Molecular dynamics study of the inclusion of cholesterol into cyclodextrins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 12, 2006, Pages 6372-6378

  Yu, Yanmin ^a   Chipot, Christophe ^b   Cai, Wensheng ^a,c   Shao, Xueguang ^c  

^a UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

^b NANCY UNIVERSITÉ   (France)

^c NANKAI UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSOCIATION REACTIONS; COMPUTER SIMULATION; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; POLYSACCHARIDES; VAN DER WAALS FORCES;

BINDING MODES; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; POTENTIAL OF MEAN FORCE (PMF); SOLVATION;

CHOLESTEROL;

EID: 33645825240     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056751a     Document Type: Article

References (49)

1. Simons, K.; Ikonen, E. Science 2000, 290, 1721-1726.
2. Szejtili, J. Chem. Rev. 1998, 98, 173-1753.
3. Rekharsky, M. V.; Inoue, Y. Chem. Rev. 1998, 98, 1875-1917.
4. Cai, W. S.; Yu, Y. M.; Shao, X. G. J. Mol. Model. 2005,11,186-193.
5. Cai, W. S.; Yao, X. X.; Shao, X. G.; Pan, Z. X. J. Inclusion Phenom. Macrocyclic Chem. 2005, 51, 41-51.
6. Cai, W. S.; Yu, Y. M.; Shao, X. G. Chemom. Intell. Lab. Syst., in press.
7. Visconü, P. E.; Galantino-Homer, H.; Ning, X. P.; Moore, G. D.; Valenzuela, J. P.; Jorgez, C. J.; Alvarez, J. G.; Kopf, G. S. J. Biol. Chem. 1999, 274, 3235-3242.
8. Kilsdonk, E. P.; Yaneey, P. G.; Stoudt, G. W.; Bangerter, F. W.; Johnson, W. J.; Phillips, M. C.; Rothblat, G. H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 17250-17256.
9. Klein, U.; Gimpl, G.; Fahrenholz, F. Biochemistry 1995,34,13784-13793.
10. Debouzy, J. C.; Fauvelle, F.; Crouzy, S.; Girault, L.; Chapron, Y.; Goschl M.; Gadelle, A. J. Pharm. Sci. 1998, 87, 59-66.
11. Yaneey, P. G.; Rodrigueza, W. V.; Kilsdonk, E. P. C.; Stoudt, G. W.; Johnson, W. J.; Phillips, M. C.; Rothblat, G. H. J. Biol. Chem. 1996, 277, 16026-16034.
12. Ohvo, H.; Olsio, C.; Slotte, J. P. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1349, 131-141.
13. Rajewskix, R. A.; Stella, V. J. J. Pharm. Sci. 1996, 85, 1142-1169.
14. Me, T.; Uekama, K. J. Pharm. Sci. 1997, 86, 147-162.
15. Pitha, J.; Irie, T.; Sklar, P. B.; Nye, J. S. Life Sci. 1988, 43, 493502.
16. Christian, A. E.; Byun, H. S.; Zhong, N.; Wanunu, M.; Marti, T.; Purer, A.; Diederich, F.; Bittman, R.; Rothblat, G. H. J. Lipid Res. 1999, 40, 1475-1482
17. Irie, T.; Fukunaga, K.; Pitha, J. J. Pharm. Sci. 1992, 87, 521-523.
18. Atger, V. M.; Moya, M. D.; Stoudt, G. W.; Rodrigueza, W. V.; Phillips, M. C.; Rothblat, G. H. J. Clin. Invest. 1997, 99, 773-780.
19. Haynes, M. P.; Phillips, M. C.; Rothblat, G. H. Biochemistry 2000, 39, 4508-4517.
20. Ohvo, H.; Slotte, J. P. Biochemistry 1996, 35, 8018-8024.
21. Radhakrishnan, A.; McConnell, H. M. Biochemistry 2000, 39, 8119-8124.
22. Niu, S. L.; Litman, B. J. Biophys. J. 2002, 85, 3408-3415.
23. Ravichandran, R.; Divakar, S. J. Inclusion Phenom. Macrocyclic Chem. 1998, 30, 253-270.
24. Podar, K.; Tai, Y. T.; Cole, C. E.; Hideshima, T.; Sattler, M.; Hamblin, A.; Mitsiades, N.; Schlossman, R. L.; Davies, F. E.; Morgan, G. J.; Munshi, N. C.; Chauhan, D.; Anderson, K. C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 5794-5801.
25. Choi, Y. H.; Yang, C. H.; Kim, H. W.; Jung, S. J. Inclusion Phenom. Macrocyclic Chem. 2001, 39, 71-76.
26. Nishijo, J.; Moriyama, S.; Shiota, S.; Kamigauchi, M.; Sugiura, M. Chem. Pharm. Bull. 2004, 52, 1405-1410.
27. Nishijo, J.; Moriyama, S.; Shiota, S. Chem. Pharm. Bull. 2003, 51, 1253-1257.
28. Breslow, R.; Zhang, B. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8495-8496.
29. Frijlink, H. W.; Bissens, A. C.; Hefting, N. R.; Poelstra, K.; Lerk, C. F.; Meijer, D. K. F. Pharm. Res. 1991, 8, 9-16.
30. Rodal, S. K.; Skretting, G.; Garred, O.; Vilhardt, F.; van Deurs, B.; Sandvig, K. Mol. Biol. Cell 1999, 10, 961-974.
31. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 7/5, 9169-9183.
32. Hénin, J.; Pohorille, A.; Chipot, C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 727, 8478-8484.
33. Hénin, J.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2004, 727, 2904-2914.
34. Rodriguez-Gomez, D.; Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2004, 720, 3563-3570.
35. Betzel, C.; Saenger, W.; Hingerty, B. E.; Brown, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1984, 706, 7545-7557.
36. Aree, T.; Saenger, W.; Leibnitz, P.; Hoier, H. Carbohydr. Res. 1999, 375, 199-205.
37. Insight II User Guide; Accelrys Software Inc.: San Diego, CA, 2005.
38. Shieh, H. S.; Hoard, L. G.; Nordman, C. E. Acta Crystallogr. 1981, B37, 1538-1543.
39. Saenger, W. R.; Jacob, J.; Gessler, K.; Steiner, T.; Hoffmann, D.; Sanbe, H.; Koizumi, K.; Smith, S. M.; Takaha, T. Chem. Rev. 1998, 98, 1787-1802.
40. Schneider, H. J.; Hacket, F.; Rudiger, V.; Ikeda, H. Chem. Rev. 1998, 98, 1755-1785.
41. Hamelin, B.; Jullien, L.; Laschewsky, A.; du Penhoat, C. H. Chem.Eur. J. 1999, 5, 546-556
42. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kaie, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005,26, 1781-1802.
43. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Sträub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B. 1998, 702, 3586-3616.
44. Jorgensen, W. L.; Chandrsekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
45. Pitman, M. C.; Suits, F.; MacKerell, A. D., Jr.; Feller, S. E. Biochemistry 2004, 43, 15318-15328.
46. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187199.
47. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
48. Shoup, D.; Szabo, A. Biophys. J. 1982, 40, 33-39.
49. Mwakibete, H.; Cristantino, R.; Bloor, D. M.; Wyn-Jones, E.; Holzwarth, J. F. Langmuir 1995, 11, 57-60.