Prediction of chromatographic retention and protein identification in liquid chromatography/mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 74, Issue 22, 2002, Pages 5826-5830

  Palmblad, Magnus ^a   Ramström, Margareta ^b   Markides, Karin E ^b   Håkansson, Per ^a   Bergquist, Jonas ^b  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHIC RETENTION;

ELECTROPHORESIS; GELS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

PROTEINS;

PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DATA BASE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; ONLINE ANALYSIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACIDS; ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; DATABASES, FACTUAL; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS;

EID: 0037112383     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0256890     Document Type: Article

References (43)

1. Patterson, S. D.; Aebersold, R. Electrophoresis 1995, 16, 1791-1814.
2. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.: Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440-14445.
3. Smith, R. D.; Loo, J. A.; Barinaga, C. J.; Edmonds, C. G.; Udseth, H. R. J. Chromatogr. 1989, 480, 211-232.
4. Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Udseth, H. R.; Harkewicz, R.; Belov, M. E.; Masselon, C.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2001, 22, 1652-1668.
5. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashita, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675-679.
6. Stacey, C. C.; Kruppa, G. H.; Watson, C. H.; Wronka, J.; Laukien, F. H.; Banks, J. F.; Whitehouse, C. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 513-516.
7. Voyksner, R. D. In Electrospray Ionization Mass Spectrometry; Cole, R. B., Ed.; John Wiley & Sons: New York, 1997; pp 323-341.
8. Jensen, P. K.; Pasa-Tolic, L.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Lipton, M. S.; Anderson, G. A.; Tolic, N.; Wong, K. K.; Smith, R. D. Electrophoresis 2000, 21, 1372-1380.
9. Shen, Y,; Tolic, N.; Zhao, R.; Pasa-Tolic, L.; Li, L.; Berger, S. J.; Harkewicz, R.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal. Chem 2001, 73, 3011-3021.
10. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem, 2001, 73, 2132-2139.
11. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Masselon, C.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Udseth, H. R. Omics 2002, 6, 61-90.
12. Bergquist, J.; Palmblad, M.; Wetterhall, M.; Hakansson, P.; Markides, K. E. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 2-15.
13. Wetterhall, M.; Palmblad, M.; Håkansson, P.; Markides, K. E.; Bergquist, J. J. Proteome Res. 2002, 1, 361-366.
14. Ramström, M.; Palmblad, M.; Markides, K. E.; Håkansson, P.; Bergquist, J. Proteomics, in press.
15. Belov, M. E.; Nikolaev, E. N.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Masselon, C. D.; Gorshkov, M. V.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 253-261.
16. Frenz, J.; Hancock, W. S.; Henzel, W. J.; Horváth, C. HPLC of Biological Macromolecules: Methods and Applications; Marcel Dekker: New York, 1990; pp 145-177.
17. Cornette, J. L.; Cease, K. B.; Margalit, H.; Spouge, J. L.; Berzofsky, J. A.; DeLisi, C. J. Mol. Biol. 1987, 195, 659-685.
18. Zubarev, R. A.; Håkansson, P.; Sundqvist, B. U. R. Anal. Chem. 1996, 68, 4060-4063.
19. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
20. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Wen, J.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2595-2599.
21. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
22. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 58-64.
23. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
24. Pappin, D. J. C.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
25. Yates, J. R., 3rd; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
26. Barnidge, D. R.; Nilsson, S.; Markides, K. E.; Rapp, H.; Hjort, K. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 994-1002.
27. Nilsson, S.; Wetterhall, M.; Bergquist, J.; Nyholm, L.; Markides, K. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1997-2000.
28. Palmblad, M.; Håkansson, K.; Håkansson, P.; Feng, X.; Cooper, H. J.; Giannakopulos, A. E.; Green, P. S.; Derrick, P. J. Eur. Mass Spectrom. 2000, 6, 267-275.
29. Meek, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 1632-1636.
30. Guo, D. C.; Mant, C. T.; Hodges, R. S. J. Chromatogr. 1987, 386, 205-222.
31. Hearn, M. T.; Aguilar, M. I.; Mant, C. T.; Hodges, R. S. J. Chromatogr. 1988, 438, 197-210.
32. Hodges, R. S.; Parker, J. M.; Mant, C. T.; Sharma, R. R. J. Chromatogr. 1988, 458, 147-167.
33. Mant, C. T.; Zhou, N. E.; Hodges, R. S. J. Chromatogr. 1989, 476, 363-375.
34. Sanz-Nebot, V.; Toro, I.; Benavente, F.; Barbosa, J. J. Chromatogr., A 2002, 942, 145-156.
35. Palmblad, M.; Wetterhall, M.; Markides, K.; Hakansson, P.; Bergquist, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1029-1034.
36. Palmblad, M.; Tsybin, Y. O.; Ramstrom, M.; Bergquist, J.; Hakansson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 988-992.
37. Eriksson, J.; Chait, B. T.; Fenyö, D. Anal. Chem. 2000, 72, 999-1005.
38. Rost, B. J. Struct. Biol. 2001, 134, 204-218.
39. Grossman, P. D.; Colburn, J. C.; Lauer, H. H. Anal. Biochem. 1989, 179, 28-33.
40. Castagnola, M.; Cassiano, L.; Messana, I.; Nocca, G.; Rabino, R.; Rossetti, D. V.; Giardina, B. J. Chromatogr. B: Biomed. Appl. 1994, 656, 87-97.
41. Cifuentes, A.; Poppe, H. J. Chromatogr., A 1994, 680, 321-340.
42. Cifuentes, A.; Poppe, H. Electrophoresis 1997, 18, 2362-2376.
43. Castagnola, M.; Rossetti, D. V.; Corda, M.; Pellegrini, M.; Misiti, F.; Olianas, A.; Giardina, B.; Messana, I. Electrophoresis 1998, 19, 2273-2277.