Electron microscopy of functional ribosome complexes

Biopolymers

Volumn 68, Issue 2, 2003, Pages 223-233

  Frank, Joachim ^a  

^a STATE UNIVERSITY OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

EF G; Molecular machines; Three dimensional reconstruction; Translation; tRNA

Indexed keywords

DYNAMICS; ELECTRON MICROSCOPY; X RAY ANALYSIS;

RIBOSOME COMPLEXES;

NUCLEIC ACIDS;

ARTICLE; CRYOELECTRON MICROSCOPY; CRYSTAL STRUCTURE; ELECTRON MICROSCOPY; PROTEIN INTERACTION; RIBOSOME; TECHNIQUE; X RAY ANALYSIS;

BINDING SITES; CRYOELECTRON MICROSCOPY; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; RIBOSOMES; RNA, RIBOSOMAL, 16S; RNA, TRANSFER; RNA, TRANSFER, MET;

EID: 0037319733     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.10210     Document Type: Article

References (59)

1. Frank, J. Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies; Academic Press: New York, 1996.
2. Frank, J. J Struct Biol 1998, 124, 142-150.
3. Orlova, E. V. Acta Cryst 2000, D56, 1253-1258.
4. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920.
5. Schlünzen, F.; Tocilj, A.; Zarivach, R.; Harms, J.; Glühmann, M.; Janell, D.; Bashan, A.; Bartels, H.; Agmon, I.; Franceschi, F.; Yonath, A. Cell 2000, 102, 615-623.
6. Wimberly, B. T.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; von Rhein, C.; Hartsch, T.; Ramakrishnan, V. 2000, Nature 407, 327-339.
7. Frank, J.; Agrawal, R. K. Nature 2000, 406, 318-322.
8. Spirin, A. S. Ribosomal Translocation: Facts and Models. Progress In Nucleic Acid Research & Molecular Biology; Institute of Protein Research, Academy of Sciences for the USSR: Pushchino, Moscow Region, USSR, 1985; Vol 32, pp 75-113.
9. Nissen, P.; Kjeldgaard, M.; Nyborg, J. EMBO J 2000, 19, 489-495.
10. Frank, J. Methods 2001, 25, 309-315.
11. Spahn, C. M. T.; Penczek, P.; Leith, A.; Frank, J. Struct Fold Design 2000, 8, 937-948.
12. Rossmann, M. G. Acta Cryst 2000, D56, 1341-1349.
13. McCutcheon, J. P.; Agrawal, R. K.; Philips, S. M.; Grassucci, R. A.; Gerchman, S. E.; Clemons, W. M.; Ramakrishnan, V.; Frank, J Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 4301-4306.
14. Malhotra, A.; Penczek, P.; Agrawal, R. K.; Gabashvili, I. S.; Grassucci, R. A.; Jünemann, R.; Burkhardt, N.; Nierhaus, K. H.; Frank, J. J Mol Biol 1998, 280, 103-116.
15. Gabashvili, I. S.; Agrawal, R. K.; Spahn, C. M. T.; Grassucci, R. A.; Frank, J.; Penczek, P. Cell 2000, 100, 537-549.
16. Agrawal, R. K.; Spahn, C. M. T.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Nierhaus, K. H.; Frank, J. J Cell Biol 2000, 150, 447-459.
17. Yonath, A.; Leonard, K. R.; Wittmann, H. G. Science 1987, 236, 813-816.
18. Milligan, R. A.; Unwin, P. N. Nature 1986, 319, 693-695.
19. Frank, J.; Zhu, J.; Penczek, P.; Li, Y.; Srivastava, S.; Verschoor, A.; Radermacher, M.; Grassucci, R.; Lata, R. K.; Agrawal, R. K. Nature 1995, 376, 441-444.
20. Ban, N.; Freeborn, B.; Nissen, P.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Sweet, R.; Frank, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Cell 1998, 93, 1105-1115.
21. Frank, J.; Verschoor, A.; Li, Y.; Zhu, J.; Lata, R. K.; Radermacher, M.; Penczek, P.; Grassucci, R.; Agrawal, R. K.; Srivastava, S. Biochem Cell Biol 1995, 73, 757-765.
22. Lata, K. R.; Agrawal, R. K.; Penczek, P.; Grassucci, R.; Zhu, J.; Frank, J. J Mol Biol 1996, 262, 43-52
23. Cate, J. H.; Yusupov, M. M.; Yusupova, G. Zh.; Earnest, T. N.; Noller, H. F. Science, 1999, 285, 2095-2104.
24. Culver, G. M.; Cate, J. H.; Yusupova, G. Zh.; Yusupov, M. M.; Noller, H. F. Science 1999, 285, 2133-2135.
25. Frank, J.; Agrawal, R. K. Nature 2000, 406, 318-322.
26. VanLoock, M. S.; Agrawal, R. K.; Gabashvili, I. S.; Qi, L.; Frank, J.; Harvey, S. C. J Mol Biol 2000, 304, 507-515.
