Detailed map of oxidative post-translational modifications of human P21Ras using Fourier transform mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 14, 2006, Pages 5134-5142

  Zhao, Cheng ^a   Sethuraman, Mahadevan ^a   Clavreul, Nicolas ^a   Kaur, Parminder ^a   Cohen, Richard A ^a   O'Connor, Peter B ^a  

^a BOSTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

OXIDIZED CYSTEINES; P21RAS; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; MAPPING; MASS SPECTROMETRY; ONCOGENIC VIRUSES; ORGANIC COMPOUNDS; OXIDATION;

PROTEINS;

CYSTEINE; GLUTATHIONE; GLUTATHIONE DISULFIDE; GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR; METHIONINE; NITROSO DERIVATIVE; OXIDIZING AGENT; PEROXYNITRITE; PROTEIN P21; SULFATE; SULFUR; TYROSINE;

ACCURACY; ARTICLE; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; GLUTATHIOLATION; HUMAN; NITROSATION; ONCOGENE; OXIDATION; PEPTIDE MAPPING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN STRUCTURE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; FOURIER ANALYSIS; GLUTATHIONE; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OXIDATION-REDUCTION; PEROXYNITROUS ACID; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; RAS PROTEINS;

EID: 33746260272     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac060525v     Document Type: Article

References (73)

