Fully integrated miniature device for automated gene expression DNA microarray processing

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 6, 2006, Pages 1980-1986

  Liu, Robin Hui ^a   Nguyen, Tai ^a   Schwarzkopf, Kevin ^a   Fuji, H Sho ^a   Petrova, Alla ^a   Siuda, Tony ^a   Peyvan, Kia ^a   Bizak, Michael ^a   Danley, David ^a   McShea, Andy ^a  

^a CombiMatrix Corporation ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENOMIC ANALYSIS; HUMAN LEUKEMIA CELL LINE; MICROARRAY PROCESSING; SILICON CHIP;

DNA; ELECTROCHEMISTRY; FLOW OF FLUIDS; FLUID DYNAMICS; FLUIDICS; REACTION KINETICS;

ARRAYS;

DNA; METAL OXIDE; RNA; SILICON;

ARTICLE; AUTOANALYSIS; BACTERIOPHAGE LAMBDA; CALIBRATION; CELL STRAIN K 562; CONTROLLED STUDY; DEVICE; DNA MICROARRAY; ELECTROCHEMICAL DETECTION; ELECTRONICS; ESCHERICHIA COLI; GENE EXPRESSION; GENOMICS; HUMAN; HUMAN CELL; MICROFLUIDIC ANALYSIS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; REPRODUCIBILITY; RNA ANALYSIS;

BACTERIOPHAGE LAMBDA; ESCHERICHIA COLI; GENE EXPRESSION PROFILING; MICROFLUIDICS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 33645221090     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0518553     Document Type: Article

References (36)

1. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270, 467-470.
2. Roberts, C. J.; Nelson, B.; Marton, M. J.; Stoughton, R.; Meyer, M. R.; Bennett, H. A.; He, Y. D.; Dai, H.; Walker, W. L.; Hughes, T. R.; Tyers, M.; Boone, C.; Friend, S. H. Science 2000, 287, 873-880.
3. Hughes, T. R.; Marton, M. J.; Jones, A. R.; Roberts, C. J.; Stoughton, R.; Armour, C. D.; Bennett, H. A.; Coffey, E.; Dai, H.; He, Y. D.; Kidd, M. J.; King, A. M.; Meyer, M. R.; Slade, D.; Lum, P. Y.; Stepaniants, S. B.; Shoemaker, D. D.; Gachotte, D.; Chakraburtty, K.; Simon, J.; Bard, M.; Friend, S. H. Cell 2000, 102, 109-126.
4. Gray, N. S.; Wodicka, L; Thunnissen, A. M.; Norman, T. C.; Kwon, S.; Espinoza, F. H.; Morgan, D. O.; Barnes, G.; LeClerc, S.; Meijer, L.; Kim, S. H.; Lockhart, D. J.; Schultz, P. G. Science 1998, 218, 533-538.
5. Chu, S.; DeRisi, J.; Eisen, M.; Mulholland, J.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Herskowitz, I. Science 1998, 282, 699-705.
6. Khan, J.; Simon, R.; Bittner, M.; Chen, Y.; Leighton, S. B.; Pohida, T.; Smith, P. D.; Jiang, Y.; Gooden, G. C.; Trent, J. M.; Meltzer, P. S. Cancer Res. 1998. 58, 5009-5013.
7. Perou, C. M.; Jeffrey, S. S.; van de Rijn, M.; Rees, C. A.; Eisen, M. B.; Ross, D. T.; Pergamenschikov, A.; Williams, C. F.; Zhu, S. X.; Lee, J. C.; Lashkari. D.; Shalon, D.; Brown, P. O.; Botstein, D. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9212-9217.
8. Golub, T. R.; Slonim, D. K.; Tamayo, P.; Huartl, C.; Gaasenbeek, M.; Mesirov, J. P.; Coller, H.; Loh, M. L.; Downing, J. R.; Caligiuri, M. A; Bloomfield, C. D.; Lander, E. S. Science 1999, 286, 531-537.
9. Hu, G. K.; Madore, S. J.; Moldover, B.; Jatkoe, T.; Balaban, D.; Thomas, J.; Wang, Y. Genome Res. 2001, 11, 1237-1245.
10. Schena, M. Microarray Biochip Technology; Eaton Publishing: Natick, MA, 2000.
11. Ramakrishnan, R.; Dorris, D.; Lublinsky, A.; Nguyen, A.; Domanus, M.; Prokhorova, A.; Gieser, L.; Tourna, E.; Lockner, R.; Tata, M.; Zhu, X.; Patterson, M.; Shippy, R.; Sendera, T. J.; Mazumder, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e30.
12. Yue, H.; Eastman, P. S.; Wang, B. B.; Minor, J.; Doctolero, M. H.; Nuttall. R. L.; Stack, R.; Becker, J. W.; Montgomery, J. R.; Vainer, M.; Johnston, R. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e41.
13. Southern, E. M.; Maskos, U.; Elder, J. K. Genomics 1992, 13, 1008-1017.
14. Maskos, U.; Southern, E. M. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 1679-1684.
15. Fodor, S. P. A.; Read, J. L; Pirrung, M. C.; Stryer, L.; Lu, A. T.; Solas, D. Science 1991, 251, 767-773.
16. Hughes, T. R.; Mao, M.; Jones, A. R.; Burchard, J.; Marton, M. J.; Shannon, K. W.; Lefkowitz, S. M.; Ziman, M.; Schelter, J. M.; Meyer, M. R.; Kobayashi, S.; Davis, C.; Dai, H.; He, Y. D.; Stephaniants, S. B.; Cavet, G.; Walker, W. L.; West, A.; Coffey, E.; Shoemaker, D. D.; Stoughton, R.; Blanchard, A. P.; Friend, S. H.; Linsley, P. S. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 342-347.
17. Singh-Gasson, S.; Green, R. D.; Yue, Y.; Nelson, C.; Blattner, F.; Sussman, M. R.; Cerrina, F. Nat, Biotechnol. 1999, 17, 974-978.
18. Pellois, J. P.; Zhou, X.; Srivannavit, O.; Zhou, T.; Gulari, E.; Gao, X. Nat. Biotechnol 2002, 20, 922-926.
19. Dill, K.; Montgomery, D. D.; Ghindilis, A. L.; Schwarzkopf, K. R. J. Biochem. Biophys. Methods 2004, 59, 181-187.
20. Nittler, M. P.; Hocking-Murray, D.; Foo, C. K.; Sil, A. Mol. Biol. Cell 2005, in press.
21. Maurer, K.; McShea, A.; Strathmann, M.; Dili, K. J. Comb. Chem. 2005, in press.
22. Oleinikov, A. V.; Gray, M. D.; Zhao, J.; Montgomery, D. D.; Ghindilis, A. L.; Dili, K. J. Proteome Res. 2003, 2, 313.
23. Kelly, R. T.; Woolley, A. T. Anal. Chem. 2005, 77, 97A-102A.
24. Harrison, D. J.; Fluri, K.; Seller, K.; Fan, Z. H.; Effenhauser, C. S.; Manz, A. Science 1993, 261, 895-897.
25. Burns, M. A.; Johnson, B. N.; Brahmasandra, S. N.; Handique, K.; Webster, J. R.; Krishnan, M.; Sammarco, T. S.; Man, P, M.; Jones, D.; Heldsinger, D.; Mastrangelo, C. H.; Burke, D. T. Science 1998, 282, 484-487.
26. Waters, L. C.; Jacobson, S. C.; Kroutchinina, N.; Khandurina, J.; Foote, R. S.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 1998, 70, 158-162.
27. Woollery, A. T.; Hadley, D.; Landre, P.; deMello, A. J.; Mathies, R. A.; Northrup, M. A. Anal. Chem. 1996, 68, 4081-4086.
28. Anderson, R. C.; Su, X.; Bogdan, G. J.; Fenton, J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, e60.
29. Yuen, P. K.; Kricka, L. J.; Fortina, P.; Panaro, N. J.; Sakazume, T.; Wilding, P. Genome Res. 2001, 11, 405-412.
30. Liu, R. H.; Yang, J.; Lenigk, R.; Bonanno, J.; Grodzinski, P. Anal. Chem. 2004, 76, 1824-1832.
31. Su, Y. C.; Lin. L. W.; Pisano, A. P. J. Microelectromech. Syst. 2002, 11, 736-742.
32. Zengerle, R.; Skluge, S.; Richter, M.; Richter, A. Sens. Actuators, A 1995, 50, 81-86.
33. Unger, M. A.; Chou, H.; Thorsen, T.; Scherer, A.; Quake, S. R. Science 2000, 288, 113-116.
34. Bohm, S.; Olthuis, W.; Bergveld, P. J. Biomed. Microdevices 1999, 1 (2), 121-130.
35. Richter, G. Device for Supplying Medicines. U.S. Patent, 3,894,538. 1975.
36. Munyan, J. W.; Fuentes, H. V.; Draper, M.; Kelly, R. T.; Woolley, A. T. Lab Chip 2003, 3, 217-220.