In silico identification and analysis of new Artemis/Artemis-like sequences from fungal and metazoan species

Protein Journal

Volumn 24, Issue 6, 2005, Pages 399-411

  Bonatto, Diego ^a   Brendel, Martin ^a,b   Henriques, João Antonio Pêgas ^a,c,d  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF RIO GRANDE DO SUL   (Brazil)

^b DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS   (Brazil)

^c UNIVERSIDADE LUTERANA DO BRASIL   (Brazil)

^d UNIVERSITY OF CAXIAS DO SUL   (Brazil)

Author keywords

Artemis Artemis like proteins; DNA recombination; Hydrophobic cluster analysis; Protein phylogeny; Pso2p Snm1p

Indexed keywords

DNA; PROTEIN DERIVATIVE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CLUSTER ANALYSIS; COMPARATIVE STUDY; COMPUTER MODEL; DNA RECOMBINATION; FUNGUS; HYDROPHOBICITY; METAZOON; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYLOGENY; PROTEIN ANALYSIS; SEQUENCE ANALYSIS; THREE DIMENSIONAL IMAGING;

EUKARYOTA; FUNGI; MAMMALIA; METAZOA;

EID: 28044469138     PISSN: 15723887     EISSN: 18758355     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s10930-005-7594-2     Document Type: Article

References (47)

1. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schäffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman 1997 Nucleic Acids Res. 25 3389 402
2. Y. Aylon M. Kupiec 2004 DNA Repair 3 797 815
3. K. Azumi R. De Santis A. De Tomaso I. Rigoutsos F. Yoshizaki M. R. Pinto R. Marino K. Shida M. Ikeda M. Ikeda M. Arai Y. Inoue T. Shimizu N. Satoh D. S. Rokhsar L. Du Pasquier M. Kasahara M. Satake M. Nonaka 2003 Immunogenetics 55 570 581
4. P. A. Bates L. A. Kelley R. M. [tmp] MacCallum M. J. E. Stemberg 2001 Proteins 5 39 46
5. C. Bernstein H. Bernstein C. M. Payne H. Garewal 2002 Mutat. Res. 511 145 478
6. T. Blunt N. J. Finnie G. E. Taccioli G. C. Smith J. Demengeot T. M. Gottlieb R. Mizuta A. J. Varghese F. W. Alt P. A. Jeggo 1995 Cell 80 813 823
7. D. Bonatto L. F. Revers M. Brendel J. A. P. Henriques 2005 Braz. J. Med. Biol. Res. 38 321 334
8. V. Borde W. Lin E. Novikov J. H. Petrini M. Lichten A. Nicolas 2004 Mol. Cell 13 389 401
9. M. Brendel D. Bonatto M. Strauss L. F. Revers C. Pungartnik J. Saffi J. A. P. Henriques 2003 Mutat. Res. 544 179 493
10. I. Callebaut G. Labesse P. Durand A. Poupon L. Canard J. Chomilier B. Henrissat J.-P. Mornon 1997 Cell. Mol. Life Sci. 53 621 645
11. I. Callebaut D. Moshous J.-P. Mornon J.-P. de Villartay 2002 Nucleic Acids Res. 30 3592 3601
12. S. D. Cline P. C. Hanawalt 2003 Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 4 361 372
13. I. Demuth M. Digweed P. Concannon 2004 Oncogene 23 8611 8618
14. A. S. Doré A. C. B. Drake S. C. Brewerton T. L. Blundell 2004 DNA Repair 3 33 41
15. C. Gaboriaud V. Bissery T. Benchetrit J.-P. Mornon 1987 FEBS Lett. 224 149 155
16. T. A. Hall 1999 Nucleic Acids Symp. Ser. 41 95 98
17. R. C. Holz S. P. Salowe C. K. Smith G. C. Cuca L. Que 1992 J. Am. Chem. Soc. 114 9611 9614
18. C. C. Huang G. S. Couch E. F. Pettersen T. E. Ferrin 1996 Pac. Symp. Biocomput. 1 724
19. M. Ishiai M. Kimura K. Namikoshi M. Yamazoe K. Yamamoto H. Arakawa K. Agematsu N. Matsushita S. Takeda J.-M. Buerstedde M. Takata 2004 Mol. Cell. Biol. 24 10733 10741
20. S. P. Jackson 2002 Carcinogenesis 23 687 696
21. P. Jeggo P. O'Neill 2002 DNA Repair 1 771 777
22. S. Kumar K. Tamura I. B. Jakobsen M. Nei 2001 MEGA2: molecular evolutionary genetics analysis software Arizona State University Tempe, Arizona, USA
23. A. Kuzminov 2001 Proc. Nat. Acad. Sci. USA 98 8241 8246
24. F. Le Deist C. Poinsignon D. Moshous A. Fischer J.-P. de Villartay 2004 Immunol. Rev. 200 142 155
25. G. S. Lee M. B. Neiditch S. S. Salus D. B. Roth 2004 Cell 117 171 184
26. S. P. Lees-Miller K. Meek 2003 Biochimie 85 1161 1173
27. L. Lemesle-Varloot B. Henrissat C. Gaboriaud V. Bissery A. Morgat J.-P. Mornon 1990 Biochimie 72 555 574
28. M. R. Lieber M. Yunmei U. Pannicke K. Schwartz 2003 Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 4 712 720
29. J. Molinier M.-E. Stamm B. Hohn 2004 EMBO Rep. 5 1 6
30. D. Moshous I. Callebaut R. Chasseval B. Corneo M. Cavazzana-Calvo F. Le Deist I. Tezcan O. Sanal Y. Bertrand N. Philippe A. Fischer J.-P. de Villartay 2001 Cell 105 177 186
31. J. G. Noordzij N. S. Verkaik M. Van der Burg L. R. van Veelen S. de Bruin-Versteeg W. Wiegant J. M. Vossen C. M. Weemaes R. de Groot M. Z. Zdzienicka D. C. van Gent J. J. van Dongen 2003 Blood 101 1446 1452
32. Y. Ohinata S. Sutou Y. Mitsui 2003 FEBS Lett. 537 1 5
33. F. Pâques J. E. Haber 1999 Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63 349 404
34. E. Riballo M. Kühne N. Rief A. Doherty G. C. M. Smith M.-J. Recio C. Reis K. Dahm A. Fricke A. Krempler A. R. Parker S. P. Jackson A. Gennery P. A. Jeggo M. Löbrich 2004 Mol. Cell 16 1 20
35. C. Richardson M. Jasin 2000 Mol. Cell. Biol. 20 9068 9075
36. S. Rooney F. W. Alt D. Lombard S. Whitlow M. Eckersdorff J. Fleming S. Fugmann D. O. Ferguson D. G. Schatz J. Sekiguchi 2003 J. Exp. Med. 197 553 565
37. S. Rooney J. Sekiguchi C. Zhu H.-L. Cheng J. Manis S. Whitlow J. DeVido D. Foy J. Chaudhuri D. Lombard F. W. Alt 2002 Mol. Cell 10 1379 1390
38. S. P. Salowe A. I. Marcy G. C. Cuca C. K. Smith I. E. Kopka W. K. Hagmann J. D. Hermes 1992 Biochemistry 31 4535 4540
39. M. S. Schlissel 2002 Cell 109 1 4
40. G. C. Smith S. P. Jackson 1999 Genes Dev. 13 916 934
41. J. S. Sodhi K. Bryson L. J. [tmp] McGuffin J. J. Ward L. Wernisch D. T. Jones 2004 J. Mol. Biol. 342 307 320
42. B. J. Sutton P. J. Artymiuk A. E. Cordero-Borboa C. Little D. C. Phillips S. G. Waley 1987 Biochem. J. 248 181 188
43. T. A. Tatusova T. L. Madden 1999 FEMS Microbiol. Lett. 174 247 250
44. J. D. Thompson D. G. Higgins T. J. Gibson 1994 Nucleic Acids Res. 22 4673 4680
45. C. E. Willett J. J. Cherry L. A. Steiner 1997 Immunogenetics 45 394 404
46. J. A. Yoder M. E. Nielsen C. T. Amemiya G. W. Litman 2002 Microbes Infect. 4 1469 1478
47. X. Zhang J. Succi Z. Feng S. Prithivirajsingh M. D. Story R. J. Legerski 2004 Mol. Cell. Biol. 24 9207 9220