5-Hydroxymethylcytosine in E-box motifs ACAT|GTG and ACAC|GTG increases DNA-binding of the B-HLH transcription factor TCF4

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 8, Issue 9, 2016, Pages 936-945

  Khund Sayeed, Syed ^a   He, Ximiao ^a   Holzberg, Timothy ^a   Wang, Jun ^a   Rajagopal, Divya ^a   Upadhyay, Shriyash ^a   Durell, Stewart R ^a   Mukherjee, Sanjit ^a   Weirauch, Matthew T ^b   Rose, Robert ^c   Vinson, Charles ^a  

^a NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF CINCINNATI COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

^c NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

5 HYDROXYMETHYLCYTOSINE; 5 METHYLCYTOSINE; CYTOSINE; DOUBLE STRANDED DNA; T CELL FACTOR PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR TCF4; UNCLASSIFIED DRUG; UPSTREAM STIMULATORY FACTOR 1; 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE; BASIC HELIX LOOP HELIX LEUCINE ZIPPER TRANSCRIPTION FACTOR; DNA; DNA BINDING PROTEIN; PROTEIN BINDING; TCF4 PROTEIN, HUMAN; TRANSCRIPTION FACTOR 4;

ARTICLE; CRYSTAL STRUCTURE; DNA BINDING; DNA PROBE; DNA STRAND; E BOX ELEMENT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DNA BINDING; PROTEIN MICROARRAY; REGULATORY DNA SEQUENCE; ANALOGS AND DERIVATIVES; BINDING SITE; CHEMISTRY; PROCEDURES; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DOMAIN; ULTRASTRUCTURE;

5-METHYLCYTOSINE; BASIC HELIX-LOOP-HELIX LEUCINE ZIPPER TRANSCRIPTION FACTORS; BINDING SITES; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; E-BOX ELEMENTS; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; TRANSCRIPTION FACTOR 4;

EID: 84987617514     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6ib00079g     Document Type: Article

References (36)

