Selective enrichment and high-throughput screening of phage surface- displayed cDNA libraries from complex allergenic systems

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 2, Issue 2, 1999, Pages 63-72

  Crameri, Reto ^a   Walter, Gerald ^b  

^a SWISS INSTITUTE OF ALLERGY AND ASTHMA RESEARCH SIAF   (Switzerland)

^b MAX PLANCK INSTITUTE FOR MOLECULAR GENETICS   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENE PRODUCT; PEPTIDE LIBRARY;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; DNA LIBRARY; DNA SEQUENCE; GENE CONSTRUCT; GENE STRUCTURE; GENOME; GENOTYPE; MOLECULAR CLONING; PHAGE DISPLAY; PHENOTYPE; PRIORITY JOURNAL; REVIEW;

ALLERGENS; BACTERIOPHAGES; CLONING, MOLECULAR; DNA, COMPLEMENTARY; HUMANS; ROBOTICS;

EID: 0032929537     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Review

References (106)

1. Webster, R. E. In Phage Display of Peptides and Proteins. A Laboratory Manual. Kay, B. K.; Winter J.; McCafferty, J. Eds.; Academic Press Inc.: San Diego, 1996, pp. 1-20.
2. Model, P.; Russel, M. In The Bacteriophages. Calendar, R. Ed.; Plenum Press: New York, 1988; Vol. 2, pp. 375-456.
3. Smith, G. P. Science, 1985, 228, 1315-1317.
4. Parmley, S. F.; Smith, G. P. Gene, 1988, 73, 305-318.
5. Scott, J. K.; Smith, G. P. Science, 1990, 249, 386-390.
6. Devlin, J. J.; Panganiban, L. C.; Devlin, P. E. Science, 1990, 249, 404-406.
7. Cwirla, S. E.; Peters, E. A.; Barrett, R. W.; Dover, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 6378-6382.
8. Christian, R. B.; Zuckermann, R. N.; Kerr, J. M.; Wang, K.; Malcom, B. A. J. Mol. Biol., 1991, 222, 301-310.
9. Felici, F.; Castagnoli, L., Musacchio, A.; Jappelli, R.; Cesareni, G. J. Mol. Biol., 1991, 222, 301-310.
10. Smith, G. P.; Scott, J. K. In Methods in Enzymology. Wu, R. Ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1995, Vol 217, pp. 228-257.
11. Fisch, I.; Kontermann, R. E.; Finnern, R.; Hartley, O.; Solergonzalez, A. S.; Griffiths, A. D.; Winter, G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 7761-7766.
12. O'Neil, K. T.; Hoess, R. H.; Jackson, S. A.; Ramachandran, N. S.; Mousa, S. A.; DeGrado, W. F. Proteins, 1992, 14, 509-515.
13. Cull, M. G.; Miller, J. F.; Schatz, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 1865-1869.
14. Doobar, J.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1994, 244, 361-369.
15. Goodson, R. J.; Doyle, M. V.; Kaufman, S. E.; Rosenberg, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 7129-7133.
16. Wrighton, N. C.; Farrell, W. S.; Chang, R.; Kashyap, A. K.; Barbone, F. P.; Mulcahy, L. S.; Johnson, D. L.; Barrett, R. W.; Jolliffe, L. K.; Dower, W. J. Science, 1966, 273, 458-463.
17. Barry, M. A.; Dower, W. J.; Jonston, S. A. Nat. Med., 1996, 2, 299-305.
18. Pasqualini, R.; Ruoslahti, E. Nature, 1996, 380, 364-366.
19. Cwirla, W. E.; Balasubramanian, P.; Duffin, D. J.; Wagstrom, C. R.; Gates, C. M.; Singer, S. C.; Davis, A. M.; Tansik, R. L.; Mattheakis, L. C.; Boytos, C. M.; Schatz, P. J.; Baccanari, D. P.; Wrighton, N. C.; Barrett, R. W.; Dower, W. J. Science, 1997, 276, 1696-1699.
20. Terskikh, A. V.; Ledoussal, J. M.; Crameri, R.; Fisch, I.; Mach, J. P.; Kajava, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 1663-1668.
