Considerations of transcriptional control mechanisms: Do TFIID-core promoter complexes recapitulate nucleosome-like functions?

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 94, Issue 17, 1997, Pages 8928-8935

  Hoffmann, Alexander ^a,b   Oelgeschläger, Thomas ^a   Roeder, Robert G ^a  

^a ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

^b MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL CYCLE; GENE ACTIVATION; NUCLEOSOME; PRIORITY JOURNAL; PROMOTER REGION; REVIEW; TRANSCRIPTION INITIATION; TRANSCRIPTION REGULATION;

ANIMALS; HUMANS; NUCLEOSOMES; PROMOTER REGIONS (GENETICS); TRANSCRIPTION FACTOR TFIID; TRANSCRIPTION FACTORS, TFII; TRANSCRIPTION, GENETIC;

BACTERIA (MICROORGANISMS); EUKARYOTA;

EID: 0030745417     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.94.17.8928     Document Type: Review

References (127)

1. Matsui, T., Segall, J., Weil, P. A. & Roeder, R. G. (1980) J. Biol. Chem. 255, 11992-11996.
2. Parker, C. S. & Topol, J. (1984) Cell 36, 357-369.
3. Sawadogo, M. & Roeder, R. G. (1985) Cell 43, 165-175.
4. Nakajima, N., Horikoshi, M. & Roeder, R. G. (1988) Mol. Cell. Biol. 8, 4028-4040.
5. Nakatani, Y., Horikoshi, M., Brenner, M., Yamamoto, T., Besnard, F., Roeder, R. G. & Freese, E. (1990) Nature (London) 348, 86-88.
6. Verrijzer, C. P., Chen, J.-L., Yokomori, K. & Tjian, R. (1995) Cell 81, 1115-1125.
7. Burke, T. W. & Kadonaga, J. T. (1996) Genes Dev. 10, 711-724.
8. Wang, J. C. & van Dyke, M. W. (1993) Biochim. Biophys. Acta 1216, 73-80.
9. Kaufmann, J. & Smale, S. T. (1994) Genes Dev. 8, 821-829.
10. Roeder, R. G. (1996) Trends Biochem. Sci. 21, 327-335.
11. Martinez, E., Chiang, C.-M., Ge, H. & Roeder, R. G. (1994) EMBO J. 13, 3115-3126.
12. Martinez, E., Zhou, Q., L'Etoile, N., Oelgeschläger, T., Berk, A. J. & Roeder, R. G. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 11864-11868.
13. Abmayr, S. M., Workman, J. L. & Roeder, R. G. (1988) Genes Dev. 2, 542-553.
14. Workman, J. L., Abmayr, S. M., Cromlish, W. A. & Roeder, R. G. (1988) Cell 55, 211-219.
15. Horikoshi, M., Hai, T., Lin, Y.-S., Green, M. R. & Roeder, R. G. (1988) Cell 54, 1033-1042.
16. Hoffmann, A., Sinn, E., Yamamoto, T., Wang, J., Roy, A., Horikoshi, M. & Roeder, R. G. (1990) Nature (London) 346, 387-390.
17. Peterson, M. G., Tanese, N., Pugh, B. F. & Tjian, R. (1990) Science 248, 1625-1630.
18. Pugh, B. F. & Tjian, R. (1990) Cell 61, 1187-1197.
19. Burley, S. K. & Roeder, R. G. (1996) Annu. Rev. Biochem. 65, 769-799.
20. Goodrich, J. A., Hoey, T., Thut, C. J., Admon, A. & Tjian, R. (1993) Cell 75, 519-530.
21. Hoey, T., Weinzierl, R. O. J., Gill, G., Chen, J.-L., Dynlacht, B. D. & Tjian, R. (1993) Cell 72, 247-260.
22. Chiang, C.-M. & Roeder, R. G. (1995) Science 267, 531-536.
23. Chen, J.-L., Attardi, L. D., Verrijzer, C. P., Yokomori, K. & Tjian, R. (1994) Cell 79, 93-105.
24. Jacq, X., Brou, C., Lutz, Y., Davidson, I., Chambon, P. & Tora, L. (1994) Cell 79, 107-117.
25. Gill, G., Pascal, E., Tseng, Z. H. & Tjian, R. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 192-196.
26. Sauer, F., Wassarman, D. A., Rubin, G. M. & Tjian, R. (1996) Cell 87, 1271-1284.
