Molecular modeling of ligand-gated ion channels

Methods in Enzymology

Volumn 293, Issue , 1998, Pages 589-620

  Sutcliffe, Michael J ^a   Smeeton, Allister H ^a   Wo, Z Galen ^a   Oswald, Robert E ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

6 CYANO 7 NITRO 2,3 QUINOXALINEDIONE; DOMOIC ACID; GLUTAMIC ACID; GUANINE NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN; GUANOSINE DIPHOSPHATE; GUANOSINE TRIPHOSPHATE; ION CHANNEL; IONOTROPIC RECEPTOR; KAINIC ACID; MEMBRANE PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITE; CHANNEL GATING; COMPUTER MODEL; COMPUTER PROGRAM; DATA BASE; LIGAND BINDING; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN GLYCOSYLATION; PROTEIN LOCALIZATION; REVIEW; SEQUENCE HOMOLOGY; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 0032313488     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(98)93035-X     Document Type: Article

References (92)

1. L. H. Pearl and W. R. Taylor, Nature 329, 351 (1987).
2. M. J. Sutcliffe, J. Feltham, R. A. Cerione, and R. E. Oswald, Prot. Peptide Lett. 1, 84 (1994).
3. J. L. Feltham, V. Dötsch, S. Raza, D. Manor, R. A. Cerione, M. J. Sutcliffe, G. Wagner. and R. E. Oswald, Biochemistry 36, 3755 (1997).
4. M. S. P. Sansom, Methods Enzymology 293, [34], 1998 (this volume).
5. S-P. Scott and J. C. Tanaka, Methods in Enzymol. 293, [33], 1998 (this volume).
6. D. T. Monaghan, R. J. Bridges, and C. W. Cotman, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 29, 365 (1989).
7. S. Nakanishi and M. Masu, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 23, 319 (1994).
8. K. Wada, C. J. Dechesne, S. Shimasaki, R. G. King, K. Kusano, A. Buonanno, D. R. Hampson, C. Banner, R. J. Wenthold, and Y. Nakatani, Nature 342, 684 (1989).
9. P. Gregor, I. Mano, I. Maoz, M. McKeown, and V. Teichberg, Nature 342, 689 (1989).
10. Z. G. Wo and R. E. Oswald, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91, 7154 (1994).
11. D. T. Jones, W. R. Taylor, and J. M. Thornton, Biochemistry 33, 3038 (1994).
12. B. Person and P. Argos, J. Mol. Biol. 237, 182 (1994).
13. B. Rost, P. Fariselli, and R. Casadio, Protein Sci. 7, 1704 (1996).
14. Z. G. Wo and R. E. Oswald, FEBS Lett. 368, 230 (1995).
15. Z. G. Wo and R. E. Oswald, J. Biol. Chem. 270, 2000 (1995).
16. F. A. Taverna, L. Y. Wang, J. F. MacDonald, and D. R. Hampson, J. Biol. Chem. 269, 14159 (1994).
17. K. W. Roche, L. A. Raymond, C. Blackstone, and R. L. Huganir, J. Biol. Chem. 269, 11679 (1994).
18. M. Hollmann, C. Maron, and S. Heinemann, Neuron 13, 1331 (1994).
19. R. E. Oswald and J. P. Changeux, FEBS Lett. 139, 225 (1982).
20. S. M. Sine and T. Claudio, J. Biol. Chem. 266, 19369 (1991).
21. I. Tsigelny, N. Sugiyama, S. M. Sine, and P. Taylor, Biophys. J. 73, 52 (1997).
22. Z. G. Wo and R. E. Oswald, Trends Neurosci. 18, 161 (1995).
23. N. Nakanishi, N. A. Schneider, and R. Axel, Neuron 5, 569 (1990).
24. P. J. O'Hara, P. O. Sheppard, H. Thøgersen, D. Venezia, B. A. Haldeman, V. McGrane, K. M. Houamed, C. Thomsen, T. L. Gilbert, and E. R. Mulvihill, Neuron 11, 41 (1993).