21. Hodgson, J. Biotechnol., 1993, 11, 683-688.
22. Winter, G.; Milstein, C. Nature, 1991, 349, 293-299.
23. Winter, G.; Griffiths, a. A.; Hawkins, R. C.; Hoogenboom, H. R. Annu. Rev. Immunol., 1994, 12, 433-455.
24. Kay, B. K.; Winter, J.; McCafferty, J. Phage Display of Peptides and Proteins. A Laboratory Manual, Academic Press Inc: San Diego, CA, 1996.
25. Skerra, A.; Plückthun, A. Science, 1988, 240, 1038-1041.
26. Huse, W. D.; Sastry, L.; Iverson, S. A.; Kang, A. S.; Alting-Mees, M.; Burton, D. R.; Benkovic, S. J.; Lerner, R. A. Science, 1989, 246, 1275-1281.
27. Kang, A. S.; Barbas III, C. F.; Janda, K. D.; Benkovic, S. J.; Lerner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 4363-4366.
28. Barbas III, C. F.; Kang, A. S.; Lerner, R. A.; Benkovic, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 7978-7982.
29. Barbas III, C. F., Lerner, R. A. Comp. Meth. Enzymol., 1991, 2, 119-124.
30. Barbas III, C. F.; Bjorling, E.; Chidi, F.; Dunlop, N.; Cababa, D.; Jones, T. M.; Zebedee, S. L.; Persson , M. A. A.; Nara, P. L.; Norrby, E.; Burton, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 9339-9343.
31. Zebedee, S. L.; Barbas III, C. F.; Hom, Y. L., Caothien, R. H.; Graff, R.; DeGraw, J.; LaPollan, R.; Burton, D. R.; Lerner, R. A.; Thornton, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 98, 3175-3179.
32. Barbas III, C. F.; Crowe, J. E.; Cababa, D.; Jones, T. M.; Zebedee, S. L.; Murphy, B. R.; Chanock, R. M.; Burton, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 98, 10164-10168.
33. Williamson, R. A.; Burioni, R.; Sanna, P. P.; Partridge, L. J.; Barbas III, C. F.; Burton, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, 90, 4141-4145.
34. Huston, J. S.; Levinson, D.; Mudgett-Hunter, M.; Tai, M. S.; Novotny, J.; Margolies, M. N.; Ridge, R. J.; Bruccoleri, R. E.; Haber, E.; Crea, R.; Opperman, H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 65, 5879-5883.
35. McCafferty, J., Griffiths, A. D.; Winter, G.; Chiswell, D. J. Nature, 1990, 348, 552-554.
36. Lerner, R. A.; Kang, A. S.; Bain, J. D.; Burton, D. R.; Barbas III, C. F.; Science, 1992, 258, 1313-1314.
37. Marks, J. D., Griffiths, A. D.; Malmqvist, M.; Clackson, T. P.; Bye, J. M.; Winter, G. Biotechnol., 1992, 10, 779-783.
38. Chiswell, D. J.; McCafferty, J. Trends Biotechnol., 1992, 10, 80-84.
39. Vaughan, T. J.; Williams, A. J.; Pritchard, K.; Osbom, J. K.; Pope, A. R.; Earnshaw, J. C.; McCafferty, J.; Hodits, R. A.; Wilton, J.; Johnson, K. S. Nature Biotechnol., 1996, 14, 309-314.
40. Marks, J. D.; Hoogenboom, H. R.; Bonnert, T. P.; McCafferty, J.; Griffiths, A. D.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1991, 222, 581-597.
41. Barbas III, C. F.; Collet, T. A.; Amberg, W.; Roben, P.; Binley, J. M.; Hoekstra, D.; Cababa, D.; Jones, T. M.; Williamson, R. A.; Pilkington, G. R. J. Mol. Biol., 1993, 230, 812-823.
42. Barbas III, C. F.; Bain, J. D.; Hoekstra, D. M., Lerner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 4457-4461.
43. Janda, K. D.; Lo, C. H. L.; Li, T.; Barbas III, C. F.; Wirshing, P.; Lerner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 2532-2536.
