Identification of epitope-based peptide vaccine candidates against enterotoxigenic Escherichia coli: A comparative genomics and immunoinformatics approach

Molecular BioSystems

Volumn 12, Issue 3, 2016, Pages 890-901

  Mehla, Kusum ^a   Ramana, Jayashree ^a  

^a JAYPEE UNIVERSITY OF INFORMATION TECHNOLOGY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL ANTIGEN; EPITOPE; ESCHERICHIA COLI VACCINE; HLA ANTIGEN CLASS 1; HLA ANTIGEN CLASS 2; SUBUNIT VACCINE;

BACTERIAL GENOME; BIOLOGY; COMPARATIVE STUDY; ENTEROTOXIGENIC ESCHERICHIA COLI; GENOMICS; HUMAN; IC50; IMMUNOLOGY; MOLECULAR DOCKING; PROCEDURES;

ANTIGENS, BACTERIAL; COMPUTATIONAL BIOLOGY; ENTEROTOXIGENIC ESCHERICHIA COLI; EPITOPES; EPITOPES, B-LYMPHOCYTE; EPITOPES, T-LYMPHOCYTE; ESCHERICHIA COLI VACCINES; GENOME, BACTERIAL; GENOMICS; HISTOCOMPATIBILITY ANTIGENS CLASS I; HISTOCOMPATIBILITY ANTIGENS CLASS II; HUMANS; INHIBITORY CONCENTRATION 50; MOLECULAR DOCKING SIMULATION; VACCINES, SUBUNIT;

EID: 84959149246     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5mb00745c     Document Type: Article

References (52)

