Methods and models for studying mechanisms of redox-active enzymes

Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences

Volumn 363, Issue 1829, 2005, Pages 847-860

  Siegbahn, Per E M ^a   Blomberg, Margareta R A ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

Cytochrome oxidase; Density functional theory; Enzyme mechanisms; Photosystem II

Indexed keywords

EID: 20744438180     PISSN: 1364503X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1098/rsta.2004.1542     Document Type: Article

References (39)

1. Bassan, A., Borowski, T. & Siegbahn, P. E. M. 2004 J. Chem. Soc. Dalton Trans., pp. 3153-3162.
2. Becke, A. D. 1988 Phys. Rev. A 38, 3098-3100.
3. Becke, A. D. 1993a J. Chem. Phys. 98, 1372-1377.
4. Becke, A. D. 1993b J. Chem. Phys. 98, 5648-5652.
5. Blomberg, M. R. A. & Siegbahn, P. E. M. 2001 J. Phys. Chem. B 105, 9375-9386.
6. Brzezinski, P. & Larsson, G. 2003 Biochim. Biophys. Acta 1605, 1-13.
7. Dunietz, B. D., Beachy, M. D., Cao, Y., Whittington, D. A., Lippard, S. J. & Friesner, R. A. 2000 J. Am. Chem. Soc. 122, 2828-2839.
8. Eriksson, L. A., Pettersson, L. G. M., Siegbahn, P. E. M. & Wahlgren, U. 1995 J. Chem. Phys. 102, 872.
9. Ferreira, K. N., Iverson, T. M., Maghlaoui, K., Barber, J. & Iwata, S. 2004 Science 303, 1831-1838.
10. Frisch, M. J. et al. 1998 Gaussian 98. Pittsburgh, PA: Gaussian Inc.
11. Guallar, V., Gherman, B. F., Miller, W. H., Lippard, S. J. & Friesner, R. A. 2002 J. Am. Chem. Soc. 124, 3377-3384.
12. Guallar, V., Baik, M.-H., Lippard, S. J. & Friesner, R. A. 2003 Proc. Natl Acad. Sci. USA 100, 6998-7002.
13. Iuzzolino, L., Dittmer, J., Dörner, W., Meyer-Klaucke, W. & Dau, H. 1998 Biochemistry 37, 17112-17119.
14. Kamiya, N. & Shen, J.-R. 2003 Proc. Natl Acad. Sci. USA 100, 98-103.
15. Lundberg, M. & Siegbahn, P. E. M. 2004 Phys. Chem. Chem. Phys. 6, 4772-4780.
16. Lovell, T., Li, J. & Noodleman, L. 2001 Inorg. Chem. 40, 5251-5266.
17. Michel, H. 1998 Proc. Natl Acad. Sci. USA 95, 12819-12824.
18. Michel, H. 1999 Biochemistry 38, 15129-15140.
19. Morgan, J. E., Verkhovsky, M. I. & Wikström, M. 1994 J. Bioenerg. Biomemb. 26, 599-608.
20. Pelmenschikov, V., Blomberg, M. R. A. & Siegbahn, P. E. M. 2002 J. Biol. Inorg. Chem. 7, 284-298.
21. Ricca, A. & Bauschlicher, C. W. 1994 J. Phys. Chem. 98, 12 899.
22. Siegbahn, P. E. M. 1996 Electronic structure calculations for molecules containing transition metals. In Advances in chemical physics (ed. I. Prigogine & S. A. Rice), vol. XCIII, p. 333. New York: Wiley.
23. Siegbahn, P. E. M. 2000 Inorg. Chem. 39, 2923-2935.
24. Siegbahn, P. E. M. 2001a Theor. Chem. Acc. 105, 197-206.
25. Siegbahn, P. E. M. 2001 & J. Comp. Chem. 22, 1634-1645.
26. Siegbahn, P. E. M. 2003 Quart. Rev. Biophys. 36, 91-145.
27. Siegbahn, P. E. M. & Blomberg, M. R. A. 1999 Ann. Rev. Phys. Chem. 50, 221-249.
28. Siegbahn, P. E. M. & Blomberg, M. R. A. 2000 Chem. Rev. 100, 421-437.
29. Siegbahn, P. E. M. & Blomberg, M. R. A. 2003 J. Phys. Chem. B 107, 10946-10955.
30. Siegbahn, P. E. M. & Crabtree, R. H. 1997 J. Am. Chem. Soc. 119, 3103-3113.
31. Tannor, D. J., Marten, B., Murphy, R., Friesner, R. A., Sitkoff, D., Nicholls, A., Ringnalda, M., Goddard III, W. A. & Honig, B. 1994 J. Am. Chem. Soc. 116, 11875-11882.
32. Warshel, A. & Levitt, M. 1976 J. Mol. Biol. 103, 227.
33. Wikström, M. 1977 Nature 266, 271-273.
34. Wikström, M. 2000 Biochim. Biophys. Acta 44 827, 1-11.
35. Wikström, M., Morgan, J. E. & Verkhovsky, M. I. 1998 J. Bioenerg. Biomemb. 30, 139-145.
36. Wikström, M., Verkhovsky, M. I. & Hummer, G. 2003 Biochim. Biophys. Acta 1604, 61-65.
37. Wirstam, M., Lippard, S. J. & Friesner, R. A. 2003 J. Am. Chem. Soc. 125, 3980-3987.
38. Yachandra, V. K., Sauer, K. & Klein, M. P. 1996 Chem. Rev. 96, 2927-2950.
39. Zouni, A., Witt, H.-T., Kern, J., Fromme, P., Krauss, N., Saenger, W. & Orth, P. 2001 Nature 409, 739-743.