44. Nissim, A.; Hoogenboom, H. R.; Tomlison, I. M.; Flynn, G.; Midgley, C.; Lane, D.; Winter, G. EMBO J., 1994, 13, 692-698.
45. Griffiths, A. D.; Williams, S. C.; Hartley, O.; Tomlison, I. M.; Waterhouse, P.; Crosby, W. L.; Kontermann, R.; Jones, P. TI; Low, N.; Allison, T. J.; Prospero, T.; Hoogenboom, H. R.; Nissim, A.; Cox, J. P. L.; Harrison, J. L.; Zaccolo, M.; Gherardi, E.; Winter, G. EMBO J., 1994, 13, 3245-3260.
46. Tomlison, I. M.; Walter, G.; Marks, J. D.; Llewelyn, M. B.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1992, 227, 776-798.
47. Chothia, C.; Lesk, A. M.; Gherardi, E.; Tomlison, I. M.; Walter, G.; Marks, J. D.; Llewelyn, M. B.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1992, 227, 799-817.
48. Walter, G.; Tomlinson, I. M.; Cook, G. P., Winter, G.; Rabbitts, T. H.; Dear, P. H. Nucleic Acids Res., 1993, 21, 4524-4529.
49. Cox, J. P. L.; Tomlison, I. M.; Winter, G. Eur. J. Immunol., 1994, 24, 827-836.
50. Tomlinson, I. M.; Cook, G. P.; Carter, N. P.; Elaswarapu, R.; Smith, S.; Walter, G.; Buluwela, L.; Rabbitts, T. H.; Winter, G. Hum. Mol. Genet., 1994, 3, 853-860.
51. Cook, G. P.; Tomlison, I. M.; Walter, G.; Riethman, H.; Carter, N. P.; Buluwela, L.; Winter, G.; Rabbitts, T. H. Nature Genet., 1994, 7, 162-168.
52. Tomlison, I. M.; Walter, G.; Jones, P. T.; Dear, P. H.; Sonnhammer, E. L.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1996, 256, 813-817.
53. Marks, J. D.; Griffiths, A. D.; Malmqvist, M.; Clackson, T. P.; Bye, J. M.; Winter, G. P. Bio/Technol., 1992, 10, 779-783.
54. Hawkins, R. E.; Russel, S. J.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1992, 226, 889-896.
55. Low, N. M.; Holliger, P. H.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1996, 260, 359-368.
56. Swinner, C.; Lehar, S. M., McCafferty, J.; Chiswell, D. J.; Blattler, W. A.; Guild, B. C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 3756-3760.
57. Corey, D. R.; Shiau, A. K.; Yang, Q.; Janowski, B. A.; Craik, C. S. Gene, 1993, 128, 129-134.
58. Soumillion, P.; Jaspers, L.; Bouchet, M.; Marchand-Brynaert, J.; Winter, G.; Fastrez, J. J. Mol. Biol., 1994, 27, 415-422.
59. Widersten, M.; Mannervik, B. J. Mol. Biol., 1995, 250, 115-122.
60. Doobar, J.; Winter, G. J. Mol. Biol., 1994, 244, 361-369.
61. Dennis, M. S.; Lazarus, R. A. J. Biol. Chem., 1994, 249, 404-406.
62. Dyson, M.; Murray, K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 2194-2198.
63. Wang, C.; Yang, Q.; Craik, C. J. Biol. Chem., 1995, 270, 12250-12256.
64. Robertson, M. W. J. Biol. Chem., 1993, 268, 12736-12743.
65. Bass, S. H., Greene, R.; Wells, J. A. Proteins, 1990, 8, 309-314.
66. Lowemann, H. B.; Wells, J. A. J. Mol. Biol., 1993, 234, 564-578.
67. Gram, H.; Strittmatter, U.; Lorenz, M.; Gluck, D.; Zenke, G. J. Immunol. Meth., 1993, 161, 169-176.
68. Rebar, E.; Pabo, C. O. Science, 1994, 263, 671-673.
69. Krook, M.; Mosbach, K.; Lindbladh, C. Biochem. Biophys. Res. Comm., 1994, 204, 849-854.
70. Jamieson, A. C.; Kim, S. H.; Wells, J. A. Biochemistry, 1994, 33, 5689-5695.
71. Crameri, R.; Suter, M. Gene, 1993, 137, 69-75.
72. Sambrook, J.; Fritsch, E. F.; Maniatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press; Cold Spring Harbor, 1989.
