanine-rich peptides probed by reversible stretching simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 33, 2006, Pages 16718-16723

  Hénin, Jérôme ^a   Schulten, Klaus ^b   Chipot, Christophe ^a  

^a NANCY UNIVERSITÉ   (France)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS;

ADAPTIVE BIASING FORCE; HELICAL PROPENSITIES; SECONDARY STRUCTURE MOTIFS;

POLYPEPTIDES;

EID: 33748539347     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0601116     Document Type: Article

References (58)

1. Daggett, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1898-1916.
2. Barlow, D. J.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 201, 601-619.
3. Millhauser, G. L. Biochemistry 1995, 34, 3873-3877.
4. O'Neil, K.; DeGrado, W. Science 1990, 250, 646-651.
5. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1994, 3, 843-852.
6. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Biopolymers 2001, 58, 235-246.
7. Muck, S. M.; Martinez, G. V.; Fiori, W. R.; Todd, A. P.; Millhauser, G. L. Nature 1992, 359, 653-655.
8. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Hanson, P.; Bolin, K. A.; van de Yen, F. J. J. Mol. Biol. 1997, 267, 963-974.
9. Karle, I.; Balaram, P. Biochemistry 1990, 29, 6747-6756.
10. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286-5290.
11. Fiori, W. R.; Muck, S. M.; Millhauser, G. L. Biochemistry 1993, 32, 11957-11962.
12. Sheinerman, F. B.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10098-10103.
13. Young, W. S.; Brooks, C. L. J. Mol. Biol. 1996, 259, 560-572.
14. Tirado-Rives, J.; Maxwell, D. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11590-11593.
15. Topol, I. A.; Burt, S. K.; Deretey, E.; Tang, T. H.; Perczel, A.; Rashin, A.; Csizmadia, I. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6054-6060.
16. Smythe, M. L.; Nakaie, C. R.; Marshall, G. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10555-10562.
17. Freedberg, D. I.; Venable, R. M.; Rossi, A.; Bull, T. E.; Pastor, R. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10478-10484.
18. Samuelson, S. O.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 11061-11073.
19. Samuelson, S. O.; Martyna, G. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1752-1766.
20. García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sc. U.S.A. 2002, 99, 2782-2787.
21. Gnanakaran, S.; Nymeyer, H.; Portman, J.; Sanbonmatsu, K. Y.; García, A. E. Cur. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 168-174.
22. Jas, G.; Kuczera, K. Biophys. J. 2004, 87, 3786-3798.
23. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9229-9234.
24. Gnanakaran, S.; García, A. E. Proteins 2005, 59, 773-782.
25. Paschek, D.; Gnanakaran, S.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6765-6770.
26. Hiltpold, A.; Ferrara, P.; Gsponer, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10080-10086.
27. Smythe, M. L.; Huston, S. E.; Marshall, G. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5445-5452.
28. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169-9183.
29. Hénin, J.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2904-2914.
30. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
31. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621.
32. Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Chipot, C.; Dalke, A.; Dixit, S.; Grayson, P.; Gullingsrud, J.; Gursoy, A.; Hardy, D.; Hénin, J.; Humphrey, W.; Hurwitz, D.; Krawetz, N.; Kumar, S.; Nelson, M.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Zheng, G.; Zhu, F. NAMD User's Guide, version 2.6b1; Theoretical Biophysics Group, University of Illinois and Beckman Institute: Urbana, IL, 2005.
33. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. C.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
34. Beachy, M. D.; Chasman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908-5920.
35. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-744.
36. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B. ; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
37. Feig, M.; MacKerell, A. D.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2831-2836.
38. Kollman, P.; Dixon, R.; Cornell, W.; Fox, T.; Chipot, C.; Pohorille, A. In Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications; Van Gunsteren, W. F., Weiner, P. K., Eds.; Escom: Leiden, The Netherlands, 1997; pp 83-96.
39. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, K. P. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074.
40. Sorin, E. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2472-2493.
41. MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698-699.
42. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487.
43. Frishman, D.; Argos, P. Proteins 1995, 23, 566-579.
44. Chipot, C.; Benin, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 244906.
45. Long, H.; Tycko, R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7039-7048.
46. Pal, L.; Chakrabarti, P.; Basu, G. J. Mol. Biol. 2003, 326, 273-291.
47. Chipot, C.; Pohorille, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11912-11924.
48. Armen, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 1145-1157.
49. Hanson, P.; Anderson, D.; Martinez, G.; Millhauser, G.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Vita, C. Mol. Phys. 1998, 95, 957-966.
50. Stickle, D. F.; Presta, L. G.; Dill, K. A.; Rose, G. D. J. Mol. Biol. 1992,226, 1143-1159.
51. Fain, A. V.; Berezovsky, I. N.; Chekhov, V. O.; Ukrainskii, D. L.; Esipova, N. G. Biophysics 2001, 46, 921-928.
52. Guo, Z.; Brooks, C. L.; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161-6.
53. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. 2004, 307, 269-283.
54. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 460-467.
55. Price, D. J.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2002, 23, 1045-1057.
56. Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2005, 26, 682-90.
57. Moran, A. M.; Park, S.-M; Dreyer, J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3651-3659.
58. Kim, S.; Cross, T. A. J. Magn. Reson. 2004, 168, 187-193.