27. Moqtaderi, Z., Bai, Z., Poon, D., Weil, P. A. & Struhl, K. (1996) Nature (London) 383, 188-191.
28. Walker, S. S., Reese, J. C., Apone, L. M. & Green, M. R. (1996) Nature (London) 383, 185-188.
29. Tansey, W. P. & Herr, W. (1997) Cell 88, 729-732.
30. Kaiser, K. & Meisterernst, M. (1996) Trends Biochem. Sci. 21, 342-345.
31. Blair, W. S., Fridall, R. A. & Cullen, B. R. (1996) EMBO J. 15, 1658-1665.
32. Blau, J., Xiao, H., McCracken, S., O'Hare, P., Greenblatt, J. & Bentley, D. L. (1996) Mol. Cell. Biol. 16, 2044-2055.
33. McClure, W. R. (1985) Annu. Rev. Biochem. 54, 171-204.
34. Koleske, A. J. & Young, R. A. (1995) Trends Biochem. Sci. 20, 113-116.
35. Stringer, K. F., Ingles, C. J. & Greenblatt, J. (1990) Nature (London) 345, 783-786.
36. Ingles, C. J., Shales, M., Cress, W. D., Triezenberg, S. J. & Greenblatt, J. (1991) Nature (London) 351, 588-590.
37. Wu, Y., Reece, R. J. & Ptashne, M. (1996) EMBO J. 16, 3951-3963.
38. Nikolov, D. B. & Burley, S. K. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 621-637.
39. Lin, Y. S., Carey, M., Ptashne, M. & Green, M. R. (1990) Nature (London) 345, 359-361.
40. Sauer, F., Hansen, S. K. & Tjian, R. (1995) Science 270, 1783-1788.
41. Sauer, F., Hansen, S. K. & Tjian, R. (1995) Science 270, 1825-1828.
42. Fire, A., Samuels, M. & Sharp, P. A. (1984) J. Biol. Chem. 259, 2509-2516.
43. Hawley, D. K. & Roeder, R. G. (1985) J. Biol. Chem. 260, 8163-8172.
44. van Dyke, M. W., Sawadogo, M. & Roeder, R. G. (1989) Mol. Cell. Biol. 9, 342-344.
45. Workman, J. L. & Roeder, R. G. (1987) Cell 51, 613-622.
46. Huang, D.-H., Horikoshi, M. & Roeder, R. G. (1988) J. Biol. Chem. 263, 12596-12601.
47. Schmidt, M. C., Zhou, Q. & Berk, A. J. (1989) Mol. Cell. Biol. 9, 3299-3307.
48. White, J., Brou, C., Wu, J., Lutz, Y., Moncollin, V. & Chambon, P. (1992) EMBO J. 11, 2229-2240.
49. Hai, T., Horikoshi, M., Reeder, R. G. & Green, M. (1988) Cell 54, 1043-1051.
50. Horikoshi, M., Carey, M. F., Kakidani, H. & Roeder, R. G. (1988) Cell 54, 665-669.
51. Lin, Y. S. & Green, M. R. (1991) Cell 64, 971-981.
52. Chi, T., Lieberman, P., Ellwood, K. & Carey, M. (1995) Nature (London) 377, 254-257.
53. Chi, T. & Carey, M. (1996) Genes Dev. 10, 2540-2550.
54. Kim, Y., Geiger, J. H., Hahn, S. & Sigler, P. B. (1993) Nature (London) 365, 512-520.
55. Kim, J. L., Nikolov, D. B. & Burley, S. K. (1993) Nature (London) 365, 520-527.
56. Nikolov, D. B., Chen, H., Halay, E. D., Usheva, A. A., Hisatake, K., Lee, D. K., Roeder, R. G. & Burley, S. K. (1995) Nature (London) 377, 119-128.
57. Geiger, J. H., Hahn, S., Lee, S. & Sigler, P. B. (1996) Science 272, 830-836.
58. Tan, S., Hunzikar, Y., Sargent, D. F. & Richmond, T. J. (1996) Nature (London) 381, 127-134.
59. Hoffmann, A., Chiang, C.-M., Oelgeschläger, T., Xie, X., Burley, S. K., Nakatani, Y. & Roeder, R. G. (1996) Nature (London) 380, 356-359.
60. Xie, X., Kokubo, T., Cohen, S. L., Mirza, U. A., Hoffmann, A., Chait, B. T., Roeder, R. G., Nakatani, Y. & Burley, S. K. (1996) Nature (London) 380, 316-322.
61. Hoffmann, A. & Roeder, R. G. (1996) J. Biol. Chem. 271, 18194-18202.
