Analysis of Native-Like Ions Using Structures for Lossless Ion Manipulations

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 18, 2016, Pages 9118-9126

  Allen, Samuel J ^a   Eaton, Rachel M ^a   Bush, Matthew F ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MASS SPECTROMETRY; PROTEINS;

ARRIVAL-TIME DISTRIBUTIONS; COLLISION CROSS SECTIONS; FUTURE APPLICATIONS; NATIVE MASS SPECTROMETRIES; PROTEIN COMPLEXES; RADIO FREQUENCIES; STRUCTURAL BIOLOGY; STRUCTURAL INFORMATION;

IONS;

EID: 84988660417     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b02089     Document Type: Article

References (65)

1. Maurer, M. M.; Donohoe, G. C.; Valentine, S. J. Analyst 2015, 140, 6782-6798 10.1039/C5AN00922G
2. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
3. Wyttenbach, T.; Bleiholder, C.; Bowers, M. T. Anal. Chem. 2013, 85, 2191-2199 10.1021/ac3029008
4. Uetrecht, C.; Barbu, I. M.; Shoemaker, G. K.; van Duijn, E.; Heck, A. J. R. Nat. Chem. 2011, 3, 126-132 10.1038/nchem.947
5. Bleiholder, C.; Do, T. D.; Wu, C.; Economou, N. J.; Bernstein, S. S.; Buratto, S. K.; Shea, J.-E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 16926-16937 10.1021/ja406197f
6. Sinha, S.; Du, Z.; Maiti, P.; Klärner, F.-G.; Schrader, T.; Wang, C.; Bitan, G. ACS Chem. Neurosci. 2012, 3, 451-458 10.1021/cn200133x
7. Hyung, S.-J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Chem. Biol. 2009, 16, 382-390 10.1016/j.chembiol.2009.02.008
8. Ekeowa, U. I.; Freeke, J.; Miranda, E.; Gooptu, B.; Bush, M. F.; Perez, J.; Teckman, J.; Robinson, C. V.; Lomas, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 17146-17151 10.1073/pnas.1004785107
9. Zhou, M.; Politis, A.; Davies, R. B.; Liko, I.; Wu, K.-J.; Stewart, A. G.; Stock, D.; Robinson, C. V. Nat. Chem. 2014, 6, 208-215 10.1038/nchem.1868
10. Nyon, M. P.; Prentice, T.; Day, J.; Kirkpatrick, J.; Sivalingam, G. N.; Levy, G.; Haq, I.; Irving, J. A.; Lomas, D. A.; Christodoulou, J.; Gooptu, B.; Thalassinos, K. Protein Sci. 2015, 24, 1301-1312 10.1002/pro.2706
11. Dugourd, P.; Hudgins, R. R.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. Rev. Sci. Instrum. 1997, 68, 1122-1129 10.1063/1.1147873
12. Tang, K.; Shvartsburg, A. A.; Lee, H.-N.; Prior, D. C.; Buschbach, M. A.; Li, F.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3330-3339 10.1021/ac048315a
13. Baker, E. S.; Clowers, B. H.; Li, F.; Tang, K.; Tolmachev, A. V.; Prior, D. C.; Belov, M. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 1176-1187 10.1016/j.jasms.2007.03.031
14. McCullough, B. J.; Kalapothakis, J.; Eastwood, H.; Kemper, P.; MacMillan, D.; Taylor, K.; Dorin, J.; Barran, P. E. Anal. Chem. 2008, 80, 6336-6344 10.1021/ac800651b
15. Kemper, P. R.; Dupuis, N. F.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 287, 46-57 10.1016/j.ijms.2009.01.012
16. Ibrahim, Y. M.; Baker, E. S.; Danielson, W. F., III; Norheim, R. V.; Prior, D. C.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 377, 655-662 10.1016/j.ijms.2014.07.034
17. Kurulugama, R. T.; Darland, E.; Kuhlmann, F.; Stafford, G.; Fjeldsted, J. Analyst 2015, 140, 6834-6844 10.1039/C5AN00991J
18. Shaffer, S. A.; Tolmachev, A.; Prior, D. C.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2957-2964 10.1021/ac990346w
19. Kim, T.; Tolmachev, A. V.; Harkewicz, R.; Prior, D. C.; Anderson, G.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Bailey, T. H.; Rakov, S.; Futrell, J. H. Anal. Chem. 2000, 72, 2247-2255 10.1021/ac991412x
