Insights into DFG-in and DFG-out JAK2 binding modes for a rational strategy of type II inhibitors combined computational study

RSC Advances

Volumn 6, Issue 51, 2016, Pages 45540-45552

  Li, Jiao Jiao ^a   Tu, Jing ^a   Cheng, Peng ^a   Zhai, Hong Lin ^a   Zhang, Xiao Yun ^a  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINS; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS;

ALLOSTERIC SITE; ATP BINDING POCKETS; ATP-BINDING SITE; BINDING AFFINITIES; COMPREHENSIVE MODEL; COMPUTATIONAL STUDIES; FREE-ENERGY CALCULATIONS; MOLECULAR DOCKING;

BINDING ENERGY;

EID: 84969988918     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6ra06266k     Document Type: Article

References (45)

1. A. G. Harpur A. C. Andres A. Ziemiecki R. R. Aston A. F. Wilks Oncogene 1992 7 1347 1353
2. J. J. O'Shea M. Gadina R. D. Schreiber Cell 2002 109 S121 S131
3. J. J. O'Shea R. Plenge Immunity 2012 36 542 550
4. G. R. Stark J. E. Darnell Immunity 2012 36 503 514
5. A. Tefferi T. Barbui Mayo Clin. Proc. 2015 90 1283 1293
6. C. James V. Ugo J. P. Le Couedic J. Staerk F. Delhommeau C. Lacout L. Garcon H. Raslova R. Berger A. Bennaceur-Griscelli J. L. Villeval S. N. Constantinescu N. Casadevall W. Vainchenker Nature 2005 434 1144 1148
7. R. L. Levine M. Wadleigh J. Cools B. L. Ebert G. Wernig B. J. P. Huntly T. J. Boggon L. Wlodarska J. J. Clark S. Moore J. Adelsperger S. Koo J. C. Lee S. Gabriel T. Mercher A. D'Andrea S. Frohling K. Dohner P. Marynen P. Vandenberghe R. A. Mesa A. Tefferi J. D. Griffin M. J. Eck W. R. Sellers M. Meyerson T. R. Golub S. J. Lee D. G. Gilliland Cancer Cell 2005 7 387 397
8. P. Koppikar N. Bhagwat O. Kilpivaara T. Manshouri M. Adli T. Hricik F. Liu L. M. Saunders A. Mullally O. Abdel-Wahab L. Leung A. Weinstein S. Marubayashi A. Goel M. Gonen Z. Estrov B. L. Ebert G. Chiosis S. D. Nimer B. E. Bernstein S. Verstovsek R. L. Levine Nature 2012 489 155 159
9. E. J. Baxter L. M. Scott P. J. Campbell C. East N. Fourouclas S. Swanton G. S. Vassiliou A. J. Bench E. M. Boyd N. Curtin M. A. Scott W. N. Erber A. R. Green Lancet 2005 365 1054 1061
10. K. Gnanasambandan A. Magis P. P. Sayeski Biochemistry 2010 49 9972 9984
11. S. Ioannidis M. L. Lamb T. Wang L. Almeida M. H. Block A. M. Davies B. Peng M. Su H.-J. Zhang E. Hoffmann C. Rivard I. Green T. Howard H. Pollard J. Read M. Alimzhanov G. Bebernitz K. Bell M. Ye D. Huszar M. Zinda J. Med. Chem. 2011 54 262 276
12. C. Zhao S. H. Yang D. B. Khadka Y. Jin K. T. Lee W. J. Cho Bioorg. Med. Chem. 2015 23 985 995
13. C. McInnes M. Mezna G. Kontopidis Chem.Biol. 2006 13 693 694
14. P. M. Ung A. Schlessinger ACS Chem. Biol. 2015 10 269 278
15. Z. Zhao H. Wu L. Wang Y. Liu S. Knapp Q. Liu N. S. Gray ACS Chem. Biol. 2014 9 1230 1241
16. Y. Liu N. S. Gray Nat. Chem. Biol. 2006 2 358 364
17. N. Meydan T. Grunberger H. Dadi M. Shahar E. Arpaia Z. Lapidot J. S. Leeder M. Freedman A. Cohen A. Gazit A. Levitzki C. M. Roifman Nature 1996 379 645 648
18. R. Baskin A. Majumder P. P. Sayeski Curr. Med. Chem. 2010 17 4551 4558
19. L. B. Schenkel X. Huang A. Cheng H. L. Deak E. Doherty R. Emkey Y. Gu H. Gunaydin J. L. Kim J. Lee R. Loberg P. Olivieri J. Pistillo J. Tang Q. Wan H. L. Wang S. W. Wang M. C. Wells B. Wu V. Yu L. Liu S. Geuns-Meyer J. Med. Chem. 2011 54 8440 8450
20. O. Silvennoinen S. R. Hubbard Cancer Cell 2015 28 1 2