25. A. G. Murzin, S. E. Brenner, T. Hubbard, and C. Chothia, J. Mol. Biol. 247, 536 (1995).
26. S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman, J. Mol. Biol. 215, 403 (1990).
27. B. Rost, in "Third International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)" (C. Rawlings, D. Clark, R. Altman, L. Hunter, T. Lengauer, and S. Wodak, eds.), p. 314. AAAI Press, Menlo Park. California, 1995.
28. D. Fischer and D. Eisenberg, Protein Sci. 5, 947 (1996).
29. L. Holm and C. Sander, Proteins, 19, 165 (1994).
30. E. E. Abola, F. C. Bernstein, S. H. Bryant, T. F. Koetzle, and J. Weng, in "Crystallographic Databases - Information Content, Software Systems, Scientific Applications" (F. H. Allen, G. Bergerhoff, and R. Sievers, eds.). p. 107. Data Commission of the International Union of Crystallography, Bonn/Cambridge/Chester, 1987.
31. N. H. Yao, S. Trakhanov, and F. A. Quicho, Biochemistry 33, 4769 (1994).
32. B. H. Oh, J. Pandit, C. H. Kang, K. Nikaido, S. Gokcen, G. F. L. Ames, and S. H. Kim, J. Biol. Chem. 268, 11348 (1993).
33. C. D. Hsiao, Y. J. Sun, J. Rose, and B. C. Wang, J. Mol. Biol. 262, 225 (1996).
34. J. D. Thompson, D. G. Higgins, and T. J. Gibson, Nucleic Acids Res. 22, 4673 (1994).
35. W. R. Taylor, J. Mol. Evol. 28, 161 (1988).
36. B. Rost and C. Sander, J. Mol. Biol. 232, 584 (1993).
37. R. D. King and M. J. E. Sternberg, Protein Sci. 5, 2298 (1996).
38. P. R. Stanfield, N. W. Davies, P. A. Shelton, M. A. Suteliffe, I. A. Khan, W. J. Brammar, and E. C. Conley, J. Physiol. 478, 1 (1994).
39. T. Kuner, L. P. Wollmuth, A. Karlin, P. H. Seeburg, and B. Sakmann. Neuron 17, 343 (1996).
40. M. Aiyar, J. P. Rizzi, G. A. Gutman, and K. G. Chandy, J. Biol. Chem. 271, 31013 (1996).
41. L. L. Kurz, R. D. Zuhlke, H. J. Zhang, and R. H. Joho, Biophys. J. 68, 900 (1995).
42. Q. Lu and C. Miller, Science 268, 304 (1995).
43. J. M. Pascual, C. C. Shieh, G. E. Kirsch, and A. M. Brown, Neuron 14, 1055 (1995).
44. A. Kuryatov, B. Laube, H. Betz, and J. Kuhse, Neuron 12, 1291 (1994).
45. F. Li, N. Owens, and T. A. Verdoorn, Mol. Pharmacol. 47, 148 (1995).
46. S. Uchino, K. Sakimura, K. Nagahari, and M. Mishina, FEBS Lett. 308, 253 (1992).
47. Z. G. Wo and R. E. Oswald, Mol. Pharmacol. 50, 770 (1996).
48. G. J. Barton, Protein Eng. 6, 37 (1993).
49. M. J. Sutcliffe, Z. G. Wo, and R. E. Oswald, Biophys. J. 70, 1575 (1996).
50. R. Luthy, J. U. Bowie, and D. Eisenberg, Nature 356, 83 (1992).
51. M. J. Sutcliffe, F. R. F. Hayes, and T. L. Blundell, Protein Eng. 1, 385 (1987).
52. M. J. Sutcliffe, I. Haneef, D. Carney, and T. L. Blundell, Protein Eng. 1, 377 (1987).
53. M. C. Pietsch, Biochem. Soc. Trans. 24, 274 (1996).
54. A. Sali and T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 234, 779 (1993).
55. L. A. Kelley, S. P. Gardner, and M. J. Sutcliffe, Protein Eng. 10, 737 (1997).
56. A. T. Brünger, Xplor manual version 3.851, Yale University (1997).
57. A. C. R. Martin, M. W. MacArthur, and J. W. Thornton, Proteins - Structure, Function, and Genetics Suppl. 1, 14 (1997).
