Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: Characterization of the (D)-glucarate/galactarate catabolic pathway in Escherichia coli

Biochemistry

Volumn 37, Issue 41, 1998, Pages 14369-14375

  Hubbard, Brian K ^a   Koch, Marjan ^a   Palmer, David R J ^a   Babbitt, Patricia C ^b   Gerlt, John A ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENOLASE; SACCHARIC ACID;

ARTICLE; CATABOLISM; ENZYME ACTIVATION; ENZYME ANALYSIS; ENZYME PHOSPHORYLATION; ENZYME SUBSTRATE; ESCHERICHIA COLI; EVOLUTION; GENE DUPLICATION; GENE SEQUENCE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FAMILY; TRANSCRIPTION REGULATION;

ALCOHOL OXIDOREDUCTASES; ALDEHYDE-LYASES; AMINO ACID SEQUENCE; ENZYME ACTIVATION; ESCHERICHIA COLI; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; EVOLUTION, MOLECULAR; GLUCARIC ACID; HYDRO-LYASES; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OPERON; PHOSPHOPYRUVATE HYDRATASE; PHOSPHOTRANSFERASES (ALCOHOL GROUP ACCEPTOR); SEQUENCE HOMOLOGY, AMINO ACID; SUGAR ACIDS;

BACTERIA (MICROORGANISMS); ESCHERICHIA COLI;

EID: 0032514651     PISSN: 00062960     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bi981124f     Document Type: Article

References (23)

