An empirical backbone-backbone hydrogen-bonding potential in proteins and its applications to NMR structure refinement and validation

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 23, 2004, Pages 7281-7292

  Grishaev, Alexander ^a   Bax, Ad ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN BONDS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; STRUCTURE (COMPOSITION); X RAY ANALYSIS;

POTENTIAL OF MEAN FORCE (PMF); RAMACHANDRAN MAP STATISTICS;

PROTEINS;

PEPTIDE;

ARTICLE; DATA BASE; GEOMETRY; HYDROGEN BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PEPTIDE MAPPING; PHYSICS; POTENTIAL OF MEAN FORCE; PROTEIN BINDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STRUCTURE; RAMACHANDRAN MAP STATISTICS; STATISTICS; STRUCTURE ANALYSIS; VALIDATION PROCESS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DATABASES, PROTEIN; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 2942565710     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0319994     Document Type: Article

References (64)

1. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283. King, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson., Ser. B 1995, 109, 323-325. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-29. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
2. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283. King, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson., Ser. B 1995, 109, 323-325. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-29. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
3. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283. King, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson., Ser. B 1995, 109, 323-325. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-29. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
4. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283. King, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson., Ser. B 1995, 109, 323-325. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-29. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
5. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283. King, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson., Ser. B 1995, 109, 323-325. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-29. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
6. Tjandra, N.; Omichinski, J. G.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738. Ottiger, M.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9825-9830. Bewley, C. A.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Covell, D. G.; Bax, A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 571-578. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewley, C. A.; Cai, M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
7. Tjandra, N.; Omichinski, J. G.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738. Ottiger, M.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9825-9830. Bewley, C. A.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Covell, D. G.; Bax, A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 571-578. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewley, C. A.; Cai, M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
8. Tjandra, N.; Omichinski, J. G.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738. Ottiger, M.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9825-9830. Bewley, C. A.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Covell, D. G.; Bax, A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 571-578. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewley, C. A.; Cai, M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
9. Tjandra, N.; Omichinski, J. G.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738. Ottiger, M.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9825-9830. Bewley, C. A.; Gustafson, K. R.; Boyd, M. R.; Covell, D. G.; Bax, A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 571-578. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewley, C. A.; Cai, M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
10. (a) Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Protein Sci. 1996, 5, 1067-1080.
11. (b) Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 1997, 125, 171-177.
12. (c) Kuszewski, J.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 2000, 146, 249-254.
13. (d) Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1, 2337-2338.
14. Tanaka, S.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1976, 9, 248-256.
15. Sippl, M. J. J. Mol. Biol. 1990, 213, 859-883.
16. Finkelstein, A. V.; Badretdinov, A. Y.; Gutin, A. M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 142-150.
17. Thomas, P. D.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 1996, 257, 457-469.
18. Furuichi, E.; Koebl, P. Proteins 1998, 31, 139-149.
19. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205-211. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 729-740.
20. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205-211. Pauling, L.; Corey, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 729-740.
21. Steiner, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 48-76.
22. (a) Hooft, R.; Sander, C.; Vriend, G. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 263, 363-376.
23. (b) McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 777-793.
24. (c) Fabiola, F.; Bertram, R.; Korostelev, A.; Chapman, M. S. Protein Sci. 2002, 1415-1423.
25. (d) Kortemme, T.; Morozov, A. V.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1239-1259.
26. (e) Lipsitz, R. S.; Sharma, Y.; Brooks, B. R.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10621-10626.
