Cluster-continuum calculations of hydration free energies of anions and group 12 divalent cations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 555-569

  Riccardi, Demian ^a,b   Guo, Hao Bo ^a   Parks, Jerry M ^a   Gu, Baohua ^c   Liang, Liyuan ^c   Smith, Jeremy C ^a,b  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

^c OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962355563     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300296k     Document Type: Article

References (92)

1. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3094
2. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117-129
3. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327-335
4. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkins Trans. 1993, 2, 799-805
5. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 760-768
6. Tawa, G. J.; Topol, I. A.; Burt, S. K.; Caldwell, R. A.; Rashin, A. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4852-4863
7. Mejías, J. A.; S., L. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7306-7316
8. Pratt, L. R.; Rempe, S. B. AIP Conf. Proc. 1999, 492, 172-201
9. Rempe, S. B.; Pratt, L. R.; Hummer, G.; Kress, J. D.; Martin, R. L.; Redondo, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 966
10. Pliego, J. R.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7241-7247
11. Zhan, C.-G.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11534-11540
12. Zhan, C.-G.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9737-9744
13. Grabowski, P.; Riccardi, D.; Gomez, M. A.; Asthagiri, D.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9145-9148
14. Zhan, C.-G.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2020-2029
15. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066-81
16. Chamberlin, A. C.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5665-75
17. Bryantsev, V. S.; Diallo, M. S.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9709-19
18. da Silva, E. F.; Svendsen, H. F.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6404-9
19. Pliego, J. R.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7434-7439
20. Liptak, M. D.; Shields, G. C. Int. J. Quantum Chem. 2001, 85, 727-741
21. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2493-9
22. Ho, J.; Coote, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 295-306
23. Marenich, A. V.; Ding, W.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 1437-1442
24. Tissandier, M. D.; Cowen, K. A.; Feng, W. Y.; Gundlach, E.; Cohen, M. H.; Earhart, A. D.; Coe, J. V.; Tuttle, T. R. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7787-7794
25. Fawcett, W. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 11181-11185
26. Camaioni, D. M.; Schwerdtfeger, C. A. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10795-10797
27. Zhan, C. G.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 4403-4417
28. Stanbury, D. M. Adv. Inorg. Chem. 1989, 33, 69-138
29. LaViolette, R. A.; Pratt, L. R. Mol. Phys. 1998, 84, 909-915
30. Bryantsev, V. S.; Diallo, M. S.; van Duin, A. C. T.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 9104-12
31. Ben-Naim, A.; Marcus, Y. J. Chem. Phys. 1948, 81, 2016-2027
32. Shepler, B. C.; Wright, A. D.; Balabanov, N. B.; Peterson, K. A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11342-11349
33. Mori, S.; Endoh, T.; Yaguchi, Y.; Shimizu, Y.; Kishi, T.; Tesuya, Y. K. Theor. Chem. Acc. 2011, 130, 279-297
34. Rao, L.; Cui, Q.; Xu, X. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 18092-102
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, N. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.1, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
36. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
37. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244-13249
38. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
39. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
40. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618-622
41. Donald, K.; Hargittai, M.; Hoffmann, R. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 158-177
42. Tai, H.-C.; Lim, C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 452-462 PMID: 16405317
43. Castro, L.; Dommergue, A.; Renard, A.; Ferrari, C.; Ramirez-Solis, A.; Maron, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 16772-9
44. Parks, J. M.; Guo, H.; Momany, C.; Liang, L.; Miller, S. M.; Summers, A. O.; Smith, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13278-85
45. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
46. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
47. Temelso, B.; Shields, G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2804-2817
48. Gutowski, K. E.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8840-8856
49. Yoo, S.; Apr'a, E.; Zeng, X. C.; Xantheas, S. S. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3122-3127
50. Dunning, T., Jr.; Peterson, K.; Wilson, A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9244
51. Kendall, R.; Dunning, T., Jr.; Harrison, R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806
52. Andrae, D.; Haussermann, U.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H. Theor. Chim. Acta 1991, 78, 247-266
53. Halkier, A.; Klopper, W.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Taylor, P. R. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9157-9167
54. Valiev, M.; Bylaska, E. J.; Govind, N.; Kowalski, K.; Straatsma, T. P.; van Dam, H. J. J.; Wang, D.; Nieplocha, J.; Apra, E.; Windus, T. L.; de Jong, W. A. Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 1477-1489
55. Shields, R. M.; Temelso, B.; Archer, K. A.; Morrell, T. E.; Shields, G. C. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 11725-11737
56. Temelso, B.; Archer, K. A.; Shields, G. C. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12034-12046
57. Pratt, L. M.; Truhlar, D. G.; Cramer, C. J.; Kass, S. R.; Thompson, J. D.; Xidos, J. D. J. Org. Chem. 2007, 72, 2962-2966
58. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2813-2818
59. Ribeiro, R. F.; Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 14556-14562
60. Mennucci, B.; Cancès, E.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10506-10517
61. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024-10035
62. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378-96
63. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441-451
64. Peterson, K. A.; Puzzarini, C. Theor. Chim. Acta 2005, 114, 283-296 10.1007/s00214-005-0681-9
65. Stace, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1935-1941
66. Dudev, M.; Wang, J.; Dudev, T.; Lim, C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1889-95
67. Kemp, D. D.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7688-7699
68. Petersen, P. B.; Saykally, R. J. Annu. Rev. Phys. Chem. 2006, 57, 333-364
69. Pegram, L. M.; Record, M. T. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5411-5417
70. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1133-1152
71. Jaguar, version 7.0; Schrödinger, LLC: New York, 2007.
72. Afeefy, H.; Liebman, J.; Stein, S. In NIST Chemistry WebBook, NIST Standard Reference Database Number 69; Linstrom, P.; Mallard, W., Eds.; National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg MD. http://webbook.nist.gov (accessed Nov. 2012).
73. Barkay, T.; Miller, S. M.; Summers, A. O. FEMS Microbiol. Rev. 2003, 27, 355-384
74. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D. Phys. Rev. E: Stat. Nonlin. Soft Matter Phys 2003, 68, 041505
75. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D.; Gomez, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 7229-33
76. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6704-8
77. Chempath, S.; Pratt, L. R.; Paulaitis, M. E. J. Chem. Phys. 2009, 130, 054113
78. Jiao, D.; Rempe, S. B. J. Chem. Phys. 2011, 134, 224506
79. Rogers, D. M.; Beck, T. L. J. Chem. Phys. 2008, 129, 134505
80. Rogers, D. M.; Beck, T. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 014505
81. Merchant, S.; Dixit, P. D.; Dean, K. R.; Asthagiri, D. J. Chem. Phys. 2011, 135, 054505
82. Pliego, J. Theor. Chim. Acta 2011, 128, 275-283
83. Brancato, G.; Barone, V. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 12875-12878
84. Yu, H.; Roux, B. Biophys. J. 2009, 97, L15-L17
85. Dudev, T.; Lim, C. Ann. Rev. Biophys. 2008, 37, 97-116
86. Dudev, T.; Lim, C. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11754-64
87. Pérez, C.; Muckle, M. T.; Zaleski, D. P.; Seifert, N. A.; Temelso, B.; Shields, G.; Kisiel, Z.; Pate, B. H. Science 2012, 336, 897-901
88. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799-805
89. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310
90. Chipman, D. M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 10194-10206
91. Zhan, C. G.; Bentley, J.; Chipman, D. M. J. Chem. Phys. 1998, 108, 177-192
92. Pyykko, P.; Atsumi, M. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 186-197