Excitation energy transfer in model light-harvesting antennae

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 3, 2004, Pages 1085-1095

  Subramanian, Vijaya ^a   Evans, Deborah G ^a  

^a UNIVERSITY OF NEW MEXICO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTENNA ARRAYS; BACTERIA; COMPUTER SIMULATION; CRYSTAL STRUCTURE; ELECTRON ENERGY LEVELS; ELECTRON TRANSPORT PROPERTIES; EXCITONS; LIGHT ABSORPTION; MATHEMATICAL MODELS; OPTOELECTRONIC DEVICES; SOLAR ENERGY;

ENERGY TRANSFER DYNAMICS; EXCITATION ENERGY TRANSFER; HAKEN-STROBL PARAMETRIZATION; LIGHT-HARVESTING ANTENNA; STOCHASTIC LIOUVILLE EQUATION;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0742286771     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034196b     Document Type: Article

References (64)

1. Holten, D.; Bocian, D. F.; Lindsey, J. S. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 57.
2. (a) Kodis, G.; Liddell, P. A.; de la Garza, L.; Clausen, P. C.; Lindsey, J. S.; Moore, A. L.; Moore, T. A.; Gust, D. J. J. Phys. Chem A 1999, 106, 2036.
3. (b) Andronov, A.; Gilat, S. L.; Frechet, J. M. J.; Ohta, K.; Neuwahl, F. V. R.; Fleming, G. R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1175.
4. (c) Kopelman, R.; Shortreed, M.; Shi, Z. Y.; Tan, W. H.; Xu, Z. F.; Moore, J. S.; BarHaim, A.; Klafter, J. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1239.
5. Wolf-Klein, H.; Kohl, C.; Mullen, K.; Paulsen, H. Angew. Chem.-Int. Ed. 2002, 41, 3378.
6. (a) Schulten, K. In Simplicity and Complexity in Proteins and Nucleic acids. From simplicity to complexity and back; Frauenfelder H., Deisenhofer, J., Wolynes, P. G., Eds.; Dahlem University Press: Berlin, 1999; pp 227.
7. (b) Sundstrom, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327.
8. (c) Novoderezhkin, V.; Monshouwer, R.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10540.
9. (d) Renger, T.; May, V.; Kuhn, O. Phys. Rep. 2001, 343, 137.
10. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornewaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature (London) 1995, 374, 517.
11. Koepke, J.; Hu, Z.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581.
12. (a) Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5378.
13. (b) Scholes, G. D.; Gould, I. R.; Cogdell, R. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2543.
14. (c) Alden, R. G.; Johnson, E.; Nagarajan, V.; Parson, W. W.; Law, C. J.; Cogdell, R. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4667.
15. (d) Sauer, K.; Cogdell, R. J.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Isaacs, N. W.; Scheer, H. Photochem. Photobiol. 1996, 64, 564.
16. Xiche, H.; Ritz, R.; Damjanovic, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854.
17. Damjanovic, A.; Kosztin, I.; Kleinekathofer, U.; Schulten, K. Phys. Rev. E 2002, 65, 031919-1.
18. (a) Wu, H.-M.; Savikhin, S.; Reddy, N. R. S.; Jankowiak, R.; Cogdell, R. J.; Struve, W. S.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12022.
19. Ritz, T.; Park, S.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8259.
20. Herek, J. L.; Fraser, N. J.; Pullerits, T.; Martinsson, P.; Polivka, T.; Scheer, H.; Cogdell, R. J.; Sundstrom, V. Biophys. J. 2000, 78, 2590.
21. van der Laan, H.; Schmidt, Th.; Visschers, R. W.; Visschers, K. J.; van Grondelle, R.; Volker, S. Chem. Phys. Lett. 1990, 170, 231.
22. Hess, S.; Visschers, K. J.; Pullerits, T.; Sundstrom, V.; Hunter, C. N. Biochemistry 1994, 33, 8300.
23. Jimenez, R.; Dikshit, S. N.; Bradforth, S. E.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6825.
24. Shreve, A. P.; Trautman, J. K.; Frank, H. A.; Owens, T. G.; Albrecht, A. C. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 280.
25. Hess, S.; Feldchtein, F.; Babin, A.; Nurgaleev, I.; Pullerits, T.; Sergeev, A.; Sundstrom, V. Chem. Phys. Lett. 1993, 216, 247.
