A direct-dynamics study of proton transfer through water bridges in guanine and 7-azaindole

Journal of Chemical Physics

Volumn 112, Issue 2, 2000, Pages 566-573

  Smedarchina, Zorka ^a   Siebrand, Willem ^a   Fernández Ramos, Antonios ^a   Gorb, Leonid ^b   Leszczynski, Jerzy ^b  

^a NATIONAL RESEARCH COUNCIL CANADA   (Canada)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000674775     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.480549     Document Type: Article

References (33)

1. R. A. Copeland and S. I. Chan, Annu. Rev. Phys. Chem. 40, 671 (1989).
2. J. F. Nagle and S. Tristam-Nagle, J. Membr. Biol. 74, 1 (1983).
3. P. D. Boyer, Trends Biochem. Sci. 13, 5 (1988).
4. L. Baciou and H. Michel, Biochemistry 34, 7967 (1995).
5. S. E. Martinez, D. Huang, M. Ponomarev, W. A. Cramer, and J. L. Smith, Protein Sci. 5, 1081 (1996).
6. R. Pomès and B. Roux, Chem. Phys. Lett. 234, 416 (1995); J. Phys. Chem. 100, 2519 (1996).
7. R. Pomès and B. Roux, Chem. Phys. Lett. 234, 416 (1995); J. Phys. Chem. 100, 2519 (1996).
8. H. S. Mei, M. E. Tuckerman, D. E. Sagnella, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 102, 10446 (1998).
9. H. Decornez, K. Drukker, and S. Hammes-Schiffer, J. Phys. Chem. A 103, 2891 (1999).
10. S. Lindskog, Pharmacol. Ther. 74, 1 (1997); H. Steiner, B. H. Jonsson, and S. Lindskog, Eur. J. Biochem. 59, 253 (1975).
11. S. Lindskog, Pharmacol. Ther. 74, 1 (1997); H. Steiner, B. H. Jonsson, and S. Lindskog, Eur. J. Biochem. 59, 253 (1975).
12. D. Lu and G. A. Voth, J. Am. Chem. Soc. 120, 4006 (1998).
13. A. Fernández-Ramos, Z. Smedarchina, W. Siebrand, M. Z. Zgierski, and M. A. Rios, J. Am. Chem. Soc. 121, 6280 (1999); A. Fernández-Ramos, Z. Smedarchina, W. Siebrand, and M. Z. Zgierski, ibid (submitted).
14. A. Fernández-Ramos, Z. Smedarchina, W. Siebrand, M. Z. Zgierski, and M. A. Rios, J. Am. Chem. Soc. 121, 6280 (1999); A. Fernández-Ramos, Z. Smedarchina, W. Siebrand, and M. Z. Zgierski, ibid (submitted).
15. L. Gorb and J. Leszczynski, J. Am. Chem. Soc. 120, 5024 (1998).
16. J. Leszczynski, J. Phys. Chem. A 102, 2357 (1998).
17. C. A. Taylor, M. A. El-Bayoumi, and M. Kasha, Proc. Natl. Acad. Sci. 63, 253 (1969).
18. K. C. Ingham and M. A. El-Bayoumi, J. Am. Chem. Soc. 96, 1674 (1974).
19. A. A. Smirnov et al., J. Phys. Chem. B 101, 2758 (1997).
20. S. Mente and M. Maroncelli, J. Phys. Chem. A 102, 3860 (1998).
21. G. M. Chaban and M. S. Gordon, J. Phys. Chem. A 103, 185 (1999).
22. A. Nakajima, M. Hirano, R. Hasumi, K. Kaja, H. Watanabe, C. C. Carter, J. M. Williamson, and T. A. Miller, J. Phys. Chem. A 101, 392 (1997).
23. Z. Smedarchina, M. Z. Zgierski, W. Siebrand, and P. M. Kozlowski, J. Chem. Phys. 109, 1014 (1998).
24. Z. Smedarchina, W. Siebrand, M. Z. Zgierski, and F. Zerbetto, J. Chem. Phys. 102, 7024 (1995).
25. W. Siebrand, Z. Smedarchina, M. Z. Zgierski, and A. Fernández-Ramos, Int. Rev. Phys. Chem. 18, 5 (1999).
26. Z. Smedarchina, A. Fernández-Ramos, M. Z. Zgierski, and W. Siebrand, DOIT 1.1, a computer program to calculate hydrogen tunneling rate constants and splittings, National Research Council of Canada, http:// www.sims.nrc.ca/sims/software/doit/index.html.
27. C. Møller and M. S. Plesset, Phys. Rev. 46, 618 (1934).
28. A. Fenández-Ramos, Z. Smedarchina, M. Z. Zgierski, and W. Siebrand, J. Chem. Phys. 109, 1004 (1998).
29. GAUSSIAN 98, Revision A3, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle, J. A. Pople, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
30. P. Salvador and M. Duran, J. Chem. Phys. 111, 4460 (1999).
31. V. A. Benderskii, V. I. Goldanskii, and D. E. Makarov, Chem. Phys. 154, 407 (1991).
32. P. R. LeBreton, X. Yang, S. Urano, S. Fetzer, M. Yu, N. J. Leonard, and S. Kumar, J. Am. Chem. Soc. 112, 2138 (1990).
33. K. Szczepaniak and M. Szczesniak, J. Mol. Struct. 156, 29 (1986).