Dynamically amorphous character of electronic states in poly(dA)-poly(dT) DNA

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 11, 2003, Pages 2581-2587

  Lewis, James P ^a   Cheatham III, Thomas E ^b   Starikov, Eugene B ^c,d   Wang, Hao ^e   Sankey, Otto F ^e  

^a Brigham Young University   (United States)

^b UNIVERSITY OF UTAH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^d FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^e ARIZONA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMORPHOUS MATERIALS; CARRIER CONCENTRATION; CHARGE TRANSFER; COMPUTER SIMULATION; ELECTRON ENERGY LEVELS; ELECTRONIC STRUCTURE; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC POLYMERS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; THERMAL EFFECTS;

CHARGE DENSITY DISTRIBUTIONS; THERMAL FLUCTUATIONS; TIGHT BINDING FORMALISM;

DNA;

EID: 0038739103     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp026772u     Document Type: Article

References (68)

1. Lewis, J. P.; Ordejón, P.; Sankey, O. F. Phys. Rev. B 1997, 55, 6880-6886.
2. Dandliker, P. J.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Science 1997, 257, 1466-1468.
3. Beratan, D. N.; Priyadasky, S.; Risser, S. M. Chem. Biol. 1997, 4, 3-8.
4. Fink, H. W.; Schoenberger, C. Nature 1999, 398, 407.
5. Porath, D.; Bezryadin, A.; Vries, S. D.; Dekker, C. Nature 2000, 403, 635.
6. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 443-445.
7. Voityuk, A. A.; Jortner, J.; Bixon, M.; Rösch, N. Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 430-434.
8. Voityuk, A. A.; Siriwong, K.; Rösch, N. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5421.
9. Garnier, F.; Korri-Youssoufi, H.; Srivastava, P.; Mandrand, B.; Delair, T. Synth. Met. 1999, 100, 89.
10. Yamamoto, T.; Shimizu, T.; Kurokawa, E. React. Funct. Polym. 2000, 43, 79.
11. Sies, H. Mutat. Res. 1993, 275, 367.
12. Pogozelski, W. K.; Tullius, T. D. Chem. Rev. 1998, 98, 1089.
13. Burrows, C. J.; Muller, J. G. Chem. Rev. 1998, 98, 1109.
14. Blank, M.; Goodman, R. IEEE Trans. Plasma Sci. 2000, 28, 168.
15. Dandliker, P. J.; Nunez, M. E.; Barton, J. K. Biochemistry 1998, 37, 6491.
16. Banerjee, S. K.; Christensen, R. B.; Lawrence, C. W.; LeCleric, J. E. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8141.
17. Taylor, J.-S. Pure Appl. Chem. 1995, 67, 183.
18. Dotse, A. K.; Boone, E. K.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6825.
19. Eley, D. D.; Spivey, D. I. Trans. Faraday Soc. 1962, 58, 411.
20. Okahata, Y.; Kobayashi, T.; Tanaka, K.; Shimomura, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6165.
21. Warman, J. M.; de Haas, M. P.; Rupprecht, A. Chem. Phys. Lett. 1996, 249, 319.
22. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. J. T.; Roesler, W. J.; Falk, K. J. ; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1972, 294, 477.
23. Taubes, G. Science 1997, 275, 1420.
24. Ratner, M. Nature 1999, 397, 480.
25. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatlia, N. D.; Bossman, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
26. Grinstaff, M. W. Angew. Chem. 1999, 111, 3845.
27. Schuster, G. B. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 253.
28. Meggers, E.; Dussy, A.; Schaefer, T.; Giese, B. Chem. Eur. J. 2000, 6, 485.
29. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265.
30. Lewis, F. D.; Letsinger, R. L.; Wasielewski, M. R. Acc. Chem. Res. 2001, 34, 159-170.
31. Giese, B. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 51-70.
32. Wan, C.; Fiebig, T.; Kelly, S. O.; Treadway, C. R.; Barton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 249, 6014.
33. Reid, G. D.; Whittaker, D. J.; Day, M. A.; Turton, D. A.; Kayser, V.; Kelly, J. M.; Beddard, G. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5518-5527.
34. Robinson, B. H.; Mailer, C.; Drobny, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Str. 1997, 26, 629.
35. Stemp, E. D. A.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. 2000, 297, 88.
36. Barnett, R. N.; Cleveland, C. L.; Joy, A.; Landman, U.; Schuster, G. B. Science 2001, 294, 567-571.
37. Anderson, P. W. Phys. Rev. 1958, 109, 1492-1505.
38. Dong, J.; Drabold, D. A. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 1928-1931.
39. Thomas, P.; Overhof, H.; Kluwer Academic Publisher: Dordrecht, 2001.
40. Gotze, W. Philos. Mag. B 1981, 43, 219-250.
41. Ladik, J.; Seel, M.; Otto, P.; Bakhshi, A. K. Chem. Phys. 1986, 108, 203-214.
42. Ye, Y.-J.; Chen, R. S.; Shun, J.; Ladik, J. Solid State Commun. 2001, 119, 175-180.
43. Lewis, J. P.; Glaesemann, K. R.; Voth, G. A.; Fritsch, J.; Demkov, A. A.; Ortega, J.; Sankey, O. F. Phys. Rev. B 2001, 64, 195103.
44. Arnott, S.; Hukins, D. W. Biochem. Biophys. Res. Comm. 1972, 47, 1504-1509.
45. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Comm. 1995, 91, 1-41.
46. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Computat. Chem. 1983, 4, 187.
47. Aqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024.
48. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmayer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
49. Langley, D. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 487-509.
50. Hoover, W. G. 1985, 31, 1695-1697.
51. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621.
52. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
53. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
54. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
55. T. E. Cheatham, I.; Kollman, P. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 435-471.
56. T. E. Cheatham, I.; Young, M. A. Biopoly. 2001, 56, 232-256.
57. Harris, J. Phys. Rev. B 1985, 31, 1770-1779.
58. Foulkes, W. M. C.; Haydock, R. Phys. Rev. B 1989, 39, 12520.
59. Becke, A. D. 1988, 38, 3098-3100.
60. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
61. Lewis, J. P.; Cheatham, T. E.; Starikov, E. B.; Wang, H.; Sankey, O. F. J. Phys. Chem. 2002, submitted.
62. Hamann, D. R. Phys. Rev. B 1989, 40, 2980-2987.
63. Finnis, M. J. Phys.: Condens. Mater. 1990, 2, 331.
64. Dornberger, U.; Leijon, M.; Fritzche, H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 6957-6962.
65. Olson, W. K.; Gorin, A. A.; Lu, X. J.; Hock, L. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11163-11168.
66. Troisi, A.; Orlandi, G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2093-2101.
67. Hamann, D. R.; Schlüter, M.; Chiang, C. Phys. Rev. Lett. 1979, 43, 1494-1497.
68. Bachelet, G. B.; Hamann, D. R.; Schlüter, M. Phys. Rev. B 1982, 26, 4199-4228.