The potential energy surface of guanine is not flat: An ab initio study with large basis sets and higher order electron correlation contributions

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 102, Issue 13, 1998, Pages 2357-2362

  Leszczynski, Jerzy ^a  

^a JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 4244184231     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp972950l     Document Type: Article

References (55)

1. (a) Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure. Springer-Verlag: New York, 1984.
2. (b) Jeffrey, G. A.; Saender, W. Hydrogen Bonding in Biological Structure. Springer-Verlag: New York, 1991.
3. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
4. (a) Kwiatkowski, J. S.; Zelinski, T. J.; Rein, R. Adv. Quantum. Chem. 1986, 18, 85.
5. (b) Person, W. B.; Szczepaniak, K.; Szczepaniak, M.; Kwiatkowski, J. S.; Czerminski, R. J. J. Mol. Struct. 1989, 194, 239.
6. (d) Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1992, 19, 43.
7. (e) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biol. Struct. Dyn. 1996, 14 (1), 117.
8. (g) Gould, I. R.; Burton, N. A.; Hall, R. J.; Hiller, I. H. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 331, 147.
9. (f) Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3161.
10. (h) Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6811.
11. (i) Stewart, E. L.; Foley, C. K.; Allinger, N. L.; Bowen, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 7282.
12. (a) Stctepaniak, K.; Person, W. B.; Leszczynski, J.; Kwiatkowski, J. S. Adv. Biochem. 1995, 41, 1995.
13. (b) Leszczynski, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1994, 311, 37.
14. (c) Bugg, C. E.; Thewalt, U. J. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 3520.
15. (d) Stewart, M. J.; Leszczynski, J.; Rubin, Y. V.; Blagoi, Y. P. J. Phys. Chem. 1997, 101, 4753.
16. (e) Alhambra, C.; Luque, F.; Estelrich, J.; Orozco, M. J. Org. Chem. 1995, 60, 969.
17. (a) Szczepaniak, K.; Szczepaniak, M.; Szajda, W.; Person, W. B.; Leszczynski, J. J. Can. Chem. 1991, 69, 1718.
18. (b) Szczepaniak, K.; Szczepaniak, M. J. Mol. Struct. 1987, 156, 29.
19. (c) Radchenko, E. D.; Plohotnichenko, A. M.; Sheina, G. G.; Blagoi, Yu. P. Biophysics 1983, 28, 559 (English edition).
20. (d) Stepanian, S. G.; Sheina, G. G.; Radchenko, E. D.; Blagoi, Yu. P. J. Mol. Struct. 1985, 131, 333.
21. (e) Graindourze, M.; Smets, Y.; Zeegers-Huyskens, Th.; Maes, G. J. Mol. Struct. 1990, 222, 345.
22. (a) Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 1990, 174, 347.
23. (b) Kwiatkowski, J. S.; Lesyng, B.; Palmer, M. H.; Saenger, W. Z. Naturforsch. 1982, 37c, 937.
24. (c) Palmer, M. H.; Kwiatkowski, J. S.; Lesyng, B. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1983, 92, 283.
25. (d) Riggs, N. V. Chem. Phys. Lett. 1991, 177, 447.
26. (e) Gould, I. R.; Hiller, I. H. Chem. Phys. Lett. 1989, 161, 185.
27. (e) Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Fulara, J.; Les, A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1992, 96, 1562.
28. (f) Sponer, J.; Florian, J.; Hobza, P.; Leszczynski, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 827.
29. (g) Bludski, O.; Sponer, J.; Leszczynski, J.; Spirko, V.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11042.
30. Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 1649.
31. For example, see: Hehre, W. H.; Radom, L.; v. Schleyer, P.; Pople, J. A. Ab initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L. Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. GAUSSIAN94, Revision D.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
33. Schlegel H. B. J. Comput. Chem. 1982, 3, 314.
34. (a) Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. A 1965, 140, 1133.
35. (b) Parr, R. G.; Tang, W. In Density Functional Theory of Atoms and Molecules; Oxford University: New York, 1989.
36. (c) Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
37. (d) Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8800.
38. (c) Bescke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
39. (e) Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
40. (f) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
41. (g) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1993, 37, 785.
42. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
43. Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 941.
44. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Kwiatkowski, J. S.; Leszczynski, J. In Current Trend in Computational Chemistry; Leszczynski, J., Ed.; World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd.: New York, 1997; Vol. 2, p 140.
45. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
46. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
47. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
48. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
49. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
50. Cox, J. R.; Woodcock, S.; Hiller, I. H.; Vincent, M. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5499-5501. Luque, F. J. Orozco, M. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 683-690. Parchment, O. G.; Hillier, I. H.; Green, V. S. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1991, 799-802. Alagona, G.; Ghio, C. Chem. Phys. Lett. 1996, 204, 239-249. Craw, J. S.; Guest, J. M.; Cooper, M. D.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6304-6309. Wong, M. W.; Wiber, K. B.; Frisch, M. J. JACS 1992, 114, 1645-1652.
51. Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 1997, submitted for publication.
52. Lin, J.; Yu, C.; Peng, S.; Aklyama, I.; Li, K.; Lee, K.; LeBreton, P. J. Phys. Chem. 1980, 84, 1006.
53. Szczesniak, M.; Leszczynski, J.; Szajda, W.; Szczepaniak, K.; Hernandez, L.; Person, W. B., to be published.
54. Shugar, D.; Psoda, A. In Landolt-Bornstein's New Biophysics. Part I. Nucleic Acids; Springer Berlin, 1990.
55. Venkateswarlu, D.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1997, submitted for publication.