1. X. He D. Tillo J. Vierstra K. S. Syed C. Deng G. J. Ray J. Stamatoyannopoulos P. C. FitzGerald C. Vinson Genome Biol. Evol. 2015 7 3155 3169
2. S. Ito L. Shen Q. Dai S. C. Wu L. B. Collins J. A. Swenberg C. He Y. Zhang Science 2011 333 1300 1303
3. W. A. Pastor L. Aravind A. Rao Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2013 14 341 356
4. H. Wu Y. Zhang Cell 2014 156 45 68
5. D. Schubeler Nature 2015 517 321 326
6. M. Ko J. An A. Rao Curr. Opin. Cell Biol. 2015 37 91 101
7. W. A. Pastor U. J. Pape Y. Huang H. R. Henderson R. Lister M. Ko E. M. McLoughlin Y. Brudno S. Mahapatra P. Kapranov M. Tahiliani G. Q. Daley X. S. Liu J. R. Ecker P. M. Milos S. Agarwal A. Rao Nature 2011 473 394 397
8. R. Lister M. Pelizzola R. H. Dowen R. D. Hawkins G. Hon J. Tonti-Filippini J. R. Nery L. Lee Z. Ye Q. M. Ngo L. Edsall J. Antosiewicz-Bourget R. Stewart V. Ruotti A. H. Millar J. A. Thomson B. Ren J. R. Ecker Nature 2009 462 315 322
9. R. Lister E. A. Mukamel J. R. Nery M. Urich C. A. Puddifoot N. D. Johnson J. Lucero Y. Huang A. J. Dwork M. D. Schultz M. Yu J. Tonti-Filippini H. Heyn S. Hu J. C. Wu A. Rao M. Esteller C. He F. G. Haghighi T. J. Sejnowski M. M. Behrens J. R. Ecker Science 2013 341 1237905
10. M. D. Schultz Y. He J. W. Whitaker M. Hariharan E. A. Mukamel D. Leung N. Rajagopal J. R. Nery M. A. Urich H. Chen S. Lin Y. Lin I. Jung A. D. Schmitt S. Selvaraj B. Ren T. J. Sejnowski W. Wang J. R. Ecker Nature 2015 523 212 216
11. L. Wen X. Li L. Yan Y. Tan R. Li Y. Zhao Y. Wang J. Xie Y. Zhang C. Song M. Yu X. Liu P. Zhu X. Li Y. Hou H. Guo X. Wu C. He R. Li F. Tang J. Qiao Genome Biol. 2014 15 R49
12. S. Kriaucionis N. Heintz Science 2009 324 929 930
13. Y. He J. R. Ecker Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2015 16 55 77
14. C. G. Spruijt F. Gnerlich A. H. Smits T. Pfaffeneder P. W. Jansen C. Bauer M. Munzel M. Wagner M. Muller F. Khan H. C. Eberl A. Mensinga A. B. Brinkman K. Lephikov U. Muller J. Walter R. Boelens H. van Ingen H. Leonhardt T. Carell M. Vermeulen Cell 2013 152 1146 1159
15. J. P. Golla J. Zhao I. K. Mann S. K. Sayeed A. Mandal R. B. Rose C. Vinson Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014 449 248 255
16. S. K. Sayeed J. Zhao B. K. Sathyanarayana J. P. Golla C. Vinson Biochim. Biophys. Acta 2015 1849 583 589
17. H. Hashimoto X. Zhang P. M. Vertino X. Cheng J. Biol. Chem. 2015 290 20723 20733
18. C. Murre G. Bain M. A. van Dijk I. Engel B. A. Furnari M. E. Massari J. R. Matthews M. W. Quong R. R. Rivera M. H. Stuiver Biochim. Biophys. Acta 1994 1218 129 135
19. F. De Masi C. A. Grove A. Vedenko A. Alibes S. S. Gisselbrecht L. Serrano M. L. Bulyk A. J. Walhout Nucleic Acids Res. 2011 39 4553 4563
20. M. T. Weirauch A. Yang M. Albu A. G. Cote A. Montenegro-Montero P. Drewe H. S. Najafabadi S. A. Lambert I. Mann K. Cook H. Zheng A. Goity H. van Bakel J. C. Lozano M. Galli M. G. Lewsey E. Huang T. Mukherjee X. Chen J. S. Reece-Hoyes S. Govindarajan G. Shaulsky A. J. Walhout F. Y. Bouget G. Ratsch L. F. Larrondo J. R. Ecker T. R. Hughes Cell 2014 158 1431 1443
21. M. P. Forrest M. J. Hill A. J. Quantock E. Martin-Rendon D. J. Blake Trends Mol. Med. 2014 20 322 331
22. J. D. Sweatt Exp. Mol. Med. 2013 45 e21
23. M. F. Berger G. Badis A. R. Gehrke S. Talukder A. A. Philippakis L. Pena-Castillo T. M. Alleyne S. Mnaimneh O. B. Botvinnik E. T. Chan F. Khalid W. Zhang D. Newburger S. A. Jaeger Q. D. Morris M. L. Bulyk T. R. Hughes Cell 2008 133 1266 1276
24. A. D. Sharrocks Gene 1994 138 105 108
25. A. A. Philippakis A. M. Qureshi M. F. Berger M. L. Bulyk J. Comput. Biol. 2008 15 655 665
26. G. Badis M. F. Berger A. A. Philippakis S. Talukder A. R. Gehrke S. A. Jaeger E. T. Chan G. Metzler A. Vedenko X. Chen H. Kuznetsov C. F. Wang D. Coburn D. E. Newburger Q. Morris T. R. Hughes M. L. Bulyk Science 2009 324 1720 1723
27. I. K. Mann R. Chatterjee J. Zhao X. He M. T. Weirauch T. R. Hughes C. Vinson Genome Res. 2013 23 988 997
28. T. Ellenberger D. Fass M. Arnaud S. C. Harrison Genes Dev. 1994 8 970 980
29. A. R. Ferre-D'Amare P. Pognonec R. G. Roeder S. K. Burley EMBO J. 1994 13 180 189
30. B. R. Brooks C. L. Brooks, 3rd A. D. Mackerell, Jr. L. Nilsson R. J. Petrella B. Roux Y. Won G. Archontis C. Bartels S. Boresch A. Caflisch L. Caves Q. Cui A. R. Dinner M. Feig S. Fischer J. Gao M. Hodoscek W. Im K. Kuczera T. Lazaridis J. Ma V. Ovchinnikov E. Paci R. W. Pastor C. B. Post J. Z. Pu M. Schaefer B. Tidor R. M. Venable H. L. Woodcock X. Wu W. Yang D. M. York M. Karplus J. Comput. Chem. 2009 30 1545 1614
31. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
32. C. C. Chen K. Y. Wang C. K. Shen J. Biol. Chem. 2012 287 33116 33121
33. M. Markus Z. Du R. Benezra J. Biol. Chem. 2002 277 6469 6477
34. M. Yu G. C. Hon K. E. Szulwach C. X. Song L. Zhang A. Kim X. Li Q. Dai Y. Shen B. Park J. H. Min P. Jin B. Ren C. He Cell 2012 149 1368 1380
35. K. Chen J. Zhang Z. Guo Q. Ma Z. Xu Y. Zhou Z. Xu Z. Li Y. Liu X. Ye X. Li B. Yuan Y. Ke C. He L. Zhou J. Liu W. Ci Cell Res. 2016 26 103 118
36. G. Zhang H. Huang D. Liu Y. Cheng X. Liu W. Zhang R. Yin D. Zhang P. Zhang J. Liu C. Li B. Liu Y. Luo Y. Zhu N. Zhang S. He C. He H. Wang D. Chen Cell 2015 161 893 906