21. R. Andraos Z. Qian D. Bonenfant J. Rubert E. Vangrevelinghe C. Scheufler F. Marque C. H. Regnier A. De Pover H. Ryckelynck N. Bhagwat P. Koppikar A. Goel L. Wyder G. Tavares F. Baffert C. Pissot-Soldermann P. W. Manley C. Gaul H. Voshol R. L. Levine W. R. Sellers F. Hofmann T. Radimerski Cancer Discovery 2012 2 512 523
22. S. C. Meyer M. D. Keller S. Chiu P. Koppikar O. A. Guryanova F. Rapaport K. Xu K. Manova D. Pankov R. J. O'Reilly M. Kleppe A. S. McKenney A. H. Shih K. Shank J. Ahn E. Papalexi B. Spitzer N. Socci A. Viale E. Mandon N. Ebel R. Andraos J. Rubert E. Dammassa V. Romanet A. Dolemeyer M. Zender M. Heinlein R. Rampal R. S. Weinberg R. Hoffman W. R. Sellers F. Hofmann M. Murakami F. Baffert C. Gaul T. Radimerski R. L. Levine Cancer Cell 2015 28 15 28
23. S. C. Wu L. S. Li N. Kopp J. Montero B. Chapuy A. Yoda A. L. Christie H. Liu A. Christodoulou D. van Bodegom J. van der Zwet J. V. Layer T. Tivey A. A. Lane J. A. Ryan S. Y. Ng D. J. DeAngelo R. M. Stone D. Steensma M. Wadleigh M. Harris E. Mandon N. Ebel R. Andraos V. Romanet A. Dolemeyer D. Sterker M. Zender S. J. Rodig M. Murakami F. Hofmann F. Kuo M. J. Eck L. B. Silverman S. E. Sallan A. Letai F. Baffert E. Vangrevelinghe T. Radimerski C. Gaul D. M. Weinstock Cancer Cell 2015 28 29 41
24. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
25. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
26. Schrödinger, version9.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009
27. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 2001 105 6474 6487
28. LigPrep, version9.0, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009
29. D. Case, T. Darden, T. Cheatham III, C. Simmerling, J. Wang and R. Duke, AMBER 11, University of California, San Francisco, 2010
30. M. Frisch, G. Trucks, H. Schlegel, G. Scuseria, M. Robb, J. Montgomery Jr, T. Vreven, K. Kudin and J. Burant, Gaussian 09, revision A. 02, Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2009
31. J. M. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
32. T. Fox P. A. Kollman J. Phys. Chem. B 1998 102 8070 8079
33. P. Cieplak W. D. Cornell C. Bayly P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1995 16 1357 1377
34. C. I. Bayly P. Cieplak W. D. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269 10280
35. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712 725
36. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
37. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
38. L. Xu Y. Y. Li L. Li S. Y. Zhou T. J. Hou Mol. BioSyst. 2012 8 2260 2273
39. H. Gouda I. D. Kuntz D. A. Case P. A. Kollman Biopolymers 2003 68 16 34
40. D. Sitkoff K. A. Sharp B. Honig J. Phys. Chem. 1994 98 1978 1988
41. R. A. Friesner J. L. Banks R. B. Murphy T. A. Halgren J. J. Klicic D. T. Mainz M. P. Repasky E. H. Knoll M. Shelley J. K. Perry D. E. Shaw P. Francis P. S. Shenkin J. Med. Chem. 2004 47 1739 1749
42. B. Kramer M. Rarey T. Lengauer Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999 37 228 241
43. B. Okram A. Nagle F. J. Adrian C. Lee P. Ren X. Wang T. Sim Y. Xie X. Wang G. Xia G. Spraggon M. Warmuth Y. Liu N. S. Gray Chem. Biol. 2006 13 779 786
44. S. Wenglowsky D. Moreno E. R. Laird S. L. Gloor L. Ren T. Risom J. Rudolph H. L. Sturgis W. C. Voegtli Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012 22 6237 6241
45. A. Kohl P. Amstutz P. Parizek H. K. Binz C. Briand G. Capitani P. Forrer A. Pluckthun M. G. Grutter Structure 2005 13 1131 1141