Characterization of the cation and temperature dependence of DNA quadruplex hydrogen bond properties using high-resolution NMR

Journal of the American Chemical Society

Volumn 127, Issue 41, 2005, Pages 14466-14472

  Dingley, Andrew J ^a   Peterson, Robert D ^b   Grzesiek, Stephan ^c   Feigon, Juli ^b  

^a UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF BASEL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIODIVERSITY; HYDROGEN BONDS; NUCLEIC ACIDS; POSITIVE IONS;

DNA QUADRUPLEXES; HYDROGEN BOND NETWORK; QUADRUPLEX; TRANS-H-BOND SCALAR COUPLING;

DNA;

AMMONIA; CATION; DNA; GUANINE DERIVATIVE; HYDROGEN; NUCLEIC ACID; POTASSIUM ION; SODIUM ION;

ARTICLE; CHEMICAL BOND; CORRELATION ANALYSIS; DNA STRUCTURE; HYDROGEN BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; STRUCTURE ANALYSIS; TEMPERATURE DEPENDENCE;

CATIONS; DNA; GUANINE; HYDROGEN BONDING; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; REFERENCE STANDARDS; TEMPERATURE;

EID: 26844525198     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0540369     Document Type: Article

References (55)

1. Dingley, A. J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293-8297.
2. Pervushin, K.; Ono, A.; Fernandez, C.; Szyperski, T.; Kainosho, M.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 14147-14151.
3. Cordier, F.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1601-1602.
4. Cordier, F.; Rogowski, M.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1999, 140, 510-512.
5. Cornilescu, G.; Ramirez, B. E.; Frank, M. K.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6275-6279.
6. Cornilescu, G.; Hu, J.-S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2949-2950.
7. Majumdar, A.; Kettani, A.; Skripkin, E.; Patel, D. J. J. Biomol. NMR 1999, 15, 207-211.
8. Löhr, F.; Mayhew, S. G.; Rüterjans, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9289-9295.
9. Mishima, M.; Hatanaka, M.; Yokoyama, S.; Ikegami, T.; Wälchli, M.; Ito, Y.; Shirakawa, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5883-5884.
10. Dingley, A. J.; Cordier, F.; Grzesiek, S. Concepts Magn. Reson. 2001, 13, 103-127.
11. Grzesiek, S.; Cordier, F.; Dingley, A. J. Methods Enzymol. 2001, 338, 111-133.
12. Grzesiek, S.; Cordier, F.; Jaravine, V.; Barfield, M. Prog. NMR Spectrosc. 2004, 45, 275-300.
13. Kwon, O.; Danishefsky, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1588-1599.
14. Shenderovich, I. G.; Smirnov, S. N.; Denisov, G. S.; Gindin, V. A.; Golubev, N. S.; Dunger, A.; Reibke, R.; Kirpekar, S.; Malkina, O. L.; Limbach, H.-H. Ber. Bunsen-Ges. Phys. Chem. 1998, 102, 422-428.
15. Golubev, N. S.; Shenderovich, I. G.; Smirnov, S. N.; Denisov, G. S.; Limbach, H.-H. Chem.-Eur. J. 1999, 5, 492-497.
16. Dingley, A. J.; Masse, J. E.; Peterson, R. D.; Barfield, M.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6019-6027.
17. Scheurer, C.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8661-8662.
18. Barfield, M.; Dingley, A. J.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4014-4022.
19. Cordier, F.; Wang, C.; Grzesiek, S.; Nicholson, L. K. J. Mol. Biol. 2000, 304, 497-505.
20. Kojima, C.; Ono, A.; Kainosho, M. J. Biomol. NMR 2000, 18, 269-277.
