Influence of electrostatic environment on the vibrational frequencies of proteins

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 107, Issue 35, 2003, Pages 6843-6849

  Watson, Tim M ^a   Hirst, Jonathan D ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE MOLECULES; BASIS SET; ELECTROSTATIC ENVIRONMENT; MOLECULAR MECHANICS; VIBRATIONAL FREQUENCIES;

ELECTROSTATICS; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR VIBRATIONS; MOLECULES; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY; SET THEORY; SURFACES; WATER;

PROTEINS;

EID: 0141854220     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0344500     Document Type: Article

References (43)

1. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
2. Simonetti, M.; Di Bello, C. Biopolymers 2001, 62, 95.
3. Wi, S.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Biospectroscopy 1998, 4, 93.
4. Watson, T. M.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7858.
5. Adamson, R. D.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 6.
6. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; John Wiley & Sons: New York, 1986.
7. Hamm, P.; Lim, M. H.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
8. Peterson, K. A.; Rella, C. W.; Engholm, J. R.; Schwettman, H. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 557.
9. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
10. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161.
11. Gao, J. L.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467.
12. Gogonea, V.; Suarez, D.; Vaart, A. v. d.; Merz, K. M., Jr. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 217.
13. MacKerell, A. D.; Brooks, B. R.; Brooks, C. L. III.; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. CHARMM: The Energy Function and Its Parametrization with an Overview of the Program. In The Encyclopedia of Computational Chemistry; John Wiley & Sons: Chichester, U.K., 1998; Vol. 1, p 271.
14. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
15. Guest, M. F.; Lenthe, J. H.; Kendrick, J.; Schoffel, K.; Sherwood, P.; Amos, R. D.; Buenker, R. J.; Dam, H. J. J.; Dupois, M.; Handy, N. C.; Hillier, I. H.; Knowles, P. J.; Bonacic-Koutecky, V.; von Niessen, W.; Harrison, R. J.; Rendel, A. P.; Saunders, V. R.; Stone, A. J.; Tozer, D. J.; de Vries, A. H. GAMESS-UK, 1980.
16. Amos, R. D.; Alberts, I. L.; Andrews, J. S.; Colwell, S. M.; Handy, N. C.; Jayatilaka, D.; Knowles, P. J.; Kobayahi, R.; Laidig, K. E.; Laming, G.; Lee, A. M.; Maslen, P. E.; Murray, C. W.; Rice, J. E.; Simandiras, E. D.; Stone, A. J.; Su, M. D.; Tozer, D. J. CADPAC: The Cambridge Analytic Derivatives Package, Issue 6 ed.; Cambridge University: Cambridge, U.K., 1995.
17. Lyne, P. D.; Hodoscek, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3462.
18. Cui, Q.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1133.
19. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3391.
20. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
21. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
22. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
23. Spartan '02; Wavefunction Inc.: Irvine, CA, 2001.
24. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
25. Ramage, R.; Green, J.; Muir, T. W.; Ogunjobi, O. M.; Love, S.; Shaw, K. Biochem. J. 1994, 299, 151.
26. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
27. Kong, J.; White, C. A.; Krylov, A. I.; Sherrill, D.; Adamson, R. D.; Furlani, T. R.; Lee, M. S.; Lee, A. M.; Gwaltney, S. R.; Adams, T. R.; Ochsenfeld, C.; Gilbert, A. T. B.; Kedziora, G. S.; Rassolov, V. A.; Maurice, D. R.; Nair, N.; Shao, Y. H.; Besley, N. A.; Maslen, P. E.; Dombroski, J. P.; Daschel, H.; Zhang, W. M.; Korambath, P. P.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Van Voorhis, T.; Oumi, M.; Hirata, S.; Hsu, C. P.; Ishikawa, N.; Florian, J.; Warshel, A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1532.
28. White, C. A.; Kong, J.; Maurice, D. R.; Adams, T. R.; Baker, J.; M. Challacombe,; Schwegler, E.; Dombroski, J. P.; Ochsenfeld, C.; Oumi, M.; Furlani, T. R.; Florian, J.; Adamson, R. D.; Nair, N.; Lee, A. M.; Ishikawa, N.; Graham, R. L.; Warshel, A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon., M. Q-Chem, version 1.2; Pittsburgh, PA, 1998.
29. Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1993, 209, 506.
30. Murray, C. W.; Handy, N. C.; Laming, G. J. Mol. Phys. 1993, 78, 997.
31. Lebedev, V. I. Zh. Vychisl. Mater. Mater. Fiz. 1975, 15, 48.
32. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
33. Hubbard, S. J. Naccess, Version 2.1.1; Manchester, U.K., 1996.
34. Richards, F. M.; Lee, B. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379.
35. Schweitzer-Stenner, R.; Eker, F.; Griebenow, K.; Mroz, P. A.; Kozlowski, P. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4294.
36. Fogarasi, G.; Zhou, X.; Taylor, P. W.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8191.
37. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
38. Han, W. G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
39. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Condens. Mater. 2002, 14, R1035.
40. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
41. Bour, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 45.
42. Ataka, S.; Takeuchi, H.; Tasumi, M. J. Mol. Struct. 1984, 113, 147.
43. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.