1. Campbell, S. L.; Khosravi-Far, R.; Rossman, K. L.; Clark, G. J.; Der, C. J. Oncogene 1998, 17, 1395-1413.
2. Bos, J. L. Cancer Res. 1989, 49, 4682-4689.
3. Shields, J. M.; Pruitt, K.; McFall, A.; Shaub, A.; Der, C. J. Trends Cell Biol. 2000, 10, 147-154.
4. Boriack-Sjodin, P. A.; Margarit, S. M.; Bar-Sagi, D.; Kuriyan, J. Nature 1998, 394, 337-343.
5. Vetter, I. R.; Wittinghofer, A. Science 2001, 294, 1299-1304.
6. Scheffzek, K.; Ahmadian, M. R.; Kabsch, W.; Wiesmuller, L.; Lautwein, A.; Schmitz, F.; Wittinghofer, A. Science 1997, 277, 333-338.
7. Clavreul, N.; Adachi, T.; Pimental, D. R.; Ido, Y.; Schoneich, C.; Cohen, R. A. FASEB J. 2006, online January 13, 2006.
8. Stamler, J. S.; Lamas, S.; Fang, F. C. Cell 2001, 106, 675-683.
9. Jaffrey, S. R.; Erdjument-Bromage, H.; Ferris, C. D.; Tempst, P.; Snyder, S. H. Nat. Cell Biol. 2001, 3, 193-197.
10. Eu, J. P.; Sun, J. H.; Xu, L.; Stamler, J. S.; Meissner, G. Cell 2000, 102, 499-509.
11. Sun, J.; Xin, C.; Eu, J. P.; Stamler, J. S.; Meissner, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11158-11162.
12. Klatt, P.; Lamas, S. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 4928-4944.
13. Adachi, T.; Pimentel, D. R.; Heibeck, T.; Hou, X. Y.; Lee, Y. J.; Jiang, B. B.; Ido, Y.; Cohen, R. A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 29857-29862.
14. Heo, J. Y.; Campbell, S. L. Biochemistry 2004, 43, 2314-2322.
15. Mallis, R. J.; Buss, J. E.; Thomas, J. A. Biochem. J. 2001, 355, 145-153.
16. Baker, T. L.; Booden, M. A.; Buss, J. E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 22037-22047.
17. Dawson, T. M.; Sasaki, M.; Gonzalez-Zulueta, M.; Dawson, V. L. Prog. Brain Res. 1998, 118, 3-11.
18. Lander, H. M.; Milbank, A. J.; Tauras, J. M.; Hajjar, D. P.; Hempstead, B. L.; Schwartz, G. D.; Kraemer, R. T.; Mirza, U. A.; Chait, B. T.; Burk, S. C.; Quilliam, L. A. Nature 1996, 381, 380-381.
19. Lander, H. M.; Ogiste, J. S.; Pearce, S. F. A.; Levi, R.; Novogrodsky, A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7017-7020.
20. Lander, H. M.; Sehajpal, P. K.; Novogrodsky, A. J. Immunol. 1993, 151, 7182-7187.
21. Saavedra, A. P.; Tsygankova, O. M.; Prendergast, G. V.; Dworet, J. H.; Cheng, G.; Meinkoth, J. L. Oncogene 2002, 21, 778-788.
22. Mittar, D.; Sehajpal, P. K.; Lander, H. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 322, 203-209.
23. Radi, R.; Beckman, J. S.; Bush, K. M.; Freeman, B. A. J. Biol. Chem. 1991, 266, 4244-4250.
24. Koppenol, W. H.; Moreno, J. J.; Pryor, W. A.; Ischiropoulos, H.; Beckman, J. S. Chem. Res. Toxicol. 1992, 5, 834-842.
25. Beckmann, J. S.; Ye, Y. Z.; Anderson, P. G.; Chen, J.; Accavitti, M. A.; Tarpey, M. M.; White, C. R.; Beckman, J. S. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1994, 375, 81-88.
26. Royall, J. A.; Kooy, N. W.; Beckman, J. S. New Horiz. 1995, 3, 113-122.
27. Beckman, J. S.; Beckman, T. W.; Chen, J.; Marshall, P. A.; Freeman, B. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 1620-1624.
28. Moreno, J. J.; Pryor, W. A. Chem. Res. Toxicol. 1992, 5, 425-431.
29. Silliams, J. G.; Pappu, K.; Campbell, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6376-6381.
30. Wittinghofer, F.; Krengel, U.; John, J.; Kabsch, W.; Pai, E. F. Environ. Health Perspect. 1991, 93, 11-15.
31. Brunger, A. T.; Milburn, M. V.; Tong, L.; Devos, A. M.; Jancarik, J.; Yamaizumi, Z.; Nishimura, S.; Ohtsuka, E.; Kim, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 4849-4853.
32. Lander, H. M.; Hajjar, D. P.; Hempstead, B. L.; Mirza, U. A.; Chait, B. T.; Campbell, S.; Quilliam, L. A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 4323-4326.
33. Finkel, T. FEBS Lett. 2000, 476, 52-54.
34. Hancock, J. F. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2003, 4, 373-384.
35. Rocks, O.; Peyker, A.; Kahms, M.; Verveer, P. J.; Koerner, C.; Lumbierres, M.; Kuhlmann, J.; Waldmann, H.; Wittinghofer, A.; Bastiaens, P. I. H. Science 2005, 307, 1746-1752.
36. Willumsen, B. M.; Cox, A. D.; Solski, P. A.; Der, C. J.; Buss, J. E. Oncogene 1996, 13, 1901-1909.
37. Kuster, G. M.; Pimentel, D. R.; Adachi, T.; Ido, Y.; Brenner, D. A.; Cohen, R. A.; Liao, R.; Siwik, D. A.; Colucci, W. S. Circulation 2005, 111, 1192-1198.
38. Teng, K. K.; Esposito, D. K.; Schwartz, G. D.; Lander, H. M.; Hempstead, B. L. J. Biol. Chem. 1999, 274, 37315-37320.
39. Mott, H. R.; Carpenter, J. W.; Campbell, S. L. Biochemistry 1997, 36, 3640-3644.
40. Williams, J. G.; Pappu, K.; Campbell, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6376-6381.
41. Thapar, R.; Williams, J. G.; Campbell, S. L. J. Mol. Biol. 2004, 343, 1391-1408.
42. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
43. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299-2301.
44. Hillenkamp, F.; Karas, M.; Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1991, 63, A1193-A1202.
45. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313-10317.
46. Sannes-Lowery, K. A.; Griffey, R. H.; Kruppa, G. H.; Speir, J. P.; Hofstadler, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 1957-1961.
47. Sannes-Lowery, K. A.; Hofstadler, S. A. J. Am. Mass Spectrom. 2000, 11, 1-9.
48. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
49. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211-225.
50. Mirgorodskaya, E.; O'Connor, P. B.; Costello, C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 318-324.
51. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
52. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862.
53. Leymarie, N.; Costello, C. E.; O'Connor, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8949-8958.
54. Kelleher, R. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 71, 4250-4253.
55. Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800.
56. Shi, S. D. H.; Hemling, M. E.; Carr, S. A.; Horn, D. M.; Lindh, I.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2001, 73, 19-22.
57. Mirgorodskaya, E.; Roepstorff, P.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436.
58. O'Connor, P. B.; Pittman, J. L.; Thomson, B. A.; Budnik, B. A.; Cournoyer, J. C.; Jebanathirajah, J.; Lin, C.; Moyer, S.; Zhao, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 259-266.
59. Jebanathirajah, J. A.; Pittman, J. L.; Thomson, B. A.; Budnik, B. A.; Kaur, P.; Rape, M.; Kirschner, M.; Costello, C. E.; O'Connor, P. B. J. Am. Mass Spectrom. 2005, 16, 1985-1999.
60. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
61. McLafferty, F. W. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 379-386.
62. Loboda, A.; Krutchinsky, A.; Loboda, O.; McNabb, J.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. G. Eur. J. Mass Spectrom 2000, 6, 531-536.
63. Wilcox, B. E.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Mass Spectrom. 2002, 13, 1304-1312.
64. Senko, M. W.; Speir, J. P.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2801-2808.
65. Tsybin, Y. O.; Hakansson, P.; Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Kjeldsen, F.; Gorshkov, M.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1849-1854.
66. Kaur, P.; O'Connor, P. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 459-468.
67. Xu, G. Z.; Kiselar, J.; He, O.; Chance, M. R. Anal. Chem. 2005, 77, 3029-3037.
68. Xu, G. Z.; Chance, M. R. Anal. Chem. 2005, 77, 2437-2449.
69. Xu, G. Z.; Chance, M. R. Anal. Chem. 2005, 77, 4549-4555.
70. Galeva, N. A.; Esch, S. W.; Williams, T. D.; Markille, L. M.; Squier, T. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1470-1480.
71. Guan, Z. Q.; Yates, N. A.; Bakhtiar, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 605-613.
72. Takamoto, K.; Chance, M. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006, 35, 251-275.
73. Mirza, U. A.; Chait, B. T.; Lander, H. M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 17185-17188.