Valence- And dipole-bound anions of the thymine-water complex: Ab initio characterization of the potential energy surfaces

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 9, 2006, Pages 2916-2923

  Frigato, Tomaso ^a   Svozil, Daniel ^a   Jungwirth, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIONIC FORMS; ENERGY BARRIER; ENERGY MINIMA; VALENCE-BOUND ANIONS;

BINDING ENERGY; COMPLEXATION; ELECTRONS; POTENTIAL ENERGY; SURFACE CHEMISTRY;

NEGATIVE IONS;

ANION; THYMINE; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY;

ANIONS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; THYMINE; WATER;

EID: 33645685961     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054090b     Document Type: Article

References (67)

1. Simons, J.; Jordan, K. D. Chem. Rev. 1987, 87, 535.
2. Fermi, E.; Teller, E. Phys. Rev. 1947, 72, 399.
3. Garrett W. R. Phys. Rev. A 1971, 3, 961.
4. Crawford, H. O.; Dalgarno, A. Chem. Phys. Lett. 1967, 91, 279.
5. Desfrancois, C.; AbdoulCarime, H.; Schermann, J. P. Int. J. Mod. Phys. B 1996, 10, 1339.
6. Gutowski, M.; Skurski, P. Recent Res. Dev. Phys. Chem. 1999, 3, 245.
7. Jordan, K.; Wang, F. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 367.
8. Gutowski, M.; Skurski, P.; Boldyrev, A. I.; Simons, J.; Jordan, K. D. Phys. Rev. A 1996, 54, 1906.
9. Gutowski, M.; Skurski, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9143.
10. Gutowski, M.; Skurski, P.; Jordan, K.; Simons, J. Int. J. Quantum Chem. 1997, 64, 183.
11. Gutowski, M.; Jordan, K. D.; Skurski, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2624.
12. Svozil, D.; Jungwirth, P.; Havlas, Z. Collect. Czech. Chem. Commun. 2004, 69, 1395.
13. Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; deClercq, H. L.; Snodgrass, J. T.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7788.
14. Desfrancois, C.; Periquet, V.; Bouteiller, Y.; Schermann, J. P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1274.
15. Oyler, N. A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11122.
16. Oyler, N. A.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 1994, 219, 223.
17. Sevilla, M. D.; Besler, B.; Colson, A. O. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1060.
18. Svozil, D.; Frigato, T.; Havlas, Z.; Jungwirth, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 840.
19. Sommerfeld, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9150.
20. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A 1999, 703, 1611.
21. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
22. van Mourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 2886.
23. Rejnek J.; Hanus, M.; Kabelac, M.; Ryjacek, F.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2006.
24. Nguyen, M. T.; Chandra, A. K.; Zeegers-Huyskens, T. Faraday Trans. 1998, 94, 1277.
25. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010.
26. Gadre, S. R.; Babu, K.; Rendell, A. P. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8976.
27. Gaigeot, M. P.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5007.
28. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1934.
29. Di Laudo, M. Whittleton, S. R.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10406.
30. Hu, X.; Li, H.; Liang, W.; Han, S. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12999.
31. Hu, X.; Li, H.; Liang, W.; Han, S. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5935.
32. Gaigeot, M. P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7458.
33. Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8.
34. Schiedt, J.; Weinkauf, R.; Neumark, D. M.; Schlag, E. W. Chem. Phys. 1998, 239, 511.
35. Smets, J.; McCarthy, W. J., Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14655.
36. Smets, J.; Smith, D. M. A.; Elkadi, Y.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9152.
37. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7912.
38. Haranczyk, M.; Bachorz, R.; Rak, J.; Gutowski, M.; Radisic, D.; Stokes, S. T.; Nilles, J. M.; Bowen, K. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7889.
39. Jalbout, A. F.; Hall-Black, C. S.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 2002, 354, 128.
40. Fukui, K. Acc. Chem. Res. 1981, 14, 363.
41. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
43. Kendall, R.; Dunning, T.; Harrison, R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
44. Skurski, P.; Gutowski, M. J. Chem. Phys. 1998, 108, 6303.
45. Skurski, P.; Gutowski, M.; Simons, J. Int. J. Quantum Chem. 2000, 80, 1024.
46. Koch, H.; Fernandez, B.; Christiansen, O. J. Chem. Phys. 1998, 108, 2784.
47. Jurecka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89.
48. Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359.
49. Vahtras, O.; Almlöf, J.; Feyereisen, M. W. Chem. Phys. Lett. 1993, 213, 514.
50. Jurecka, P.; Nachtigall, P.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4578.
51. Bernholdt, D.; Harrison, R. Chem. Phys. Lett. 1996, 250, 477.
52. Feller, D.; Apra, E.; Nichols, J.; Bernholdt, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1940.
53. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437.
54. Helgaker, T.; Klopper, W.; Koch, H.; Noga, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9639.
55. Quapp, W. J. Mol. Struct. 2004, 695, 95.
56. Morgado, C. A.; Pichugin, K. Y.; Adamowicz, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2758.
57. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Caries, S.; Periquet, V.; Scherman, J. P.; Smith, D. A. M.; Adamowicz, L. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11876.
58. Neidle, S. Nucleic Acid Structure and Recognition; Oxford University Press: Oxford, U.K., 2002.
59. Arai, S.; Chatake, T.; Ohhara, T.; Kurihara, K.; Tanaka, I.; Suzuki, N.; Fujimoto, Z.; Mizuno, H.; Niimura, N. Nucl. Acids Res. 2005, 33, 3017.
60. Schneider, B.; Berman, H. M. Biophys. J. 1995, 69, 2661.
61. Schneider, B.; Cohen, D. M.; Schleifer, L.; Srinivisan, A. R.; Olson, W. K.; Berman, H. M. Biophys. J. 1993, 65, 2291.
62. Sevilla, M. D.; Besler, B.; Colson, A. O. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2215.
63. Kurnikov, I. V.; Tong, G. S. M.; Madrid, M.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7.
64. Conwell, E. M.; Basko, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11441.
65. Basko, D. M.; Conwell, E. M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 098102.
66. Voityuk, A. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204904.
67. Voityuk, A. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10793.