Ultra-high-density 3D DNA arrays within nanoporous biocompatible membranes for single-molecule-level detection and purification of circulating nucleic acids

Nanoscale

Volumn 7, Issue 14, 2015, Pages 5998-6006

  Aramesh, M ^a,b   Shimoni, O ^a,c   Fox, K ^a,d   Karle, T J ^a   Lohrmann, A ^a   Ostrikov, K ^b,e   Prawer, S ^a   Cervenka, J ^a,f  

^a UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^b CSIRO   (Australia)

^c UNIVERSITY OF TECHNOLOGY SYDNEY   (Australia)

^d RMIT UNIVERSITY   (Australia)

^e QUEENSLAND UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Australia)

^f INSTITUTE OF PHYSICS   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALUMINA; BIOASSAY; BIOCHIPS; BIOCOMPATIBILITY; BIOMOLECULES; CHEMICAL DETECTION; CHEMICAL STABILITY; DIAGNOSIS; DISEASES; DNA; MICROARRAYS; MOLECULES;

BIO-COMPATIBLE MEMBRANES; BIOLOGICAL CONDITIONS; CONFOCAL SCANNING LASER MICROSCOPY; DIAMOND LIKE CARBON; NANOPOROUS STRUCTURES; NON-INVASIVE DIAGNOSTICS; SINGLE MOLECULE LEVEL; ULTRASENSITIVE DETECTION;

NUCLEIC ACIDS;

ALUMINUM OXIDE; ARTIFICIAL MEMBRANE; CARBON; DNA;

ARTIFICIAL MEMBRANE; CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; GENETIC PROCEDURES; NANOPORE; PROCEDURES; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

ALUMINUM OXIDE; BIOSENSING TECHNIQUES; CARBON; DNA; MEMBRANES, ARTIFICIAL; NANOPORES; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 84961291560     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4nr07351g     Document Type: Article

References (49)