1. Fleischmann, R. D., Adams, M. D., White, O., Clayton, R. A., Kirkness, E. F., Kerlavage, A. R., Bult, C. J., Tomb, J.-F., Dougherty, B. A., Merrick, J. M., McKenney, K., Sutton, G., FitzHugh, W., Fields, C. A., Gocayne, J. D., Scott, J. D., Shirley R., Liu, L.-I., Glodek, A., Kelley, J. M., Weidman, J. F., Phillips, C. A., Spriggs, T., Hedblom, E., Cotton, M. D., Utterback, T. R., Hanna, M. C., Nguyen, D. T., Saudek, D. M., Brandon, R. C., Fine, L. D., Fritchman, J. L., Fuhrmann, J. L., Geoghagen, N. S. M., Gnehm, C. L., McDonald, L. A., Small, K. V., Fraser, C. M., Smith, H. O., and Venter, J. C. (1995) Science 269, 296-512.
2. Fraser, C. M., Gocayne, J. D., White, O., Adams, M. D., Clayton, R. A., Fleischmann, R. D., Bult, C. J., Kerlavage, A. R., Sutton, G., Kelley, J. M., Fritchman, J. L., Weidman, J. F., Small, K. V., Sandusky, M., Fuhrmann, J. L., Nguyen, D. T., Utterback, T. R., Saudek, D. M., Phillips, C. A., Merrick, J. M., Tomb, J.-F., Dougherty, B. A., Bott, K. F., Hu, P.-C., Lucier, T. S., Peterson, S. N., Smith, H. O., Hutchison, C. A., III, and Venter, J. C. (1995) Science 270, 297-403.
3. Himmelreich, R., Hilbert, H., Plagens, H., Pirkl, E., Li, B. C., and Herrmann, R. (1996) Nucleic Acids Res. 24, 4420-4449.
4. Kaneko, T., Sato, S., Kotani, H., Tanaka, A., Asamizu, E., Nakamura, Y., Miyajima, N., Mirosawa, M., Sugiura, M., Sasamoto, S., Kimura, T., Hosouchi, T., Matsuno, A., Muraki, A., Nakazaki, N., Maruo, K., Okumura, S., Shimpo, S., Takeuchi, C., Wada, T., Watanabe, A., Yamada, M., Yasuda, M., and Tabata, S. (1996) DNA Res. 3, 109-136.
5. Tomb, J. F., White, O., Kerlavage, A. R., Clayton, R. A., Sutton, G. G., Fleischmann, R. D., Ketchum, K. A., Klenk, H. P., Gill, S., Dougherty, B. A., Nelson, K., Quackenbush, J., Zhou, L. Kirkness, E. F., Peterson, S., Loftus, B., Richardson, D., Dodson, R., Khalak, H. G., Glodek, A., McKenney, K., Fitzgerald, L. M., Lee, N., Adams, M. D., Hickey, E. K., Berg, D. E., Gocayne, J. D., Utterback, T. R., Peterson, J. D., Kelley, J. M., Cotton, M. D., Weldman, J. M., Fujil, Cl., Bowman, C., Watthey, L., Wallin, E., Hayes, W. S., Borodovsky, M., Karp, P. M., Smith, H. O., Fraser, C. M., and Venter, J. C. (1997) Nature 388, 539-547.
6. Blattner, F. R., Plunkett, G., Bloch, C. A., Perna, N. T., Burland, V., Riley, M., Collado-Vides, J., Glasner, J. D., Rode, C. K., Mayhew, G. F., Gregor, J., Davis, N. W., Kirkpatrick, H. A., Goeden, M. A., Rose, D. J., Mau, B., and Shao, Y. (1997) Science 277, 1453-1474.
7. Kunst, F., Ogasawara, N., Moszer, I., Albertini, A. M., Alloni, G., Azevedo, V., Bertero, M. G., Bessieres, P., Bolotin, A., Borchert, S., Borriss, R., Boursier, L., Brans, A., Braun, M., Brignell, S. C., Bron, S., Brouillet, S., Bruschi, C. V., Caldwell, B., Capuano, V., Carter, N. M., Choi, S. K., Codani, J. J., Connerton, I. F., Cummings, N. J., Daniel, R. A., Denizot, F., Devine, K. M., Dusterhoft, A., Ehrlich, S. D., Emmerson, P. T., Entian, K. D., Errington, J., Fabret, C., Ferrari, E., Foulger, D., Fritz, C., Fujita, M., Fujita, Y., Fuma, S., Galizzi, A., Galleron, N., Ghim, S. Y., Glaser, P., Goffeau, A., Golightly, E. J., Grandi, G., Guiseppi, G., Guy, B. J., Haga, K., Haiech, J., Harwood, C. R., Henaut, A., Hilbert, H., Holsappel, S., Hosono, S., Hullo, M. F., Itaya, M., Jones, L., Joris, B., Karamata, D., Kasahara, Y., Klaerr-Blanchard, M., Klein, C., Kobayashi, Y., Koetter, P., Koningstein, G., Krogh, S., Kumano, M., Kurita, K., Lapidus, A., Lardinois, S., Lauber, J., Lazarevic, V., Lee, S. M., Levine, A., Liu, H., Masuda, S., Mauel, C., Medigue, C., Medina, N., Mellado, R. P., Mizuno, M., Moestl, D., Nakai, S., Noback, M., Noone, D., O'Reilly, M., Ogawa, K., Ogiwara, A., Oudega, B., Park, S. H., Parro, V., Pohl, T. M., Portetelle, D., Porwollik, S., Prescott, A. M., Presecan, E., Pujic, P., Purnelle, B., Rapoport, G., Rey, M., Reynolds, S., Rieger, M., Rivolta, C., Rocha, E., Roche, B., Rose, M., Sadaie, Y., Sato, T., Scanlan, E., Schleich, S., Schroeter, R., Scoffone, F., Sekiguchi, J., Sekowska, A., Seror, S. J., Serror, P., Shin, B. S., Soldo, B., Sorokin, A., Tacconi, E., Takagi, T., Takahashi, H., Takemaru, K., Takeuchi, M., Tamakoshi, A., Tanaka, T., Terpstra, P., Tognoni, A., Tosato, V., Uchiyama, S., Vandenbol, M., Vannier, F., Vassarotti, A., Viari, A., Wambutt, R., Wedler, E., Wedler, H., Weitzenegger, T., Winters, P., Wipat, A., Yamamoto, H., Yamane, K., Yasumoto, K., Yata, K., Yoshida, K., Yoshikawa, H. F., Zumstein, E., Yoshikawa, H., and Danchin, A. (1997) Nature 390, 249-256.