20. Tolmachev, A. V.; Kim, T.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Bailey, T. H.; Futrell, J. H. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 203, 31-47 10.1016/S1387-3806(00)00265-7
21. Javahery, G.; Thomson, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 697-702 10.1016/S1044-0305(97)00027-5
22. Guo, Y.; Wang, J.; Javahery, G.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. M. Anal. Chem. 2005, 77, 266-275 10.1021/ac048974n
23. Giles, K.; Williams, J. P.; Campuzano, I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 1559-1566 10.1002/rcm.5013
24. Zucker, S. M.; Ewing, M. A.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2013, 85, 10174-10179 10.1021/ac401568r
25. Bush, M. F.; Hall, Z.; Giles, K.; Hoyes, J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Anal. Chem. 2010, 82, 9557-9565 10.1021/ac1022953
26. Allen, S. J.; Schwartz, A. M.; Bush, M. F. Anal. Chem. 2013, 85, 12055-12061 10.1021/ac403139d
27. Allen, S. J.; Giles, K.; Gilbert, T.; Bush, M. F. Analyst 2016, 141, 884-891 10.1039/C5AN02107C
28. Silveira, J. A.; Ridgeway, M. E.; Park, M. A. Anal. Chem. 2014, 86, 5624-5627 10.1021/ac501261h
29. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152 10.1038/nprot.2008.78
30. Tolmachev, A. V.; Webb, I. K.; Ibrahim, Y. M.; Garimella, S. V. B.; Zhang, X.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2014, 86, 9162-9168 10.1021/ac502054p
31. Webb, I. K.; Garimella, S. V. B.; Tolmachev, A. V.; Chen, T.-C.; Zhang, X.; Norheim, R. V.; Prost, S. A.; LaMarche, B.; Anderson, G. A.; Ibrahim, Y. M.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2014, 86, 9169-9176 10.1021/ac502055e
32. Webb, I. K.; Garimella, S. V. B.; Tolmachev, A. V.; Chen, T.-C.; Zhang, X.; Cox, J. T.; Norheim, R. V.; Prost, S. A.; LaMarche, B.; Anderson, G. A.; Ibrahim, Y. M.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2014, 86, 9632-9637 10.1021/ac502139e
33. Garimella, S. V. B.; Ibrahim, Y. M.; Webb, I. K.; Tolmachev, A. V.; Zhang, X.; Prost, S. A.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 1890-1896 10.1007/s13361-014-0976-y
34. Zhang, X.; Garimella, S. V. B.; Prost, S. A.; Webb, I. K.; Chen, T.-C.; Tang, K.; Tolmachev, A. V.; Norheim, R. V.; Baker, E. S.; Anderson, G. A.; Ibrahim, Y. M.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2015, 87, 6010-6016 10.1021/acs.analchem.5b00214
35. Garimella, S. V. B.; Ibrahim, Y. M.; Webb, I. K.; Ipsen, A. B.; Chen, T.-C.; Tolmachev, A. V.; Baker, E. S.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Analyst 2015, 140, 6845-6852 10.1039/C5AN00844A
36. Hamid, A. M.; Ibrahim, Y. M.; Garimella, S. V. B.; Webb, I. K.; Deng, L.; Chen, T.-C.; Anderson, G. A.; Prost, S. A.; Norheim, R. V.; Tolmachev, A. V.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2015, 87, 11301-11308 10.1021/acs.analchem.5b02481
37. Chen, T.-C.; Ibrahim, Y. M.; Webb, I. K.; Garimella, S. V. B.; Zhang, X.; Hamid, A. M.; Deng, L.; Karnesky, W. E.; Prost, S. A.; Sandoval, J. A.; Norheim, R. V.; Anderson, G. A.; Tolmachev, A. V.; Baker, E. S.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2016, 88, 1728-1733 10.1021/acs.analchem.5b03910
38. Webb, I. K.; Garimella, S. V. B.; Norheim, R. V.; Baker, E. S.; Ibrahim, Y. M.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2016, 27, 1285-1288 10.1007/s13361-016-1397-x
