Identification of an RNA-protein bridge spanning the ribosomal subunit interface

Science

Volumn 285, Issue 5436, 1999, Pages 2133-2135

  Culver, Gloria M ^a,b   Cate, Jamie H ^a,c   Yusupova, G Zh ^a   Yusupov, Marat M ^a   Noller, Harry F ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c WHITEHEAD INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HEME; HYDROXYL RADICAL; IRON; RIBOSOME PROTEIN;

ARTICLE; BINDING SITE; CRYSTAL STRUCTURE; MOLECULAR MODEL; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; RIBOSOME; STRUCTURE ANALYSIS; THERMUS THERMOPHILUS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BACTERIAL PROTEINS; BINDING SITES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ESCHERICHIA COLI; HYDROXYL RADICAL; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PROTEIN CONFORMATION; RIBOSOMAL PROTEINS; RIBOSOMES; RNA, BACTERIAL; RNA, RIBOSOMAL, 23S; RNA, SMALL NUCLEAR; THERMUS THERMOPHILUS;

THERMUS THERMOPHILUS;

EID: 0032849011     PISSN: 00368075     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1126/science.285.5436.2133     Document Type: Article

References (44)

1. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
2. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
3. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
4. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
5. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
6. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
7. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
8. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
9. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
10. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
11. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
12. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
13. C. A. Morrison, R. A. Garrett, H. Zeichhardt, G. Stöffler, Mol. Gen. Genet. 127, 359 (1973); T.-T. Sun and R. T. Traut, J. Mol. Biol. 87, 509 (1974); N. M. Chapman and H. F. Noller, ibid. 109, 131 (1977); M. Santer and S. Shane, J. Bacteriol. 130, 900 (1977); W. Herr and H. F. Noller, J. Mol. Biol. 130, 421 (1979); W. Herr, N. M. Chapman, H. F. Noller, ibid., p. 433; J. M. Lambert and R. R. Traut, ibid. 149, 451 (1981); N. Meier and R. Wagner, Eur. J. Biochem. 146, 83 (1985); M. M. Yusupov and A. S. Spirin, FEBS Lett. 197, 229 (1986); U. Scheibe and R. Wagner, Biochim. Biophys. Acta 869, 1 (1986); W. E. Tapprich and W. E. Hill, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83, 556 (1986); P. Mitchell, M. Osswald, R. Brimacombe, Biochemistry 31, 3004 (1992); C. Merryman, D. Moazed, G. Daubresse, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 107 (1999).
14. G. G. Abdurashidova, E. A. Tsvetkova, A. A. Chernyi, L. B. Kaminir, E. I. Budowsky, FEBS Lett. 185, 291 (1985); C. L. Chiam and R. Wagner, Biochemistry 22, 1193 (1983).
15. G. G. Abdurashidova, E. A. Tsvetkova, A. A. Chernyi, L. B. Kaminir, E. I. Budowsky, FEBS Lett. 185, 291 (1985); C. L. Chiam and R. Wagner, Biochemistry 22, 1193 (1983).
16. C. Merryman, D. Moazed, J. McWhirter, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 285, 97 (1999).
17. J. H. Cate, M. M. Yusupov, G. Zh. Yusupova, T. N. Earnest, H. F. Noller, Science 285, 2095 (1999).
18. M. Stöffler-Meilecke and G. Stöffler, in The Ribosome: Structure, Function, and Evolution, W. E. Hill et al., Eds. (American Society for Microbiology Press, Washington, DC, 1990), pp. 123-133; H. F. Noller et al., unpublished results.
19. M. Stöffler-Meilecke and G. Stöffler, in The Ribosome: Structure, Function, and Evolution, W. E. Hill et al., Eds. (American Society for Microbiology Press, Washington, DC, 1990), pp. 123-133; H. F. Noller et al., unpublished results.
20. W. S. Champney, Biochim. Biophys. Acta 609, 464 (1980).
21. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
22. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
23. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
24. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
25. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
26. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
27. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
28. G. M. Heilek, R. Marusak, C. F. Meares, H. F. Noller, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 1113 (1995); G. M. Heilek and H. F. Noller, Science 272, 1659 (1996); RNA 2, 597 (1996); G. M. Culver and H. F. Noller, ibid. 4, 1471 (1998); G. M. Culver, G. M. Heilek, H. F. Noller, J. Mol. Biol. 286, 355 (1999); L. Holmberg and H. F. Noller, ibid. 289, 223 (1999); K. R. Lieberman and H. F. Noller, ibid. 284, 1367 (1998); K. Wllson and H. F. Noller, Cell 92, 131 (1998).
29. L. H. DeRiemer, C. F. Meares, D. A. Goodwin, C. J. Diamanti, J. Labelled Compd. Radiopharm. 18, 1517 (1981); T. M. Rana and C. F. Meares, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 10578 (1991); J. K. Moran, D. P. Greiner, C. F. Meares, Bioconjugate Chem. 6, 296 (1995).
30. L. H. DeRiemer, C. F. Meares, D. A. Goodwin, C. J. Diamanti, J. Labelled Compd. Radiopharm. 18, 1517 (1981); T. M. Rana and C. F. Meares, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 10578 (1991); J. K. Moran, D. P. Greiner, C. F. Meares, Bioconjugate Chem. 6, 296 (1995).
31. L. H. DeRiemer, C. F. Meares, D. A. Goodwin, C. J. Diamanti, J. Labelled Compd. Radiopharm. 18, 1517 (1981); T. M. Rana and C. F. Meares, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 10578 (1991); J. K. Moran, D. P. Greiner, C. F. Meares, Bioconjugate Chem. 6, 296 (1995).
32. T. A. Kunkel, K. Bebenek, J. McClary, Methods Enzymol. 204, 125 (1991).
33. H. Berglund, A. Rak, A. Serganov, M. Garber, T. Hard, Nature Struct. Biol. 4, 20 (1997); W. M. Clemons Jr., C. Davies, S. W. White, V. Ramakrishnan, Structure 6, 429 (1998).
34. H. Berglund, A. Rak, A. Serganov, M. Garber, T. Hard, Nature Struct. Biol. 4, 20 (1997); W. M. Clemons Jr., C. Davies, S. W. White, V. Ramakrishnan, Structure 6, 429 (1998).
35. G. M. Culver and H. F. Noller, RNA 5, 832 (1999).
36. G. M. Culver, unpublished observations.
37. _ and H. F. Noller, Methods Enzymol., in press.
38. Position C36 of S15 was shown to be refractory to derivatization (12).
39. Reconstitution of 30S subunits was performed as described (11), except S15 was excluded from the mixture of group I proteins.
40. The 50S subunits and 70S ribosomes were purified as described (11).
41. 2 (final concentrations) were added to the side of the sample-containing tubes. Probing was initiated by pulse centrifugation at 4°C, and probing was done on ice for 10 min. Reactions were quenched by the addition of 1/10 volume 0.1 M thiourea, and RNA was recovered and analyzed by primer extension as previously described (13).
42. 2. RNA probing, isolation, and analysis were done as previously described (13).
43. S. C. Stallings and P. B. Moore, Structure 5, 1173 (1997).
44. The authors thank A. Dallas, K. Fredrick, L. Holmberg, and K. Lieberman for comments on the manuscript This work was supported by NIH grants GM-17129 and GM-59140 (to H.F.N.). J.H.C. is a Damon Runyon-Walter Winchell Postdoctoral Fellow. G.M.C. was supported by NIH postdoctoral fellowship 1F32GM18065-01.