27. Allen, F. H.; Baalham, C. A.; Lommerse, J. P. M.; Raithby, P. R. Acta Crystallogr., Sect. B 1998, 54, 320-329. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 374-384. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 361-373.
28. Allen, F. H.; Baalham, C. A.; Lommerse, J. P. M.; Raithby, P. R. Acta Crystallogr., Sect. B 1998, 54, 320-329. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 374-384. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 361-373.
29. Allen, F. H.; Baalham, C. A.; Lommerse, J. P. M.; Raithby, P. R. Acta Crystallogr., Sect. B 1998, 54, 320-329. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 374-384. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 361-373.
30. Lovell, S. C.; Word, J. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 40, 389-408.
31. Hobohm, U.; Sander, C. Protein Sci. 1994, 3, 522.
32. Word, J. M.; Lovell, S. C.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1999 285, 1735-1747.
33. Word, J. M.; Lovell, S. C.; LaBean, T. H.; Taylor, H. C.; Zalis, M. E.; Presley, B. K.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1711-1733.
34. Kuszewski, J.; Schwieters, C.; Clore, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3903-3918.
35. Ruczinski, I.; Kooperberg, G.; Bonneau, R.: Baker, D. Proteins 2002, 48, 85-97.
36. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D. S., Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283.
37. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52-56. Hooft, R. W. W.; Vriend, G.; Sander, S.; Abola, E. E. Nature 1996, 381, 272.
38. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52-56. Hooft, R. W. W.; Vriend, G.; Sander, S.; Abola, E. E. Nature 1996, 381, 272.
39. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; Delano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J.-S.; Kuszewski, J.; Nilges, N.; Pannu, N. S.; Read, R.J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr., Sect. D 1998, 54, 905-921.
40. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J. Magn. Res. 2003, 160, 66-74.
41. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
42. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
43. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
44. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
45. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
46. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
47. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
48. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
49. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
50. Ramaparkhi, G. S.; Ramachandran, S.; Udgaonkar, J. B.; Varadarajan, R. Biochemistry 1998, 37, 6958-6966. Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H. Acta Crystallogr., Sect. D 1996, 52, 18. Ke, H.; Zydowsky, L. D.; Liu, J.; Walsh, C. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9483. Martin, J. L.; Bardwell, J. C. ; Kuriyan, J. Nature 1993, 365, 464. Ago, H.; Kitagawa, Y.; Fujishima, A.; Matsuura, Y.; Katsube, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1991, 110, 360. Achari, A.; Hale, S. P.; Howard, A. J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Hardman, K. D.; Whitlow, M. Biochemistry 1992, 31, 10449. Walter, M. R.; Cook, W. J.; Zhao, B. G.; Cameron R., Jr.; Ealick, S. E.; Waller R. L., Jr.; Reichert, P.; Nagabhushan, T. L.; Trotta, P. P.; Bugg, C. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20371. Tesmer, J. J.; Berman, D. M.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Cell 1997, 89, 251. Svensson, L. A. ; Sjolin, L.; Gilliland, G. L.; Finzel, B. C.; Wlodawer, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 370. Stites, W. E.; Gittis, A. G.; Lattman, E. E.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 7.
51. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
52. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
53. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
54. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
55. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
56. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
57. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
58. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
59. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
60. Wong, K.-B.; Fersht, A. R.; Freund, S. M. V. J. Mol. Biol. 1997, 268, 494-511. Wagner, G.; Braun, W.; Havel, T. F.; Schaumann, T.; Go, N.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 1982, 155, 347. Clubb, R. T.; Ferguson, S. B.; Walsh, C. T.; Wagner, G. Biochemistry 1994, 33, 2761. Schirra, H. J.; Renner, C.; Czisch, M.; Huber-Wunderlich, M.; Holak, T. A.; Glockshuber, R. Biochemistry 1998, 37, 6263-6276. Moy, F. J.; Seddon, A. P.; Bohlen, P.; Powers, R. Biochemistry 1996, 35, 13552-13561. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657. Powers, R.; Garrett, D. S.; March, C. J.; Frieden, E. A.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1992, 256, 1673-1677. Moy, F. J.; Chanda, P. K.; Cockett, M. I.; Edris, W.; Jones, P. G.; Mason, K.; Semus, S.; Powers, R. Biochemistry 2000, 39, 7063-7073. Santoro, J.; Gozalez, C.; Bruix, M.; Neira, J. L.; Neito, J. L.; Herranz, J.; Rico, M. J. Mol. Biol. 1993, 229, 722-734. Alexandrescu, A. T.; Gittis, A. G.; Abeygunawardana, C.; Shortle, D. J. Mol. Biol. 1995, 250, 134-143.
61. Linge, J. P.; Williams, M. A.; Spronk, C.; Bonvin, A.; Nilges, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 50, 496-506.
62. Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2337-2338.
63. Dingley, A. J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293-8297.
64. Cornilescu, G.; Ramirez, B. E.; Frank, M. K.; Clore, G. M.; Bax, A. 1999, 121, 6275-6279.