39. Deng, L.; Ibrahim, Y. M.; Baker, E. S.; Aly, N. A.; Hamid, A. M.; Zhang, X.; Zheng, X.; Garimella, S. V. B.; Webb, I. K.; Prost, S. A.; Sandoval, J. A.; Norheim, R. V.; Anderson, G. A.; Tolmachev, A. V.; Smith, R. D. ChemistrySelect 2016, 1, 2396-2399 10.1002/slct.201600460
40. Giles, K.; Pringle, S. D.; Worthington, K. R.; Little, D.; Wildgoose, J. L.; Bateman, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2401-2414 10.1002/rcm.1641
41. Hernández, H.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2007, 2, 715-726 10.1038/nprot.2007.73
42. Chen, T.-C.; Webb, I. K.; Prost, S. A.; Harrer, M. B.; Norheim, R. V.; Tang, K.; Ibrahim, Y. M.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2015, 87, 716-722 10.1021/ac503564c
43. Davidson, K. L.; Oberreit, D. R.; Hogan, C. J.; Bush, M. F. Int. J. Mass Spectrom. 2016, in press
44. Clowers, B. H.; Ibrahim, Y. M.; Prior, D. C.; Danielson, W. F.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2008, 80, 612-623 10.1021/ac701648p
45. Allen, S. J.; Bush, M. F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2016, 10.1007/s13361-016-1479-9
46. Dahl, D. SIMION, version 8.0; Idaho National Engineering Laboratory: Idaho Falls, ID, 2008.
47. Marquardt, D. W. J. Soc. Ind. Appl. Math. 1963, 11, 431-441 10.1137/0111030
48. van Dongen, W. D.; Heck, A. J. R. Analyst 2000, 125, 583-589 10.1039/a907957b
49. Boeri Erba, E.; Barylyuk, K.; Yang, Y.; Zenobi, R. Anal. Chem. 2011, 83, 9251-9259 10.1021/ac201576e
50. Silveira, J. A.; Jeon, J.; Gamage, C. M.; Pai, P.-J.; Fort, K. L.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2012, 84, 2818-2824 10.1021/ac203294q
51. Bleiholder, C.; Johnson, N. R.; Contreras, S.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Anal. Chem. 2015, 87, 7196-7203 10.1021/acs.analchem.5b01429
52. Liu, F. C.; Kirk, S. R.; Bleiholder, C. Analyst 2016, 141, 3722-3730 10.1039/C5AN02399H
53. Hogan, C. J.; Carroll, J. A.; Rohrs, H. W.; Biswas, P.; Gross, M. L. Anal. Chem. 2009, 81, 369-377 10.1021/ac8016532
54. Merenbloom, S. I.; Glaskin, R. S.; Henson, Z. B.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2009, 81, 1482-1487 10.1021/ac801880a
55. Zhong, Y.; Hyung, S.-J.; Ruotolo, B. T. Analyst 2011, 136, 3534-3541 10.1039/c0an00987c
56. Davis, E. J.; Grows, K. F.; Siems, W. F.; Hill, H. H. Anal. Chem. 2012, 84, 4858-4865 10.1021/ac300452j
57. Revercomb, H. E.; Mason, E. A. Anal. Chem. 1975, 47, 970-983 10.1021/ac60357a043
58. Counterman, A. E.; Valentine, S. J.; Srebalus, C. A.; Henderson, S. C.; Hoaglund, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 743-759 10.1016/S1044-0305(98)00052-X
59. Koeniger, S. L.; Merenbloom, S. I.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7017-7021 10.1021/jp056165h
60. Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12266-12275 10.1021/jp206867a
61. Fernandez de la Mora, J. Anal. Chem. 2015, 87, 3729-3735 10.1021/ac504445n
62. Salbo, R.; Bush, M. F.; Naver, H.; Campuzano, I.; Robinson, C. V.; Pettersson, I.; Jørgensen, T. J. D.; Haselmann, K. F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1181-1193 10.1002/rcm.6211
63. Allison, T. M.; Landreh, M.; Benesch, J. L. P.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2016, 88, 5879-5884 10.1021/acs.analchem.6b00691
64. Freeke, J.; Bush, M. F.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Chem. Phys. Lett. 2012, 524, 1-9 10.1016/j.cplett.2011.11.014
65. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758-11765 10.1021/ja982075x