Electrochemical detection of single-nucleotide mismatches: Application of M-DNA

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 14, 2004, Pages 4059-4065

  Long, Yi Tao ^a   Li, Chen Zhong ^a   Sutherland, Todd C ^a   Kraatz, Hienz Bernhard ^a   Lee, Jeremy S ^a  

^a UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; DNA; MONOLAYERS;

ELECTROCHEMICAL DETECTION; HYBRIDIZATION CONDITIONS;

ELECTROCHEMISTRY;

DOUBLE STRANDED DNA; MITOCHONDRIAL DNA;

ARTICLE; BASE MISPAIRING; BASE PAIRING; CONCENTRATION (PARAMETERS); DNA DETERMINATION; DNA HYBRIDIZATION; ELECTROCHEMICAL ANALYSIS; IMPEDANCE; MODEL; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SPECTROSCOPY;

BASE PAIR MISMATCH; BASE SEQUENCE; BIOSENSING TECHNIQUES; DNA; ELECTROCHEMISTRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION;

EID: 3242737490     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac049482d     Document Type: Article

References (55)

1. Willner, I. Science 2002, 298, 2407-2408.
2. Wang, D. G.; Fan, J. B.; Siao, C. J.; Berno, A.; Young, P.; Sapolsky, R.; Ghandour, G.; Perkins, N.; Winchester, E.; Spencer, J.; Kruglyak, L.; Stein, L.; Hsie, L.; Topaloglou, T.; Hubbell, E.; Robinson, E.; Mittmann, M.; Morris, M. S.; Shen, N. P.; Kilburn, D.; Rioux, J.; Nusbaum, C.; Rozen, S.; Hudson, T. J.; Lipshutz, R.; Chee, M.; Lander, E. S. Science 1998, 280, 1077-1082.
3. Fritz, J.; Cooper, E. B.; Gaudet, S.; Sorger, P. K.; Manalis, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14142-14146.
4. Heaton, R. J.; Peterson, A. W.; Georgiadis, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3701-3704.
5. Richter, J. Physica E 2003, 16, 157-173.
6. Venter, J.; Adams, M.; Sutton, G.; Kerlavage, A.; Smith, H.; Hunkapiller, M. Science 1998, 280, 1540-1542.
7. Bontidean, I.; Kumar, A.; Csoeregi, E.; Galaev, I. Y.; Mattiasson, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2676-2678.
8. Liu, X.; Tan, W. Anal. Chem. 1999, 71, 5054-5059.
9. Ferguson, J. A.; Boles, T. C.; Adams, C. P.; Walt, D. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1681-1684.
10. McCarthy, J. J.; Hilfiker, R. Nat. Biotechnol 2000, 18, 505-508.
11. Brookes, A. Gene 1999, 234, 177-186.
12. Wang, J. Chem.-Eur. J. 1999, 5, 1681-1685.
13. Palecek, E.; Fojta, M.; Jelen, F.; Vetterl, V. In Encyclopedia of Electrochemistry; Bard, A. J., Stratmann, M., Eds.; Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaR: Weinheim, Germany, 2002; Vol. 9, pp 365-429.
14. Aoki, H.; Buhlmann, P.; Umezawa, Y. Electroanalysis 2000, 12, 1272-1276.
15. DeWitt, N. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1027.
16. Yu, C. J.; Wan, Y. J.; Yowanto, H.; Li, J.; Tao, C. L.; James, M. D.; Tan, C. L; Blackburn, G. F.; Meade, T. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11155-11161.
17. Umek, R. M.; Lin, S. W.; Vielmetter, J.; Terbrueggen, R., H.; Irvine, B.; Yu, C. J.; Kayyem, J. F.; Yowanto, H.; Blackburn, G. F.; Farkas, D. H.; Chen, Y.-P. J. Mol. Diag. 2001, 3, 74-84.
18. Huang, T. J.; Liu, M.; Knight, L. D.; Grody, W. W.; Miller, J. F.; Ho, C.-M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e55.
19. Mao, Y.-D.; Luo, C.-X.; Ouyang, Q. Nucleic Acids Res. 2003, 13, DOI: 10.1093/nar/gng1108.
20. Hacia, J. G. Nat. Genet. 1999, 21, 42-47.
21. Lindblad-Toh, K.; Winchester, E.; Daly, M. J.; Wang, D. G.; Hirschhorn, J. N.; Laviolette, J. P.; Ardlie, K.; Reich, D. E.; Robinson, E.; Sklar, P.; Shah, N.; Thomas, D.; Fan, J. B.; Gingeras, T.; Warrington, J.; Patil, N.; Hudson, T. J.; Lander, E. S. Nat. Genet. 2000, 24, 381-386.