26. Salverda, J. M.; van Mourik, F.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11395.
27. Agarwal, R.; Yang, M.; Xu, Q.-H.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1887.
28. van Grondelle, R.; Novoderezhkin, V. Biochemistry 2001, 40, 15057.
29. (a) Koolhaas, M. H. C.; van der Zwan, G.; Freese, R. N.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7262.
30. (b) Koolhaas, M. H. C.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4489.
31. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241.
32. Pullerits, T.; Chachisvilis, M.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10787.
33. Chachisvilis, M.; Kuhn, O.; Pullerits, T.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7275.
34. Dahlbom, M.; Pullerits, T.; Mukamel, S.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5515.
35. Ray, J.; Makri, N. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9417.
36. (a) van Oijen, A. M.; Ketelaars, M.; Kohler, J.; Aartsma, T. J.; Schmidt, J. Science 1999, 285, 400.
37. (b) van Oijen, A. M.; Ketelaars, M.; Kohler, J.; Aartsma, T. J.; Schmidt, J. Biophys. J. 2000, 78, 1570.
38. (c) van Oijen, A. M.; Ketelaars, M.; Kohler, J.; Aartsma, T. J.; Schmidt, J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9363.
39. (a) Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 1, 1.
40. (b) Jean, J. M.; Friesner, R. A.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 5827.
41. (a) Kuhn, O.; Sundstrom, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3432.
42. (b) Kuhn, O.; Sundstrom, V. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4154.
43. (a) Shortreed, M. R.; Swallen, S. F.; Shi, Z. Y.; Tan, W. H.; Xu, Z. F.; Devadoss, C.; Moore, J. S.; Kopelman, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 6318.
44. (b) Raychaudhuri, S.; Shapir, Y.; Chernyak, V.; Mukameal, S. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 282.
45. Matsuzaki, S.; Zazubovich, V.; Fraser, N. J.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7049.
46. Fidder, H.; Knoetser, J.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7880.
47. Bakalis, L. D.; Coca, M.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2208.
48. (a) Haken, H.; Strobl, G. Z. Phys. 1973, 262, 135.
49. Reineker, P. In Springer tracts in modern physics. Exciton dynamics in molecular crystals and aggregates; Hohler G., Ed.; Springer, Berlin, 1982; Vol. 94, p 111.
50. Capek, V.; Szocs, V. Phys. Stat. Sol. (B) 1985, 131, 667.
51. Mathematica 4.1 for Linux, Copyright 1988-2000 Wolfram Research, Inc.
52. Wolfram, S. The Mathematica Book, 3rd ed.; Cambridge University Press: New York, 1996.
53. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7332.
54. Liuolia, V.; Valkunas, L.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7343.
55. Szocs, V.; Banacky, P. Chem. Phys. 1994, 186, 161.
56. Herman, P.; Barvik, I. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10892.
57. Yeow, E. K. L.; Haines, D. J.; Ghiggino, K. P.; Padden-Row, M. N. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6517.
58. (a) Jang, S.; Dempster, S. E.; Silbey, R. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6655.
59. (a) Dempster, S.; Jang, S.; Silbey, R. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 10015.
60. Koolhaas, M. H. C.; Frese, R. N.; Fowler, G. J. S.; Bibby, T. S.; Georgakopoulou, S.; van der Zwan, G.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Biochemistry 1998, 37, 4693.
61. Herek, J. L.; Wohlleben, W.; Cogdell, R. J.; Zeidler, D.; Motzkus, M. Nature 2002, 417, 533.
62. Jimenez, R.; van Mourik, F.; Yu, J. Y.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7350.
63. Yang, M.; Fleming, G. R. Chem. Phys. 2002, 275, 355.
64. Kalyanaraman, C.; Evans, D. G. Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 459.