1. E. E. Creemers A. J. Tijsen Y. M. Pinto Circ. Res. 2012 110 483
2. P. Pinzani F. Salvianti M. Pazzagli C. Orlando Methods 2010 50 302
3. P. S. Mitchell R. K. Parkin E. M. Kroh B. R. Fritz S. K. Wyman E. L. Pogosova-Agadjanyan A. Peterson J. Noteboom K. C. O'Briant A. Allen D. W. Lin N. Urban C. W. Drescher B. S. Knudsen D. L. Stirewalt R. Gentleman R. L. Vessella P. S. Nelson D. B. Martin M. Tewari Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 10513
4. C. Bettegowda M. Sausen R. J. Leary I. Kinde Y. Wang N. Agrawal B. R. Bartlett H. Wang B. Luber R. M. Alani E. S. Antonarakis N. S. Azad A. Bardelli H. Brem J. L. Cameron C. C. Lee L. A. Fecher G. L. Gallia P. Gibbs D. Le R. L. Giuntoli M. Goggins M. D. Hogarty M. Holdhoff S. M. Hong Y. Jiao H. H. Juhl J. J. Kim G. Siravegna D. A. Laheru C. Lauricella M. Lim E. J. Lipson S. K. Marie G. J. Netto K. S. Oliner A. Olivi L. Olsson G. J. Riggins A. Sartore-Bianchi K. Schmidt M. Shihl S. M. Oba-Shinjo S. Siena D. Theodorescu J. Tie T. T. Harkins S. Veronese T. L. Wang J. D. Weingart C. L. Wolfgang L. D. Wood D. Xing R. H. Hruban J. Wu P. J. Allen C. M. Schmidt M. A. Choti V. E. Velculescu K. W. Kinzler B. Vogelstein N. Papadopoulos L. A. Diaz Jr. Sci. Transl. Med. 2014 6 224ra24
5. A. M. Newman S. V. Bratman J. To J. F. Wynne N. C. Eclov L. A. Modlin C. L. Liu J. W. Neal H. A. Wakelee R. E. Merritt J. B. Shrager B. W. Loo Jr. A. A. Alizadeh M. Diehn Nat. Med. 2014 20 548
6. T. G. Drummond M. G. Hill J. K. Barton Nat. Biotechnol. 2003 21 1192
7. M. Schena D. Shalon R. W. Davis P. O. Brown Science 1995 270 467
8. E. Stern A. Vacic N. K. Rajan J. M. Criscione J. Park B. R. Ilic D. J. Mooney M. A. Reed T. M. Fahmy Nat. Nanotechnol. 2010 5 138
9. V. Rai H. C. Hapuarachchi L. C. Ng S. H. Soh Y. S. Leo C. S. Toh PLoS ONE 2012 7 e42346
10. R. T. Ranasinghe T. Brown Chem. Commun. 2011 47 3717
11. L. Wang P. C. Li Anal. Chim. Acta 2011 687 12
12. F. Lucarelli S. Tombelli M. Minunni G. Marrazza M. Mascini Anal. Chim. Acta 2008 609 139
13. L. Gao C. Lian Y. Zhou L. Yan Q. Li C. Zhang L. Chen K. Chen Biosens. Bioelectron. 2014 60 22
14. T. Auger J. Mathé V. Viasnoff G. Charron J.-M. Di Meglio L. Auvray F. Montel Phys. Rev. Lett. 2014 113 028302
15. F. Matsumoto K. Nishio H. Masuda Adv. Mater. 2004 16 2105
16. V. Kurz E. M. Nelson J. Shim G. Timp ACS Nano 2013 7 4057
17. B. McNally A. Singer Z. Yu Y. Sun Z. Weng A. Meller Nano Lett. 2010 10 2237
18. O. N. Assad N. Di Fiori A. H. Squires A. Meller Nano Lett. 2015 15 745
19. G. A. T. Chansin R. Mulero J. Hong M. J. Kim A. J. deMello J. B. Edel Nano Lett. 2007 7 2901
20. S. D. Alvarez C. P. Li C. E. Chiang I. K. Schuller M. J. Sailor ACS Nano 2009 3 3301
21. A. de la Escosura-Muñiz W. Chunglok W. Surareungchai A. Merkoçi Biosens. Bioelectron. 2013 40 24
22. A. de la Escosura-Muniz A. Merkoci Small 2011 7 675
23. X. Wang S. Smirnov ACS Nano 2009 3 1004
24. S. J. Li J. Li K. Wang C. Wang J. J. Xu H. Y. Chen X. H. Xia Q. Huo ACS Nano 2010 4 6417
25. C. Pacholski C. Yu G. M. Miskelly D. Godin M. J. Sailor J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4250
26. C. Pacholski M. Sartor M. J. Sailor F. Cunin G. M. Miskelly J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11636
27. K. S. Mun S. D. Alvarez W. Y. Choi M. J. Sailor ACS Nano 2010 4 2070
28. A. Thormann N. Teuscher M. Pfannmoller U. Rothe A. Heilmann Small 2007 3 1032
29. A. Debrassi A. Ribbera W. M. de Vos T. Wennekes H. Zuilhof Langmuir 2014 30 1311
30. K. E. La Flamme K. C. Popat L. Leoni E. Markiewicz T. J. La Tempa B. B. Roman C. A. Grimes T. A. Desai Biomaterials 2007 28 2638
31. M. Aramesh K. Fox D. W. M. Lau J. Fang K. Ostrikov S. Prawer J. Cervenka Carbon 2014 75 452
32. C. E. Nebel B. Rezek D. Shin H. Uetsuka N. Yang J. Phys. D: Appl. Phys. 2007 40 6443
33. C. E. Nebel D. Shin B. Rezek N. Tokuda H. Uetsuka H. Watanabe J. R. Soc., Interface 2007 4 439
34. K. C. Kyriacou F. Iacovou A. Adamou A. Hadjisavvas E. M. Rakowicz-Szulczynska Exp. Mol. Pathol. 2000 69 27
35. W. Lee S. J. Park Chem. Rev. 2014 114 7487
36. K. Ostrikov E. C. Neyts M. Meyyappan Adv. Phys. 2013 62 113
37. T. Kumeria M. D. Kurkuri K. R. Diener L. Parkinson D. Losic Biosens. Bioelectron. 2012 35 167
38. A. C. Attaluri Z. Huang A. Belwalkar W. Van Geertruyden D. Gao W. Misiolek ASAIO J. 2009 55 217
39. M. Glazer J. A. Fidanza G. H. McGall M. O. Trulson J. E. Forman A. Suseno C. W. Frank Anal. Biochem. 2006 358 225
40. M. F. Hagan A. K. Chakraborty J. Chem. Phys. 2004 120 4958
41. A. Halperin A. Buhot E. B. Zhulina J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 S463
42. M. I. Glazer J. A. Fidanza G. H. McGall M. O. Trulson J. E. Forman C. W. Frank Biophys. J. 2007 93 1661
43. X. Michalet S. Weiss C. R. Phys. 2002 3 619
44. E. M. Stennett M. A. Ciuba M. Levitus Chem. Soc. Rev. 2014 43 1057
45. M. Sauer, J. Hofkens and J. Enderlein, Handbook of Fluorescence Spectroscopy and Imaging: From Single Molecules to Ensembles, Wiley-VCH, 2011
46. Z. Li K. Huang J. Lumin. 2007 127 435
47. Y. Yamamoto N. Baba S. Tajima Nature 1981 289 572
48. C. W. Lee H. S. Kang Y. H. Chang Y. M. Hahm Korean J. Chem. Eng. 2000 17 266
49. E. M. Rakowicz-Szulczynska B. Jackson A. M. Szulczynska M. Smith Clin. Diagn. Lab. Immunol. 1998 5 645