Conformational ensemble of human α-synuclein physiological form predicted by molecular simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 18, Issue 8, 2016, Pages 5702-5706

  Rossetti, G ^a,b   Musiani, F ^a,c,d   Abad, E ^a   Dibenedetto, D ^a   Mouhib, H ^b   Fernandez, C O ^e,f   Carloni, P ^a  

^a FORSCHUNGSZENTRUM JÜLICH   (Germany)

^b RWTH AACHEN UNIVERSITY   (Germany)

^c SISSA   (Italy)

^d UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

^e Universidad Nacional de Rosario   (Argentina)

^f UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO   (Argentina)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALPHA SYNUCLEIN;

ACETYLATION; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; CONFORMATION; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PARKINSON DISEASE; PATHOPHYSIOLOGY; PROTEIN PROCESSING;

ACETYLATION; ALPHA-SYNUCLEIN; CIRCULAR DICHROISM; HUMANS; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PARKINSON DISEASE; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL;

EID: 84958817990     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp04549e     Document Type: Article

References (50)

1. L. M. L. de Lau M. M. B. Breteler Lancet Neurol. 2006 5 525 535
2. K. A. Jellinger Mov. Disord. 2003 18 suppl 6 S2 S12
3. T. M. Dawson V. L. Dawson J. Clin. Invest. 2003 111 145 151
4. G. M. Moriarty M. K. Janowska L. Kang J. Baum FEBS Lett. 2013 587 1128 1138
5. L. Kang G. M. Moriarty L. A. Woods A. E. Ashcroft S. E. Radford J. Baum Protein Sci. 2012 21 911 917
6. A. J. Trexler E. Rhoades Protein Sci. 2012 21 601 605
7. A. S. Maltsev J. Ying A. Bax Biochemistry 2012 51 5004 5013
8. B. Fauvet M.-B. Fares F. Samuel I. Dikiy A. Tandon D. Eliezer H. A. Lashuel J. Biol. Chem. 2012 287 28243 28262
9. J. Roche J. Ying A. S. Maltsev A. Bax ChemBioChem 2013 14 1754 1761
10. M. M. Dedmon K. Lindorff-Larsen J. Christodoulou M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2004 127 476 477
11. H.-Y. Kim H. Heise C. O. Fernández M. Baldus M. Zweckstetter ChemBioChem 2007 8 1671 1674
12. C. W. Bertoncini Y.-S. Jung C. O. Fernández W. Hoyer C. Griesinger T. M. Jovin M. Zweckstetter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1430 1435
13. M.-K. Cho G. Nodet H.-Y. Kim M. R. Jensen P. Bernadó C. O. Fernández S. Becker M. Blackledge M. Zweckstetter Protein Sci. 2009 18 1840 1846
14. D. Dibenedetto G. Rossetti R. Caliandro P. Carloni Biochemistry 2013 52 6672 6683
15. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins 2006 65 712 725
16. K. Lindorff-Larsen S. Piana K. Palmo P. Maragakis J. L. Klepeis R. O. Dror D. E. Shaw Proteins 2010 78 1950 1958
17. W. Wang I. Perovic J. Chittuluru A. Kaganovich L. T. T. Nguyen J. Liao J. R. Auclair D. Johnson A. Landeru A. K. Simorellis S. Ju M. R. Cookson F. J. Asturias J. N. Agar B. N. Webb C. Kang D. Ringe G. A. Petsko T. C. Pochapsky Q. Q. Hoang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 17797 17802
18. W. Bermel I. Bertini I. C. Felli Y.-M. Lee C. Luchinat R. Pierattelli J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3918 3919
19. J. N. Rao Y. E. Kim L. S. Park T. S. Ulmer J. Mol. Biol. 2009 390 516 529
20. T. Gurry O. Ullman C. K. Fisher I. Perovic T. Pochapsky C. M. Stultz J. Am. Chem. Soc. 2013 135 3865 3872
21. V. Losasso A. Pietropaolo C. Zannoni S. Gustincich P. Carloni Biochemistry 2011 50 6994 7001
22. W. Jorgensen J. Chandrasekhar J. Madura R. Impey M. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
23. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
24. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
25. S. Nose J. Chem. Phys. 1984 81 511 519
26. W. G. Hoover Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985 31 1695 1697
27. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 7182 7190
28. L. Wang R. A. Friesner B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2011 115 9431 9438
29. T. Terakawa T. Kameda S. Takada J. Comput. Chem. 2011 32 1228 1234
30. O. Coskuner O. Wise-Scira ACS Chem. Neurosci. 2013 4 1101 1113
31. O. Coskuner O. Wise-Scira G. Perry T. Kitahara ACS Chem. Neurosci. 2013 4 310 320
32. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Model. 2001 7 306 317
33. X. Daura K. Gademann B. Jaun D. Seebach W. F. van Gunsteren A. E. Mark Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 236 240
34. S. Neal A. M. Nip H. Zhang D. S. Wishart J. Biomol. NMR 2003 26 215 240
35. B. M. Bulheller J. D. Hirst Bioinformatics 2009 25 539 540
36. J. R. Allison R. C. Rivers J. C. Christodoulou M. Vendruscolo C. M. Dobson Biochemistry 2014 53 7170 7183
37. D. K. Wilkins S. B. Grimshaw V. Receveur C. M. Dobson J. A. Jones L. J. Smith Biochemistry 1999 38 16424 16431
38. L. Ponzoni G. Polles V. Carnevale C. Micheletti Structure 2015 23 1516 1525
39. U. von Luxburg Stat. Comput. 2007 17 395 416
40. M. M. Dedmon K. Lindorff-Larsen J. Christodoulou M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2005 127 476 477
41. K. E. Paleologou A. W. Schmid C. C. Rospigliosi H. Y. Kim G. R. Lamberto R. A. Fredenburg P. T. Lansbury Jr C. O. Fernandez D. Eliezer M. Zweckstetter H. A. Lashuel J. Biol. Chem. 2008 283 16895 16905
42. M. H. Polymeropoulos C. Lavedan E. Leroy S. E. Ide A. Dehejia A. Dutra B. Pike H. Root J. Rubenstein R. Boyer Science 1997 276 2045 2047
43. R. Krüger W. Kuhn T. Müller D. Woitalla M. Graeber S. Kösel H. Przuntek J. T. Epplen L. Schols O. Riess Nat. Genet. 1998 18 106 108
44. J. J. Zarranz J. Alegre J. C. Gómez-Esteban E. Lezcano R. Ros I. Ampuero L. Vidal J. Hoenicka O. Rodriguez B. Atarés V. Llorens E. Gomez Tortosa T. del Ser D. G. Munõz J. G. de Yebenes Ann. Neurol. 2004 55 164 173
45. R. Aurora G. D. Rose Protein Sci. 1998 7 21 38
46. A. Chakrabartty A. J. Doig R. L. Baldwin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 11332 11336
47. S. S. Y. Chong S. G. Taneva J. M. C. Lee R. B. Cornell Biochemistry 2014 53 450 461
48. Y.-L. Shih K.-F. Huang H.-M. Lai J.-H. Liao C.-S. Lee C.-M. Chang H.-M. Mak C.-W. Hsieh C.-C. Lin PLoS One 2011 6 e21425
49. F. Lu A. Taghbalout J. Biol. Chem. 2013 288 7241 7251
50. J. Varkey J. M. Isas N. Mizuno M. B. Jensen V. K. Bhatia C. C. Jao J. Petrlova J. C. Voss D. G. Stamou A. C. Steven R. Langen J. Biol. Chem. 2010 285 32486 32493