1. S. A. K. Gupta J. Keck P. A. K. Ram J. A. A. Crump M. A. A. Miller E. A. D. Mintz Epidemiol. Infect. 2008 136 721 738
2. R. L. Guerrant M. Kosek S. Moore B. Lorntz R. Brantley A. A. M. Lima Arch. Med. Res. 2015 33 351 355
3. F. Qadri A.-M. Svennerholm A. S. G. Faruque R. B. Sack Clin. Microbiol. Rev. 2005 18 465 483
4. F. Del Canto D. J. Botkin P. Valenzuela V. Popov F. Ruiz-Perez J. P. Nataro M. M. Levine O. C. Stine M. Pop A. G. Torres R. Vidal Infect. Immun. 2012 80 2791 2801
5. D. G. Moriel M. Scarselli L. Serino M. Mora R. Rappuoli V. Masignani Hum. Vaccines 2008 4 184 188
6. C. D. Rinaudo J. L. Telford R. Rappuoli K. L. Seib J. Clin. Invest. 2009 119 2515 2525
7. R. I. Walker Vaccine 2015 33 954 965
8. R. D. Fleischmann M. D. Adams O. White R. A. Clayton E. F. Kirkness A. R. Kerlavage C. J. Bult J. F. Tomb B. A. Dougherty J. M. Merrick et al. Science 1995 269 496 512
9. M. Pizza V. Scarlato V. Masignani M. M. Giuliani B. Aricò M. Comanducci G. T. Jennings L. Baldi E. Bartolini B. Capecchi C. L. Galeotti E. Luzzi R. Manetti E. Marchetti M. Mora S. Nuti G. Ratti L. Santini S. Savino M. Scarselli E. Storni P. Zuo M. Broeker E. Hundt B. Knapp E. Blair T. Mason H. Tettelin D. W. Hood A. C. Jeffries N. J. Saunders D. M. Granoff J. C. Venter E. R. Moxon G. Grandi R. Rappuoli Science 2000 287 1816 1820
10. D. G. Moriel I. Bertoldi A. Spagnuolo S. Marchi R. Rosini B. Nesta I. Pastorello V. A. M. Corea G. Torricelli E. Cartocci S. Savino M. Scarselli U. Dobrindt J. r. Hacker H. Tettelin L. J. Tallon S. Sullivan L. H. Wieler C. Ewers D. Pickard G. Dougan M. R. Fontana R. Rappuoli M. Pizza L. Serino Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 9072 9077
11. T. D. Lawley N. J. Croucher L. Yu S. Clare M. Sebaihia D. Goulding D. J. Pickard J. Parkhill J. Choudhary G. Dougan J. Bacteriol. 2009 191 5377 5386
12. A. McCarthy J. Lindsay BMC Microbiol. 2010 10 173
13. L. Brocchieri S. Karlin Nucleic Acids Res. 2005 33 3390 3400
14. I. Doytchinova D. Flower BMC Bioinf. 2007 8 4
15. N. Y. Yu J. R. Wagner M. R. Laird G. Melli S. b. Rey R. Lo P. Dao S. C. Sahinalp M. Ester L. J. Foster F. S. L. Brinkman Bioinformatics 2010 26 1608 1615
16. M. V. Larsen C. Lundegaard K. Lamberth S. Buus O. Lund M. Nielsen BMC Bioinf. 2007 8 424
17. S. Tenzer B. Peters S. Bulik O. Schoor C. Lemmel M. M. Schatz P. M. Kloetzel H. G. Rammensee H. Schild H. G. Holzhutter Cell. Mol. Life Sci. 2005 62 1025 1037
18. B. Peters A. Sette BMC Bioinf. 2005 6 132
19. P. Guan I. A. Doytchinova C. Zygouri D. R. Flower Nucleic Acids Res. 2003 31 3621 3624
20. H.-H. Bui J. Sidney K. Dinh S. Southwood M. J. Newman A. Sette BMC Bioinf. 2006 7 153
21. F. F. Gonzalez-Galarza S. Christmas D. Middleton A. R. Jones Nucleic Acids Res. 2011 39 D913 D919
22. P. Thevenet Y. Shen J. Maupetit F. d. r. Guyon P. Derreumaux P. Tuffery Nucleic Acids Res. 2012 40 W288 W293
23. G. Macindoe L. Mavridis V. Venkatraman M.-D. Devignes D. W. Ritchie Nucleic Acids Res. 2010 38 W445 W449
24. Schrodinger, LLC, unpublished work
25. R. A. Laskowski M. B. Swindells J. Chem. Inf. Model. 2011 51 2778 2786
26. Y. El-Manzalawy D. Dobbs V. Honavar J. Mol. Recognit. 2008 21 243 255
27. J. Chen H. Liu J. Yang K. C. Chou Amino Acids 2007 33 423 428
28. E. A. Emini J. V. Hughes D. S. Perlow J. Boger J. Virol. 1985 55 836 839
29. P. A. Karplus G. E. Schulz Naturwissenschaften 1985 72 212 213
30. J. M. R. Parker D. Guo R. S. Hodges Biochemistry 1986 25 5425 5432
31. H. R. Ansari G. P. S. Raghava Immunome Res. 2010 6 6
32. J. V. Kringelum C. Lundegaard O. Lund M. Nielsen PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002829
33. A. Roy A. Kucukural Y. Zhang Nat. Protoc. 2010 5 725 738
34. D. A. Rasko M. J. Rosovitz G. S. A. Myers E. F. Mongodin W. F. Fricke P. Gajer J. Crabtree M. Sebaihia N. R. Thomson R. Chaudhuri I. R. Henderson V. Sperandio J. Ravel J. Bacteriol. 2008 190 6881 6893
35. J. T. Heap M. Ehsaan C. M. Cooksley Y.-K. Ng S. T. Cartman K. Winzer N. P. Minton Nucleic Acids Res. 2012 40 e59
36. L. Overmars S. A. F. T. van Hijum R. J. Siezen C. Francke Bioinformatics 2015 31 2867 2869
37. A. M. Butt I. Nasrullah S. Tahir Y. Tong PLoS One 2012 7 e43080
38. P. Bardou J. Mariette F. Escudie C. Djemiel C. Klopp BMC Bioinf. 2014 15 293
39. M. M. Giuliani J. Adu-Bobie M. Comanducci B. Aricò S. Savino L. Santini B. Brunelli S. Bambini A. Biolchi B. Capecchi E. Cartocci L. Ciucchi F. Di Marcello F. Ferlicca B. Galli E. Luzzi V. Masignani D. Serruto D. Veggi M. Contorni M. Morandi A. Bartalesi V. Cinotti D. Mannucci F. Titta E. Ovidi J. A. Welsch D. Granoff R. Rappuoli M. Pizza Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10834 10839
40. D. Maione I. Margarit C. D. Rinaudo V. Masignani M. Mora M. Scarselli H. Tettelin C. Brettoni E. T. Iacobini R. Rosini N. D'Agostino L. Miorin S. Buccato M. Mariani G. Galli R. Nogarotto V. N. Dei F. Vegni C. Fraser G. Mancuso G. Teti L. C. Madoff L. C. Paoletti R. Rappuoli D. L. Kasper J. L. Telford G. Grandi Science 2005 309 148 150
41. C. Thorpe L. Edwards R. Snelgrove O. Finco A. Rae G. Grandi R. Guilio T. Hussell Vaccine 2007 25 2252 2260
42. F. Bagnoli B. Baudner R. P. N. Mishra E. Bartolini L. Fiaschi P. Mariotti V. Nardi-Dei P. Boucher R. Rappuoli OMICS: J. Integr. Biol. 2011 15 545 566
43. J. A. Harris K. Roy V. Woo-Rasberry D. J. Hamilton R. Kansal F. Qadri J. M. Fleckenstein PLoS Neglected Trop. Dis. 2011 5 e1428
44. S. Bagheri S. L. Mousavi Gargari I. Rasooli S. Nazarian M. Alerasol Braz. J. Infect. Dis. 2014 18 308 314
45. S. Nazarian S. L. Mousavi Gargari I. Rasooli J. Amani S. Bagheri M. Alerasool J. Microbiol. Methods 2012 90 36 45
46. E. A. Hashish C. Zhang X. Ruan D. E. Knudsen C. C. Chase R. E. Isaacson G. Zhou W. Zhang Clin. Vaccine Immunol. 2013 20 1076 1083
47. V. A. Garcia-Angulo A. Kalita M. Kalita L. Lozano A. G. Torres Infect. Immun. 2014 82 2016 2026
48. A. Kalita M. Kalita A. G. Torres Gut Microbes 2014 5 770 774
49. A. Casadevall L.-a. Pirofski Infect. Immun. 2004 72 6191 6196
50. R. Bacchetta S. Gregori M.-G. Roncarolo Autoimmun. Rev. 2005 4 491 496
51. X. Li H.-W. Yang H. Chen J. Wu Y. Liu J.-F. Wei Int. J. Genomics 2014 2014 10
52. R. N. Germain Cell 1994 76 287 299