22. Tyagi, S.; Bratu, D. P.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 49-53.
23. Bernacchi, S.; Mely, Y. Nucleic Acids Res. 2001, 29, e62/61-e62/68.
24. Tan, W.; Fang, X.; Li, J.; Liu, X. Chem.-A Eur. J. 2000, 6, 1107-1111.
25. Kelley, S. O.; Jackson, N. M.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 941-945.
26. Yamashita, K.; Takagi, M.; Kondo, H.; Takenaka, S. Anal. Biochem. 2002, 306, 188-196.
27. Hanafi-Bagby, D.; Piunno, P. A. E.; Wust, C. C.; Krull, U. J. Anal. Chim. Acta 2000, 411, 19-30.
28. Takenaka, S.; Yamashita, K.; Takagi, M.; Uto, Y.; Kondo, H. Anal. Chem. 2000, 72, 1334-1341.
29. Boon, E. M.; Kisko, J. L.; Barton, J. K. Methods Enzymol. 2002, 353, 506-522.
30. Wang, J. Anal. Chim. Acta 2002, 469, 63-71.
31. Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1192-1199.
32. Boon, E. M.; Ceres, D. M.; Drummond, T. G.; Hill, M. G.; Barton, J. K. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1096-1100.
33. Kelley, S. O.; Boon, E. M.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; Hill, M. G. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4830-4837.
34. Hartwich, G.; Caruana, D. J.; de Lumley-Woodyear, T.; Wu, Y.; Campbell, C. N.; Heller, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10803-10812.
35. Caruana, D. J.; Heller, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 769-774.
36. Patolsky, F.; Lichtenstein, A.; Willner, I. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 253-257.
37. Patolsky, F.; Weizmann, Y.; Katz, E.; Willner, I. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 2372-2376.
38. Fan, C.-H.; Plaxco, K. W.; Heeger, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9134-9137.
39. Hu, X. Ph.D. Dissertation, Duke University: Durham, NC, 2001.
40. Long, Y.-T.; Li, C.-Z.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. Biophys. J. 2003, 84, 3218-3225.
41. Li, C.-Z.; Long, Y.-T.; Kraatz, H.-B.; Lee, J. S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2291-2296.
42. Lee, J. S.; Latimer, L. J. P.; Reid, R. S. Biochem. Cell Biol. 1993, 71, 162-168.
43. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. J. T.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477-485.
44. Rakitin, A.; Aich, P.; Papadopoulos, C.; Kobzar, Y.; Vedeneev, A. S.; Lee, J. S.; Xu, J. M. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3670-3673.
45. Carell, T.; Behrens, C.; Gierlich, J. Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 2221-2228.
46. Robertson, N.; McGowan, C. A. Chem. Soc. Rev. 2003, 32, 96-103.
47. Bhalla, V.; Bajpai, R. P.; Bharadwaj, L. M. EMBO Rep. 2003, 4, 442-445.
48. Aboul-Ela, F.; Koh, D.; Tinoco, I. J. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 4811-4824.
49. Ikuta, S.; Takagi, K.; Wallace, R. B.; Itakura, K. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 797-811.
50. Creager, S. E.; Wooster, T. T. Anal. Chem. 1998, 70, 4257-4263.
51. Dijksma, M.; Boukamp, B. A.; Kamp, B.; van Bennekom, W. P. Langmuir 2002, 18, 3105-3112.
52. Yang, M.-S.; Yau, H. C. M.; Chan, H. L. Langmuir 1998, 14, 6121-6129.
53. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601-14607.
54. Peterlinz, K. A.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3401-3402.
55. Yamashita, K.; Takagi, M.; Kondo, H.; Takenaka, S. Chem. Lett. 2000, 1038-1039.