62. Oelgeschläger, T., Chiang, C.-M. & Roeder, R. G. (1996) Nature (London) 382, 735-738.
63. van Dyke, M. W., Roeder, R. G. & Sawadogo, M. (1988) Science 241, 1335-1338.
64. Meisterernst, M. & Roeder, R. G. (1991) Cell 67, 557-567.
65. Inostroza, J. A., Mermelstein, F. H., Ha, I., Lane, W. S. & Reinberg, D. (1992) Cell 70, 477-489.
66. Kim, T. K., Zhao, Y., Ge, H., Bernstein, R. & Roeder, R. G. (1995) J. Biol. Chem. 270, 10976-10981.
67. Goppelt, A., Stelzer, G., Lottspeich, F. & Meisterernst, M. (1996) EMBO J. 15, 3105-3116.
68. Mermelstein, F., Yeung, K., Cao, J., Inostroza, J. A., Erdjument-Bromage, H., Eagelson, K., Landsman, D., Levitt, P., Tempst, P. & Reinberg, D. (1996) Genes Dev. 10, 1033-1048.
69. Gadbois, E. L., Chao, D. M., Reese, J. C., Green, M. R. & Young, R. A. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 3145-3150.
70. Kretzschmar, M., Meisterernst, M. & Roeder, R. G. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 11508-11512.
71. Merino, A., Madden, K. R., Lane, W. S., Champoux, J. J. & Reinberg, D. (1993) Nature (London) 365, 227-232.
72. Shykind, B. M., Kim, J., Stance, L., Champoux, J. J. & Sharp, P. A. (1997) Genes Dev. 11, 397-407.
73. Ge, H. & Roeder, R. G. (1994) J. Biol. Chem. 269, 17136-17140.
74. Shykind, B. M., Kim, J. & Sharp, P. A. (1995) Genes Dev. 9, 1354-1365.
75. Stelzer, G., Goppelt, A., Lottspeich, F. & Meisterernst, M. (1994) Mol. Cell. Biol. 14, 4712-4721.
76. Paranjape, S. M., Krumm, A. & Kadonaga, J. T. (1995) Genes Dev. 9, 1978-1991.
77. Thanos, D. & Maniatis, T. (1992) Cell 71, 777-789.
78. Love, J. J., Li, X., Case, D. A., Giese, K., Grosschedl, R. & Wright, P. E. (1995) Nature (London) 376, 791-795.
79. Lehming, N., Thanos, D., Brickman, J. M., Ma, J., Maniatis, T. & Ptashne, M. (1994) Nature (London) 371, 175-179.
80. Bortvin, A. & Winston, F. (1996) J. Biol. Chem. 272, 1473-1476.
81. Segil, N., Guermah, M., Hoffmann, A., Roeder, R. G. & Heintz, N. (1996) Genes Dev. 10, 2389-2400.
82. Segil, N., Roberts, S. B. & Heintz, N. (1991) Science 254, 1814-1816.
83. Dikstein, R., Ruppert, S. & Tjian, R. (1996) Cell 84, 781-790.
84. Mizzen, C. A., Yang, X.-J., Kokubo, T., Brownell, J. E., Bannister, A. J., Owen-Hughes, T., Workman, J., Wang, L., Berger, S. L., Kazourides, T., Nakatani, Y. & Allis, C. D. (1996) Cell 87, 1261-1270.
85. Kuo, M.-H., Brownell, J. E., Sobel, R. E., Ranalli, T. A., Cook, R. G., Edmonson, D. G., Roth, S. Y. & Allis, C. D. (1996) Nature (London) 383, 269-272.
86. Ogryzko, V. V., Schiltz, R. L., Russanova, V., Howard, B. H. & Nakatani, Y. (1996) Cell 87, 953-959.
87. Ganter, B., Tan, S. & Richmond, T. J. (1993) J. Mol. Biol. 234, 975-987.
88. Gross, D. S., English, K. E., Collins, K. W. & Lee, S. W. (1990) J. Mol. Biol. 216, 611-631.
89. Weber, J. A. & Gilmour, D. S. (1995) Nucleic Acids Res. 23, 3327-3334.
90. Chen, J., Ding, M. & Pederson, D. S. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 11909-11913.
91. Brunvand, M. W., Krumm, A. & Groudine, M. (1993) Nucleic Acids Res. 21, 4824-4829.
92. Wolffe, A. P. & Brown, D. D. (1988) Science 241, 1626-1632.
93. Lieberman, P. M. & Berk, A. J. (1994) Genes Dev. 8, 995-1006.
