Protonation of nucleic acid bases. A comprehensive post-Hartree-Fock study of the energetics and proton affinities

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 104, Issue 31, 2000, Pages 7346-7352

  Podolyan, Yevgeniy ^a   Gorb, Leonid ^a   Leszczynski, Jerzy ^a  

^a JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APPROXIMATION THEORY; NUCLEIC ACIDS; OPTIMIZATION; PHASE EQUILIBRIA;

HARTREE-FOCK ANALYSIS; MOLLER-PLESSET THEORY;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0034248145     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp000740u     Document Type: Article

References (40)

1. Frank-Kamenetskii, M. D.; Mirkin, S. M. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 65.
2. Sinden, R. R. DNA Structure and Function; Academic Press: San Diego, CA, 1994.
3. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer: New York, 1984.
4. Florian, J.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3010.
5. Löwdin, P. O. Adv. Quantum Chem. 1965, 2, 213.
6. Hunter, W. N.; Brown, T.; Anand, N. N.; Kennard, O. Nature 1986, 320, 553.
7. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 11406.
8. Gonella, N. C.; Nakanishi, H.; Holtwick, J. B.; Horowitz, D. S.; Kanamori, K.; Leonard, N. J.; Roberts, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 2050.
9. Florian, J.; Baumruk, V.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5578.
10. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; McNaughton, D.; Pierlot, P. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 61.
11. Lias, S. G.; Liebmann, J. F.; Levin, R. D. J. Phys. Chem. Ref. Data 1984, 13, 695.
12. Christensen, J. J.; Rytting, J. H.; Izatt, R. M. J. Phys. Chem. 1967, 71, 2700.
13. Fenselau, C.; Cotter, R. J. Chem. Rev. 1987, 87, 501.
14. Pashuta, S. J.; Cooks, R. J. Chem. Rev. 1987, 87, 647.
15. Greco, F.; Liguori, A.; Sindona, G.; Uccella, N. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9092.
16. Meot-Ner (Mautner), M. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 2396.
17. Bonaccorsi, R.; Pullman, A.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Theor. Chim. Acta 1972, 24, 51.
18. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A.; Jolibois, F. J. Comput. Chem. 1998, 19, 989.
19. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
20. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
21. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
22. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8853.
23. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozko, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6811.
24. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Fulara, J. Spectrochim. Acta 1989, 45A, 229.
25. Gould, I. R.; Vincent, M. A.; Hiller, I. H.; Lapinski, L.; Nowak, M. J. Spectrochim. Acta 1992, A 48, 811.
26. Jaworski, A.; Szczepaniak, M.; KiBulat, K.; Person, W. B. J. Mol. Struct. 1990, 63, 223.
27. Radchenko, E. D.; Sheina, G. G.; Smorygo, N.; Blagoi, Yu. P. J. Mol. Struct. 1984, 116, 387.
28. LeBreton, P. R.; Yang, Xu; Urano, S.; Fetzer, S.; Yu, M.; Leonard, N. J.; Kumar, S. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2138.
29. Szczepaniak, K.; Szczesniak, M.; Szajda, W.; Person, W. B.; Leszczynski, J. J. Can. Chem. 1991, 69, 1718.
30. Szczepaniak, K.; Szczesniak, M. J. Mol. Struct. 1987, 156, 29.
31. Radchenko, E. D.; Plohotnichenko, A. M.; Sheina, G. G.; Blagoi, Yu. P. Biophysics 1983, 28, 559 (Engl. Ed.).
32. Stepanian, S. G.; Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Blagoi, Yu. P. J. Mol. Struct. 1985, 131, 333.
33. Graindourze, M.; Smets, Y.; Zeegers-Huyskens, Th.; Maes, G. J. Mol. Struct. 1990, 222, 345.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian-94, Revision E.2; Gaussian: Pittsburgh, PA, 1995.
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian-98, Revision A.7; Gaussian: Pittsburgh, PA, 1998.
36. Möller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
37. Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5024.
38. Kwiatkowski, J. F.; Leszczynski, J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1990, 208, 35.
39. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Leszczynski, J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1999, 487, 47.
40. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. In Computational Chemistry: Reviews of Current Trends; Leszczyski, J., Ed.; World Scientific Publishing Co.: River Edge, NJ, 1997; Vol. 2, pp 140-216.