27. Carter, A. P.; Clemons, W. M., Jr.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Hartsch, T.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Science 2001, 291, 498-501.
28. Yusupov, M. M.; Yusupova, G. Z.; Baucom, A.; Lieberman, K.; Earnest, T. N.; Cate, J. N.; Noller, H. F. Science 2001, 10, 1126.
29. Spahn, C. M. T.; Kieft, J. S.; Grassucci, R. A.; Penczek, P.; Zhou, K.; Doudna, J. A.; Frank, J. Science 2001, 291, 1962.
30. Gabashvili, I. S.; Agrawal, R. K.; Grassucci, R. A.; Frank, J. J Mol Biol 1999, 5, 1285-1291.
31. Agrawal, R. K.; Lata, K. R.; Frank, J. Int J Biochem Cell Biol 1999, 31, 243-254.
32. Bretscher, M. S. Nature 1968, 220, 1088-1091.
33. Ogle, J. M.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Tarry, M. J.; Carter, A. P.; Ramakrishnan, V. Science 2001, 292, 897-902.
34. Gabashvili, I. S.; Agrawal, R. K.; Grassucci, R.; Squires, C. L.; Dahlberg, A. E.; Frank, J. EMBO J 1999, 18, 6501-6507.
35. Lodmell, J. S.; Dahlberg, A. E. Science 1997, 277, 1262-1267.
36. Clemons, W. M., Jr.; May, J. L. C.; Wimberly, B. T.; McCutcheon, J. P.; Capel, M.; Ramakrishnan, V. Nature 1999, 400, 833-840.
37. Frank, J.; Agrawal, R. K. Biophys J 1998, 74, 589-594.
38. Agrawal, R. K.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Li, Y.; Leith, A.; Nierhaus, K. H.; Frank, J. Science 1996, 271, 1000-1002.
39. Stark, H.; Orlova, E. V., Rinke-Appel, J.; Junke, N.; Müller, F.; Rodnina, M.; Wintermeyer, W.; Brimacombe, R.; van Heel, M. Cell 1997, 88, 19-28.
40. Davies, C.; White, S. W. Struct Fold Design 2000, 8, 41-45.
41. Agrawal, R. K.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Burkhardt, N.; Nierhaus, K. H.; Frank, J. J Biol Chem 1999, 13, 8723-8729.
42. Agrawal, R. K.; Heagle, A. B.; Frank, J. In The Ribo-C some: Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions; Garrett, R. A., Douthwaite, S. R., Liljas, A., Matheson, A. T., Moore, P. B., Noller, H. F., Eds.; ASM Press: Washington, DC, 2000; pp 53-62.
43. Stark, H.; Rodnina, M. V.; Rinke-Appel, J.; Brimacombe, R.; Wintermeyer, W.; van Heel, M. Nature 1997, 389, 403-406.
44. Nissen, P.; Kjeldgaard, M.; Thirup, S.; Polekhina, G.; Reshetnikova, L.; Clark, B. F. C.; Nyborg, J. Science 1995, 270, 1464-1472.
45. Agrawal, R. K.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Frank, J. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 6134-6138.
46. Agrawal, R. K.; Heagle, A. B.; Penczek, P.; Grassucci, R. A.; Frank, J. Nature Struct Biol 1999, 6, 643-647.
47. a. Agrawal, R. K.; Linde, J.; Sengupta, J.; Nierhaus, K. H.; Frank, J. J Mol Biol 2001, 311, 777-787.
48. Nissen, P., Hansen, J.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 920-930.
49. Wilson, K. S.; Noller, H. F. Cell 1998, 92, 131-139.
50. Stark, H.; Rodnina, M. V.; Wieden, H. J.; van Heel, M.; Wintermeyer, W. Cell 2000, 100, 301-309.
51. Aevarsson, A.; Brazhnikov, E.; Garber, M.; Zheltonosova, J.; Chirgadze,Y.; al-Karadaghi, S.; Svensson, L. A.; Liljas, A. EMBO J 1994, 13, 3669-3677.
52. Czworkowski, J., Wang, J., Steitz, T. A.; Moore, P. B. EMBO J 1994, 13, 3661-3668.
53. Wriggers, W.; Agrawal, R. K.; Drew, D. L.; McCammon, A.; Frank, J. Biophys Chem 2000, 79, 1670-1678.
54. Rodnina, M. A.; Savelsbergh, A.; Katunin, V. I.; Wintermeyer, W. Nature 1997, 385, 37-41.
55. Wool, I. G.; Gluck, A.; Endo, Y. Trends Biochem Sci 1992, 17, 266-269.
56. Porse, B. T.; Kirillov, S. V.; Awayez, M. J.; Garrett, R. A. RNA 1999, 5, 585-595.
57. Czworkowski, J.; Wang, J.; Steitz, T. A.; Moore, P. B. EMBO J 1994,13, 3661-3668.
58. Wimberly, B. T.; Guymon, R.; McCutcheon, J. P.; White, S. W.; Ramakrishnan, V. R. Cell 1999, 97, 491-502.
59. Valle, M.; Sengupta, J.; Swami, N. K.; Grassucci, R. A.; Burkhardt, N.; Nierhaus, K. H.; Agrawal, R. K.; Frank, J. EMBO J 21, 3557-3567.