Water-molecule network and active-site flexibility of apo protein tyrosine phosphatase 1B

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 60, Issue 9, 2004, Pages 1527-1534

  Pedersen, Anja K ^a,b   Peters, Günther H ^c   Møller, Karin B ^a   Iversen, Lars F ^a   Kastrup, Jette S ^b  

^a NOVO NORDISK A S   (Denmark)

^b UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^c TECHNICAL UNIVERSITY OF DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ISOENZYME; PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE; PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B; WATER;

ARTICLE; BINDING SITE; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HUMAN; PROTEIN CONFORMATION; X RAY DIFFRACTION;

BINDING SITES; CATALYSIS; HUMANS; ISOENZYMES; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE; WATER; X-RAY DIFFRACTION;

EID: 16644376439     PISSN: 09074449     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444904015094     Document Type: Article

References (51)

1. Andersen, H. S., Iversen, L. F., Jeppesen, C. B., Branner, S., Norris, K., Rasmussen, H. B., Møller, K. B. & Møller, N. P. H. (2000). J. Biol. Chem. 275, 7101-7108.
2. Barford, D., Das, A. K. & Egloff, M. P. (1998). Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 27, 133-164.
3. Barford, D., Flint, A. J. & Tonks, N. K. (1994). Science, 263, 1397-1404.
4. Bilwes, A. M., den Hertog, J., Hunter, T. & Noel, J. P. (1996). Nature (London), 382, 555-559.
5. Bleasdale, J. E. et al. (2001). Biochemistry, 40, 5642-5654.
6. Boström, J., Norrby, P. O. & Liljefors, T. (1998). J. Comput.-Aided Mol. Des. 12, 383-396.
7. Brünger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., Read, R. J., Rice, L. M., Simonson, T. & Warren, G. L. (1998). Acta Cryst. D54, 905-921.
8. Cheng, A., Uetani, N., Simoncic, P. D., Chaubey, V. P., Lee-Loy, A., McGlade, C. J., Kennedy, B. P. & Tremblay, M. L. (2002). Dev. Cell, 2, 497-503.
9. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
10. Darden, T., York, D. & Pedersen, L. (1993). J. Chem. Phys. 98, 10089-10092.
11. Essmann, U., Perera, L., Berkowitz, M. L., Darden, T., Lee, H. & Pedersen, L. G. (1995). J. Chem. Phys. 103, 8577-8593.
12. Feller, S. E., Zhang, Y. H., Pastor, R. W. & Brooks, B. R. (1995). J. Chem. Phys. 103, 4613-4621.
13. Groves, M. R., Yao, Z. J., Roller, P. P., Burke, T. R. & Barford, D. (1998). Biochemistry, 37, 17773-17783.
14. Guan, K. L. & Dixon, J. E. (1991). J. Biol. Chem. 266, 17026-17030.
15. Hof, P., Pluskey, S., Dhe-Paganon, S., Eck, M. J. & Shoelson, S. E. (1998). Cell, 92, 441-450.
16. Hoffmann, K. M. V., Tonks, N. K. & Barford, D. (1997). J. Biol. Chem. 272, 27505-27508.
17. Humphrey, W., Dalke, A. & Schulten, K. (1996). J. Mol. Graph. 14, 33-38.
18. Iversen, L. F., Andersen, H. S., Branner, S., Mortensen, S. B., Peters, G. H., Norris, K., Olsen, O. H., Jeppesen, C. B., Lundi, B. F., Ripka, W., Møller, K. B. & Møller, N. P. H. (2000). J. Biol. Chem. 275, 10300-10307.
19. Iversen, L. F., Møller, K. B., Pedersen, A. K., Peters, G. H., Petersen, A. S., Andersen, H. S., Branner, S., Mortensen, S. B. & Møller, N. P. H. (2002). J. Biol. Chem. 277, 19982-19990.
20. Johnson, T. O., Ermolieff, J. & Jirousek, M. R. (2002). Nature Rev. Drug Discov. 1, 696-709.
21. Jones, T. A., Zou, J. Y., Cowan, S. W. & Kjeldgaard, M. (1991). Acta Cryst. A47, 110-119.
22. Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Medura, J. D., Impey, R. W. & Klein, M. L. (1983). J. Chem. Phys. 79, 926-935.