58. S. R. Durell and H. R. Guy, Biophys. J. 62, 238 (1992).
59. H. R. Guy and S. R. Durell, J. General Physiol. Abstr. 17, P7 (1994).
60. M. C. Surles, J. S. Richardson, D. C. Richardson, and F. P. J. Brooks, Protein Science 3, 198 (1994).
61. B. Sommer, M. Köhler, R. Sprengel, and P. H. Seeburg. Cell 67, 11 (1991).
62. N. Burnashev, R. Schoepfer, H. Monyer, J. P. Ruppersberg, W. Günther, P. H. Seeburg, and B. Sakmann, Science 257, 1415 (1992).
63. R. Dingledine, R. I. Hume, and S. F. Heinemann, J. Neurosci. 12, 4080 (1992).
64. T. A. Verdoorn, N. Burnashev, H. Monyer, P. H. Seeburg, and B. Sakmann, Science 252, 1715 (1991).
65. A. Nicholls and B. Honig, J. Comp. Chem. 12, 435 (1991).
66. A. Nicholls, K. Sharp, and B. Honig, Proteins 11, 281 (1991).
67. N. Burnashev, A. Villarroel, and B. Sakmann, J. Physiol. Lond. 496, 165 (1996).
68. M. Köhler, N. Burnashev, B. Sakmann, and P. H. Seeburg, Neuron 10, 491 (1993).
69. A. V. Ferrer-Montiel, W. Sun, and M. Montal, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 8021 (1995).
70. O. S. Smart, J. M. Goodlellow, and B. A. Wallace, Biophys. J. 65, 2455 (1993).
71. C. D. Blackstone, S. J. Moss, L. J. Martin, and R. Huganir, J. Neurochem. 58, 1118 (1992).
72. N. Brose, G. P. Gasic, D. E. Vetter, J. M. Sullivan, and S. F. Heinemann, J. Biol. Chem. 268, 22663 (1993).
73. R. J. Wenthold, N. Yokotani, K. Doi, and K. Wada, J. Biol. Chem. 267, 501 (1992).
74. T. Y. Wu and Y. C. Chang, Biochem. J. 300, 365 (1994).
75. L. Premkumar, K. Erreger, and A. Auerbach, Biophys. J. 72, A334 (1997).
76. B. Laube, H. Hirai, M. Sturgess, H. Betz, and J. Kuhse, Neuron 18, 493 (1997).
77. R. A. Laskowski, J. Mol. Graph. 13, 323 (1995).
78. R. A. Laskowski, N. M. Luscombe, M. B. Swindells, and J. M. Thornton, Protein Sci. 5, 2438 (1996).
79. P. J. Goodford, J. Med. Chem. 28, 849 (1985).
80. Y. Stern-Bach, B. Bettler, M. Hartley, P. O. Sheppard, P. J. O'Hara, and S. F. Heinemann, Neuron 13, 1345 (1994).
81. A. W. Hing, N. Tjandra, P. F. Cottam, J. Schasefer, and C. Ho, Biochemistry 33, 8651 (1994).
82. P. J. Kraulis, J. Appl. Crystallogr. 24, 946 (1991).
83. Y. Paas, M. Eisenstein, F. Medevielle, V. I. Teichberg, and A. Devillers-Thiery, Neuron 17, 979 (1996).
84. C. D. Hsiao, Y. Sun J., J. Rose, P. F. Cottam, C. Ho, and B. C. Wang, J. Mol. Biol. 240, 87 (1994).
85. Y. Paas, A. Devillers-Thiery, J. P. Changeux, F. Medevielle, and V. I. Teichberg, EMBO J. 15, 1548 (1996).
86. K. Keinanen, M. Arvola, A. Kuusinen, and M. Johnson, Biochem. Soc. Trans. 25, 835 (1997).
87. M. W. Wood, H. M. VanDongen, and A. M. VanDongen, J. Biol. Chem. 272, 3532 (1997).
88. A. C. Wallace, R. A. Laskowski, and J. M. Thornton, Protein Eng. 8, 127 (1995).
89. I. A. Vakser, Biopolymers 39, 455 (1996).
90. K. Imoto, C. Busch, B. Sakmann, M. Mishina, T. Konno, J. Nakai, H. Bujo, Y. Mori, K. Fukuda, and S. Numa, Nature 335, 645 (1988).
91. K. Kashiwagi, J. Fukuchi, J. Chao, K. Igarashi, and K. Williams, Mol. Pharmacol. 49, 1131 (1996).
92. I. Mano, Y. Lamed, and V. I. Teichberg, J. Biol. Chem. 271, 15299 (1996).