73. Helfan, D. M.; Feramisco, J. R.; Fiddes, J. C.; Thomas, G. P.; Hughes, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1983, 80, 31-35.
74. Mierendorf, R. C.; Percy, C.; Yang, R. A. Meth. Enzymol., 1987, 152, 458-469.
75. Crameri, R., Jaussi, R.; Menz, G.; Blaser, K. Eur. J. Biochem., 1994, 222, 53-58.
76. Crameri, R.; Hemmann, S.; Blaser, K. Adv. Exp. Med. Biol., 1996, 409, 103-110.
77. Jaspers, S. J.; Messens, J. HI; De Keyser, A.; Eeckhout, D.; Van Den Brande, I.; Gansemans, Q. G.; Lauwereys, M. J.; Vlasuk, G. P.; Stanssens, P. E. Biotechnol., 1995, 13, 378-382.
78. Suter, M.; Foti, M.; Ackermann, M.; Crameri, R. In Phage Display of Peptides and Proteins. A Laboratory Manual. Kay, B, K.; Winter, J.; McCafferty, J. Eds.; Academic Press Inc.: San Diego, CA, 1996, pp. 195-214.
79. Crameri, R. In Gene Cloning and Analysis. Current Innovations. Schaefer, B. C. Ed.; Horizon Scientific Press, Whymondham, UK, 1997, pp. 29-42.
80. Abate, C.; Luk, D.; Gentz, R.; Rauscher III, F. J.; Curran, T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 1032-1036.
81. Moser, M.; Crameri, R.; Menz, G.; Schneider, T.; Dudler, T.; Virchow, C.; Gmachl, M.; Blaser, K.; Suter, M. J. Immunol., 1992, 23, 454-460.
82. Hottiger, M.; Gramatikoff, K.; Georgiev, O.; Chaponnier, C.; Schaffner, W.; Hübscher, U. Nucleic Acids Res., 1995, 23, 736-741.
83. Crameri, R.; Blaser, K. Int. Arch. Allergy Immunol., 1996, 110, 41-45.
84. Crameri, R.; Faith, A.; Hemmann, S.; Jaussi, R.; Ismail, C.; Menz, G.; Blaser, K. J. Exp. Med., 1996, 184, 265-270.
85. Crameri, R. Int. Arch. Allergy Immunol., 1998, 115, 99-114.
86. Hemmann, S.; Nikolaizik, W. H.; Schöni, M. H.; Blaser, K.; Crameri, R. Eur. J. Immunol., 1998, 28, 1155-1160.
87. Crameri, R.; Hemmann, S.; Ismail, C.; Menz, G.; Blaser, K. Int. Immunol., 1998, 10, 1211-1216.
88. Kleber-Janke, T.; Crameri, R.; Appenzeller, U.; Schlaag, M.; Becker, W. M., 1998, submitted.
89. Linborg, M.; Magnusson, C.; Zagari, A.; Schmidt, M.; Scheynius, A.; Crameri, R.; Withley, P., 1998, submited.
90. Crameri, R. Contr. Microbiol., 1998, 2, in press.
91. Bardana, E. J. Crit. Rev. Clin. Lab. Sci., 1980, 13, 21-84.
92. Brander, K.; Crameri, R. unpublished.
93. Maier, E.; Meier, E. S.; Ahmadi, A. R.; Curtis, J.; Lehrach, H. J. Biotechnol., 1994, 35, 191-203.
94. Lehrach, H.; Bancroft, D.; Maier, E. Interdiscipl. Science Rev., 1997, 22, 37-44.
95. Meier-Ewert, S.; Maier, E.; Ahmadi, A.; Curtis, J.; Lehrach, H. Nature. 1993, 361, 375-376.
96. Maier, E.; Bancroft, D. R.; Lehrach, H. In Automation technologies for genome characterization, Beugelsdijk, T. J. Ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1997, pp. 65-88.
97. Gramatikoff, K.; Georgiev, O.; Schaffner, W. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5761-5762.
98. Appenzeller, U.; Mayer, C.; Menz, G.; Blaser, K.; Crameri, R. Int. Arch. Allergy Immunol. (in press).
99. Hemmann, S., Doctoral Thesis, University of Zurich, 1993.
100. Crameri, R., unpublished.
101. von Būren, M., Diploma Thesis, University of Bern, 1996.
102. Jaussi, R., unpublished.
103. Stüber, D.; Crameri, R., unpublished.
104. Hoffmann-Sommergruber, K.; Breiteneder, H., unpublished.
105. Weichel, M., unpublished.
106. Flūckiger, S., unpublished.