21. Cordier, F.; Grzesiek, S. J. Mol. Biol. 2002, 317, 739-752.
22. Li, H.; Yamada, H.; Akasaka, K.; Gronenborn, A. M. J. Biomol. NMR 2000, 18, 207-216.
23. Bytchenkoff, B.; Chiarparin, E.; Früh, S.; Rüdisser, S.; Bodenhausen, G. Magn. Reson. Chem. 2002, 40, 377-379.
24. Jaravine, V. A.; Alexandrescu, A. T.; Grzesiek, S. Protein Sci. 2001, 10, 943-950.
25. Löhr, F.; Yalloway, G. N.; Mayhew, S. G.; Rüterjans, H. Chembiochem. 2004, 5, 1523-1534.
26. Guschlbauer, W.; Chantot, J. F.; Thiele, D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 491-511.
27. McEachern, M. J.; Krauskopf, A.; Blackburn, E. H. Annu. Rev. Genet. 2000, 34, 331-358.
28. Blackburn, E. H. Cell 2001, 106, 661-673.
29. Davis, J. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 668-698.
30. Arthanari, H.; Bolton, P. H. Chem. Biol. 2001, 8, 221-230.
31. Ding, H.; Sehertzer, M.; Wu, X.; Gertsenstein, M.; Selig, S.; Kammori, M.; Pourvali, R.; Poon, S.; Vulto, I.; Chavez, E.; Tam, P. P.; Nagy, A.; Lansdorp, P. M. Cell 2004, 117, 873-886.
32. Smith, F. W.; Feigon, J. Nature 1992, 356, 164-168.
33. Schultze, P.; Smith, F. W.; Feigon, J. Structure 1994, 2, 221-233.
34. Schultze, P.; Hud, N. V.; Smith, F. W.; Feigon, J. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3018-3028.
35. Horvath, M. P.; Schultz, S. C. J. Mol. Biol. 2001, 310, 367-377.
36. Haider, S.; Parkinson, G. N.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 2002, 320, 189-200.
37. Sundquist, W. I.; Klug, A. Nature 1989, 342, 825-829.
38. Phillips, K.; Dauter, Z.; Murchie, A. I.; Lilley, D. M.; Luisi, B. J. Mol. Boil. 1997, 273, 171-182.
39. Hud, N. V.; Smith, F. W.; Anet, F. A.; Feigon, J. Biochemistry 1996, 35, 15383-15390.
40. Deng, H.; Braunlin, W. H. J. Mol. Biol. 1996, 255, 476-483.
41. Hud, N. V.; Schultze, P.; Sklenar, V.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 233-243.
42. Dingley, A. J.; Masse, J. E.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Biomol. NMR 2000, 16, 279-289.
43. Majumdar, A.; Kettani, A.; Skripkin, E.; Patel, D. J. J. Biomol. NMR 2001, 19, 103-113.
44. Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1993, 3, 487-493.
45. Majumdar, A.; Kettani, A.; Skripkin, E. J. Biomol. NMR 1999, 14, 67-70.
46. Emsley, L.; Bodenhausen, G. Chem. Phys. Lett. 1990, 165, 469-476.
47. Ippel, J. H.; Wijmenga, S. S.; de Jong, R.; Heus, H. A.; Hilbers, C. W.; de Vroom, E.; van der Marel, G. A.; van Boom, V. A. Magn. Reson. Chem. 1996, 34, S156-S176.
48. van Mourik, T.; Dingley, A. J. Chem.-Eur. J. 2005, in press.
49. Smith, F. W.; Feigon, J. Biochemistry 1993, 32, 8682-8692.
50. Lu, M.; Quo, Q.; Kallenbach, N. R. Biochemistry 1992, 31, 2455-2459.
51. Masse, J. E.; Bortmann, P.; Dieckmann, T.; Feigon, J. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2618-2624.
52. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
53. Garrett, D. S.; Powers, R.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Magn. Reson. 1991, 95 214-220.
54. Brünger, A. XPLOR. Yale University, New Haven, CT, 1992.
55. Markley, J. L.; Bax, A.; Arata, Y.; Hilbers, C. W.; Kaptein, R.; Sykes, B. D.; Wright, P. E.; Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1998, 12, 1-23.