Proteomic study of the Arabidopsis thaliana chloroplastic envelope membrane utilizing alternatives to traditional two-dimensional electrophoresis

Journal of Proteome Research

Volumn 2, Issue 4, 2003, Pages 413-425

  Froehlich, John E ^a   Wilkerson, Curtis G ^a   Ray, W Keith ^a   McAndrew, Rosemary S ^a   Osteryoung, Katherine W ^a   Gage, Douglas A ^a,b   Phinney, Brett S ^a  

^a MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

^b PFIZER INC   (United States)

Author keywords

Arabidopsis thaliana; Chloroplastic envelope membrane; Gel C MS MS; Proteome

Indexed keywords

ENVELOPE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; SUCROSE;

ARABIDOPSIS; ARTICLE; CHLOROPLAST; GEL ELECTROPHORESIS; GENE SEQUENCE; GENOME; LIQUID CHROMATOGRAPHY; NONHUMAN; PLANT GROWTH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; PROTEIN ISOLATION; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TWO DIMENSIONAL ELECTROPHORESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; ARABIDOPSIS; ARABIDOPSIS PROTEINS; AUTOMATIC DATA PROCESSING; BLOTTING, WESTERN; CHLOROPLASTS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, PROTEIN; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; GAS CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; MEMBRANE PROTEINS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEOMICS;

ARABIDOPSIS; ARABIDOPSIS THALIANA;

EID: 0041733229     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr034025j     Document Type: Article

References (65)