23. Juszczak, L. J., Zhang, Z. Y., Wu, L., Gottfried, D. S. & Eads, D. D. (1997). Biochemistry, 36, 2227-2236.
24. Kale, L., Skeel, R., Bhandarkar, M., Brunner, R., Gursoy, A., Krawetz, N., Phillips, J., Shinozaki, A., Varadarajan, K. & Schulten, K. (1999). J. Comput. Phys. 151, 283-312.
25. Kennedy, B. P. & Ramachandran, C. (2000). Biochem. Pharmacol. 60, 877-883.
26. Kenner, K. A., Anyanwu, E., Olefsky, J. M. & Kusari, J. (1996). J. Biol. Chem. 271, 19810-19816.
27. Kleywegt, G. J. & Jones, T. A. (1996). Structure, 4, 1395-1400.
28. Ko, T., Robinson, H., Gao, Y., Cheng, C. C., DeVries, A. L. & Wang, A. H. (2003). Biophys. J. 84, 1228-1237.
29. Kraulis, P. J. (1991). J. Appl. Cryst. 24, 946-950.
30. Lam, P. Y., Jadhav, P. K., Eyermann, C. J., Hodge, C. N., Ru, Y., Bacheler, L. T., Meek, J. L., Otto, M. J., Rayner, M. M. & Wong, Y. N. (1994). Science, 263, 380-384.
31. Larsen, S. D., Barf, T., Liljebris, C., May, P. D., Ogg, D., O'Sullivan, T. J., Palazuk, B. J., Schostarez, H. J., Stevens, F. C. & Bleasdale, J. E. (2002). J. Med. Chem. 45, 598-622.
32. Merritt, E. A. & Bacon, D. J. (1997). Methods Enzymol. 277, 505-524.
33. Mikol, V., Papageorgiou, C. & Borer, X. (1995). J. Med. Chem. 38, 3361-3367.
34. Møller, N. P. H., Iversen, L. F., Andersen, H. S. & McCormack, J. G. (2000). Curr. Opin. Drug Discov. Dev. 3, 527-540.
35. Nam, H. J., Poy, F., Krueger, N. X., Saito, H. & Frederick, C. A. (1999). Cell, 97, 449-457.
36. Navaza, J. (1994). Acta Cryst. A50, 157-163.
37. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
38. Pannifer, A. D. B., Flint, A. J., Tonks, N. K. & Barford, D. (1998). J. Biol. Chem. 273, 10454-10462.
39. Pedersen, A. K., Branner, S., Mortensen, S. B., Andersen, H. S., Klausen, K. M., Møller, K. B., Møller, N. P. H. & Iversen, L. F. (2004). J. Chromatogr. B, 799, 1-8.
40. Pedersen, A. K., Guo, X.-L., Møller, K. B., Peters, G. H., Andersen, H. S., Kastrup, J. S., Mortensen, S. B., Iversen, L. F., Zhang, Z.-Y. & Møller, N. P. H. (2004). Biochem. J. 378, 421-433.
41. Perrakis, A., Morris, R. & Lamzin, V. S. (1999). Nature Struct. Biol. 6, 458-463.
42. Romsicki, Y., Scapin, G., Beaulieu-Audy, V., Patel, S., Becker, J. W., Kennedy, B. P. & Asante-Appiah, E. (2003). J. Biol. Chem. 31, 29009-29015.
43. Shen, K., Keng, Y.-F., Wu, L., Guo, Z.-L., Lawrence, D. S. & Zhang, Z.-Y. (2001). J. Biol. Chem. 276, 47311-47319.
44. Stuckey, J. A., Schubert, H. L., Fauman, E. B., Zhang, Z. Y., Dixon, J. E. & Saper, M. A. (1994). Nature (London), 370, 571-575.
45. Sun, J. P., Fedorov, A. A., Lee, S. Y., Guo, X.-L., Shen, K., Lawrence, D. S., Almo, S. C. & Zhang, Z.-Y. (2003). J. Biol. Chem. 278, 12406-12414.
46. Szedlacsek, S. E., Aricescu, A. R., Fulga, T. A., Renault, L. & Scheidig, A. J. (2001). J. Mol. Biol. 311, 557-568.
47. Tobin, J. F. & Tam, S. (2002). Curr. Opin. Drug Discov. Dev. 5, 500-512.
48. Yang, J., Liang, X., Niu, T., Meng, W., Zhao, Z. & Zhou, G. W. (1998). J. Biol. Chem. 273, 28199-28207.
49. Zabolotny, J. M., Bence-Hanulec, K. K., Stricker-Krongrad, A., Haj, F., Wang, Y. P., Minokoshi, Y., Kim, Y. B., Elmquist, J. K., Tartaglia, L. A., Kahn, B. B. & Neel, B. G. (2002). Dev. Cell, 2, 489-495.
50. Zhang, Z. Y. (1998). Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 33, 1-52.
51. Zhang, Z. Y., Wang, Y., Wu, L., Fauman, E. B., Stuckey, J. A., Schubert, H. L., Saper, M. A. & Dixon, J. E. (1994). Biochemistry, 33, 15266-15270.