8. Fraser, C. M., Casjens, S., Huang, W. M., Sutton, G. G., Clayton, R. A., Lathigra, R., White, O., Ketchum, K. A., Dodson, R., Hickey, E. K., Gwinn, M., Dougherty, B., Tomb, J.-F., Fleischmann, R. D., Richardson, D., Peterson, J., Kerlavage, A. R., Quackenbush, J., Salzberg, S., Hanson, M., van-Vugt, R., Palmer, N., Adams, M. D., Gocayne, J. D., Weidman, J., Utterback. T., Watthey, L., McDonald, L., Artiach, P., Bowman, C., Garland, S., Fujii, C., Cotton, M. D., Horst. K., Roberts, K., Hatch, B., Smith, H. O., and Venter, J. C. (1997) Nature 390, 580-586.
9. Bult, C. J., White, O., Olsen, G. J., Zhou, L., Fleischmann, R. D., Sutton, G. G., Blake, J. A., Fitzgerald, L. M., Clayton, R. A., Gocayne, J. D., Kerlavage, A. R., Dougherty, B. A., Tomb, J. F., Adams, M. D., Reich, C. I., Overbeek, R., Kirkness, E. F., Weinstock, K. G., Merrick, J. M., Glodek, A., Scott, J. L., Geoghagen, N. S. M., and Venter, J. C. (1996) Science 273, 1058-1073.
10. Smith, D. R., Doucette-Stamm, L. A., Deloughery, C., Lee, H., Dubois, J., Aldredge, T., Bashirzadeh, R., Blakely, D., Cook, R., Gilbert, K., Harrison, D., Hoang, L., Keagle, P., Lumm, W., Pothier, B., Qui, D., Spadafora, R., Vicaire, R., Wang, Y., Wierzbowski, J., Gibson, R., Jiwani, N., Caruso, A., Bush, D., Safer, H., Patwell, D., Prabhakar, S., McDougall, S., Shimer, G., Goyal, A., Pietrookovsi, S., Church, G. M., Daniels, C. J., Mao, J.-I., Rice, P., Nölling, J., and Reeve, J. N. (1997) J. Bacteriol. 179, 7135-7155.
11. Klenk, H. P., Clayton, R. A., Tomb, J., White, O., Nelson, K. E., Ketchum, K. A., Dodson, R. J., Gwinn, M., Hickey, E. K., Peterson, J. D., Richardson, D. L., Kerlavage, A. R., Graham, D. E., Kyrpides, N. C., Fleischmann, R. D., Quackenbush, J., Lee, N. H., Sutton, G. G., Gill, S., Kirkness, E. F., Dougherty, B. A., McKenney, K., Adams, M. D., Loftus, B., Peterson, S., Reich, C. I., McNeil, L. K., Badger, J. H., Glodek, A., Zhou, L., Overbeek, R., Gocayne, J. D., Weidman, J. F., McDonald, L., Utterback, T., Cotton, M. D., Spriggs, T., Artiach, P., Kaine, B. P., Sykes, S. M., Sadow, P. W., D'Andrea, K. P., Bowman, C., Fujii, C., Garland, S. A., Mason, T. M., Olsen, G. J., Fraser, C. M., Smith, H. O., Woese, C. R., and Venter, J. C. (1997) Nature 390, 364-378.
12. Deckert, G., Warren, P. V., Gassterland, T., Young, W. G., Lenox, A. L., Graham, D. E., Overbeek, R., Snead, M. A., Keller, M., Aujay, M., Huber, R., Feldman, R. A., Short, J. M., Olsen, G. J., and Swanson, R. V. (1998) Nature 392, 353-358.
13. Mewes, H. W., Albermann, K., Bahr, M., Frishman, D., Gleissner, A., Hani, J., Heumann, K., Kleine, K., Maierl, A., Oliver, S. G., Pfeiffer, F., and Zollner, A. (1997) Nature 387, 7-65.
14. Babbitt, P. C., and Gerlt, J. A. (1997) J. Biol. Chem. 272, 30591-30594.
15. Babbitt, P. C., Mrachko, G. T., Hasson, M. S., Huisman, G. W., Kolter, R., Ringe, D., Petsko, G. A., Kenyon, G. L., and Gerlt, J. A. (1995) Science 267, 1159-1162.
16. Blumenthal, H. J., and Fish, D. C. (1963) Biochem. Biophys. Res. Commun. 11, 239-243.
17. MacGee, J., and Doudoroff, M. (1954) J. Biol. Chem. 210, 617-624.
18. Ornston, M. K., and Ornston, L. N. (1969) J. Bacteriol. 97, 1227-1233.
19. Dreyer, J. L. (1987) Eur. J. Biochem. 166, 623-630.
20. Palmer, D. R. J., Hubbard, B. K., and Gerlt, J. A. (1998) Biochemistry 37, 14350-14357.
21. Neidhart, D. J., Howell, P. L., Petsko, G. A., Powers, V. M., Li, R., Kenyon, G. L., and Gerlt, J. A. (1991) Biochemistry 30, 9264-9273.
22. Landro, J. A., Gerlt, J. A., Kozarich, J. W., Koo, C. W., Shah, V. J., Kenyon, G. L., Neidhart, D. J., Fujita, S., and Petsko, G. A. (1994) Biochemistry 33, 635-643.
23. Gulick, A. M., Palmer, D. R. J., Babbitt, P. C., Gerlt, J. A., and Rayment, I. (1998) Biochemistry 37, 14358-14368.