94. Chiang, C.-M., Ge, H., Wang, Z., Hoffmann, A. & Roeder, R. G. (1993) EMBO J. 12, 2749-2762.
95. Mizutani, M., Ura, K. & Hirose, S. (1991) Nucleic Acids Res. 19, 2907-2911.
96. Hirose, S. & Suzuki, Y. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 718-722.
97. Mizushima-Sugano, J. & Roeder, R. G. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 8511-8515.
98. Mizutani, M., Ohta, T., Watanabe, H., Handa, H. & Hirose, S. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 718-722.
99. Parvin, J. D., McCormick, R. J., Sharp, P. A. & Fisher, D. E. (1995) Nature (London) 373, 724-727.
100. Parvin, J. D., Timmers, H. T. & Sharp, P. A. (1992) Cell 68, 1135-1144.
101. Holstege, F. C., Tantin, D., Carey, M., van der Vliet, P. C. & Timmers, H. T. (1995) EMBO J. 14, 810-819.
102. Kim, T. K., Hashimoto, S., Kelleher, R. J. I., Flanagan, P. M., Kornberg, R. D., Horikoshi, M. & Roeder, R. G. (1994) Nature (London) 369, 252-255.
103. Lee, M. & Struhl, K. (1996) Mol. Cell. Biol. 15, 5461-5469.
104. Suzuki-Yagawa, Y., Guermah, M. & Roeder, R. G. (1997) Mol. Cell. Biol. 17, 3284-3294.
105. Ptashne, M. & Gann, A. (1997) Nature (London) 386, 569-577.
106. Ma, D., Olave, I., Merino, A. & Reinberg, D. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6583-6588.
107. Wang, W., Gralla, J. D. & Carey, M. (1992) Genes Dev. 6, 1716-1727.
108. Ozer, J., Bolden, A. H. & Lieberman, P. M. (1996) J. Biol. Chem. 271, 11182-11190.
109. Purnell, B. A. & Gilmour, D. S. (1993) Mol. Cell. Biol. 13, 2593-2603.
110. Kingston, R. E., Bunker, C. A. & Imbalzano, A. N. (1996) Genes Dev. 10, 905-920.
111. Cairns, B. R., Lorch, Y., Li, Y., Zhang, M., Lacomis, L., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Du, J., Laurent, B. & Kornberg, R. D. (1996) Cell 87, 1249-1260.
112. Roth, S. Y. & Allis, C. D. (1996) Cell 87, 5-8.
113. Halle, J. P., Stelzer, G., Goppelt, A. & Meisterernst, M. (1995) J. Biol. Chem. 270, 21307-21311.
114. Helmann, J. D. & Chamberlin, M. J. A. (1988) Annu. Rev. Biochem. 57, 839-872.
115. Busby, S. & Ebright, R. H. (1994) Cell 79, 743-746.
116. Zawel, L., Kumar, K. P. & Reinberg, D. (1995) Genes Dev. 9, 1479-1490.
117. Malhotra, A., Severinova, E. & Darst, S. A. (1996) Cell 87, 127-136.
118. McCracken, S. & Greenblatt, J. (1991) Science 253, 900-902.
119. Tan, S., Garrett, K. P., Conaway, R. C. & Conaway, J. W. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 9808-9812.
120. Killeen, M., Coulombe, B. & Greenblatt, J. (1992) J. Biol. Chem. 267, 9463-9466.
121. Koleske, A. J. & Young, R. A. (1994) Nature (London) 368, 466-469.
122. Berk, A. J. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 11952-11954.
123. Björklund, S. & Kim, Y.-J. (1996) Trends Biochem. Sci. 21, 335-337.
124. Barberis, A., Pearlberg, J., Simkovich, N., Farrell, S., Reinagel, P., Bamdad, C., Sigal, G. & Ptashne, M. (1995) Cell 81, 359-368.
125. Parker, C. S. & Roeder, R. G. (1977) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74, 44-48.
126. Reinberg, D. & Roeder, R. G. (1987) J. Biol. Chem. 262, 3310-3321.
127. Shen, W.-C. & Green, M. R. (1997) Cell, in press.