1. Joyard, J.; Teyssier, E.; Miege, C.; Berny-Seigneurin, D.; Marechal, E.; Block, M. A.; Dorne, A. J.; Rolland, N.; Ajlani, G.; Douce, R. Plant Physiol. 1998, 118, 715-723.
2. Miquel, M.; Browse, J. B. Plant Physiol. Biochem. 1998, 36, 187-197.
3. Schnurr, J. A.; Shockey, J. M.; deBoer, G.-J.; Browse, J. A. Plant Physiol. 2002, 129, 1700-1709.
4. Flügge, U. I. Trends Plant Sci. 2000, 5, 135-137.
5. Matile, P.; Hörtensteiner, S.; Thomas, H.; Kräutler, B. Plant Physiol. 1996, 112, 1403-1409.
6. Jackson-Constan, D.; Keegstra, K. Plant Physiol. 2001, 125, 1567-1576.
7. Keegstra, K.; Cline, K. Plant Cell 1999, 11, 557-570.
8. Schleiff, E.; Soll, J. Planta 2000, 211, 449-456.
9. Initiative, T. A. G. Nature 2000, 408, 796-813.
10. Peltier, J.-B.; Emanuelsson, O.; Kalume, D. E.; Ytterberg, J.; Friso, G. ; Rudella, A.; Liberles, D. A.; Soderberg, L.; Roepstorff, P.; von Heijne, G.; van Wijk, K. J. Plant Cell 2002, 14, 211-236.
11. Emanuelsson, O.; Nielsen, H.; von Heijne, G. Protein Sci. 1999, 8, 978-984.
12. Emanuelsson, O.; Nielsen, H.; von Heijne, G. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1005-1016.
13. Emanuelsson, O.; von Heijne, G. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1541, 114-119.
14. Koo, A. J. K.; Ohlrogge, J. B. Plant Physiol. 2002, 130, 823-836.
15. Peltier, J.-B.; Friso, G.; Kalume, D. E.; Roepstorff, P.; Nilsson, F.; Adamska, I.; van Wijk, K. J. Plant Cell 2000, 12, 319-341.
16. Hippler, M.; Klein, J.; Fink, A.; Allinger, T.; Hoerth; Plant J. 2001, 28, 595-606.
17. Schubert, M.; Petersson, U. A.; Haas, B. J.; Funk, C.; Schröder, W. P.; Kiesslebach, T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 8354-8365.
18. Wang, Y.; Sun, J.; Chitnis, P. R. Electrophoresis 2000, 21, 1746-1754.
19. Ferro, M.; Seigneurin-Berny, D.; Rolland, N.; Chapel, A.; Salvi, D.; Garin, J.; Joyard, J. Electrophoresis 2000, 21, 3517-3526.
20. Ferro, M.; Salvi, D.; Rivière-Rolland, H.; Vermat, T.; Seigneurin-Berny, D.; Grunwald, D.; Garin, J.; Joyard, J.; Rolland, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11 487-11 492.
21. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G, J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates III, J. R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
22. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates III, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 99, 11 564-11 566.
23. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates III, J. R. Anal. Biochem. 2001, 73, 5683-5690.
24. Fitzpatrick, L. M.; Keegstra, K. Plant J. 2001, 27, 59-65.
25. Keegstra, K.; Yousif, A. E. Methods Enzymol. 1986, 118, 316-325.
26. Howe, G.; Lee, G. I.; Itoh, A.; Li, L.; DeRocher, A. Plant Physiol. 2000, 123, 711-724.
27. Nielsen, E.; Akita, M.; Davila-Aponte, J.; Keegstra, K. EMBO J. 1997, 16, 935-946.
28. Payan, L. A.; Cline, K. J. Cell Biol. 1991, 112, 603-613.
29. Laemmli, U. K. Nature 1970, 227, 680-685.
30. Mortz, E.; Krogh, T. N.; Vorum, H.; Görg, A. Proteomics 2001, 1, 1359-1363.
31. Rowley, A.; Choudhary, J. S.; Marzioch, M.; Ward, M. A.; Weir, M.; Solari, R. C.; Blackstock, W. P. Methods 2000, 20, 383-397.
32. Millar, A. H.; Sweetlove, L. J.; Giegé, P.; Leaver, C. J. Plant Physiol. 2001, 36, 187-197.
33. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
34. Arnon. Plant Physiol. 1949, 24, 1-15.
35. Kruft, V.; Eubel, H.; Jänsch L.; Werhahn, W.; Braun, H.-P. Plant Physiol. 2001, 127, 1694-1710.
36. Simpson, R. J.; Connolly, L. M.; Eddes, J. S.; Pereira, J. J.; Moritz, R. L.; Reid, G. E. Electrophoresis 2000, 21, 1707-1732.
37. Waegemann, K.; Soll, J. Plant J. 1991, 1, 149-158.
38. Hirsch, S.; Muckel, E.; Heemeyer, F.; von Heijne, G.; Soll, J. Science 1994, 266, 1989-1992.
39. Kessler, F.; Blobel, G.; Patel, H. A.; Schnell, D. J. Science 1994, 266, 1035-1039.
40. Perry, S. E.; Keegstra, K. Plant Cell 1994, 6, 93-105.
41. Schnell, D. J.; Kessler, F.; Blobel, G. Science 1994, 266, 1007-1012.
42. Seedorf, M.; Waegemann, K.; Soll, J.; Plant J. 1995, 7, 401-411.
43. Tranel, P. J.; Froehlich, J.; Goyal, A.; Keegstra, K. EMBO J. 1995, 14, 2436-2446.
44. Jarvis, P.; Chen, L.-J.; Li, H.-M.; Peto, C. A.; Fankhauser, C.; Chory, J. Science 1998, 282, 100-103.
45. Kessler, F.; Blobel, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 7684-7689.
46. Lübeck, J.; Soll, J.; Akita, M.; Nielsen, E.; Keegstra, K. EMBO J. 1996, 15, 4230-4238.
47. Kouranov, A.; Schnell, D. J. J. Cell Biol. 1997, 139, 1677-1685.
48. Kouranov, A.; Chen, X.; Fuks, B.; Schnell, D. J. J. Cell Biol. 1998, 143, 991-1002.
49. Wu, C.; Seibert, F. S.; Ko, K. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32 264-32 271.
50. Ko, K.; Budd, D.; Wu, C.; Seibert, F.; Kourtz, L.; Ko, Z. W. J. Biol. Chem. 1995, 270, 28 601-28 608.
51. Caliebe, A.; Grimm, R.; Kaiser, G.; Lübeck, J.; Soll, J.; Heins, L. EMBO J. 1997, 16, 7342-7350.
52. Stahl, T.; Glockmann, C.; Soll, J.; Heins, L. J. Biol. Chem. 1999, 274, 37 467-37 472.
53. Thiellement, H.; Bahrman, N.; Damerval, C.; Plomion, C.; Rossignol, M.; Santoni, V.; de Vienne, D.; Zivy, M. Electrophoresis 1999, 20, 2013-2026.
54. Van Wijk, K. J. Trends Plant Sci. 2000, 5, 420-425.
55. Andon, N. L.; Hollingworth, S.; Koller, A.; Greenland, A. J.; Yates III, J. R.; Haynes, P. A. Proteomics 2002, 2, 1156-1168.
56. Prime, T. A.; Sherrier, D. J.; Mahon, P.; Packman, L. C.; Dupree, P. Electrophoresis 2000, 21, 3488-3499.
57. Block, M. A.; Dorne, A. J.; Joyard, J.; Douce, R. J. Biol. Chem. 1983, 10, 13 281-13 286.
58. Eng, J.; McCormack, A. L.; Yates III, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
59. Giddings, J. C. J. High Res. Chrom. 1987, 10, 319-323.
60. Koller, A.; Washburn, M. P.; Lange, B. M.; Andon, N. L.; Deciu, C.; Haynes, P. A.; Hays, L.; Schieltz, D.; Ulaszek, R.; Wei, J.; Wolters, D.; Yates III, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11 969-11 974.
61. Santoni, V.; Molloy, M.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 1054-1070.
62. Santoni, V.; Rabilloud, T.; Doumas, P.; Rouquie, D.; Mansion, M.; Kieffer, S.; Garin, J.; Rossignol, M. Electrophoresis 1999, 20, 705-711.
63. Lyapina, S.; Cope, G.; Shevchenko, A.; Serino, G.; Tsuge, T.; Zhou, C.; Wolf, D. A.; Wei, N.; Shevchenko, A.; Deshaies, R. J. Science 2001, 292, 1382-1385.
64. Gavin, A.-C.; Bösche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A.-M.; Cruciat, C.-M.; Remor, M.; Höfert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M.-A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raída, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
65. Rigaut, G.; Shevchenko, A.; Rutz, B.; Wilm, M.; Mann, M.; Séraphin, B. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 1030-1032.